UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1sago-1K12B6.10chrV 6,306,024sago-1 encodes an Argonaute homolog that is partially required for the amplification phase of RNAi responses; a multiply mutant strain (MAGO), consisting of ppw-1(tm914), sago-1(tm1195), sago-2(tm894), F58G1.1(tm1019), C06A1.4(tm887), and M03D4.6(tm1144) alleles, is completely resistant to both germline and somatic RNAi; sago-1 is genetically redundant with ppw-1 and sago-2, with any one of these genes being able to transgenically partially restore the deficiency of MAGO worms; GFP-tagged SAGO-1 binds small secondary siRNAs produced by RNAi against GFP; MAGO is not transgenically rescued by rde-1; strains overexpressing GFP::SAGO-1 exhibited an enhanced level of RNAi overall, suggesting that SAGO-1 and its congeners are rate-limiting in vivo for RNAi.
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3F42A9.6F42A9.6n/achrIV 8,610,474
4cyb-2.1Y43E12A.1n/achrIV 10,986,675C. elegans CYB-2.1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00134 (Cyclin, N-terminal domain) , PF02984 (Cyclin, C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal), IPR004367 (Cyclin, C-terminal), IPR014400 (Cyclin, A/B/D/E)
5cyp-37B1F28G4.1n/achrV 16,279,374C. elegans CYP-37B1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
6gna-2T23G11.2n/achrI 7,700,248gna-2 encodes a glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase required for synthesis of UDP-N-acetylglucosamine (UDP-GlcNAc), N-acetylgalactosamine (UDP-GalNAc), alpha-GalNAc-modifications of mucin-like proteins, and chitin; GNA-2 is also required for eggshell synthesis and osmotic integrity, progression past meiosis metaphase I, error-free chromosomal segregation during meiosis, polar body extrusion, association of the sperm pronucleus/centrosome complex (SPCC) with the early embryonic cortex, localization of PAR-2 in early embryos, posterior localization of P granules or PIE-1, and pseudocleavage; gna-2 transcription is elevated during oogenesis; gna-2 mRNA is posttranslationally inhibited both by GLD-1 repression and by nonsense-mediated mRNA decay (NMD), with GLD-1 predominating in distal gonads and NMD (incompletely) predominating in proximal ones; gna-2 mRNA has two upstream open reading frames (uORFs) with premature stop codons, which normally cause NMD of this mRNA unless it is protected by GLD-1 binding to the gna-2 mRNA's 5' UTR; conversely, gna-2 mRNA is translationally repressed by bound GLD-1 during pachytene meiosis, and must be freed from this repression during diplotene meiosis for eggshell synthesis to proceed; gna-2(qa705) is suppressed by sup-46 mutations, but only in a gna-1(+) background.
7R11G1.2R11G1.2n/achrX 3,653,706
8aat-8F28F9.4n/achrIV 3,863,573aat-8 encodes a predicted amino acid transporter catalytic subunit; unlike catalytic subunits in other organisms, however, AAT-8 does not contain the highly conserved cysteine residue known to facilitate covalent interaction with a glycoprotein subunit, suggesting that AAT-8 does not require this residue for heterodimer formation or alternatively, does not require the glycoprotein subunit for function.
9R02D5.4R02D5.4n/achrV 14,484,482contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of P49639 Homeobox protein Hox-A1; ENSEMBL:ENSP00000325321
10T04A8.15T04A8.15n/achrIII 4,713,844contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Ubiquitin-specific protease; SGD:YDL122W
11T13F2.6T13F2.6n/achrIV 9,779,719
12M02B7.1M02B7.1n/achrIV 3,806,054
13srv-22H04M03.9n/achrIV 5,879,196C. elegans SRV-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
14C24F3.2C24F3.2n/achrIV 10,223,062contains similarity to Pfam domain PF00782 Dual specificity phosphatase, catalytic domain contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016278 (Tyrosine protein phosphatase, dual specificity, 12), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
15T10B11.4T10B11.4n/achrI 6,938,560
16C49D10.4C49D10.4n/achrII 3,871,448contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
17K05C4.4K05C4.4n/achrI 14,736,077contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein KIAA1185; ENSEMBL:ENSP00000253061
18C50B8.1C50B8.1n/achrV 13,566,397contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
19Y57G11B.1Y57G11B.1n/achrIV 14,550,857contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2EJ43
20C09G9.7C09G9.7n/achrIV 8,878,734contains similarity to Pfam domain PF00292 'Paired box' domain contains similarity to Interpro domains IPR001523 (Paired box protein, N-terminal), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)
21C49C3.6C49C3.6n/achrIV 17,331,938contains similarity to Saccharomyces cerevisiae a homologue of BUL1; SGD:YML111W
22Y62H9A.2Y62H9A.2n/achrX 11,877,730contains similarity to Homo sapiens Angiomotin; ENSEMBL:ENSP00000305557
23C10G8.3C10G8.3n/achrV 5,313,573contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domain IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa)
24prom-1F26H9.1n/achrI 9,288,599prom-1 encodes an F-box protein orthologous to to human FBXO47 (OMIM:609498, deleted in renal cell carcinoma) and paralogous to F54D5.9, that is required during meiotic prophase I for homologous chromosome pairing and rapid meiotic progression; prom-1 mutants exhibit increased germline apoptosis, reduced and variable bivalent formation in meiotic prophase, reduced meiotic recombination, delayed meiotic entry, delayed and asynchronous nuclear reorganization in meiotic prophase, high embryonic lethality (averaging ~90%, but varying from 46-99% even in a null prom-1[ok1140] mutant strain), decreased brood sizes, and an abnormally high frequency of male progeny (22%, probably due to nonsegregating X chromsomes); the apoptotic phenotype of prom-1 is suppressed by spo-11(ok79), and prom-1 mutants show accumulated RAD-51 protein in meiotic nuclei, indicating that prom-1 meiotic defects arises from a failure to resolve meiotic double-stranded DNA breaks.
25F25H9.3F25H9.3n/achrV 13,456,608contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
26C07E3.9C07E3.9n/achrII 10,351,043contains similarity to Pfam domain PF00068 Phospholipase A2 contains similarity to Interpro domains IPR016090 (Phospholipase A2), IPR001211 (Phospholipase A2, eukaryotic), IPR013090 (Phospholipase A2, active site)
27R11G11.14R11G11.14n/achrV 522,961contains similarity to Pfam domains PF04083 (ab-hydrolase associated lipase region) , PF00561 (alpha/beta hydrolase fold) contains similarity to Interpro domains IPR006693 (AB-hydrolase associated lipase region), IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR008262 (Lipase, active site)
28EEED8.13EEED8.13n/achrII 5,411,874contains similarity to Interpro domain IPR011038 (Calycin-like)
29C47D12.5C47D12.5n/achrII 11,685,843
30K11H3.3K11H3.3n/achrIII 9,852,736contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
31nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
32his-14ZK131.8n/achrII 13,819,690his-14 encodes an H4 histone.
33ZK792.5ZK792.5n/achrIV 11,686,516contains similarity to Pfam domain PF00806 Pumilio-family RNA binding repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
34str-135F21F8.10n/achrV 8,280,076C. elegans STR-135 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
35C50F4.4C50F4.4n/achrV 9,537,163contains similarity to Streptomyces coelicolor Hypothetical protein SCO3733.; TR:Q9L0X1
36F37C12.2F37C12.2n/achrIII 7,182,949contains similarity to Pfam domain PF07264 Etoposide-induced protein 2.4 (EI24) contains similarity to Interpro domain IPR009890 (Etoposide-induced 2.4)
37C50H2.4C50H2.4n/achrV 9,917,432contains similarity to Arabidopsis thaliana Putative cytochrome P450.; TR:Q9LQ26
38C35E7.8C35E7.8n/achrI 10,809,484
39F52H3.4F52H3.4n/achrII 10,041,733contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Protein gar2.; SW:P41891
40F56A8.5F56A8.5n/achrIII 13,266,279This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
41C16C4.1C16C4.1n/achrII 1,894,512
42sqv-3R10E11.4n/achrIII 9,779,478sqv-3 encodes a beta(1,4)-galactosyltransferase, biochemically active in vitro, that is required for cytokinesis of one-cell embryos, vulval morphogenesis, and chondroitin synthesis; SQV-3 is orthologous to human human galactosyltransferase I (B4GALT7; OMIM:604327, mutated in the progeroid form of Ehlers-Danlos syndrome); sqv-3 transgenically rescues hamster cells lacking galactosyl transferase I; the common requirement for SQV-3 in both cytokinesis and morphogenesis may be to promote filling an extracellular space with hygroscopic proteoglycans (either in the eggshell, or underneath the L4 cuticle), which in turn may cause the space to fill with fluid.
43Y57G7A.8Y57G7A.8n/achrII 1,291,464
44srj-14C03G6.3n/achrV 7,371,464C. elegans SRJ-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
45puf-12ZK945.3n/achrII 10,101,606C. elegans PUF-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF08144 CPL (NUC119) domain contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR012959 (CPL), IPR016024 (Armadillo-type fold)
46K12B6.8K12B6.8n/achrV 6,310,389contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
47lgg-3B0336.8n/achrIII 5,697,730lgg-3 encodes a hydrophilic protein that is orthologous to Saccharomyces cerevisiae autophagy protein Apg12p; by homology, LGG-3 is predicted to function as a modifier protein required for a protein conjugation system essential for autophagy; in the context of this conjugation system, LGG-3 is predicted to interact with Apg7p and Apg5p homologs (encoded by M7.5 and Y71G12B.12a, respectively) to effect bulk degradation of cytoplasmic components under conditions of starvation or cellular remodeling; free LGG-3 is predicted to localize to the cytoplasm, while LGG-3 conjugated to the Apg5p homolog is predicted to associate with membrane compartments; loss of lgg-3 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious developmental or behavioral abnormalities.
48C54F6.12C54F6.12n/achrV 7,537,395
49C18E3.5C18E3.5n/achrI 4,198,275contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
50C48B4.8C48B4.8n/achrIII 9,560,470contains similarity to Bacillus subtilis Hypothetical protein ywcE precursor.; SW:YWCE_BACSU