UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K11D12.9K11D12.90chrV 5,044,302contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3sra-39T21H8.4n/achrX 13,902,169C. elegans SRA-39 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF03125 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
4ast-1T08H4.3n/achrII 4,131,358ast-1 encodes a novel ETS-box transcription factor; AST-1 is required for the proper navigation of some interneuron axons to their targets, for differentiation of the ventral cord pioneer neuron AVG, and for pharyngeal morphogenesis; AST-1 is transiently expressed in many head neurons late in their differentiation and axon outgrowth, and in a few pharyngeal cells; AST-1 is at first nuclear, but then relocates to spots in cell bodies and even neuronal processes; hypomorphic ast-1 mutants have axons extending laterally, and crossing over from the right axon tract to the left axon bundle; null ast-1(hd92) mutants are inviable, failing to attach a working pharynx to their cuticle during development and then starving as L1 larvae; behaviorally, hypomorphic ast-1 animals are at least superficially normal, indicating that the ventral nerve cord can tolerate at least some miswiring; AST-1 regulates odr-2 expression, while ast-1 expression is itself regulated by lin-11.
5srd-9T09D3.1n/achrV 5,352,409C. elegans SRD-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
6ZK757.1ZK757.1n/achrIII 9,869,795contains similarity to Pfam domain PF06681 Protein of unknown function (DUF1182) contains similarity to Interpro domains IPR000883 (Cytochrome c oxidase, subunit I), IPR010601 (Protein of unknown function DUF1182)
7K02E10.6K02E10.6n/achrX 2,481,834contains similarity to Pfam domain PF01705 CX module contains similarity to Interpro domain IPR002619 (Protein of unknown function CX)
8ZK896.9ZK896.9n/achrIV 12,857,434ZK896.9 encodes a putative transporter of UDP-N-acetylglucosamine (UDP-GlcNAc) and UDP-N-acetylgalactosamine (UDP-GalNAc), orthologous to human SLC35A3 (OMIM:605632) and paralogous to C03H5.2 and SRF-3; ZK896.9 has no obvious function in RNAi assays, but this could reflect genetic redundancy with its paralogs.
9C12D12.4C12D12.4n/achrX 3,486,561
10nhr-251ZK488.4n/achrV 601,466C. elegans NHR-251 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
11fbxb-53F36H5.5n/achrII 1,759,512This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
12srd-33T19H12.4n/achrV 4,873,237C. elegans SRD-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
13T23F2.4T23F2.4n/achrX 5,514,897contains similarity to Pfam domain PF01679 Uncharacterized protein family UPF0057 contains similarity to Interpro domain IPR000612 (Protein of unknown function UPF0057)
14ZC416.2ZC416.2n/achrIV 3,634,511n/a
15C06E4.1C06E4.1n/achrIV 7,283,548
16F27C1.13F27C1.13n/achrI 5,445,369contains similarity to Pfam domain PF03607 Doublecortin contains similarity to Interpro domain IPR003533 (Doublecortin)
17ZK84.4ZK84.4n/achrII 6,008,570
18R02D5.6R02D5.6n/achrV 14,513,495contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
19B0302.2B0302.2n/achrX 17,178,681
20C06B3.1C06B3.1n/achrV 13,903,319contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR008365 (Prostanoid receptor), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
21ZK455.5ZK455.5n/achrX 11,325,637contains similarity to Pfam domain PF01066 CDP-alcohol phosphatidyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR014472 (Choline/ethanolaminephosphotransferase), IPR000462 (CDP-alcohol phosphatidyltransferase)
22ceh-16C13G5.1n/achrIII 8,624,237ceh-16 encodes a homeodomain protein orthologous to Drosophila and vertebrate Engrailed proteins involved in segment and appendage development; ceh-16 is an essential gene required for proper specification and differentiation of the lateral seam cells during embryonic development; in specifying seam cell fates, CEH-16 appears to act as a transcriptional regulator, repressing expression of the eff-1 gene required for cell fusion and inducing expression of seam cell-specific genes such as elt-5/GATA, nhr-73, and nhr-74; a rescuing CEH-16::GFP fusion protein is first expressed in the early embryo in cells of the AB lineage; in later embryonic stages CEH-16::GFP is seen in all lateral seam cell nuclei as well as in some anterior neurons; during postembryonic development, CEH-16::GFP is expressed in the DA1 and DD1 motorneurons.
23try-4F31D4.6n/achrV 20,855,551C. elegans TRY-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00089 (Trypsin) , PF03761 (Domain of unknown function (DUF316)) contains similarity to Interpro domains IPR001314 (Peptidase S1A, chymotrypsin), IPR001254 (Peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap), IPR005514 (Protein of unknown function DUF316), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)
24C30G4.2C30G4.2n/achrX 17,044,626contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold)
25dhs-27C04F6.5n/achrX 3,415,914dhs-27 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
26ZC239.2ZC239.2n/achrII 3,218,443contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
27srh-4K09D9.6n/achrV 4,011,203C. elegans SRH-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000832 (GPCR, family 2, secretin-like)
28D1022.5D1022.5n/achrII 7,458,058
29C12D5.4C12D5.4n/achrV 7,672,548
30F39F10.5F39F10.5n/achrX 16,913,317
31srt-58C29G2.5n/achrV 2,575,489C. elegans SRT-58 protein; contains similarity to Pfam domains PF01748 (Caenorhabditis serpentine receptor-like protein) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type)
32C36C5.4C36C5.4n/achrV 3,167,003contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
33R09D1.5R09D1.5n/achrII 9,448,892contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
34srg-26C10G8.1n/achrV 5,332,145C. elegans SRG-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
35cut-5R07E3.3n/achrX 10,336,033C. elegans CUT-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
36srz-79C09G12.2n/achrIV 3,494,391C. elegans SRZ-79 protein ;
37C45E5.4C45E5.4n/achrIV 5,736,046
38T16H12.1T16H12.1n/achrIII 10,084,745contains similarity to Human papillomavirus type 70 E7 protein.; SW:VE7_HPV70
39T21B6.4T21B6.4n/achrX 10,934,829contains similarity to Interpro domain IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site)
40sre-51C50E10.10n/achrII 12,312,675C. elegans SRE-51 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
41F14H8.2F14H8.2n/achrV 15,019,750contains similarity to Sulfolobus solfataricus Heterodisulfite reductase, subunit B (hdrB-1).; TR:Q97Z15
42K10H10.9K10H10.9n/achrII 14,514,333contains similarity to Vibrio vulnificus Conserved hypothetical protein.; TR:Q8D6Y7
43math-6C16C4.11n/achrII 1,884,167C. elegans MATH-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
44srz-6T21B4.1n/achrII 12,492,894C. elegans SRZ-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
45F58G11.4F58G11.4n/achrV 13,674,239contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
46F09F3.5F09F3.5n/achrV 13,851,828contains similarity to Pfam domain PF03098 Animal haem peroxidase contains similarity to Interpro domains IPR010255 (Haem peroxidase), IPR002007 (Haem peroxidase, animal)
47ZK470.1ZK470.1n/achrX 4,166,695contains similarity to Interpro domain IPR007248 (Mpv17/PMP22)
48srh-179ZK228.7n/achrV 18,477,190C. elegans SRH-179 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
49T04C12.1T04C12.1n/achrV 11,058,930n/a
50H35N09.1H35N09.1n/achrX 8,607,362