UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1gfl-1M04B2.32.9999999999999995e-122chrIV 11,521,685gfl-1 encodes an ortholog of human GLIOMA-AMPLIFIED SEQUENCE-41 (GAS41; OMIM:602116, found in increased copy number in low-grade glioma); loss of GLF-1, which is predicted to associate with chromatin, results in potent suppression of the RNA interference (RNAi) mechanism; GLF-1 is also similar to the transcription factors (yeast and human) AF-9 and human ENL, and thus may represent a novel class of transcription factors.
2sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
3skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
4C18E3.2C18E3.2n/achrI 4,211,756The C18E3.2 gene encodes a homolog of Swp73/BAF60, a component of the SWI/SNF complex that is conserved from yeast to mammals and that is involved in chromatin remodeling; C18E3.2 is probably required during mitosis of the T cells for asymmetric cell division.
5ubl-5F46F11.4n/achrI 5,608,335This gene encodes an ortholog of the human ubiquitin-like gene UBL5, which is a distinct cytoplasmic paralog of nuclear ubiquitin or ubiquitin-like proteins; ubl-5 shares an operon with vha-10, and thus might be a previously undescribed V-ATPase component or ancillary protein.
6F29A7.6F29A7.6n/achrII 2,752,187contains similarity to Mus musculus M-phase phosphoprotein 6.; SW:Q9D1Q1
7hmg-4T20B12.8n/achrIII 7,380,295hmg-4 encodes a protein with strong similarity to the highly conserved high mobility group protein SSRP1 (structure-specific DNA recognition protein); by homology, HMG-4 is predicted to be a member of the FACT (facilitates chromatin transcription) complex that functions as a transcription elongation factor; RNAi experiments indicate that hmg-4 is required for locomotion and larval development, and required redundantly with hmg-3, its paralog, for embryonic development.
8ncbp-2F26A3.2n/achrI 7,642,924ncbp-2 encodes the C. elegans ortholog of the CBP20 subunit of the nuclear cap binding complex; by homology, NCBP-2 is predicted to play a role in mRNA decay; loss of ncbp-2 activity via RNAi indicates that this gene is essential for embryonic and larval development and in addition, plays a role in reproduction and vulval morphogenesis; staining of C. elegans embryos with an antibody to human CBP20 suggests that NCBP-2 localizes predominantly to the nuclear envelope.
9lin-46R186.4n/achrV 12,969,772lin-46 encodes one of two C. elegans paralogs of bacterial MoeA proteins and mammalian gephyrins (E domain, only); LIN-46 is predicted to function as a scaffolding protein for a developmental timing complex, and may also play a role in molybdenum cofactor biosynthesis; identified in screens for suppressors of precocious heterochronic mutations in lin-14 and lin-28, lin-46 is required for stage-specific developmental events at the third larval and adult stages of development; as a component of the heterochronic pathway, lin-46 appears to act immediately downstream of lin-28, which encodes a predicted RNA binding protein required for cell fate specification at the L2 stage; a LIN-46:GFP fusion protein is detected in the cytoplasm and non-nucleolar part of the nucleus of ventral and lateral hypodermal cells around the time of the larval molts; in addition, the LIN-46 fusion protein is detected in cell bodies and axons of the AVBL/R motor interneurons.
10T25E12.6T25E12.6n/achrV 16,743,622contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
11lsm-4F32A5.7n/achrII 7,252,636C. elegans LSM-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01423 LSM domain contains similarity to Interpro domains IPR001163 (Like-Sm ribonucleoprotein, core), IPR006649 (Like-Sm ribonucleoprotein, eukaryotic and archaea-type, core), IPR010920 (Like-Sm ribonucleoprotein-related, core)
12K03B8.4K03B8.4n/achrV 11,394,932contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 3; ENSEMBL:ENSP00000349254
13T13H5.5T13H5.5n/achrII 8,526,169contains similarity to Interpro domain IPR001648 (Ribosomal protein S18)
14T24G10.2T24G10.2n/achrIII 5,441,718contains similarity to Pfam domain PF02201 SWIB/MDM2 domain contains similarity to Interpro domain IPR003121 (SWIB/MDM2)
15lsm-1F40F8.9n/achrII 11,127,155C. elegans LSM-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01423 LSM domain contains similarity to Interpro domains IPR001163 (Like-Sm ribonucleoprotein, core), IPR006649 (Like-Sm ribonucleoprotein, eukaryotic and archaea-type, core), IPR010920 (Like-Sm ribonucleoprotein-related, core)
16dpl-1T23G7.1n/achrII 9,171,156dpl-1 encodes the C. elegans ortholog of mammalian DP, the E2F-heterodimerization partner; dpl-1 is a class B synMuv gene whose activity is required for oogenesis as well as embryonic asymmetry and vulval development; in addition, dpl-1 acts with a subset of class B synMuv genes and the MCD-1 zinc-finger protein to promote the killing process during programmed cell death; DPL-1 is a nuclear protein that is widely expressed throughout development in both somatic and germ cell lineages.
17ZK1236.5ZK1236.5n/achrIII 8,431,825ZK1236.5 encodes a protein with no obvious non-nematode homologs; either ZK1236.9, or ZK1236.5, or both proteins weakly inhibit DHC-1 in vivo; likewise, either ZK1236.5, or ZK1236.9, or both proteins are required in mass RNAi assays for normal osmoregulation and normally rapid growth.
18C41H7.3C41H7.3n/achrII 3,006,666contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
19Y76G2A.1Y76G2A.1n/achrI 5,979,820
20K08D10.1K08D10.1n/achrIV 4,182,875contains similarity to Pfam domain PF06918 Protein of unknown function (DUF1280) contains similarity to Interpro domain IPR009689 (Protein of unknown function DUF1280)
21unc-71Y37D8A.13n/achrIII 12,886,268unc-71 encodes an ADAM, a disintegrin and metalloprotease-containing transmembrane protein that is a member of the metzincin superfamily of proteases; UNC-71 is required non-cell autonomously for motor axon guidance and sex myoblast migration; UNC-71 does not appear to have an active metalloprotease domain, but functions with UNC-6/netrin and integrins INA-1/PAT-3 to provide guidance cues during axonal migration; UNC-71 is expressed in a restricted pattern in the excretory and excretory gland cells, some head neurons, the sphincter muscles, and hypodermal cells surrounding the vulva.
22rpb-8F26F4.11n/achrIII 4,917,583C. elegans RPB-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF03870 RNA polymerase Rpb8 contains similarity to Interpro domains IPR005570 (RNA polymerase, Rpb8), IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold)
23T07F8.4T07F8.4n/achrII 7,131,218contains similarity to Pfam domain PF01448 ELM2 domain contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR000949 (ELM2)
24snr-6Y49E10.15n/achrIII 12,429,334snr-6 encodes the C. elegans ortholog of the small nuclear ribonucleoprotein E, one of seven subunits of the heptameric Sm complex required for the biogenesis and function of snRNPs that catalyze mRNA splicing; in addition to its predicted role in pre-mRNA processing, SNR-6 activity is essential for embryogenesis and is required for several aspects of germ cell specification including cell division patterns, localization and subcellular distribution of P granules, maintenance of transcriptional quiescence, and expression of the germ lineage-specific proteins PIE-1, GLD-1, and NOS-2; snr-6 is also required for wild-type levels of fertility; immunostaining of adults and embryos using antibodies raised against mammalian Sm proteins suggests that SNR-6 localizes to the nucleus and cytoplasm in many cell types, as well as to P granules in germ cells and their embryonic precursors.
25ZK858.7ZK858.7n/achrI 9,143,169contains similarity to Pfam domain PF04189 Gcd10p family contains similarity to Interpro domains IPR007316 (Eukaryotic initiation factor 3, gamma subunit), IPR017423 (tRNA (adenine-N(1)-)-methyltransferase, non-catalytic TRM6 subunit)
26T14B4.3T14B4.3n/achrII 6,735,442contains similarity to Interpro domain IPR012493 (Renin receptor-like)
27C14A4.3C14A4.3n/achrII 10,586,058contains similarity to Pfam domain PF03901 Alg9-like mannosyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR005599 (Alg9-like mannosyltransferase)
28ZK1010.3ZK1010.3n/achrIII 12,979,542contains similarity to Pfam domain PF06229 FRG1-like family contains similarity to Interpro domains IPR010414 (FRG1-like), IPR008999 (Actin-crosslinking proteins)
29F29B9.5F29B9.5n/achrIV 4,652,758contains similarity to Pfam domains PF00085 (Thioredoxin) , PF00578 (AhpC/TSA family) contains similarity to Interpro domains IPR011594 (Thioredoxin-like), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR000866 (Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related)
30F47G3.3F47G3.3n/achrX 2,377,319
31R04A9.2R04A9.2n/achrX 374,567contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
32K08F11.2K08F11.2n/achrIV 4,718,190contains similarity to Pfam domain PF06918 Protein of unknown function (DUF1280) contains similarity to Interpro domain IPR009689 (Protein of unknown function DUF1280)
33C05C8.2C05C8.2n/achrV 7,231,951contains similarity to Interpro domain IPR004087 (K Homology)
34C01G6.3C01G6.3n/achrII 9,270,502contains similarity to Pichia etchellsii Hypothetical protein.; TR:Q9HFH3
35W04B5.5W04B5.5n/achrIII 2,414,713The W04B5.5 gene encodes a phospholipid-independent AKT/PKB kinase.
36K04G7.1K04G7.1n/achrIII 7,163,752
37T24C4.7T24C4.7n/achrIII 893,471contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
38sna-1W02F12.6n/achrV 6,710,071sna-1 encodes an snRNP-binding protein (SNA-1/SL21p) orthologous to Ascaris SL30p (SL 30kd) and Brugia 13258.m00169, and paralogous to Brugia 14704.m00455; SNA-1 is found in the Sm snRNP SL1, but not in SL2; in snRNP SL1, SNA-1 associates with the SNA-2/SL75p protein, while being replaced by SUT-1/SL26p (a paralog of SNA-1) in snRNP Y; sna-1(RNAi) animals, like sut-1(bk79) mutants, have cold-sensitive sterility, whereas sna-1(RNAi) combined with sut-1(bk79) is synthetically lethal; double sna-1(RNAi) sut-1(RNAi) is lethal; these RNAi data indicate that SNA-1 and SUT-1 are partially redundant, and suggest that snRNP Y (like snRNP SL1) may participate in trans-splicing; SNA-1 can bind SNA-2 even in the absence of RNA.
39npp-18Y43F4B.4n/achrIII 13,297,775C. elegans NPP-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
40div-1R01H10.1n/achrIII 10,246,876div-1 encodes a homolog of the B subunit of the DNA polymerase alpha-primase complex; DIV-1 is required in embryos for the normal timing of interphase in cell divisions, and for the asymmetric distribution of PIE-1 and P granules.
41R05G6.4R05G6.4n/achrIV 7,513,829contains similarity to Interpro domains IPR003613 (U box), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR016818 (Nitric oxide synthase-interacting)
42nhr-59T27B7.1n/achrV 2,277,137C. elegans NHR-59 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
43B0035.11B0035.11n/achrIV 11,328,468contains similarity to Pfam domain PF04004 Leo1-like protein contains similarity to Interpro domain IPR007149 (Leo1-like protein)
44K07F5.14K07F5.14n/achrIV 9,863,121contains similarity to Danio rerio Novel protein.; TR:Q1LV47
45F08B4.5F08B4.5n/achrIV 8,684,532contains similarity to Pfam domain PF04042 DNA polymerase alpha/epsilon subunit B contains similarity to Interpro domains IPR016266 (DNA polymerase epsilon, subunit B), IPR007185 (DNA polymerase alpha/epsilon, subunit B)
46Y106G6H.9Y106G6H.9n/achrI 10,455,014This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
47srbc-67T24A6.10n/achrV 3,539,627C. elegans SRBC-67 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
48tag-125C14B1.4n/achrIII 3,706,004tag-125/C14B1.4 encodes an ortholog of the histone methyltransferase subunit WDR5 (OMIM:609012) that antagonizes SynMuv transcriptional repressors.
49F31C3.4F31C3.4n/achrI 15,051,595contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
50ZK686.4ZK686.4n/achrIII 7,769,518contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)