UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1M03F8.1M03F8.10chrV 5,952,583
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3ZK899.2ZK899.2n/achrX 9,451,048contains similarity to Aedes aegypti Putative uncharacterized protein.; TR:Q16QQ2
4C29F5.1C29F5.1n/achrII 6,304,849
5cyp-33A1C12D5.7n/achrV 7,680,386C. elegans CYP-33A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
6T07C12.9T07C12.9n/achrV 9,957,579contains similarity to Pfam domain PF01234 NNMT/PNMT/TEMT family contains similarity to Interpro domain IPR000940 (Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT)
7mel-28C38D4.3n/achrIII 4,789,199mel-28 encodes a large (1,784-residue) protein required for nuclear envelope assembly; MEL-28 is highly divergent from, but orthologous to human AT-hook-containing transcription factor 1 (AHCTF1); MEL-28 is found in nuclear pore complexes (NPCs) during interphase, kinetochores early in mitosis, and chromatin later in mitosis; mel-28 mutants were first identified in a screen for genes involved in cell division in the early embryo; mel-28 mutants or mel-28(RNAi) animals have no (or poorly visible) pronuclei and nuclear morphology generally, along with a weak mitotic spindle, aberrant chromatin segregation, and abnormally distributed nuclear envelope (NE) proteins and NPCs; MEL-28 is needed for normal localization of LMN-1 and EMR-1, and appears to be a stable structural component of the NE; maternal MEL-28 is needed for embryonic development.
8B0416.1B0416.1n/achrX 9,307,010contains similarity to Pfam domain PF07810 TMC domain contains similarity to Interpro domain IPR012496 (TMC)
9T01E8.5T01E8.5n/achrII 10,245,041contains similarity to Pfam domain PF08424 Protein of unknown function (DUF1740) contains similarity to Interpro domain IPR013633 (Protein of unknown function DUF1740)
10pqn-5C03A7.4n/achrV 5,159,245The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
11B0393.5B0393.5n/achrIII 4,772,641contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (2), PF07645 (Calcium binding EGF domain) (6), PF06119 (Nidogen-like) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003886 (Nidogen, extracellular region), IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR013091 (EGF calcium-binding), IPR006210 (EGF)
12K09E10.2K09E10.2n/achrIV 12,309,919contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
13wrt-6ZK377.1n/achrX 3,481,938wrt-6 encodes a hedgehog-like protein, with (from N- to C-terminus) a signal sequence, a Wart domain, an short region of low-complexity sequence, and a Hint/Hog domain; WRT-6 is expressed in sheath and socket cells of anterior sensilla, seam cells, and hypodermis; the Hint/Hog domain is predicted to cut WRT-6 into two halves and then covalently link cholesterol to the C-terminus of the Wart domain; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-6 is weakly required for normal molting; WRT-6 is also required for normal growth to full size and locomotion; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
14col-68C50D2.4n/achrII 105,181C. elegans COL-68 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
15col-79C09G5.3n/achrII 10,703,993C. elegans COL-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
16F47F6.3F47F6.3n/achrII 1,264,985contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
17T05B4.12T05B4.12n/achrV 4,124,080contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
18T20B3.1T20B3.1n/achrV 16,818,064contains similarity to Pfam domain PF00755 Choline/Carnitine o-acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR000542 (Acyltransferase ChoActase/COT/CPT)
19K07H8.3K07H8.3n/achrIV 8,290,863contains similarity to Pfam domain PF00583 Acetyltransferase (GNAT) family contains similarity to Interpro domains IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
20T06E4.9T06E4.9n/achrV 9,620,523contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
21C28H8.4C28H8.4n/achrIII 5,907,687contains similarity to Pfam domain PF00810 ER lumen protein retaining receptor contains similarity to Interpro domain IPR000133 (ER lumen protein retaining receptor)
22ost-1C44B12.2n/achrIV 1,109,128ost-1 encodes the C. elegans ortholog of the conserved basement membrane glycoprotein component osteonectin/SPARC/BM-40; loss of ost-1 function via RNAi indicates that ost-1 activity is required for embryonic and larval development, as well as for normal gut development, body size, and fecundity; an OST-1::GFP reporter fusion protein localizes to the basement membranes along body wall and sex muscles, as well as around the pharynx and gonad, with particular concentration at the spermatheca and distal tip cells.
23srg-6T12A2.13n/achrIII 6,265,179C. elegans SRG-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003919 (Cellulose synthase, subunit A), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
24dhs-7E04F6.7n/achrII 7,207,642dhs-7 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
25Y59C2A.3Y59C2A.3n/achrII 2,217,700contains similarity to Tetrahymena thermophila SB210 Putative uncharacterized protein.; TR:Q22WK5
26col-69K01A2.7n/achrII 304,726C. elegans COL-69 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
27his-7F45F2.4n/achrV 8,533,548his-7 encodes an H2A histone.
28T26E3.7T26E3.7n/achrI 12,655,698contains similarity to Pfam domain PF00006 ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain contains similarity to Interpro domain IPR000194 (ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding)
29pqn-95ZK1067.7n/achrII 9,226,126The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
30Y69E1A.5Y69E1A.5n/achrIV 10,957,242contains similarity to Pfam domain PF01161 Phosphatidylethanolamine-binding protein contains similarity to Interpro domain IPR008914 (Phosphatidylethanolamine-binding protein PEBP)
31gst-14F37B1.3n/achrII 13,615,382C. elegans GST-14 protein; contains similarity to Pfam domains PF00043 (Glutathione S-transferase, C-terminal domain) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
32fkb-4ZC455.10n/achrV 12,786,120fkb-4 encodes a peptidylprolyl cis/trans isomerase homologous to mammalian FK506 immunosuppressant-binding protein 9; FKB-4 expression is positively regulated by signaling through the DAF-2 insulin receptor-like pathway and in part, through the activity of the DAF-16 fork-head transcription factor suggesting that FKB-4 could play a role in metabolism and longevity; as loss of FKB-4 function via RNA-mediated interference does not result in any abnormalities, the precise role of FKB-4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; FKB-4 contains a predicted endoplasmic reticulum (ER) retention sequence and is thus proposed to localize to the ER.
33W06A7.2W06A7.2n/achrV 14,822,585contains similarity to Salmonella typhi;Salmonella typhimurium Hypothetical protein (Putative inner membrane protein).; TR:Q8XEW6
34col-113C34D4.15n/achrIV 7,151,565C. elegans COL-113 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR009143 (Wnt-6 protein), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
35set-15R11E3.4n/achrIV 4,777,653set-15 encodes a SET domain-containing protein required for normally short lifespan; SET-15 has no non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-6, SET-13, SET-19, SET-20, SET-21, and SET-32); other than extending lifespan, set-15(RNAi) has no obvious phenotype.
36R08C7.5R08C7.5n/achrIV 4,431,281contains similarity to Pfam domain PF03941 Inner centromere protein, ARK binding region contains similarity to Interpro domains IPR005819 (Histone H5), IPR005635 (Inner centromere protein, ARK binding region)
37C06G1.2C06G1.2n/achrX 16,622,192contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG31439-PA;; FLYBASE:CG31439
38R06A4.8R06A4.8n/achrII 14,354,036R06A4.8 is orthologous to the human gene GLYCOGEN DEBRANCHING ENZYME ISOFORM 6 (AGL; OMIM:232400), which when mutated leads to glycogen storage disease, type III.
39W09C5.8W09C5.8n/achrI 13,658,783contains similarity to Pfam domain PF02936 Cytochrome c oxidase subunit IV contains similarity to Interpro domains IPR013288 (Cytochrome c oxidase subunit 4), IPR004203 (Cytochrome c oxidase subunit IV)
40F10D11.6F10D11.6n/achrI 8,448,214contains similarity to Pfam domains PF02886 (LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain) , PF01273 (LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
41ptr-1C24B5.3n/achrV 9,179,855ptr-1 encodes an ortholog of Drosophila and human PTCHD3, which defines one of seven paralogous families of sterol sensing domain (SSD) proteins; individually, PTR-1 is weakly required for normal molting from L4 to adult stages; however, PTR-1, in conjunction with either PTR-16 alone or with PTR-6 and PTR-10, is strongly required for both molting and viability, with double ptr-1/-16 or triple ptr-1/-6/-10 RNAi animals showing pronounced molting defects and lethality; PTR-1 is also required for normal adult alae formation, growth to full size, locomotion, and male tail development.
42gex-2F56A11.1n/achrIV 578,227The gex-2 gene encodes a homolog of p140/Sra-1, a mammalian protein ligand of the small GTPase Rac1; gex-2 is required for tissue morphogenesis and cell migrations.
43F13E6.1F13E6.1n/achrX 10,676,336contains similarity to Pfam domain PF04201 Tumour protein D52 family contains similarity to Interpro domain IPR007327 (Tumor protein D52)
44Y47D3B.6Y47D3B.6n/achrIII 11,427,622contains similarity to Pfam domain PF01683 EB module contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR000480 (Glutelin), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
45grd-12F02D8.2n/achrV 14,979,221grd-12 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity proline-rich domain, and a C-terminal Ground domain; GRD-12 is expressed in intestine, rectal epithelium, undefined head and tail cells, vulva, and hypodermis; the Ground domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; GRD-12 is required for normal growth to full size, locomotion, and vulval morphogenesis; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
46T04F3.1T04F3.1n/achrV 11,747,105contains similarity to Pfam domain PF00155 Aminotransferase class I and II contains similarity to Interpro domains IPR001176 (1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR004839 (Aminotransferase, class I and II), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
47Y54E5A.1Y54E5A.1n/achrI 14,690,180contains similarity to Pfam domains PF00487 (Fatty acid desaturase) , PF08557 (Sphingolipid Delta4-desaturase (DES)) contains similarity to Interpro domains IPR013866 (Sphingolipid delta4-desaturase, N-terminal), IPR010257 (Fatty acid desaturase, type 1, N-terminal), IPR011388 (Sphingolipid delta4-desaturase), IPR005804 (Fatty acid desaturase, type 1)
48T06E4.8T06E4.8n/achrV 9,622,529contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
49dre-1K04A8.6n/achrV 6,535,821dre-1 encodes an ortholog of human FBXO11/PRMT9 (OMIM:607871, associated with vitiligo and otitis media) that is required, in conjunction with DAF-12 and its partners, for global developmental timing of the transistion from larval to adult cell fates; DRE-1 has an N-terminal F-box domain, three central tandem C-terminal CASH domains, and a C-terminal zinc finger; hypomorphic dre-1 mutations are synthetically heterochronic with loss-of-function daf-12 alleles, inducing defective distal tip cell migration and precocious fusion of seam cells; five different hypomorphic dre-1 alleles alter conserved glycine residues in the CASH domain region, whereas the null dre-1(hd60) allele is lethal at the three-fold embryo stage; DRE-1 is expressed in many tissues, including epidermal and distal tip cells, and localizes to both nucleus and cytoplasm; strong loss-of-function of dre-1 (the dh99 mutant fed RNAi) induces defects at all four molts; dre-1 also has synthetic phenotypes with daf-9(k182), daf-36(k114), and lin-29(n546); dre-1-like enhancement of daf-12 is also seen in skr-1(RNAi), cul-1(RNAi), or rbx-1/2(RNAi) animals; DRE-1 and SKR-1 bind one another, as do their human orthologs; DRE-1 affects lin-29 expression, and is suppressed by lin-42(RNAi); DRE-1 is paralogous to C. elegans BE0003N10.3.
50F48E3.3F48E3.3n/achrX 7,498,278contains similarity to Pfam domain PF06427 UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR009448 (UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase)