UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1cogc-8R02D3.20chrIV 242,340cogc-8 encodes an ortholog of mammalian COG-8, a subunit of lobe B of the conserved oligomeric Golgi complex (COGC); COGC-8 is weakly required for normal gonadal distal tip cell migration, a process that also requires seven other orthologs of COGC subunits; like other lobe B subunits in both C. elegans and S. cerevisiae, COGC-8 is only partially required for normal function, while lobe A subunits are strongly required in either worms or yeast.
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3ZK180.4ZK180.4n/achrIV 4,512,601contains similarity to Pfam domains PF00025 (ADP-ribosylation factor family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR006687 (GTP-binding protein SAR1), IPR013684 (Miro-like), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR006688 (ADP-ribosylation factor), IPR006689 (ARF/SAR superfamily)
4ctg-2T13H5.2n/achrII 8,515,897C. elegans CTG-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001071 (Cellular retinaldehyde binding/alpha-tocopherol transport), IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR009038 (GOLD), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
5T07A9.10T07A9.10n/achrIV 391,835contains similarity to Pfam domain PF00995 Sec1 family contains similarity to Interpro domain IPR001619 (Sec1-like protein)
6gly-3ZK688.8n/achrIII 7,916,183gly-3 encodes an N-acetylgalactosaminyltransferase that is functional in vitro.
7C06B8.7C06B8.7n/achrV 15,505,052contains similarity to Pfam domain PF00530 Scavenger receptor cysteine-rich domain contains similarity to Interpro domains IPR002160 (Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume), IPR001190 (Speract/scavenger receptor), IPR011050 (Pectin lyase fold/virulence factor), IPR006626 (Parallel beta-helix repeat), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR017448 (Speract/scavenger receptor related)
8F15D4.5F15D4.5n/achrII 13,246,445contains similarity to Interpro domain IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
9vpr-1F33D11.11n/achrI 5,869,119C. elegans VPR-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein), IPR016763 (Vesicle-associated membrane protein)
10T19C3.2T19C3.2n/achrIII 616,074
11C14H10.1C14H10.1n/achrX 10,235,306contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
12mif-2C52E4.2n/achrV 11,977,505C. elegans MIF-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01187 Macrophage migration inhibitory factor (MIF) contains similarity to Interpro domains IPR014347 (Tautomerase), IPR001398 (Macrophage migration inhibitory factor)
13cul-1D2045.6n/achrIII 10,473,304cul-1 encodes a cullin, orthologous to Cdc53/Cul1 in S. cerevisiae and CUL-1 in humans (OMIM:603134), that is required both maternally and zygotically for developmentally programmed transitions from the G1 phase of the cell cycle to the GO phase or the apoptotic pathway, and that is probably also required for normally slow G1-to-S phase progression; CUL-1 physically interacts with eight Skp1-related proteins (SKR-1, -2, -3, -4, -7, -8, -9, and -10).
14C25H3.4C25H3.4n/achrII 5,692,793contains similarity to Pfam domains PF01472 (PUA domain) , PF01253 (Translation initiation factor SUI1) contains similarity to Interpro domains IPR004521 (Uncharacterized domain 2), IPR015947 (PUA-like), IPR001950 (Translation initiation factor SUI1), IPR002478 (PUA)
15F49H6.3F49H6.3n/achrV 17,015,023contains similarity to Pfam domain PF06653 Protein of unknown function (DUF1164) contains similarity to Interpro domain IPR009545 (Protein of unknown function DUF1164)
16cyp-34A5B0213.10n/achrV 3,956,709C. elegans CYP-34A5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
17K09E3.2K09E3.2n/achrX 17,117,739
18fzo-1ZK1248.14n/achrII 5,834,733C. elegans FZO-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF04799 fzo-like conserved region contains similarity to Interpro domains IPR006884 (Fzo-like conserved region), IPR001019 (Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit)
19oxi-1Y39A1C.2n/achrIII 10,862,495C. elegans OXI-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00632 HECT-domain (ubiquitin-transferase) contains similarity to Interpro domain IPR000569 (HECT)
20ubc-20F40G9.3n/achrIII 189,890C. elegans UBC-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF00179 Ubiquitin-conjugating enzyme contains similarity to Interpro domains IPR000608 (Ubiquitin-conjugating enzyme, E2), IPR009060 (UBA-like), IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like), IPR015940 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote)
21tap-1C44H4.5n/achrX 14,590,650C. elegans TAP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00481 Protein phosphatase 2C contains similarity to Interpro domains IPR001932 (Protein phosphatase 2C-related), IPR014045 (Protein phosphatase 2C, N-terminal), IPR015655 (Protein phosphatase 2C)
22nas-36C26C6.3n/achrI 7,529,499nas-36 encodes an astacin-like protease; nas-36 activity is required for molting; a nas-36::gfp reporter is expressed in hypodermal cells.
23T08D2.1T08D2.1n/achrX 162,831contains similarity to Pfam domain PF01105 emp24/gp25L/p24 family/GOLD contains similarity to Interpro domains IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR009038 (GOLD), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
24sec-8Y106G6H.7n/achrI 10,449,365The sec-8 gene encodes an ortholog of SEC8 in S. cerevisiae, a component of the exocyst complex required genetically for endocytosis, for normal cellular morphology in the intestine, and for growth at normal rates during development.
25tag-353F25D7.2n/achrI 10,401,993C. elegans TAG-353 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
26fli-1B0523.5n/achrIII 8,679,606fli-1 encodes a homolog of Drosophila flightless-I; can interact with human Ha-Ras and human actin in vitro; mRNA levels are highest in embryos.
27T20D4.4T20D4.4n/achrV 3,416,870contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
28pqn-38F44B9.7n/achrIII 8,026,555The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
29elo-3D2024.3n/achrIV 7,238,796The elo-3 gene encodes a paralog of elo-1 and elo-2, each of which encodes a polyunsaturated fatty acid (PUFA) elongase; ELO-3 may be required for normally rapid growth.
30lin-23K10B2.1n/achrII 6,372,870lin-23 encodes an F-box- and WD-repeat-containing protein orthologous to Saccharomyces cerevisiae MET30 and human beta TRCP (OMIM:603482), both components of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; LIN-23 negatively regulates postembryonic cell divsions in all tissue types, and specifically, has been shown to function cell autonomously in the vulva to negatively regulate cell cycle progression and allow for cell cycle exit; LIN-23 also functions cell autonomously in some neurons to regulate neurite outgrowth; LIN-23 expression is first detected broadly during gastrulation, with expression continuing postembryonically in body wall and enteric muscle, hypodermal cells, and many but not all neurons; LIN-23 localizes to the cytoplasm.
31C03B1.7C03B1.7n/achrX 6,343,858contains similarity to Sulfolobus tokodaii DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:Q96YR5
32C35A11.4C35A11.4n/achrV 5,391,300contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
33F26H9.5F26H9.5n/achrI 9,313,557contains similarity to Pfam domain PF00266 Aminotransferase class-V contains similarity to Interpro domains IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR000192 (Aminotransferase, class V/Cysteine desulphurase), IPR003248 (Phosphoserine aminotransferase), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
34syn-16ZC155.7n/achrIII 5,208,372C. elegans SYN-16 protein; contains similarity to Pfam domains PF00804 (Syntaxin) , PF05739 (SNARE domain) contains similarity to Interpro domains IPR010989 (t-SNARE), IPR006011 (Syntaxin, N-terminal), IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region)
35F59F4.3F59F4.3n/achrX 15,844,928contains similarity to Interpro domain IPR002038 (Osteopontin)
36cyp-14A4R04D3.1n/achrX 13,283,058C. elegans CYP-14A4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
37clec-26T20B3.12n/achrV 16,849,392C. elegans CLEC-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
38F49E8.1F49E8.1n/achrIV 7,557,976contains similarity to Pfam domain PF06218 Nitrogen permease regulator 2 contains similarity to Interpro domain IPR009348 (Nitrogen permease regulator 2)
39F33H2.6F33H2.6n/achrI 15,015,710contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
40vps-37CD4.4n/achrV 5,593,134C. elegans VPS-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF07200 Modifier of rudimentary (Mod(r)) protein contains similarity to Interpro domain IPR009851 (Modifier of rudimentary, Modr)
41exoc-7C43E11.8n/achrI 4,245,201C. elegans EXOC-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF03081 Exo70 exocyst complex subunit contains similarity to Interpro domain IPR004140 (Exo70 exocyst complex subunit)
42srh-177K02E2.3n/achrV 20,363,754C. elegans SRH-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
43cnx-1ZK632.6n/achrIII 9,815,658cnx-1 encodes the C. elegans ortholog of calnexin, a type I Ca2+-binding integral membrane protein of the endoplasmic reticulum (ER); CNX-1 binds calcium and is predicted to function as a molecular chaperone required for glycoprotein folding and maturation as well as regulation of intracellular calcium homeostasis; in C. elegans, cnx-1 activity is required at 25 degrees C for wild-type levels of fertility and normal embryonic and larval development; cnx-1 activity is also required for maintaining viability in response to ER stress; in addition, cnx-1(RNAi) can suppress necrotic-like cell death induced by hyperactivated MEC-4 and DEG-1 ion channels, suggesting that CNX-1 also plays a role in regulating necrotic cell death; CNX-1 expression is first detected ubiquitously in the early embryo, with expression then becoming restricted to embryonic head and tail regions; post-embryonic expression is seen in the excretory cell, head and tail neurons, spermatheca, intestine, germ cells, and spicules in the male tail; antibody staining of early embryos indicates that CNX-1 localizes to the endoplasmic reticulum; in regulating reproduction at 25 degrees C, cnx-1 functions redundantly with crt-1, which encodes calreticulin, an additional Ca2+-binding ER chaperone protein.
44C18B12.6C18B12.6n/achrX 15,005,608contains similarity to Pfam domain PF07970 Protein of unknown function (DUF1692) contains similarity to Interpro domain IPR012936 (Protein of unknown function DUF1692)
45F28A10.10F28A10.10n/achrII 831,531contains similarity to Pfam domain PF01467 Cytidylyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR004821 (Cytidyltransferase-related), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold), IPR004820 (Cytidylyltransferase)
46pqn-20C37A2.2n/achrI 6,794,248The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
47ncbp-1F37E3.1n/achrI 6,423,903F37E3.1 encodes a putative nuclear cap-binding complex subunit ('CBP80') orthologous to budding yeast STO1 and human NCBP1 (OMIM:600469); in RNAi assays, F37E3.1 is required for embryonic and vulval development, normal locomotion, and general viability; by orthology to NCBP1, F37E3.1 is expected to participate in nonsense-mediated mRNA decay via a pioneer round of translation; F37E3.1(RNAi) induces expression of a gpdh-1::GFP transgene, perhaps because F37E3.1 prevents protein misfolding.
48nduf-2.2T26A5.3n/achrIII 6,466,129T26A5.3 encodes a predicted mitochondrial protein whose mature sequence has near-identity (95%) to GAS-1; T26A5.3 transcription is detectable by RT-PCR, but not visible by promoter-GFP fusion; however, a transgene containing a fusion of the gas-1 promoter to the T26A5.3 protein-coding sequence is able to fully rescue gas-1 mutants, indicating that T26A5.3 encodes a fully functional mitochondrial 49 kDa subunit that may rescue gas-1(fc21) mutants from lethality; mutants homozygous for a T26A5.3 deletion have normal anesthetic sensitivity and normal sensitivity to oxygen (unlike gas-1 mutants) but a shortened lifespan at normal laboratory oxygen levels (20%); animals doubly mutant for gas-1 and T26A5.3 have maternal-effect lethality, but sterile surviving parents are abnormally long-lived (2.7 times longer than wild-type and 4.2 times longer than gas-1 mutants); double mutants remain hypersensitive to oxygen.
49F21H12.6F21H12.6n/achrII 6,095,139F21H12.6 encodes the C. elegans tripeptidyl peptidase II ortholog; loss of F21H12.6 activity via RNAi indicates that the product of F21H12.6 promotes fat formation; an F21H12.6::GFP reporter fusion is expressed in the intestine, the site of fat storage, and in a subset of nerve ring neurons.
50R08D7.7R08D7.7n/achrIII 8,993,437contains similarity to Pfam domains PF02782 (FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain) , PF00370 (FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domain IPR000577 (Carbohydrate kinase, FGGY)