UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1R02D3.8R02D3.83e-158chrIV 256,589contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR006055 (Exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
2K02B2.3K02B2.3n/achrIV 5,938,425contains similarity to Pfam domain PF04678 Protein of unknown function, DUF607 contains similarity to Interpro domain IPR006769 (Protein of unknown function DUF607)
3tat-3W09D10.2n/achrIII 10,725,682C. elegans TAT-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR006539 (Phospholipid-translocating P-type ATPase, flippase), IPR001757 (ATPase, P-type, K/Mg/Cd/Cu/Zn/Na/Ca/Na/H-transporter), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
4R12E2.2R12E2.2n/achrI 4,180,486contains similarity to Pfam domain PF07738 Sad1 / UNC-like C-terminal contains similarity to Interpro domains IPR012919 (Sad1/UNC-like, C-terminal), IPR008979 (Galactose-binding like)
5mgl-2F45H11.4n/achrI 10,387,757mgl-2 encodes a Group I metabotropic glutamate receptor (OMIM:604473, 604102, loss-of-function mutations in mice are associated with defects in long-term potentiation); by homology, MGL-2 is predicted to function as a post-synaptic G protein-coupled receptor that, in response to glutamate binding, stimulates phospholipase C activity and increases neuronal excitation, and in mammalian tissue culture cells, glutamate stimulation of MGL-2 does result in increased phosphoinositide turnover; a mutation in mgl-2 indicates that it is required for normal head movements and tap reversal reflexes, while loss of mgl-2 activity via large-scale RNAi screens indicates that MGL-2 is also required for embryogenesis; a mgl-2::GFP reporter is expressed in interneurons.
6F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
7srp-5C03G6.18n/achrV 7,382,647srp-5 encodes an ovalbumin-like serpin (ov-serpin) member of the serine protease inhibitor superfamily; by homology, SRP-5 is predicted to function as a suicide substrate that inhibits the proteolytic activity of serine proteases; however, as loss of srp-5 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, the precise role of SRP-5 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
8tre-5C23H3.7n/achrII 54,158C. elegans TRE-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF01204 Trehalase contains similarity to Interpro domains IPR001661 (Glycoside hydrolase, family 37), IPR008928 (Six-hairpin glycosidase-like)
9F25H5.7F25H5.7n/achrI 9,156,467contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase)
10srx-86F38B7.7n/achrV 11,563,703C. elegans SRX-86 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
11C29H12.5C29H12.5n/achrII 6,111,947contains similarity to Pfam domain PF00385 'chromo' (CHRromatin Organisation MOdifier) domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR000953 (Chromo domain), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR016197 (Chromo domain-like)
12dcr-1K12H4.8n/achrIII 8,076,021The dcr-1 gene encodes a bidentate ribonuclease that is homologous to E. coli RNAse III; dcr-1 is required both for RNA interference and for synthesis of small developmental RNAs; DCR-1 interacts in vivo with RDE-4, a double-stranded RNA (dsRNA) binding protein required for RNAi that interacts with trigger dsRNAs and may function to deliver dsRNAs to DCR-1 for endonucleolytic processing.
13tag-340F26F4.4n/achrIII 4,901,822C. elegans TAG-340 protein; contains similarity to Pfam domain PF01852 START domain contains similarity to Interpro domains IPR000799 (Steroidogenic acute regulatory protein), IPR002913 (Lipid-binding START)
14T03F6.4T03F6.4n/achrIII 13,387,131contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
15C50C3.1C50C3.1n/achrIII 8,192,662contains similarity to Pfam domain PF00642 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) contains similarity to Interpro domain IPR000571 (Zinc finger, CCCH-type)
16R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
17cyp-35B3K07C6.2n/achrV 3,946,183C. elegans CYP-35B3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
18msp-152ZK546.6n/achrII 4,933,207msp-152 encodes a protein that belongs to a family of proteins called the Major Sperm Proteins (MSPs) that is conserved in nematodes; this family consists of closely related, small, basic proteins that make up 15% of sperm protein; this multigene family consists of over fifty genes, including many pseudogenes; MSPs are involved in both extracellular signaling and cytoskeletal functions during reproduction-MSP antagonizes Eph/ephrin signaling, in part, by binding VAB-1 Eph receptor tyrosine kinase on oocytes and sheath cells to promote oocyte maturation and MAPK activation; MSPs assemble into fibrous networks that drive movement of the C. elegans sperm; msp genes are expressed only in late primary spermatocytes.
19F59A2.6F59A2.6n/achrIII 3,420,133contains similarity to Pfam domains PF02524 (KID repeat) , PF01465 (GRIP domain) contains similarity to Interpro domains IPR004089 (Chemotaxis methyl-accepting receptor, signalling), IPR000533 (Tropomyosin), IPR009053 (Prefoldin), IPR000237 (GRIP)
20dct-12Y57A10C.7n/achrII 12,431,464C. elegans DCT-12 protein ;
21B0564.7B0564.7n/achrIV 13,102,647contains similarity to Aedes aegypti Cell cycle progression.; TR:Q16U20
22F31E9.3F31E9.3n/achrV 17,323,648This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
23F57G4.9F57G4.9n/achrV 17,644,291contains similarity to Xenopus laevis Putative uncharacterized protein.; TR:Q08AY0
24pme-2E02H1.4n/achrII 9,594,003pme-2 encodes a poly(ADP-ribose) polymerase (PARP) orthologous to human PARP2 (OMIM:607725); PME-2 has a predicted C-terminal catalytic domain; PME-2 has PARP activity in vitro, which is blocked by mammalian PARP inhibitors; since these inhibitors also cause embryonic lethality in worms exposed to ionizing radiation, PME-1 is likely to be required in vivo for repairing broken DNA.
25C43D7.7C43D7.7n/achrV 19,319,210contains similarity to Dictyostelium discoideum Filament-interacting protein.; TR:Q967Y0
26F35E8.6F35E8.6n/achrV 15,912,576contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
27srh-27W05H5.4n/achrII 12,449,129C. elegans SRH-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
28C05C9.2C05C9.2n/achrX 11,155,280contains similarity to White spot syndrome virus WSSV326.; TR:Q8QTD0
29C32D5.3C32D5.3n/achrII 6,319,574C32D5.3 encodes an ortholog of ROLLING BLACKOUT (RBO; also called CMP44E or STAMPHA), a eukaryotic protein required for sustained phospholipase C activity during Drosophila phototransduction; RBO homologs have two predicted transmembrane helices, are significantly similar to several acylglycerol lipases, and share motifs characteristic of carboxyesterases and lipases.
30morc-1ZC155.3n/achrIII 5,205,271C. elegans MORC-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR003594 (ATP-binding region, ATPase-like)
31C45G9.1C45G9.1n/achrIII 5,075,294contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core)
32F38A1.9F38A1.9n/achrIV 1,244,866
33F43H9.3F43H9.3n/achrV 8,024,072contains similarity to Homo sapiens PAP associated domain containing 4; ENSEMBL:ENSP00000296783
34F13E9.1F13E9.1n/achrIV 10,868,951contains similarity to Pfam domains PF00560 (Leucine Rich Repeat) (4), PF00787 (PX domain) contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR001683 (Phox-like), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
35srh-220F47C12.5n/achrIV 3,977,216C. elegans SRH-220 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
36ZK1037.6ZK1037.6n/achrV 15,326,789contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR003366 (CUB-like region)
37lite-1C14F11.3n/achrX 6,228,375C. elegans LITE-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF08395 7tm Chemosensory receptor contains similarity to Interpro domains IPR009318 (Trehalose receptor), IPR013604 (7TM chemoreceptor)
383R5.13R5.1n/achrIII 13,780,560contains similarity to Mus musculus Paired amphipathic helix protein Sin3a.; SW:SN3A_MOUSE
39F44E7.3F44E7.3n/achrV 5,772,314
40R09D1.10R09D1.10n/achrII 9,465,285contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
41pdr-1K08E3.7n/achrIII 13,772,270pdr-1 encodes an ortholog of human parkin (PARK2; OMIM:602544), which when mutated leads to the juvenile 2 form of Parkinson disease (OMIM:600116).
42srx-8C14C6.9n/achrV 555,265C. elegans SRX-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
43sre-50C50E10.11n/achrII 12,304,243C. elegans SRE-50 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
44T10F2.2T10F2.2n/achrIII 5,164,574T10F2.2 is orthologous to the human gene SOLUTE CARRIER FAMILY 25 (MITOCHONDRIAL CARRIER; ORNITHINE TRANSPORTER) MEMBER 15 (SLC25A15; OMIM:603861), which when mutated leads to disease.
45tag-290F35B12.6n/achrV 11,614,053C. elegans TAG-290 protein; contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
46ced-5C02F4.1n/achrIV 10,488,503The ced-5 gene a homolog of the human protein DOCK180 that is required for the cell engulfment stage of programmed cell death.
47dhs-30T25G12.7n/achrX 17,233,193dhs-30 encodes a member of the short-chain dehydrogenases/reductases family (SDR) homologous to HSD, which when mutated leads to cortisol 11-beta ketoreductase deficiency (OMIM:218030).
48his-69E03A3.3n/achrIII 4,058,523his-69 encodes a truncated H3 histone.
49F55A11.7F55A11.7n/achrV 11,785,988contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
50srd-59E04F6.1n/achrII 7,206,230C. elegans SRD-59 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)