UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1R05D3.8R05D3.85e-165chrIII 8,357,800contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3T27E9.6T27E9.6n/achrIII 13,475,636contains similarity to Bradyrhizobium japonicum Bsl1006 protein.; TR:Q89VN9
4clec-144T27D12.3n/achrII 11,831,976C. elegans CLEC-144 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
5T24B8.2T24B8.2n/achrII 9,055,661contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
6fcd-2Y41E3.9n/achrIV 15,031,338fcd-2 encodes an ortholog of the human gene FANCD2 (mutated in Fanconi anemia, OMIM:227646) that is strongly required for resistance to DNA interstrand crosslinking (ICL) agents, but not to ionizing radiation (IR); fcd-2 mutants are viable and dispensable for resistance to IR, meiotic recombination, and S-phase checkpoint activation, but are hypersensitive to ICL agents; like its human ortholog, FCD-2 is monoubiquitylated and recruited to chromosomal foci after ICL but not IR; transgenic expresssion of the FANCD2 gene in mutant FA-D2 cells rescues their abnormal sensitivity to mitomycin C, an agent that cross-links strands of DNA.
7uev-1F39B2.2n/achrI 14,790,521uev-1 encodes a ubiquitin-conjugating enzyme (UBC or E2) variant that contains the characteristic UBC motif, but lacks the critical active-site cysteine residue necessary for catalytic activity; as loss of UEV-1 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of UEV-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; UEV-1 does, however, interact with a number of proteins, such as UBC-13, that are likely involved in the response to DNA damage; thus, UEV-1 may play a role in ubiquitination and protein turnover in conjunction with DNA repair or the DNA damage checkpoint pathway.
8math-37R52.9n/achrII 2,121,460C. elegans MATH-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
9C47D12.2C47D12.2n/achrII 11,677,666C47D12.2 encodes an ortholog of human FLJ20071/FLJ90130 (dymeclin, OMIM:607461, mutated in Dyggve-Melchior-Clausen dysplasia and Smith-McCort dysplasia), which has no obvious function in mass RNAi assays
10R11.1R11.1n/achrX 16,192,348contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
11cka-1C28D4.2n/achrIV 9,734,654cka-1 encodes an isoform of choline kinase whose activity has been verified in vitro, and that has a strong preference for choline over ethanolamine; CKA-1 and CKA-2 comprise a related group ('A') of choline kinases.
12coq-5ZK652.9n/achrIII 7,857,812coq-5 encodes a putative 2-hexaprenyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone methyltransferase, homologous to COQ5 in S. cerevisiae and to a family of methyltransferases involved in ubiquinone, menaquinone, biotin and sterol biosynthesis and in phosphatidylethanolamine methylation; COQ-5 is required for ubiquinone (coenzyme Q9) biosynthesis and for normally short lifespan; coq-5 can transgenically rescue a coq-5 deletion in S. cerevisiae; coq-5(RNAi) animals have reduced levels of coenzyme Q9 and superoxide, and have abnormally long lifespans.
13wht-4F02E11.1n/achrII 3,280,577C. elegans WHT-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF01061 (ABC-2 type transporter) , PF00005 (ABC transporter) contains similarity to Interpro domains IPR003439 (ABC transporter-like), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR005284 (Pigment precursor permease), IPR013525 (ABC-2 type transporter)
14R07G3.5R07G3.5n/achrII 7,598,098contains similarity to Pfam domain PF00300 Phosphoglycerate mutase family contains similarity to Interpro domain IPR013078 (Phosphoglycerate mutase)
15pme-2E02H1.4n/achrII 9,594,003pme-2 encodes a poly(ADP-ribose) polymerase (PARP) orthologous to human PARP2 (OMIM:607725); PME-2 has a predicted C-terminal catalytic domain; PME-2 has PARP activity in vitro, which is blocked by mammalian PARP inhibitors; since these inhibitors also cause embryonic lethality in worms exposed to ionizing radiation, PME-1 is likely to be required in vivo for repairing broken DNA.
16his-63F22B3.2n/achrIV 11,406,611his-63 encodes an H3 histone; by homology, HIS-63 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-63 is a replication-dependent histone locus.
17F26E4.5F26E4.5n/achrI 9,769,984F26E4.5 encodes an SH2 domain-containing tyrosine kinase related to the vertebrate FER non-receptor protein tyrosine kinase; loss of F26E4.5 activity in an RNAi-hypersensitive strain results in axon guidance defects indicating that F26E4.5 likely plays a role in regulation of axon navigation.
18K09H9.7K09H9.7n/achrI 3,151,195contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
19sre-9C17E7.3n/achrV 3,896,569C. elegans SRE-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
20srw-134T05B4.7n/achrV 4,111,591C. elegans SRW-134 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
21C06A5.4C06A5.4n/achrI 5,981,191contains similarity to Interpro domain IPR006578 (MADF)
22str-260T24A6.6n/achrV 3,528,795C. elegans STR-260 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
23srd-2R05H5.1n/achrII 10,186,817C. elegans SRD-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
24W03H9.2W03H9.2n/achrII 14,144,403contains similarity to Homo sapiens Conserved hypothetical protein; HI:HIT000046554
25M03F4.4M03F4.4n/achrX 4,957,667
26M18.6M18.6n/achrIV 12,122,042contains similarity to Interpro domain IPR003111 (Peptidase S16, lon N-terminal)
27K11G9.3K11G9.3n/achrV 6,670,893contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
28hsf-1Y53C10A.12n/achrI 11,957,869hsf-1 encodes the C. elegans heat-shock transcription factor ortholog; HSF-1 functions as a transcriptional regulator of stress-induced gene expression whose activity is required for heat-shock and proteotoxicity response, larval development, innate immunity, and regulation of adult lifespan.
29K02B7.2K02B7.2n/achrII 14,692,031contains similarity to Pfam domains PF07735 (F-box associated) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR012885 (F-box associated type 2)
30F28C10.1F28C10.1n/achrX 543,683
31W09D6.5W09D6.5n/achrIII 11,089,923contains similarity to Saccharomyces cerevisiae cell wall integrity and stress response component 1; SGD:YOR008C
32nhr-257C17A2.1n/achrII 3,853,795C. elegans NHR-257 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
33F13H8.3F13H8.3n/achrII 6,264,731contains similarity to Pfam domain PF01156 Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase contains similarity to Interpro domain IPR001910 (Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase)
34srh-181ZK228.6n/achrV 18,475,360C. elegans SRH-181 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
35R05F9.11R05F9.11n/achrII 4,913,028
36C41D11.1C41D11.1n/achrI 4,458,028
37C41A3.1C41A3.1n/achrX 5,427,831contains similarity to Pfam domains PF02801 (Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain) (5), PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF08659 (KR domain) (2), PF00501 (AMP-binding enzyme) , PF00668 (Condensation domain) , PF00106 (short chain dehydrogenase) , PF00109 (Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain) (5), PF00550 (Phosphopantetheine attachment site) (8), PF00698 (Acyl transferase domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR006163 (Phosphopantetheine-binding), IPR001242 (Condensation domain), IPR016038 (Thiolase-like, subgroup), IPR013968 (Polyketide synthase, KR), IPR000794 (Beta-ketoacyl synthase), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR014031 (Beta-ketoacyl synthase, C-terminal), IPR014043 (Acyl transferase), IPR014030 (Beta-ketoacyl synthase, N-terminal), IPR008262 (Lipase, active site), IPR006162 (Phosphopantetheine attachment site), IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016039 (Thiolase-like), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR009081 (Acyl carrier protein-like), IPR001227 (Acyl transferase region)
38trxr-1C06G3.7n/achrIV 7,014,256C06G3.7 encodes an homolog of the mammalian thioredoxin reductase isozymes TR1 and TR2; like its mammalian homologs, C06G3.7 has a TGA-encoded C-terminal penultimate selenocysteine (Sec) residue; labelling of C. elegans with selenium-75 demonstrates that TR-Se is the major naturally occurring selenoprotein in C. elegans, and computational analysis indicates that it is probably the only selenoprotein encoded by the genome; the 3'-untranslated region of this gene contains a selenocysteine insertion sequence that is functional in mammalian cell culture; by phylogenetic profiling, C06G3.7 protein is predicted to be mitochondrial.
39Y54E2A.8Y54E2A.8n/achrII 14,780,444contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003882 (Pistil-specific extensin-like protein)
40clec-29T25E12.9n/achrV 16,738,407C. elegans CLEC-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR003990 (Pancreatitis-associated protein), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
41B0205.9B0205.9n/achrI 10,722,143contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
42R105.1R105.1n/achrIV 4,635,811contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
43xpa-1K07G5.2n/achrI 7,160,236xpa-1 encodes an ortholog of human XPA, the xeroderma pigmentosum complementation group A protein (OMIM:278700, mutations are associated with sensitivity to ultraviolet light and carcinomata at an early age); by homology, XPA-1 is predicted to function as a DNA-binding protein that is required for nucleotide excision repair of damaged DNA; in C. elegans, loss of xpa-1 activity via mutation or RNA-mediated interference (RNAi) results in increased sensitivity to UV irradiation at all stages of development; xpa-1 mRNA is detected in eggs and mixed stage populations.
44osm-11F11C7.5n/achrX 17,420,817C. elegans OSM-11 protein ;
45fbxb-39M01D1.7n/achrII 1,040,136This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
46C29F7.7C29F7.7n/achrX 13,442,218contains similarity to Peromyscus maniculatus Alcohol dehydrogenase 2 (EC 1.1.1.1).; SW:ADH2_PERMA
47R10E8.2R10E8.2n/achrV 18,254,063contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
48ZK829.7ZK829.7n/achrIV 11,960,692contains similarity to Pfam domains PF00107 (Zinc-binding dehydrogenase) , PF08240 (Alcohol dehydrogenase GroES-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR013149 (Alcohol dehydrogenase, zinc-binding), IPR011032 (GroES-like), IPR013154 (Alcohol dehydrogenase GroES-like), IPR002085 (Alcohol dehydrogenase superfamily, zinc-containing), IPR016040 (NAD(P)-binding)
49clec-242Y68A4B.2n/achrV 17,244,604C. elegans CLEC-242 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
50C10A4.2C10A4.2n/achrX 7,412,571