UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K11H12.5K11H12.59.999999999999999e-167chrIV 678,393
2C32B5.15C32B5.15n/achrII 971,803This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
3AC7.3AC7.3n/achrIV 5,112,248
4snf-7ZK1010.9n/achrIII 13,008,187C. elegans SNF-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF00209 Sodium:neurotransmitter symporter family contains similarity to Interpro domain IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter)
5C16C8.17C16C8.17n/achrII 3,441,631contains similarity to Pfam domain PF03436 Domain of unknown function (DUF281) contains similarity to Interpro domain IPR005098 (Protein of unknown function DUF281)
6F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
7ubc-24F49E12.4n/achrII 8,406,159ubc-24 encodes a predicted conjugating enzyme (UBCs/E2s) of the ubiquitin-conjugation system.
8sfa-1Y116A8C.32n/achrIV 17,107,555Y116A8C.32 encodes an ortholog of splicing factor SF1, which enables 3' splice site recognition by binding U2AF65 and the intron branch site during splicing complex formation; Y116A8C.32 shares several domains with mammalian SF1 proteins (a U2AF65 binding domain, a hnRNP K homology domain, two RNA-binding zinc knuckles, and a proline-rich C-terminal domain), while also sharing a hydrophilic N-terminal domain (enriched for serine, arginine, lysine, and aspartate) with Drosophila but not mammalian SF1; Y116A8C.32's N-terminal domain resembles RS domains in other splicing proteins; Y116A8C.32 is required for embryonic viability, normally rapid growth, and proper body morphology.
9tag-272C34B2.1n/achrI 10,689,540C. elegans TAG-272 protein ;
10B0524.4B0524.4n/achrIII 1,884,901contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
11F47C12.8F47C12.8n/achrIV 3,997,448contains similarity to Pfam domain PF05912 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF870) contains similarity to Interpro domain IPR008588 (Protein of unknown function DUF870, Caenorhabditis species)
12clec-135C16A11.8n/achrII 4,257,930C. elegans CLEC-135 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
13nhr-59T27B7.1n/achrV 2,277,137C. elegans NHR-59 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
14E02H9.9E02H9.9n/achrIII 2,467,742
15T05A6.4T05A6.4n/achrII 7,821,360contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
16F28A10.4F28A10.4n/achrII 844,685contains similarity to Interpro domain IPR009061 (Putative DNA binding)
17F32B6.4F32B6.4n/achrIV 9,891,311contains similarity to Dictyostelium discoideum Similar to Mus musculus (Mouse). 13 days embryo male testis cDNA,sRIKEN full-length enriched library, clone:6030407P11 product:NIMAs(Never in mitosis gene a)-related expressed kinase 1, full insertssequence.; TR:Q86I06
18F58F9.6F58F9.6n/achrIV 6,236,744contains similarity to Interpro domain IPR000884 (Thrombospondin, type I)
19fbxa-99F36G9.14n/achrV 15,982,244This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
20C05B5.1C05B5.1n/achrIII 9,987,900contains similarity to Clostridium acetobutylicum Membrane associated chemotaxis sensory transducer protein (MSPsdomain and HAMP domain).; TR:Q97JD4
21C35E7.7C35E7.7n/achrI 10,814,340
22W01B6.2W01B6.2n/achrIV 10,074,247contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
23ZK380.2ZK380.2n/achrX 1,633,167contains similarity to Interpro domain IPR011072 (HR1 rho-binding repeat)
24M28.9M28.9n/achrII 10,641,581contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein; VG:OTTHUMP00000024599
25Y48B6A.5Y48B6A.5n/achrII 14,173,958contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
26C25F9.8C25F9.8n/achrV 19,395,796contains similarity to Nicotiana glutinosa Ribonuclease NW.; TR:Q7XZV5
27Y4C6B.3Y4C6B.3n/achrIV 5,335,043contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR002229 (Blood group Rhesus C/E and D polypeptide), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
28C49C8.6C49C8.6n/achrIV 8,657,801contains similarity to Interpro domain IPR010916 (TonB box, conserved site)
29C07E3.4C07E3.4n/achrII 10,361,814contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type)
30clec-141EEED8.11n/achrII 5,406,695C. elegans CLEC-141 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
31F09E8.1F09E8.1n/achrIV 13,141,838contains similarity to Pfam domain PF01666 DX module contains similarity to Interpro domains IPR011052 (Proteinase and amylase inhibitor), IPR002593 (Protein of unknown function DX)
32R13G10.4R13G10.4n/achrIII 3,827,770R13G10.4 encodes a predicted transmembrane protein orthologous to human ACDP1-ACDP4 and S. cerevisiae MAM3, and paralogous to C01H6.6, C33D12.2, C52D10.12, M02F4.3, and R04E5.2; by orthology with MAM3, R13G10.4 may participate in metal homoeostasis; R13G10.4, MAM3, and ACDP1-ACDP4 belong to a family of proteins (sharing an ACD domain) from bacteria, yeast, plants, and metazoa; murine Acdp1 is a plasma membrane protein; bacterial proteins containing the ACD domain include CorC from Salmonella typhimurium, which is involved in magnesium and cobalt efflux; R13G10.4 is required for normal development in mass RNAi assays.
33ZC581.7ZC581.7n/achrI 6,661,388contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000980 (SH2 motif), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
34cwp-2C37H5.11n/achrV 4,842,261cwp-2 encodes a nematode-specific protein that is coexpressed with lov-1 and pkd-2.
35srh-166Y38H6C.12n/achrV 20,520,671C. elegans SRH-166 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
36sdz-23F58G4.4n/achrV 8,100,032sdz-23 encodes a putatively secreted protein with a single EGF domain, with some similarity to LAG-2; sdz-23 begins to be expressed in the E blastomere of 8-cell embryos, and continues to be expressed solely in the E lineage througout embryogenesis; sdz-23 requires SKN-1 and WRM-1 for E lineage expression, and is a putative MED-1/2 target gene; sdz-23 is both activated by POP-1 (with SYS-1 as coactivator, in the E lineage) and repressed by POP-1 (in the MS lineage), while the dependence of sdz-23 on WRM-1 for E lineage expression is alleviated by loss of POP-1, indicating that WRM-1 switches POP-1 from repression to activation in the E lineage; sdz-23 requires SYS-1 for normal embryonic expression; SDZ-23 has no obvious function in mass RNAi assays.
37T22B11.1T22B11.1n/achrIV 4,694,800
38Y43F8C.15Y43F8C.15n/achrV 19,705,582
39F35C5.4F35C5.4n/achrII 12,891,236contains similarity to Homo sapiens Mucin-2 precursor; ENSEMBL:ENSP00000351956
40kin-26T06C10.6n/achrIV 7,876,748C. elegans KIN-26 protein; contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00017 (SH2 domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000980 (SH2 motif), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
41F11F1.4F11F1.4n/achrIII 13,401,247contains similarity to Pfam domain PF02520 Domain of unknown function DUF148 contains similarity to Interpro domain IPR003677 (Protein of unknown function DUF148)
42F16G10.3F16G10.3n/achrII 2,373,286contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
43ZK697.3ZK697.3n/achrV 1,729,883contains similarity to Interpro domain IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB)
44clec-261ZC15.6n/achrV 20,287,601C. elegans CLEC-261 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000817 (Prion protein), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
45H32C10.3H32C10.3n/achrIV 5,918,692contains similarity to Pfam domains PF00023 (Ankyrin repeat) (5), PF01529 (DHHC zinc finger domain) contains similarity to Interpro domains IPR001594 (Zinc finger, DHHC-type), IPR002110 (Ankyrin)
46clec-217F26D11.9n/achrV 7,958,038C. elegans CLEC-217 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
47srsx-37M01B2.7n/achrV 15,258,341C. elegans SRSX-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
48B0432.11B0432.11n/achrII 294,279contains similarity to Interpro domain IPR000795 (Protein synthesis factor, GTP-binding)
49clec-158R13F6.8n/achrIII 6,859,120C. elegans CLEC-158 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
50C06A5.2C06A5.2n/achrI 6,006,816contains similarity to Homo sapiens Microtubule-associated protein 1B; ENSEMBL:ENSP00000296755