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1col-77M195.13e-53chrII 8,358,753col-77 encodes a cuticular collagen; as loss of col-77 activity via RNAi screens results in no obvious defects, the precise role of col-77 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
2col-65K08C9.4n/achrI 11,489,885C. elegans COL-65 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
3col-154F55C10.20.000004chrV 11,385,847C. elegans COL-154 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
4col-157T11F9.9n/achrV 11,484,503C. elegans COL-157 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000381 (Inhibin, beta B subunit), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
5F29C4.6F29C4.6n/achrIV 120,551contains similarity to Pfam domain PF01171 PP-loop family contains similarity to Interpro domains IPR011063 (PP-loop), IPR012089 (PP-loop ATPase, YdaO-related), IPR000541 (Protein of unknown function UPF0021), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
6col-155F55C10.30.000009chrV 11,389,359C. elegans COL-155 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
7ptr-18Y38F1A.3n/achrII 12,972,260ptr-18 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-18 is strongly required for normal molting from L3 to adult stage (a role conserved in C. briggsae); PTR-18 is also required for male tail development and vulval morphogenesis, and (partly) for endocytosis of yolk by oocytes.
8F08F8.2F08F8.2n/achrIII 7,360,724contains similarity to Pfam domain PF00368 Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase contains similarity to Interpro domains IPR004554 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I, catalytic), IPR009029 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding), IPR002202 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic)
9col-126F54D1.2n/achrIV 11,263,837C. elegans COL-126 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000681 (Adrenergic receptor, beta 3), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
10col-133F52B11.40.0000005chrIV 14,098,828C. elegans COL-133 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
11ech-6T05G5.6n/achrIII 9,752,184C. elegans ECH-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00378 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family contains similarity to Interpro domains IPR014748 (Crontonase, C-terminal), IPR001753 (Crotonase, core)
12col-130F08G5.4n/achrIV 12,427,979C. elegans COL-130 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
13T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
14col-156F57B7.3n/achrV 11,449,767C. elegans COL-156 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
15col-49K09H9.3n/achrI 3,137,817col-49 encodes a cuticle collagen.
16dsc-4K02D7.4n/achrIV 317,817dsc-4 encodes the C. elegans ortholog of the large subunit of the microsomal triglyceride transfer protein; dsc-4 affects the length of the defecation cycle and genetically interacts with clk-1 with respect to defecation cycle length, and also with respect to the clk-1- dependent adjustment of defecation cycle length to temperature; a DSC-4::GFP fusion protein is expressed in the intestine beginning during embryonic elongation and continuing on through adulthood.
17col-58F26B1.4n/achrI 6,311,834C. elegans COL-58 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
18rec-8W02A2.6n/achrIV 13,351,138rec-8 encodes a meiosis-specific cohesin complex subunit orthologous to Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe Rec8p; REC-8 is essential for pairing of homologoues and sister chromatids during meiosis and thus for proper chromosome disjunction; in the germline, REC-8 associates with chromatin of transition zone nuclei, and co-localizes with SMC-1 along the longitudinal axes of synapsed chromosomes at pachytene and in a cruciform pattern at diakinesis; REC-8 localization to chromatin is dependent upon TIM-1, a HEAT/Armadillo repeat-containing protein related to Drosophila TIMELESS, and additionally, REC-8 and SCC-3 are mutually required for chromatin localization; REC-8 cleavage and degradation during meiosis I is dependent on the AIR-2 aurora-like kinase and during meiosis II on AIR-2 and the PLK-1 polo-like kinase.
19alh-9F01F1.6n/achrIII 5,858,031C. elegans ALH-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00171 Aldehyde dehydrogenase family contains similarity to Interpro domains IPR016163 (Aldehyde dehydrogenase, C-terminal), IPR016162 (Aldehyde dehydrogenase, N-terminal), IPR016161 (Aldehyde/histidinol dehydrogenase), IPR015590 (Aldehyde dehydrogenase), IPR016160 (Aldehyde dehydrogenase, conserved site)
20C35E7.1C35E7.1n/achrI 10,848,430
21col-150B0024.2n/achrV 10,294,098C. elegans COL-150 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
22nmy-1F52B10.1n/achrX 2,913,788nmy-1 encodes a class II non-muscle myosin heavy chain related to Drosophila zipper, which plays a role in several aspects of embryonic morphogenesis; in C. elegans, NMY-1 is required for embryonic elongation and establishment of normal body morphology; however, nmy-1 functions redundantly with another non-muscle myosin heavy chain gene, nmy-2, during elongation and establishment of normal body morphology; mutations in nmy-1 suppress the hypercontraction phenotype produced by mutations in mel-11, a myosin phosphatase that regulates actomyosin filament contraction; in addition, NMY-1 may partner with MLC-4, myosin light chain 4, during elongation; NMY-1 expression is detected during embryogenesis, particularly at the onset of elongation.
23sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
24W04G3.5W04G3.5n/achrX 11,074,823contains similarity to Pfam domain PF00156 Phosphoribosyl transferase domain contains similarity to Interpro domains IPR005946 (Phosphoribosyl pyrophosphokinase), IPR000836 (Phosphoribosyltransferase)
25col-38F54C9.4n/achrII 8,568,492col-38 encodes a member of the collagen superfamily containing collagen triple helix repeats (20 copies) required for normal body morphology.
26F13A2.5F13A2.5n/achrV 4,401,642
27C05G5.4C05G5.4n/achrX 14,755,163contains similarity to Pfam domains PF00549 (CoA-ligase) , PF02629 (CoA binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR005811 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase), IPR005810 (Succinyl-CoA ligase, alpha subunit), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR017440 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site), IPR003781 (CoA-binding), IPR016102 (Succinyl-CoA synthetase-like)
28bli-2F59E12.129e-25chrII 5,651,887A cuticle collagen involved in strut assembly in the adult cuticle.
29F48G7.5F48G7.5n/achrV 622,598contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
30fbxa-72F31F4.15n/achrV 675,834C. elegans FBXA-72 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
31col-125C29F4.10.0000004chrIV 11,225,985C. elegans COL-125 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
32col-161C50B6.4n/achrV 13,317,524C. elegans COL-161 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR003979 (Tropoelastin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
33lbp-7T22G5.2n/achrV 13,879,814lbp-7 encodes a predicted intracellular fatty acid binding protein (iFABP) that is most similar to the vertebrate muscle and heart FABPs; by homology, LBP-7 is predicted to function as an intracellular transporter for small hydrophobic molecules such as lipids and steroid hormones; as loss of lbp-7 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of LBP-7 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
34F49F1.5F49F1.5n/achrIV 4,119,922contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
35C16A11.3C16A11.3n/achrII 4,231,931contains similarity to Pfam domains PF04435 (Domain of unknown function (DUF545)) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00628 (PHD-finger) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR006570 (SPK), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
36ugt-46B0310.5n/achrX 528,055C. elegans UGT-46 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
37F47B10.1F47B10.1n/achrX 10,898,993contains similarity to Pfam domains PF08442 (ATP-grasp domain) , PF00549 (CoA-ligase) contains similarity to Interpro domains IPR013650 (ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type), IPR005811 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase), IPR005809 (Succinyl-CoA synthetase, beta subunit), IPR013815 (ATP-grasp fold, subdomain 1), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR016102 (Succinyl-CoA synthetase-like)
38ZK662.2ZK662.2n/achrX 15,697,316contains similarity to Homo sapiens Metallothionein-IL; ENSEMBL:ENSP00000290704
39tba-4F44F4.11n/achrII 10,919,367tba-4 encodes a member of the alpha tubulin family that also includes tba-1, tba-2, and tba-3, and affects embryonic viability.
40folt-2F37B4.7n/achrV 2,874,024folt-2 encodes a putative folate transporter; FOLT-2 is orthologous to human SLC19A1 (OMIM:600424), SLC19A2 (OMIM:603941, mutated in thiamine-responsive megaloblastic anemia syndrome), and SLC19A3 (OMIM:606152, mutated in biotin-responsive basal ganglia disease); heterologously expressed FOLT-2 does not significantly transport folate; FOLT-2 has no obvious function in mass RNAi assays, perhaps because of genetic redundancy with its paralogs FOLT-1 and FOLT-3.
41ZK1307.8ZK1307.8n/achrII 9,625,448contains similarity to Pfam domains PF07915 (Glucosidase II beta subunit-like protein) , PF00036 (EF hand) contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR001907 (Peptidase S14, ClpP), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR009011 (Mannose-6-phosphate receptor, binding), IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence), IPR012913 (Glucosidase II beta subunit-like)
42col-175C35B8.1n/achrX 9,234,064C. elegans COL-175 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
43col-91F09G8.6n/achrIII 8,262,929col-91 encodes a cuticle collagen; loss of col-91 via large-scale RNAi results in no obvious defects.
44col-79C09G5.3n/achrII 10,703,993C. elegans COL-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
45F48G7.8F48G7.8n/achrV 627,379contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
46col-104F58F6.1n/achrIV 1,354,497C. elegans COL-104 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001150 (Formate C-acetyltransferase glycine radical), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
47ugt-47R04B5.9n/achrV 10,097,423C. elegans UGT-47 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
48dao-4ZC373.6n/achrX 10,075,753dao-4 encodes a novel protein, conserved amongst nematodes; dao-4 transcripts are expressed at higher levels in wild-type adult animals than in daf-2 mutant adults at 25C, suggesting that dao-4 expression is positively regulated by DAF-2/insulin-like receptor signaling; reduced dao-4 expression in daf-2 mutants is dependent upon DAF-16.
49nas-7C07D10.4n/achrII 7,401,654nas-7 encodes an astacin-like metalloprotease; a NAS-7::GFP reporter fusion is first expressed in embryos just prior to hatching and, in adult animals, is seen in anterior cells adjacent to the pharyngeal metacarpus and terminal bulb.
50K11D12.5K11D12.5n/achrV 5,030,085contains similarity to Pfam domain PF03083 MtN3/saliva family contains similarity to Interpro domains IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB), IPR004316 (MtN3 and saliva related transmembrane protein)