UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1col-84K12D12.35e-94chrII 11,869,021C. elegans COL-84 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3scl-11F49E11.6n/achrIV 13,051,732C. elegans SCL-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
4F22B7.9F22B7.9n/achrIII 8,653,148
5ZC395.5ZC395.5n/achrIII 5,268,152
6grl-19R02D3.6n/achrIV 252,252grl-19 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-19 is expressed in intestine; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
7col-158D2023.70.00000009chrV 11,830,378C. elegans COL-158 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
8nlp-28B0213.3n/achrV 3,988,091C. elegans NLP-28 protein ; contains similarity to Ixodes scapularis Putative secreted salivary gland peptide.; TR:Q5Q982
9F40G12.5F40G12.5n/achrV 14,269,931contains similarity to Pfam domain PF03236 Domain of unknown function DUF263 contains similarity to Interpro domain IPR004920 (Protein of unknown function DUF263)
10C34C6.7C34C6.7n/achrII 8,707,892contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
11C30F12.3C30F12.3n/achrI 6,971,092
12F56H9.2F56H9.2n/achrV 12,637,872contains similarity to Plasmodium falciparum Transport protein, putative.; TR:Q8IHR3
13nlp-32F30H5.2n/achrIII 486,349C. elegans NLP-32 protein; contains similarity to Interpro domain IPR002952 (Eggshell protein)
14col-35C15A11.10.0003chrI 7,386,359col-35 encodes a collagen that is individually dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens; the amino- and carboxyl-terminal cysteine-rich regions of COL-35 are most closely related to those of COL-8, COL-19, and COL-39.
15T20D4.11T20D4.11n/achrV 3,399,039contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
16hsp-12.3F38E11.1n/achrIV 9,445,065hsp-12.3 encodes a small heat-shock protein that forms heterotetramers with HSP-12.2 and has no chaperone-like activity; structurally, HSP-12.3 is mostly a beta-sheet; at least one HSP-12 (which may or may not be HSP-12.2) is ubiquitously expressed in L1 larvae, and later expressed in adult spermatids (and perhaps spermatocytes), and some adult vulval cells; hsp-12.3 is upregulated in daf-2 mutants, suggesting that hsp-12.3's expression may contribute to prolonged lifespan in dauer larvae.
17T01C3.4T01C3.4n/achrV 14,994,531contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
18F09F7.6F09F7.6n/achrIII 5,551,674
19col-2W01B6.70.0004chrIV 10,084,918col-2 encodes a member of the collagen superfamily containing collagen triple helix repeats (20 copies); expression peaks during the molt that separates the L2 larval and dauer stages as the dauer cuticle is being formed, and mRNA is expressed at low levels in post-dauer L4 larvae and in adult animals.
20col-102C18H7.30.0004chrIV 605,160col-102 encodes a cuticle collagen.
21B0507.8B0507.8n/achrV 8,761,695contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Nucleoporin nup211 (Nuclear pore protein nup211).; SW:O74424
22col-45F53G12.70.000008chrI 116,588col-45 encodes a cuticle collagen.
23C35C5.9C35C5.9n/achrX 11,536,770contains similarity to Haemophilus influenzae Monofunctional biosynthetic peptidoglycan transglycosylases(EC 2.4.2.-) (Monofunctional TGase).; SW:MTGA_HAEIN
24grl-17C56A3.1n/achrV 13,562,991grl-17 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-17 is expressed in pharynx, rectal epithelium, amphid socket cells, larval arcade cells, and larval hypodermis; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
25T28A11.19T28A11.19n/achrV 3,269,156contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
26acs-2F28F8.2n/achrV 15,568,615C. elegans ACS-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
27cnc-1R09B5.2n/achrV 1,444,163cnc-1 encodes one of six C. elegans caenacin peptides; CNC-1 is predicted to be a secreted protein that, based upon similarity to CNC-2, -4, and -6, may function as an antimicrobial peptide in the innate immune response.
28cpi-1K08B4.6n/achrIV 6,093,107cpi-1 encodes a homolog of cysteine protease inhibitors (cystatins); cpi-1 is at least superficially dispensable for viability and gross morphology.
29nlp-29B0213.4n/achrV 3,984,616nlp-29 encodes a neuropeptide-like protein; nlp-29 appears to play a role in innate immunity, as its expression is strongly induced following bacterial and fungal infection; nlp-29 is expressed in the hypodermis and in the intestine; nlp-29 expression is regulated by TIR-1, an ortholog of SARM, a Toll-interleukin 1 receptor (TIR) domain protein, and by the RAB-1 GTPase and the product of R53.4, a mitochondrial ATP synthase subunit f homolog.
30cut-1C47G2.1n/achrII 11,270,278cut-1 encodes a component of cuticlin, an insoluble residue of the nematode cuticle required for alae formation and radial shrinking during dauer differentiation; expressed specifically in the cuticle of dauer larvae and is secreted by the seam cells.
31clec-60ZK666.6n/achrII 10,480,905clec-60 encodes a C-type lectin protein with no obvious non-nematode orthologs required for normal resistance to infection with Microbacterium nematophilum; clec-60 transcription is induced 6.6-fold by infection with M. nematophilum, making it one of the most strongly infection-responsive genes (second only to tts-1), while not being induced by other pathogens; CLEC-60 is expressed throughout the larval intestine, continuing adult expression primarily in the posterior intestinal cells int8 and int9; CLEC-60 contains an N-terminal von Willebrand factor type A domain and a C-terminal C-type lectin domain; CLEC-60 has no obvious function in mass RNAi assays, and is dispensable for viability.
32C23G10.11C23G10.11n/achrIII 6,215,297contains similarity to Interpro domain IPR003059 (Colicin lysis protein)
33F57F4.2F57F4.2n/achrV 6,388,125contains similarity to Felis silvestris catus RPGR (Fragment).; TR:Q56PC0
34hsp-12.6F38E11.2n/achrIV 9,446,611hsp-12.6 encodes a small heat-shock protein with very short N- and C-terminal domains flanking its central region of similarity to alpha-crystallins; HSP-12.6 is required in vivo for normal lifespan; HSP-12.6 is predominantly and ubiquitously expressed in L1 larvae without any obvious induction by stressors; but, in adult hermaphrodites, at least one HSP-12 is also expressed in spermatids (and perhaps spermatocytes), as well as in some vulval cells; moreover, hsp-12.6 is upregulated in 6- and 10-day-old daf-2 mutants, and this upregulation is highly reproducible (like that of five other genes, vit-2, vit-5, fat-3, nid-1, and mtl-1), strongly suggesting that hsp-12.6's expression may contribute to prolonged lifespan in dauer larvae; the hsp-12.6 promoter is predicted to have both DAF-16 and HSF-1 binding sites; hsp-12.6(RNAi) animals are shorter-lived than normal; recombinant HSP-12.6 is monomeric, and lacks molecular chaperone activity in vitro; hsp-12.6 induction requires DAF-16 and HSP-1, but not SMK-1.
35ins-23M04D8.3n/achrIII 10,028,305ins-23 encodes an insulin-like peptide of the insulin superfamily of proteins (OMIM:176730, 147440); INS-23 is one of 38 insulin-like peptides in C. elegans, and is expressed in amphid sensory neurons, labial neurons, the nerve ring, and ventral nerve cord neurons; as loss of INS-23 function via RNA-mediated interference does not results in any abnormalities, the precise role of INS-23 in C. elegans development is not yet clear.
36F21C10.10F21C10.10n/achrV 9,096,675contains similarity to Interpro domain IPR016040 (NAD(P)-binding)
37clec-97ZK39.6n/achrI 11,153,502C. elegans CLEC-97 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
38nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
39F22B5.4F22B5.4n/achrII 8,451,121contains similarity to Pseudomonas putida Butylphenol hydroxylase component A1.; TR:Q842G6
40F11F1.6F11F1.6n/achrIII 13,403,684contains similarity to Escherichia coli Shiga toxin 1 B subunit.; TR:Q8L167
41W02D9.6W02D9.6n/achrI 12,560,492contains similarity to Homo sapiens similar to KIAA1107 protein; ENSEMBL:ENSP00000176186
42cpr-2F36D3.9n/achrV 16,533,516C. elegans CPR-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
43dct-7F15E6.8n/achrIV 4,290,416C. elegans DCT-7 protein ;
44F47B8.8F47B8.8n/achrV 14,332,167contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domain IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal)
45cnc-2R09B5.3n/achrV 1,449,921cnc-2 encodes one of six C. elegans caenacin peptides; cnc-2 expression is strongly induced after infection by the fungus Drechmeria coniospora and the gram-negative bacteria Serratia marcescens, suggesting that it functions as a secreted antimicrobial peptide in the innate immune response.
46col-116F17E9.10.003chrIV 8,357,297C. elegans COL-116 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
47nlp-39C54C8.9n/achrI 12,461,774C. elegans NLP-39 protein ;
48C06G3.3C06G3.3n/achrIV 7,036,272
49C10G8.4C10G8.4n/achrV 5,312,109C10G8.4 encodes a putative secreted TIL-domain protease inhibitor paralogous to SWM-1, ISL-1, and the products of 11 other C. elegans genes; C10G8.4 and its relatives are collectively similar to other TIL-domain protease inhibitors from nematodes, insects, and vertebrates; C10G8.4 has no obvious function in mass RNAi assays.
50F43H9.4F43H9.4n/achrV 8,027,713contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)