UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1R03C1.1R03C1.17e-126chrII 14,908,902contains similarity to Homo sapiens Mucin-5AC precursor (Fragment); ENSEMBL:ENSP00000351148
2W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
3ZK632.7ZK632.7n/achrIII 9,821,105contains similarity to Interpro domain IPR011009 (Protein kinase-like)
4F21G4.6F21G4.6n/achrX 9,913,063F21G4.6 is orthologous to the human gene HUNTINGTIN (HD; OMIM:143100), which when mutated leads to disease.
5ver-3F59F3.1n/achrX 10,995,095C. elegans VER-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF07686 (Immunoglobulin V-set domain) (2), PF00047 (Immunoglobulin domain) (4), PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR003596 (Immunoglobulin V-set, subgroup), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR013106 (Immunoglobulin V-set), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site), IPR013151 (Immunoglobulin)
6C15B12.1C15B12.1n/achrX 6,477,878contains similarity to Pfam domain PF01266 FAD dependent oxidoreductase contains similarity to Interpro domains IPR006076 (FAD dependent oxidoreductase), IPR000447 (FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
7srh-284C47A10.3n/achrV 17,768,552C. elegans SRH-284 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
8cul-1D2045.6n/achrIII 10,473,304cul-1 encodes a cullin, orthologous to Cdc53/Cul1 in S. cerevisiae and CUL-1 in humans (OMIM:603134), that is required both maternally and zygotically for developmentally programmed transitions from the G1 phase of the cell cycle to the GO phase or the apoptotic pathway, and that is probably also required for normally slow G1-to-S phase progression; CUL-1 physically interacts with eight Skp1-related proteins (SKR-1, -2, -3, -4, -7, -8, -9, and -10).
9srw-95H06H21.2n/achrIV 4,813,069C. elegans SRW-95 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
10T07F8.2T07F8.2n/achrII 7,145,876contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
11fipr-15F13E9.3n/achrIV 10,880,611C. elegans FIPR-15 protein; contains similarity to Interpro domain IPR005137 (Photosystem I assembly BtpA)
12Y8A9A.3Y8A9A.3n/achrII 3,791,812contains similarity to Interpro domain IPR009071 (High mobility group box, HMG)
13ZK1321.1ZK1321.1n/achrII 9,754,525contains similarity to Sulfolobus sp NOB8H2 Hypothetical protein.; TR:O93705
14B0478.3B0478.3n/achrIV 6,964,202contains similarity to Interpro domains IPR013090 (Phospholipase A2, active site), IPR016090 (Phospholipase A2), IPR001211 (Phospholipase A2, eukaryotic)
15sre-27Y57A10C.3n/achrII 12,416,469C. elegans SRE-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
16F53B6.5F53B6.5n/achrI 8,950,742contains similarity to Pfam domain PF00557 metallopeptidase family M24 contains similarity to Interpro domains IPR000994 (Peptidase M24, catalytic core), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding)
17K04G2.4K04G2.4n/achrI 8,036,493contains similarity to Tetrahymena thermophila Histone H1.; SW:H1_TETTH
18nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
19W08F4.7W08F4.7n/achrII 576,333
20B0285.1B0285.1n/achrIII 4,336,901contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR000694 (Proline-rich region)
21F16H11.1F16H11.1n/achrX 4,670,622contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
22F26E4.12F26E4.12n/achrI 9,780,834contains similarity to Pfam domain PF00255 Glutathione peroxidase contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR000889 (Glutathione peroxidase)
23pat-4C29F9.7n/achrIII 92,134The pat-4 gene encodes a serine/threonine kinase orthologous to human integrin-linked kinase (ILK, OMIM:602366) and is required for formation of integrin-mediated muscle cell attachments during embryogenesis; PAT-4 probably functions as an adaptor molecule and localizes to dense bodies and M lines; PAT-4 forms a ternary complex with PAT-6/actopaxin and UNC-112, and requires UNC-112, UNC-52/perlecan, PAT-2/alpha integrin, and PAT-3/beta integrin for proper localization to newly forming integrin adhesion complexes.
24F39E9.7F39E9.7n/achrII 3,306,570contains similarity to Pfam domain PF00035 Double-stranded RNA binding motif contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like)
25phat-2C46H11.9n/achrI 5,047,210C. elegans PHAT-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
26C01F1.1C01F1.1n/achrII 4,303,435contains similarity to Pfam domain PF05793 Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) contains similarity to Interpro domains IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR008851 (Transcription initiation factor IIF, alpha subunit), IPR011039 (Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction)
27T05F1.9T05F1.9n/achrI 9,646,642contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8ILP3
28tag-175D2013.10n/achrII 9,324,253tag-175 encodes an ortholog of human TMEM41B, whose protein family is ancient (conserved in both animals and plants) but functionally uncharacterized; TAG-175 is broadly expressed (in hypodermis, muscle, neurons, intestine, spermetheca, and vulva); TAG-175 has no known function in vivo, since neither tag-175(RNAi) nor tag-175(gk278) has obvious phenotypes.
29dpy-26C25G4.5n/achrIV 12,448,610dpy-26 encodes a novel, acidic protein that is highly conserved in other Caenorhabditis species; during development, dpy-26 activity is required for both dosage compensation and meiotic chromosome segregation; DPY-26 localizes to all meiotic chromosomes in the germline and to the hermaphrodite X chromosomes in somatic cells; SDC-1, SDC-2, and SDC-3 proteins form a complex and these three proteins, in turn, colocalize with DPY-26, DPY-27, and MIX-1 proteins both on the X chromosome and on a transgenic her-1(+) array.
30fbf-2F21H12.5n/achrII 6,090,134fbf-2 encodes an RNA-binding protein that is one of 11 C. elegans members of the PUF family (Pumilio and FBF) of translational regulators; FBF-2 is nearly identical to FBF-1 with which it is largely redundant in regulating two aspects of germline development: 1)maintenance of stem cell proliferation, and 2)the hermaphroditic switch between spermatogenesis and oogenesis; in maintaining germline stem cells, the FBF proteins, acting through NOS-3, negatively regulate the activity of gld-1 mRNA, which encodes a translational repressor required for meiotic entry; in regulating the sperm-to-oocyte switch, the FBFs act downstream of GLD-3 to negatively regulate the activity of fem-3 mRNA, which encodes a novel protein required for germline sex determination; consistent with their role in germline development, FBF-1 and FBF-2 are expressed in the germline cytoplasm, becoming enriched in the mitotic region during the L4 larval and adult stages.
31W02B3.6W02B3.6n/achrIII 690,542contains similarity to Pfam domain PF01744 GLTT repeat (6 copies) contains similarity to Interpro domain IPR008164 (Repeat of unknown function XGLTT)
32grl-29T24A6.18n/achrV 3,554,921grl-29 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-29 is expressed in larval neurons; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
33F52G3.1F52G3.1n/achrX 16,968,223contains similarity to Pfam domain PF07001 BAT2 N-terminus contains similarity to Interpro domains IPR009738 (BAT2, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region)
34F11C1.1F11C1.1n/achrX 12,988,210contains similarity to Pfam domain PF06747 CHCH domain contains similarity to Interpro domain IPR010625 (CHCH)
35xrn-2Y48B6A.3n/achrII 14,160,796C. elegans XRN-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03159 XRN 5'-3' exonuclease N-terminus contains similarity to Interpro domains IPR017151 (5'-3' exoribonuclease 2), IPR004859 (Putative 5-3 exonuclease), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
36srx-105F40H7.8n/achrII 3,700,613C. elegans SRX-105 protein ;
37T24B8.4T24B8.4n/achrII 9,067,183contains similarity to Pfam domain PF02205 WH2 motif contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003124 (Actin-binding WH2)
38cyp-33E2F42A9.5n/achrIV 8,613,501C. elegans CYP-33E2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
39T22C1.6T22C1.6n/achrI 7,944,147contains similarity to Homo sapiens Alpha-taxilin; ENSEMBL:ENSP00000362711
40zyg-9F22B5.7n/achrII 8,461,098zyg-9 encodes a predicted microtubule-association protein (MAP) of the XMAP215 family; during early embryonic development, maternal zyg-9 activity is required for microtubule-dependent processes such as meiotic and mitotic spindle organization and pronuclear migration; further, zyg-9 is essential for formation of long astral microtubules; ZYG-9 is required for centrosomal localization of TAC-1, the sole C. elegans TACC family member, with which it interacts, and mutually stabilizes, in vivo; in early embryos, ZYG-9 localizes to the meiotic spindle and spindle poles, as well as to mitotic centrosomes; during metaphase and anaphase ZYG-9 localizes to the central spindle region, and during interphase ZYG-9 is cytoplasmic; proper localization of ZYG-9 to the meiotic spindle is dependent upon wild-type activity of MEI-1, an ATPase essential for meiotic spindle formation, while proper localization of ZYG-9 to centrosomes is dependent, at least in part, upon TAC-1.
41cyp-14A4R04D3.1n/achrX 13,283,058C. elegans CYP-14A4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
42C25A1.4C25A1.4n/achrI 10,171,209contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
43mdt-29K08E3.8n/achrIII 13,776,056mdt-29 encodes a putative mediator subunit with a prion-like (asparagine- or glutamine-rich) domain; note that K08E3.8 is allegedly an ortholog of Drosophila INTERSEX/IX, but the actual C. elegans IX ortholog appears to be PQN-15); in yeast two-hybrid screens, MDT-29 interacts with SEL-7 and SEL-8; MDT-29 protein also self-associates; RNAi of K08E3.8 weakly enhances the two-anchor-cell phenotype of lin-12(ar170), roughly as much as sel-7 RNAi; since SEL-7 is a novel nuclear protein, MDT-29/SEL-7/SEL-8 is likely to form a nuclear complex formed in response to LIN-12 activation.
44C56C10.11C56C10.11n/achrII 6,599,683
45Y37D8A.10Y37D8A.10n/achrIII 12,875,275contains similarity to Pfam domain PF06703 Microsomal signal peptidase 25 kDa subunit (SPC25) contains similarity to Interpro domain IPR009582 (Microsomal signal peptidase 25 kDa subunit)
46lgc-39F09G2.5n/achrV 7,177,156C. elegans LGC-39 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
47str-214C31A11.9n/achrV 16,316,238C. elegans STR-214 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
48lam-1W03F8.5n/achrIV 5,176,291lam-1 encodes a laminin beta that affects degenerin-induced cell death and is required redundantly with lam-2 for morphogenesis.
49pxd-1C36E8.3n/achrIII 4,008,029C. elegans PXD-1 protein ; contains similarity to Aedes aegypti Tumor endothelial marker 7.; TR:Q16R67
50gcy-20F21H7.9n/achrV 16,251,158gcy-20 encodes a predicted guanylate cyclase.