UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1hda-3R06C1.10chrI 11,915,408hda-3 encodes a member of the histone deacetylase family most similar to human histone deacetylase 1 (HD1) that affects radiation sensitivity.
2dnj-23T24H10.3n/achrII 9,107,885This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
3nhr-59T27B7.1n/achrV 2,277,137C. elegans NHR-59 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
4C43H8.2C43H8.2n/achrI 10,623,645contains similarity to Pfam domain PF09174 Maf1 regulator contains similarity to Interpro domains IPR017152 (RNA polymerase III transcriptional repressor, MAF1), IPR015257 (Maf1 regulator)
5F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
6Y9D1A.2Y9D1A.2n/achrII 7,450,882contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein ENSP00000370861; ENSEMBL:ENSP00000370861
7T08E11.5T08E11.5n/achrII 1,822,035
8nhr-177F16B4.1n/achrV 1,611,519C. elegans NHR-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
9K03B8.4K03B8.4n/achrV 11,394,932contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 3; ENSEMBL:ENSP00000349254
10flt-1ZK783.4n/achrIII 7,653,227flt-1 encodes a putative homolog of flectin, an extracellular matrix protein thought to provide a microenvironment of great elasticity; however, FLT-1 protein contains no similarity to other ECM components, instead mostly appearing to be made up of chromatin or DNA-binding domains; FLT-1 also contains a glutamine/asparagine-rich domain, which may mediate epigenetic regulation.
11C04H5.1C04H5.1n/achrII 14,534,610contains similarity to Pfam domain PF03966 Trm112p-like protein contains similarity to Interpro domain IPR005651 (Protein of unknown function DUF343)
12F01G10.10F01G10.10n/achrIV 10,247,944contains similarity to Pfam domains PF02886 (LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain) , PF01273 (LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
13lin-46R186.4n/achrV 12,969,772lin-46 encodes one of two C. elegans paralogs of bacterial MoeA proteins and mammalian gephyrins (E domain, only); LIN-46 is predicted to function as a scaffolding protein for a developmental timing complex, and may also play a role in molybdenum cofactor biosynthesis; identified in screens for suppressors of precocious heterochronic mutations in lin-14 and lin-28, lin-46 is required for stage-specific developmental events at the third larval and adult stages of development; as a component of the heterochronic pathway, lin-46 appears to act immediately downstream of lin-28, which encodes a predicted RNA binding protein required for cell fate specification at the L2 stage; a LIN-46:GFP fusion protein is detected in the cytoplasm and non-nucleolar part of the nucleus of ventral and lateral hypodermal cells around the time of the larval molts; in addition, the LIN-46 fusion protein is detected in cell bodies and axons of the AVBL/R motor interneurons.
14R151.8R151.8n/achrIII 7,228,224contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)
15srz-94F49H6.11n/achrV 17,034,553C. elegans SRZ-94 protein ;
16fbxb-78E04A4.1n/achrIV 4,738,137This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
17C25G6.1C25G6.1n/achrX 1,271,143contains similarity to Pfam domain PF03803 Scramblase contains similarity to Interpro domain IPR005552 (Scramblase)
18F54B11.10F54B11.10n/achrX 13,582,322contains similarity to Conus arenatus Conotoxin scaffold VI/VII.; TR:Q9BP99
19F21D5.6F21D5.6n/achrIV 8,740,745contains similarity to Xenopus laevis Ribonuclease H2 subunit B (RNase H2 subunit B) (Ribonuclease HIssubunit B).; SW:Q5HZP1
20F37B4.10F37B4.10n/achrV 2,876,718contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
21F29B9.5F29B9.5n/achrIV 4,652,758contains similarity to Pfam domains PF00085 (Thioredoxin) , PF00578 (AhpC/TSA family) contains similarity to Interpro domains IPR011594 (Thioredoxin-like), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR000866 (Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related)
22R52.6R52.6n/achrII 2,112,662contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domains IPR003326 (Protein of unknown function DUF130), IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
23spr-5Y40B1B.6n/achrI 13,443,987spr-5 encodes the C. elegans ortholog of the human histone demethylase LSD1 (lysine-specific demethylase 1) that functions to mediate chromatin remodeling and transcriptional regulation; loss of spr-5 activity can suppress the egg-laying defective (Egl) phenotype of mutations in sel-12/presenilin and derepresses expression of hop-1, which encodes the second C. elegans presenilin, by 20- to 30-fold; in binding assays and yeast two-hybrid experiments, SPR-5 interacts with SPR-1, the C. elegans ortholog of CoREST.
24srh-239T26H5.3n/achrV 15,446,542C. elegans SRH-239 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25hda-2C08B11.24e-102chrII 8,021,602hda-2 encodes a Class I histone deacetylase; by homology, HDA-2 is predicted to function in deacetylation of histone residues and transcriptional regulation; loss of hda-2 activity via RNAi results in an increased spontaneous mutation rate, suggesting that hda-2 also plays a role in regulating genome stability.
26R11A5.3R11A5.3n/achrI 7,863,191contains similarity to Mycobacterium tuberculosis DNA-binding protein HU homolog (Histone-like protein) (Hlp) (21-kDaslaminin-2-binding protein).; SW:DBH_MYCTU
27exos-1Y48A6B.5n/achrIII 11,009,701C. elegans EXOS-1 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Csl4-PA;; FLYBASE:CG6249
28spt-4F54C4.2n/achrIII 69,455C. elegans SPT-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF06093 Transcription elongation protein Spt4 contains similarity to Interpro domains IPR016046 (Transcription initiation Spt4-like), IPR009287 (Transcription initiation Spt4)
29nud-2R11A5.2n/achrI 7,858,613nud-2 encodes an ortholog of human NDE1 (OMIM:609449) and NDEL1 (OMIM:607538), effectors of LIS1 (OMIM:601545); NUD-2, along with other orthologs of LIS1-associated proteins (NUD-1, DHC-1, CDK-5, and CDKA-1), is required to prevent convulsions induced by exposure to the GABA antagonist pentylenetetrazole (PTZ); nud-2(RNAi), like RNAi of nud-1 et al., not only induces PTZ susceptibility but also causes GABA-containing synaptic vesicles in the ventral nerve cord to be distributed raggedly, and nud-2(RNAi) animals are abnormally susceptible to paralysis by the GABA agonist muscimol; nud-2(RNAi) phenotypes are dominantly enhanced by a heterozygous lis-1 allele, and nud-2(RNAi) delays the recovery from PTZ-induced paralysis of lis-1 heterozygotes.
30srsx-37M01B2.7n/achrV 15,258,341C. elegans SRSX-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
31C24D10.4C24D10.4n/achrIV 5,160,919
32nhr-168C50B6.8n/achrV 13,332,476C. elegans NHR-168 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
33lsm-4F32A5.7n/achrII 7,252,636C. elegans LSM-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01423 LSM domain contains similarity to Interpro domains IPR001163 (Like-Sm ribonucleoprotein, core), IPR006649 (Like-Sm ribonucleoprotein, eukaryotic and archaea-type, core), IPR010920 (Like-Sm ribonucleoprotein-related, core)
34F53B7.3F53B7.3n/achrV 11,000,154contains similarity to Pfam domain PF06246 Isy1-like splicing family contains similarity to Interpro domain IPR009360 (Isy1-like splicing)
35T11B7.1T11B7.1n/achrIV 8,841,747contains similarity to Mus musculus Girdin (Girders of actin filament) (Coiled-coil domain-containingsprotein 88A) (Akt phosphorylation enhancer) (APE) (Hook-relatedsprotein 1) (HkRP1) (G alpha-interacting vesicle-associated protein)s(GIV).; SW:Q5SNZ0
36Y106G6H.15Y106G6H.15n/achrI 10,473,965contains similarity to Pfam domain PF07160 Protein of unknown function (DUF1395) contains similarity to Interpro domain IPR009829 (Protein of unknown function DUF1395)
37B0281.8B0281.8n/achrII 2,312,169contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
38pstk-1Y49E10.22n/achrIII 12,467,328C. elegans PSTK-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF08433 Chromatin associated protein KTI12 contains similarity to Interpro domain IPR013641 (Chromatin associated protein KTI12)
39F28D1.1F28D1.1n/achrIV 12,373,435contains similarity to Pfam domains PF08149 (BING4CT (NUC141) domain) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR012952 (BING4, C-terminal), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
40C27A12.6C27A12.6n/achrI 6,054,583contains similarity to Pfam domain PF01485 IBR domain contains similarity to Interpro domains IPR009060 (UBA-like), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
41R05F9.9R05F9.9n/achrII 4,900,966
42T05H4.11T05H4.11n/achrV 6,425,085
43Y57G7A.2Y57G7A.2n/achrII 1,296,418
44tag-313Y66H1A.3n/achrIV 444,376C. elegans TAG-313 protein ; contains similarity to Bos taurus 39S ribosomal protein L55, mitochondrial precursor (L55mt) (MRP-L55).; SW:P0C2B8
45C55C3.5C55C3.5n/achrIV 5,699,611contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
46F29D11.2F29D11.2n/achrI 7,637,136contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
47agt-2F09E5.13n/achrII 5,372,696agt-2 encodes a paralog of the DNA repair enzyme O6-Alkylguanine DNA-alkyltransferase (AGT); AGT-2 has AGT biochemical activity and is expressed at all developmental stages.
48cpf-1F28C6.3n/achrII 8,601,385C. elegans CPF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
49mes-6C09G4.5n/achrIV 8,512,584mes-6 encodes a WD repeat-containing protein that is orthologous to Drosophila Extra sex combs (Esc); as a member of a Polycomb-like chromatin repressive complex with MES-2 and MES-3, MES-6 is required maternally for normal germline development and during larval development, for anteroposterior patterning; during germline development, the MES-2/MES-3/MES-6 complex is believed to be essential for maintaining repression of the X chromosome, and in transgenic animals, the complex is necessary for germline repression of repetitive transgenes; in axial patterning, the MES-2/MES-3/MES-6 complex is required in somatic tissues for maintaining homeotic gene repression, acting upstream of the Hox genes lin-39, mab-5, and egl-5, as well as the egl-5 target gene lin-32; MES-6 expression is detected in the nuclei of all cells during early embryogenesis, in the germline precursors Z2 and Z3 and faintly in some somatic cells during late embryogenesis and the L1 larval stage, widely in later larvae, and in germline and oocyte nuclei in adults; normal MES-6 distribution is dependent upon wild-type activity of MES-2 and MES-3, and likewise, distribution of MES-3 is dependent upon wild-type activity of MES-2 and MES-6
50VH15N14R.1VH15N14R.1n/achrI 7,781,895contains similarity to Aspergillus niger Protein kinase C-like (EC 2.7.1.-).; SW:KPC1_ASPNG