UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1wve-1R06C1.30chrI 11,927,136wve-1 encodes a homolog of the mammalian WAVE protein; based on homology WVE-1 might be involved in actin cytoskeletal dynamics; wve-1 is required for early cell migrations in the epidermis during embryonic morphogenesis and may require gex-2 and gex-3 for its function.
2his-62F55G1.3n/achrIV 7,486,714his-62 encodes an H2B histone.
3srx-53T27C5.2n/achrV 17,400,916C. elegans SRX-53 protein; contains similarity to Interpro domain IPR010989 (t-SNARE)
4efl-1Y102A5C.18n/achrV 16,962,099efl-1 encodes a homolog of mammalian E2F that is required for embryonic asymmetry and that functions as a transcriptional repressor; during vulval development, efl-1, a class B synMuv gene, acts with class B synMuv genes dpl-1 and lin-35/Rb to antagonize receptor tyrosine kinase and Ras-mediated signaling; EFL-1 also negatively regulates the G1 to S phase cell cycle transition.
5M28.2M28.2n/achrII 10,636,216contains similarity to Phytophthora infestans NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L (EC 1.6.5.3).; SW:NULM_PHYIN
6T27E9.6T27E9.6n/achrIII 13,475,636contains similarity to Bradyrhizobium japonicum Bsl1006 protein.; TR:Q89VN9
7F22F7.4F22F7.4n/achrV 2,104,867contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
8F53G12.3F53G12.3n/achrI 141,205F53G12.3 encodes a large partial homolog of dual oxidase ('Ce-Duox2'), with an N-terminal peroxidase domain, two central calmodulin-binding EF hands, and a C-terminal superoxide-generating NADPH-oxidase domain; F53G12.3 may be required for dityrosine cross-linking of collagen, and thus for cuticular integrity; F53G12.3 may use cytosolic NADPH to generate reactive oxygen, which then may drive the peroxidase ectodomain to cross-link free tyrosine in collagen; F53G12.3 has no visible expression pattern detectable by antibodies, implying very low or rare expression.
9F25B4.4F25B4.4n/achrV 5,685,274
10his-65H02I12.7n/achrIV 11,401,254his-65 encodes an H2A histone.
11K06G5.3K06G5.3n/achrX 14,221,334contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Required for invasion and pseudohyphae formation in response to nitrogen starvation; SGD:YIR019C
12his-63F22B3.2n/achrIV 11,406,611his-63 encodes an H3 histone; by homology, HIS-63 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-63 is a replication-dependent histone locus.
13his-47B0035.7n/achrIV 11,324,148his-47 encodes an H2A histone; by homology, HIS-47 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-47 is a replication-dependent histone locus that resides in a histone gene-rich region on chromosome IV.
14fbxa-200T07D3.1n/achrII 905,248C. elegans FBXA-200 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
15sru-42C55A1.8n/achrV 15,651,414C. elegans SRU-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domains IPR002208 (SecY protein), IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
16F56A6.4F56A6.4n/achrI 622,086
17pph-6C34C12.3n/achrIII 3,464,667C. elegans PPH-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domains IPR004843 (Metallophosphoesterase), IPR006186 (Serine/threonine-specific protein phosphatase and bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase)
18ced-6F56D2.7n/achrIII 5,596,872ced-6 encodes an Src homology (SH) 3 and phosphotyrosine-binding (PTB) domain-containing adaptor protein, orthologous to human CED-6/GULP, that is required for cell corpse engulfment during apoptosis; CED-6 is bound by the phosphotyrosine binding motif in the cytoplasmic tail of the transmembrane protein CED-1, and and within phagocytic cells this interaction may be part of a signal transduction pathway that promotes apoptotic cell engulfment.
19W03H9.2W03H9.2n/achrII 14,144,403contains similarity to Homo sapiens Conserved hypothetical protein; HI:HIT000046554
20C10A4.2C10A4.2n/achrX 7,412,571
21F41C3.1F41C3.1n/achrII 4,752,652contains similarity to Pfam domain PF06887 Protein of unknown function (DUF1265) contains similarity to Interpro domain IPR009676 (Protein of unknown function DUF1265)
22math-37R52.9n/achrII 2,121,460C. elegans MATH-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
23F56G4.4F56G4.4n/achrI 11,377,362contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR000533 (Tropomyosin), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
24duo-3Y106G6H.12n/achrI 10,467,681C. elegans DUO-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase) , PF02338 (OTU-like cysteine protease) contains similarity to Interpro domains IPR003323 (Ovarian tumour, otubain), IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)
25C26B2.8C26B2.8n/achrIV 8,014,864contains similarity to Interpro domains IPR008914 (Phosphatidylethanolamine-binding protein PEBP), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
26skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
27F52E10.3F52E10.3n/achrX 16,283,853contains similarity to Salmonella typhimurium Secretion system apparatus protein ssaM.; SW:SSAM_SALTY
28R02F11.4R02F11.4n/achrV 4,814,781contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR008378 (Ubiquitous surface protein), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR009053 (Prefoldin)
29M05B5.4M05B5.4n/achrI 7,189,526The M05B5.4 gene encodes an ortholog of the human gene LECITHIN-CHOLESTEROL ACYLTRANSFERASE (LCAT; OMIM:606967), which when mutated leads to lecithin-cholesterol acyltransferase deficiency (OMIM:245900).
30kin-4C10C6.1n/achrIV 11,441,819C. elegans KIN-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF08926 (Domain of unknown function (DUF1908)) , PF00595 (PDZ domain (Also known as DHR or GLGF)) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR015022 (Region of unknown function DUF1908), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000961 (Protein kinase, C-terminal)
31srw-121K12D9.3n/achrV 2,990,948C. elegans SRW-121 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
32C50D2.5C50D2.5n/achrII 98,671contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR002343 (Paraneoplastic encephalomyelitis antigen)
33K10D11.2K10D11.2n/achrIV 12,980,447contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
34K09B11.10K09B11.10n/achrIV 13,439,731contains similarity to Interpro domain IPR000998 (MAM)
35hsr-9T05F1.6n/achrI 9,628,707hsr-9 encodes a protein containing a BRCT (BRCA 1 C terminus) domain that is found in proteins that regulate the cell cycle checkpoint in response to DNA damage; HSR-9 activity is required for a normal response to DNA damage caused by gamma-irradiation; loss of HSR-9 function via RNA-mediated interference after gamma-irradiation results in defects in mitotic cell cycle arrest, reduction of apoptosis of pachytene nuclei, and radiation sensitivity of progeny; the expression pattern and subcellular localization of HSR-9 are not yet known.
36srgp-1F12F6.5n/achrIV 11,574,575C. elegans SRGP-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00620 (RhoGAP domain) , PF00611 (Fes/CIP4 homology domain) contains similarity to Interpro domains IPR001060 (Cdc15/Fes/CIP4), IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR000198 (RhoGAP)
37C28A5.2C28A5.2n/achrIII 4,437,117contains similarity to Interpro domain IPR001564 (Nucleoside diphosphate kinase)
38Y48A5A.1Y48A5A.1n/achrIV 1,967,552contains similarity to Pfam domain PF04925 SHQ1 protein contains similarity to Interpro domain IPR007009 (SHQ1 protein)
39F55A3.3F55A3.3n/achrI 10,791,127contains similarity to Pfam domains PF08512 (Histone chaperone Rttp106-like) , PF08644 (FACT complex subunit (SPT16/CDC68)) , PF00557 (metallopeptidase family M24) contains similarity to Interpro domains IPR013719 (Region of unknown function DUF1747, eukaryote), IPR000994 (Peptidase M24, catalytic core), IPR013953 (FACT complex subunit Spt16p/Cdc68p)
40R01H10.4R01H10.4n/achrIII 10,255,933contains similarity to Sus scrofa Outer dense fiber protein.; SW:ODFP_PIG
41F47E1.1F47E1.1n/achrX 9,075,645
42K11E4.2K11E4.2n/achrX 13,718,299contains similarity to Pfam domain PF00017 SH2 domain contains similarity to Interpro domains IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region), IPR000980 (SH2 motif)
43nhr-179F16B4.11n/achrV 1,616,853C. elegans NHR-179 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
44F58G1.6F58G1.6n/achrII 12,941,277contains similarity to Pfam domain PF02752 Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal)
45R105.1R105.1n/achrIV 4,635,811contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
46srd-2R05H5.1n/achrII 10,186,817C. elegans SRD-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
47R05D3.8R05D3.8n/achrIII 8,357,800contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
48C41D11.1C41D11.1n/achrI 4,458,028
49ZK596.3ZK596.3n/achrIV 10,903,190contains similarity to Mus musculus DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (EC 2.7.1.37) (DNA-sPKcs) (P460).; SW:PRKD_MOUSE
50F18A12.7F18A12.7n/achrII 3,412,942contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)