UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1str-148M01D1.10chrII 1,047,396C. elegans STR-148 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002091 (Aromatic amino acid permease)
2ceh-34C10G8.6n/achrV 5,317,530ceh-34 encodes a homeodomain protein, homologous to human SIX2 (OMIM:604994), that is expressed very weakly in the pharynxes of late embryos and early larvae; it has no known function.
3kal-1K03D10.1n/achrI 14,135,394kal-1 encodes a cell surface protein that contains a WAP-type protease inhibitor domain and Type III fibronectin domains and is the C. elegans ortholog of human KAL-1, mutated in the X-linked form of the neurological disorder Kallmann syndrome; in C. elegans, both kal-1 loss-of-function mutations and kal-1 overexpression result in similar phenotypes that indicate KAL-1 activity is required for epithelial morphogenesis and axon branching; kal-1 transcriptional reporters reveal expression beginning in the 50-cell stage embryo in 2-3 cells with later embryonic expression in at least 8-10 AB-derived ventral neuroblasts that are a substrate for migrating epidermal cells during ventral enclosure; later expression in larvae and adults is restricted to anterior neurons, including AIY, AIZ, RID, M5, ASI, and labial sensory neurons, ventral nerve cord motorneurons, midbody neurons HSN, CAN, and PVM, tail neurons DVB, DVC, and PDB, and the nonneuronal excretory cell as well as in uterine muscles; in the AIY interneurons, kal-1 is part of a gene battery whose expression is under the control of the CEH-10 and TTX-3 Paired and LIM-type homeodomains, respectively.
4tza-2K03E6.4n/achrX 1,067,909C. elegans TZA-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF07162 B9 protein contains similarity to Interpro domain IPR010796 (B9)
5T21B4.3T21B4.3n/achrII 12,495,897contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
6Y51A2B.2Y51A2B.2n/achrV 18,375,467contains similarity to Pfam domain PF04789 Protein of unknown function (DUF621) contains similarity to Interpro domain IPR006874 (Protein of unknown function DUF621)
7lim-7C04F1.3n/achrI 5,721,019lim-7 encodes a LIM homeodomain protein; a lim-7 mutation can result in lethality or sterility; lim-7 reporter fusion are specifically expressed in the somatic gonadal sheath cells during the L4 larval stage and continuing through adulthood.
8F56D5.5F56D5.5n/achrIV 9,407,671contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
9F21F3.2F21F3.2n/achrI 4,904,288contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
10cdh-8F18F11.3n/achrIV 351,612cdh-8 encodes a cadherin that may be nematode specific; CDH-8 is predicted to function as a membrane protein that plays a role in cell adhesion and/or morphogenesis, but as loss of cdh-8 activity via mutation or large-scale RNAi experiments results in no obvious abnormalities, the precise role of cdh-8 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
11F29F11.3F29F11.3n/achrV 10,658,900contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG10189-PA;; FLYBASE:CG10189
12igcm-2SSSD1.1n/achrX 6,382,121igcm-2 encodes a protein containing immunoglobulin and fibronectin repeats; igcm-2 promoter::gfp fusions are expressed in the PVT interneuron, in some head neurons, and in the pharynx and intestine.
13F15A4.5F15A4.5n/achrII 12,470,242contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8ICX2
14nhr-213T06C12.13n/achrV 15,895,604C. elegans NHR-213 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
15clpp-1ZK970.2n/achrII 10,301,745clpp-1 encodes a mitochondrial protein, homologous to bacterial ClpP, required to initiate the stress response to unfolded mitochondrial proteins; as with its bacterial ortholog, CLPP-1 is predicted to be a proteolytic subunit of a Clp-like protease, with an N-terminal region required for mitochondrial localization, and a C-terminal region of ClpP similarity; in response to a mutation stressing mitochondria, clpp-1(RNAi) animals show reduced HSP-60 levels, inhibited nuclear translocation and hsp-60 activation by DVE-1, and aberrant mitochondrial morphology; CLPP-1 is biochemically inhibited by the ClpP inhibitor Z-LY-CMK and the peptide aldehyde MG132, and may also be blocked by them when injected in vivo; CLPP-1 is expressed in the intestine.
16srx-63K07C6.6n/achrV 3,932,495C. elegans SRX-63 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
17skr-19R12H7.3n/achrX 13,224,084The skr-19 gene encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae that has no known function in vivo, since skr-19(RNAi) animals are at least superficially normal.
18ZC513.1ZC513.1n/achrV 8,056,969contains similarity to Pfam domain PF02886 LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
19B0250.8B0250.8n/achrV 20,465,482contains similarity to Mycoplasma mycoides FtsY protein.; TR:O05289
20gpa-7R10H10.5n/achrIV 10,406,114gpa-7 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases that affects egg laying and response to water- soluble odorants; it is expressed in excitable cells.
21K02E7.11K02E7.11n/achrII 1,075,134
22srbc-2C04E12.9n/achrV 3,375,717C. elegans SRBC-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
23F53A3.1F53A3.1n/achrIII 1,941,574
24F57B7.2F57B7.2n/achrV 11,442,786contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
25R07B1.9R07B1.9n/achrX 9,879,387contains similarity to Arabidopsis thaliana Hypothetical protein (At1g15170).; TR:Q8L731
26ceh-10W03A3.1n/achrIII 5,800,012ceh-10 encodes a member of the Paired-like class of homeodomain proteins; the CEH-10 homeodomain is closely related to the homeodomains of two vertebrate retina proteins (Chx10 from mice and Vsx-1 from goldfish); ceh-10 is required for CAN cell fate specification and migration, complete loss of ceh-10 function results in failure of CAN cell migration and loss of expression of CEH-23 and CEH-10 itself in the CAN and AIY interneurons; CEH-10, along with TTX-3 and CEH-23, constitutes a regulatory cascade of transcription factors that controls all sub-type specific features of the AIY interneurons.
27W04B5.6W04B5.6n/achrIII 2,434,376
28T02H6.3T02H6.3n/achrII 692,115
29F14H8.5F14H8.5n/achrV 15,021,516contains similarity to Bacillus cereus Hypothetical membrane spanning protein.; TR:Q812W2
30T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
31T15B7.12T15B7.12n/achrV 6,818,884contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
32clec-118W04H10.4n/achrII 610,423C. elegans CLEC-118 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
33fbxb-47F58E1.14n/achrII 1,702,944This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
34ceh-36C37E2.4n/achrX 14,184,445ceh-36 encodes a paired-like homeodomain transcription factor that is one of three orthodenticle (OTD)-like homeodomain proteins in C. elegans (the others being ttx-1 and ceh-37); CEH-36 is required broadly for specification of the AWC olfactory neuron and also for establishing the left-right asymmetry of the ASEL and ASER gustatory neurons; in addition, CEH-36 is sufficient to specify the AFD thermosensory neuron fate in some cell types; CEH-36 is expressed in the AWC and ASE chemosensory neurons.
35lact-7C40H5.4n/achrX 11,762,779lact-7 encodes a beta-lactamase domain-containing protein.
36ZC373.5ZC373.5n/achrX 10,073,415contains similarity to Pfam domain PF00596 Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001303 (Class II aldolase/adducin, N-terminal)
37F22F1.3F22F1.3n/achrX 8,162,399contains similarity to Pfam domain PF02172 KIX domain contains similarity to Interpro domain IPR003101 (Coactivator CBP, KIX)
38F22F7.6F22F7.6n/achrV 2,116,951contains similarity to Homo sapiens N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase; ENSEMBL:ENSP00000309096
39clec-182C33D9.2n/achrIV 8,797,600C. elegans CLEC-182 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
40srx-134F09F3.7n/achrV 13,855,910C. elegans SRX-134 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
41srg-67ZC317.4n/achrV 5,462,245C. elegans SRG-67 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
42M03F8.6M03F8.6n/achrV 5,954,355contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
43sdz-35ZC239.12n/achrII 3,208,304C. elegans SDZ-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
44C02B8.6C02B8.6n/achrX 8,134,694contains similarity to Pfam domains PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) , PF02825 (WWE domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR004170 (WWE), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
45W03F11.5W03F11.5n/achrI 2,217,759n/a
46C40A11.4C40A11.4n/achrII 2,138,139contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
47F59D12.1F59D12.1n/achrX 15,669,484contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
48C17D12.3C17D12.3n/achrI 11,618,529contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
49srw-79T11F1.5n/achrII 2,947,802C. elegans SRW-79 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
50R05D7.5R05D7.5n/achrI 12,186,205contains similarity to Ascaris suum P40.; TR:Q7YXJ9