UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1M03B6.4M03B6.47e-150chrX 13,859,911contains similarity to Halobacterium sp Vng0659h.; TR:Q9HRK3
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3hlh-25C17C3.7n/achrII 5,535,400C. elegans HLH-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
4R10D12.15R10D12.15n/achrV 13,968,837contains similarity to Pfam domain PF00182 Chitinase class I contains similarity to Interpro domain IPR000726 (Glycoside hydrolase, family 19, catalytic)
5B0302.2B0302.2n/achrX 17,178,681
6set-12K09F5.5n/achrX 7,734,685set-12 encodes a putative histone H3 lysine-9 methyltransferase with no non-nematode orthologs; neither set-12(n4442) nor set-12(RNAi) have any obvious phenotypes.
7T20D4.19T20D4.19n/achrV 3,431,055contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domain IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
8ZK896.9ZK896.9n/achrIV 12,857,434ZK896.9 encodes a putative transporter of UDP-N-acetylglucosamine (UDP-GlcNAc) and UDP-N-acetylgalactosamine (UDP-GalNAc), orthologous to human SLC35A3 (OMIM:605632) and paralogous to C03H5.2 and SRF-3; ZK896.9 has no obvious function in RNAi assays, but this could reflect genetic redundancy with its paralogs.
9cyp-34A4T09H2.1n/achrV 3,950,999C. elegans CYP-34A4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
10K02E10.6K02E10.6n/achrX 2,481,834contains similarity to Pfam domain PF01705 CX module contains similarity to Interpro domain IPR002619 (Protein of unknown function CX)
11C08H9.6C08H9.6n/achrII 9,873,847contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
12fbxb-53F36H5.5n/achrII 1,759,512This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
13lgc-13T01H10.1n/achrX 12,110,105C. elegans LGC-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
14C11G6.3C11G6.3n/achrX 16,343,288contains similarity to Pfam domain PF00628 PHD-finger contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR000956 (Stathmin), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR003026 (Transcription factor Otx1, C-terminal), IPR000533 (Tropomyosin), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
15clec-90F57C9.2n/achrI 4,846,413C. elegans CLEC-90 protein; contains similarity to Interpro domains IPR002919 (Protease inhibitor I8, cysteine-rich trypsin inhibitor-like), IPR001304 (C-type lectin)
16K11D12.9K11D12.9n/achrV 5,044,302contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
17C11H1.7C11H1.7n/achrX 14,328,904contains similarity to Interpro domain IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence)
18sas-5F35B12.5n/achrV 11,611,859sas-5 encodes a coiled-coil protein whose activity is required, paternally, maternally, and in a dose-dependent manner, for daughter centriole formation; SAS-5 localizes to both the cytoplasm and to centrioles, and photobleaching experiments reveal rapid SAS-5 cycling between these two cellular components throughout the cell cycle; SAS-5 localization to centrioles depends upon the ZYG-1 kinase and the SAS-6 coiled-coil protein, two proteins also required for centriole duplication; in turn, SAS-5 activity is required for SAS-6 centriolar localization, as SAS-6 fails to localize properly in sas-5 mutant embryos.
19Y57A10C.8Y57A10C.8n/achrII 12,428,881contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR002355 (Multicopper oxidase, copper-binding site)
20Y76A2B.2Y76A2B.2n/achrIII 13,533,575contains similarity to Homo sapiens Reticulon-4 receptor precursor; ENSEMBL:ENSP00000043402
21K10H10.9K10H10.9n/achrII 14,514,333contains similarity to Vibrio vulnificus Conserved hypothetical protein.; TR:Q8D6Y7
22ast-1T08H4.3n/achrII 4,131,358ast-1 encodes a novel ETS-box transcription factor; AST-1 is required for the proper navigation of some interneuron axons to their targets, for differentiation of the ventral cord pioneer neuron AVG, and for pharyngeal morphogenesis; AST-1 is transiently expressed in many head neurons late in their differentiation and axon outgrowth, and in a few pharyngeal cells; AST-1 is at first nuclear, but then relocates to spots in cell bodies and even neuronal processes; hypomorphic ast-1 mutants have axons extending laterally, and crossing over from the right axon tract to the left axon bundle; null ast-1(hd92) mutants are inviable, failing to attach a working pharynx to their cuticle during development and then starving as L1 larvae; behaviorally, hypomorphic ast-1 animals are at least superficially normal, indicating that the ventral nerve cord can tolerate at least some miswiring; AST-1 regulates odr-2 expression, while ast-1 expression is itself regulated by lin-11.
23T16D1.1T16D1.1n/achrII 5,241,424
24C06E4.1C06E4.1n/achrIV 7,283,548
25Y102A5C.27Y102A5C.27n/achrV 16,988,446contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
26C33D9.6C33D9.6n/achrIV 8,776,771contains similarity to Dictyostelium discoideum Putative uncharacterized protein.; TR:Q54G05
27C46A5.4C46A5.4n/achrIV 7,752,034contains similarity to Pfam domain PF03098 Animal haem peroxidase contains similarity to Interpro domains IPR010255 (Haem peroxidase), IPR002007 (Haem peroxidase, animal)
28B0205.5B0205.5n/achrI 10,740,393
29R09D1.5R09D1.5n/achrII 9,448,892contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
30R07C3.6R07C3.6n/achrII 924,524
31C12D12.3C12D12.3n/achrX 3,490,216
32fbxb-44K05F6.5n/achrII 1,539,392K05F6.5 encodes an unusual paraoxonase-like protein with an N-terminal F-box domain; it is homologous to the human PARAOXONASE 1 gene (PON1, OMIM:168820), which in some allelic forms is associated with susceptibility to coronary artery disease.
33ZK84.4ZK84.4n/achrII 6,008,570
34nhr-44T19A5.4n/achrV 8,962,974C. elegans NHR-44 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
35cut-5R07E3.3n/achrX 10,336,033C. elegans CUT-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
36Y116A8B.1Y116A8B.1n/achrIV 17,216,790contains similarity to Oryza sativa P0660F12.13 protein (P0614D08.10 protein).; TR:Q94CR6
37hot-6C13G3.2n/achrV 11,021,972C. elegans HOT-6 protein ;
38srh-23C02E7.5n/achrV 4,921,905C. elegans SRH-23 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
39F31D4.5F31D4.5n/achrV 20,851,509contains similarity to Pfam domain PF00169 PH domain contains similarity to Interpro domains IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR010997 (HRDC-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type)
40ZK455.5ZK455.5n/achrX 11,325,637contains similarity to Pfam domain PF01066 CDP-alcohol phosphatidyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR014472 (Choline/ethanolaminephosphotransferase), IPR000462 (CDP-alcohol phosphatidyltransferase)
41srx-47E02C12.3n/achrV 9,350,632C. elegans SRX-47 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
42D1086.1D1086.1n/achrV 14,099,606contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
43srb-7F37C12.17n/achrIII 7,178,120C. elegans SRB-7 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR001463 (Sodium:alanine symporter), IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
44clec-11C54C8.7n/achrI 12,460,190C. elegans CLEC-11 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
45T21D12.7T21D12.7n/achrIV 290,077contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR013090 (Phospholipase A2, active site), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
46srh-47T03F7.4n/achrV 11,299,983C. elegans SRH-47 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit)
47C35D6.3C35D6.3n/achrIV 16,347,259contains similarity to Interpro domain IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ)
48srh-251R08H2.4n/achrV 15,379,118C. elegans SRH-251 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
49ZC416.2ZC416.2n/achrIV 3,634,511n/a
50K02E7.11K02E7.11n/achrII 1,075,134