UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1R05D3.9R05D3.90chrIII 8,365,541contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold)
2C48E7.1C48E7.1n/achrI 6,262,387
3F11E6.8F11E6.8n/achrIV 17,447,304contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
4pqn-96ZK1236.6n/achrIII 8,438,835The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
5K09C4.5K09C4.5n/achrX 3,284,155contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
6skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
7C45E5.1C45E5.1n/achrIV 5,745,740contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR006357 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
8lin-59T12F5.4n/achrI 3,717,339C. elegans LIN-59 protein; contains similarity to Pfam domains PF01426 (BAH domain) , PF00628 (PHD-finger) , PF00856 (SET domain) contains similarity to Interpro domains IPR001214 (SET), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR001025 (Bromo adjacent region), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type), IPR006560 (AWS)
9F42A6.6F42A6.6n/achrIV 3,336,420contains similarity to Pfam domain PF05603 Protein of unknown function (DUF775) contains similarity to Interpro domain IPR008493 (Protein of unknown function DUF775)
10tap-1C44H4.5n/achrX 14,590,650C. elegans TAP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00481 Protein phosphatase 2C contains similarity to Interpro domains IPR001932 (Protein phosphatase 2C-related), IPR014045 (Protein phosphatase 2C, N-terminal), IPR015655 (Protein phosphatase 2C)
11tag-131H38K22.3n/achrIII 4,318,987C. elegans TAG-131 protein; contains similarity to Pfam domain PF00173 Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain contains similarity to Interpro domain IPR001199 (Cytochrome b5)
12F13E6.5F13E6.5n/achrX 10,696,500contains similarity to Pfam domain PF01569 PAP2 superfamily contains similarity to Interpro domains IPR000326 (Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase), IPR016118 (Phosphatidic acid phosphatase/chloroperoxidase, N-terminal)
13F41C3.7F41C3.7n/achrII 4,730,652
14ZK1225.1ZK1225.1n/achrI 13,206,699contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
15math-21C40D2.3n/achrII 1,994,852C. elegans MATH-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
16W04A8.2W04A8.2n/achrI 13,840,793contains similarity to Streptococcus pyogenes Putative type I site-specific deoxyribonuclease hsdS subunit.; TR:Q8K5V9
17F52C12.2F52C12.2n/achrIV 1,956,651contains similarity to Pfam domains PF04068 (Possible metal-binding domain in RNase L inhibitor, RLI) , PF04034 (Domain of unknown function (DUF367)) contains similarity to Interpro domains IPR007209 (Possible metal-binding region in RNase L inhibitor, RLI), IPR007177 (Protein of unknown function DUF367)
18ZK154.4ZK154.4n/achrX 7,779,677
19inx-15R12E2.9n/achrI 4,160,065C. elegans INX-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF00876 Innexin contains similarity to Interpro domain IPR000990 (Innexin)
20F16F9.4F16F9.4n/achrX 8,461,517contains similarity to Pfam domain PF07859 alpha/beta hydrolase fold contains similarity to Interpro domains IPR002168 (Lipase, GDXG, active site), IPR017157 (Arylacetamide deacetylase), IPR013094 (Alpha/beta hydrolase fold-3)
21npp-4Y54E5A.4n/achrI 14,703,902C. elegans NPP-4 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR007758 (Nucleoporin, Nsp1-like, C-terminal)
22T20H4.5T20H4.5n/achrIII 7,233,493T20H4.5 gene encodes a 23 kDa subunit of mitochondrial complex I that is required for oxidative phosphorylation and for resistance to volatile anesthetics; T20H4.5 is orthologous to human NDUFS8 (OMIM:602141, mutated in Leigh syndrome).
23W04B5.4W04B5.4n/achrIII 2,408,633W04B5.4 encodes a putative mitochondrial ribosomal protein L30 that inhibits DHC-1 in vivo; W04B5.4 is orthologous to human MRPL3; W04B5.4(RNAi) suppresses the lethality of conditional dhc-1 mutations, as well as the spindle length and cytokinesis defects of dhc-1(or195), indicating that W04B5.4 negatively regulates dynein; W04B5.4 is required for embryonic and larval development in mass RNAi assays.
24F57B10.5F57B10.5n/achrI 6,563,176contains similarity to Pfam domain PF01105 emp24/gp25L/p24 family/GOLD contains similarity to Interpro domains IPR009038 (GOLD), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
25C25F6.6C25F6.6n/achrX 5,450,509
26F45G2.9F45G2.9n/achrIII 13,436,244contains similarity to Pfam domain PF01728 FtsJ-like methyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR016448 (23S ribosomal RNA methyltransferase), IPR015507 (Ribosomal RNA methyltransferase J), IPR002877 (Ribosomal RNA methyltransferase RrmJ/FtsJ)
27F56E10.1F56E10.1n/achrV 105,397contains similarity to Neurospora crassa Protein bfr-2.; SW:Q7S6P8
28atg-16.1F02E8.5n/achrX 4,461,104atg-16.1 encodes a divergent ortholog of the autophagic budding yeast protein Atg16p, and of human ATG16L1 (OMIM:610767, associated with Crohn disease) and ATG16L2; ATG-16.1 is paralogous to ATG-16.2; ATG-16.1 is expressed in larval and adult intestine, renal gland cells, stomato-intestinal muscle, anal depressor muscle, and head mesodermal cell; ATG-16.1 has no obvious function in mass RNAi assays.
29C13C12.2C13C12.2n/achrV 12,524,627contains similarity to Interpro domain IPR000345 (Cytochrome c heme-binding site)
30pqn-51K11D12.2n/achrV 5,050,974The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
31sec-15C28G1.3n/achrX 8,833,671C. elegans SEC-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF04091 Exocyst complex subunit Sec15-like contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR007225 (Exocyst complex subunit Sec15-like)
32R07B1.3R07B1.3n/achrX 9,859,984contains similarity to Pfam domain PF01130 CD36 family contains similarity to Interpro domain IPR002159 (CD36 antigen)
33R07B1.7R07B1.7n/achrX 9,869,453contains similarity to Candida albicans Chitinase 2 precursor (EC 3.2.1.14).; SW:CHI2_CANAL
34C41H7.1C41H7.1n/achrII 3,016,764
35mtss-1PAR2.1n/achrIII 8,768,640C. elegans MTSS-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00436 Single-strand binding protein family contains similarity to Interpro domains IPR000424 (Primosome PriB/single-strand DNA-binding), IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR011344 (Single-strand DNA-binding)
36W03F8.4W03F8.4n/achrIV 5,184,667contains similarity to Pfam domain PF08617 Kinase binding protein CGI-121 contains similarity to Interpro domain IPR013926 (Kinase binding protein CGI-121)
37elo-3D2024.3n/achrIV 7,238,796The elo-3 gene encodes a paralog of elo-1 and elo-2, each of which encodes a polyunsaturated fatty acid (PUFA) elongase; ELO-3 may be required for normally rapid growth.
38ddl-2Y48E1B.1n/achrII 13,545,140C. elegans DDL-2 protein; contains similarity to Interpro domains IPR006077 (Vinculin/alpha-catenin), IPR000381 (Inhibin, beta B subunit), IPR000694 (Proline-rich region), IPR003882 (Pistil-specific extensin-like protein)
39F58G1.6F58G1.6n/achrII 12,941,277contains similarity to Pfam domain PF02752 Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal)
40F12F6.1F12F6.1n/achrIV 11,586,743contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Putative glycosidase of the cell wall, may have a role in cell wall architecture; SGD:YGR189C
41cul-5ZK856.1n/achrV 10,181,305cul-5 encodes a cullin, orthologous to vasopressin-activated calcium-mobilizing receptor-1 in mammals, that is thought to regulate the cell cycle by virtue of its paralogy to cul-1 and cul-2; however, CUL-5 is dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens, and does not appear to interact with any of 17 Skp1-related proteins (SKR-1 through SKR-21).
42C16C8.2C16C8.2n/achrII 3,433,889contains similarity to Pfam domains PF01549 (ShK domain-like) (2), PF03098 (Animal haem peroxidase) contains similarity to Interpro domains IPR010255 (Haem peroxidase), IPR002007 (Haem peroxidase, animal), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
43vhl-1F08G12.4n/achrX 11,307,692vhl-1 is orthologous to the mammalian tumor suppressor gene Von Hippel-Landau syndrome (VHL; OMIM:193300), which is part of a ubiquitylation complex targetting proteins for proteasomal degradation.
44F56D2.3F56D2.3n/achrIII 5,585,825
45clh-6R07B7.1n/achrV 12,061,778clh-6 encodes a voltage-gated chloride channel orthologous to the human CLCN7 chloride channel (OMIM:602727, which when mutated lead to osteopetrosis); although the precise role of CLH-6 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, CLH-6 expression is detected in two GABA-ergic neurons, RMEL and RMER, suggesting that CLH-6 could play a role in membrane excitability and/or GABA packaging; as CLH-6 is also detected in many non-neuronal tissues, such as the gut and body wall muscle, it could also have a broader role in such as processes as transepithelial transport and muscle excitation.
46apm-3F53H8.1n/achrX 956,347apm-3 encodes an adaptin, orthologous to the mu3 subunit of adaptor protein complex 3 (AP-3); APM-3 is also orthologous to human HPS, which when mutated leads to Hermansky-Pudlak syndrome (OMIM:203300); based on structural similarity, APM-3 is predicted to be involved in the formation of intracellular transport vesicles, and genetic analyses indicate that apm-3 activity is required for biogenesis of lysosome-related gut granules.
47Y38C9A.1Y38C9A.1n/achrV 112,782contains similarity to Leishmania major strain Friedlin Proteophosphoglycan ppg4.; TR:Q4FX63
48K07C11.4K07C11.4n/achrV 8,204,685contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
49ugt-53T03D3.1n/achrV 2,850,684C. elegans UGT-53 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domains IPR002416 (Bacterial general secretion pathway protein H), IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
50T10D4.6T10D4.6n/achrII 3,121,247contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR009057 (Homeodomain-like)