UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K10H10.1K10H10.10chrII 14,491,241contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3F13E6.4F13E6.4n/achrX 10,693,437contains similarity to Pfam domain PF00397 WW domain contains similarity to Interpro domains IPR002349 (WW), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
4Y47D3B.1Y47D3B.1n/achrIII 11,385,678contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008166 (Protein of unknown function DUF23), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
5ugt-59R11A8.3n/achrIV 10,362,030C. elegans UGT-59 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
6pac-1C04D8.1n/achrIII 8,508,167C. elegans PAC-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00620 (RhoGAP domain) , PF00169 (PH domain) contains similarity to Interpro domains IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR000198 (RhoGAP)
7F21F8.6F21F8.6n/achrV 8,266,564
8T20B6.3T20B6.3n/achrIII 2,899,911contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR000817 (Prion protein), IPR008119 (Dense granule Gra6 protein)
9K08B12.3K08B12.3n/achrV 6,236,378contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR006355 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA, hypothetical 2), IPR006357 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
10T12E12.6T12E12.6n/achrIV 5,570,564contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domains IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001930 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase)
11xrn-1Y39G8C.1n/achrII 14,076,171xrn-1 encodes a 5'-3' exoribonuclease that is orthologous to Saccharomyces cerevisiae Xrnp1, a key component of the yeast 5'-3' mRNA degradation pathway; in C. elegans, XRN-1 activity is required during embryogenesis for completion of ventral enclosure, the morphogenetic process whereby the ventral epithelial cells cover and seal the interior cells of the embryo; in addition, XRN-1 also plays a role in facilitating RNA interference (RNAi), likely acting in the same pathway as the DCR-1/Dicer ribonuclease; to date, XRN-1 expression has been reported in adult hypodermal and rectal cells.
12W05B5.2W05B5.2n/achrI 13,052,842contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002286 (P2 purinoceptor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
13F08D12.1F08D12.1n/achrII 2,790,710contains similarity to Pfam domains PF08492 (SRP72 RNA-binding domain) , PF00515 (Tetratricopeptide repeat) (2), PF07720 (Tetratricopeptide repeat) contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR013699 (Signal recognition particle, SRP72 subunit, RNA-binding), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
14F25F6.1F25F6.1n/achrX 4,445,262
15sgn-1F07H5.2n/achrII 8,782,783C. elegans SGN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF04790 Sarcoglycan complex subunit protein contains similarity to Interpro domain IPR006875 (Sarcoglycan complex subunit protein)
16T03D8.2T03D8.2n/achrV 20,833,812contains similarity to Pfam domain PF00164 Ribosomal protein S12 contains similarity to Interpro domains IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR006032 (Ribosomal protein S12/S23), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR005679 (Ribosomal protein S12, bacterial-type)
17T10F2.4T10F2.4n/achrIII 5,171,158contains similarity to Pfam domains PF08606 (Prp19/Pso4-like) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (6)contains similarity to Interpro domains IPR003613 (U box), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR009053 (Prefoldin), IPR001680 (WD40 repeat), IPR013915 (Pre-mRNA-splicing factor 19), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
18tra-3LLC1.1n/achrIV 14,440,241tra-3 encodes an atypical calpain regulatory protease that lacks calcium-binding EF hand domains; during development, TRA-3 likely promotes female development in XX hermaphrodites by cleaving the membrane-associated TRA-2A protein to generate a TRA-2 peptide likely to have feminizing activity; in addition, TRA-3 is one of several proteases that mediate necrotic cell death during neurodegeneration.
19F44D12.2F44D12.2n/achrIV 10,015,214contains similarity to Pfam domain PF01064 Activin types I and II receptor domain contains similarity to Interpro domain IPR000472 (TGF-beta receptor/activin receptor, type I/II)
20C29H12.6C29H12.6n/achrII 6,116,301
21sym-2ZK1067.6n/achrII 9,183,417sym-2 encodes a predicted RNA binding protein that contains three RNA recognition motifs (RRMs) similar to those of Drosophila Fusilli and mammalian hnRNP F and H; genetic analyses indicate that, during embryonic development, sym-2 functions redundantly with mec-8, which also encodes an RRM-containing protein, to affect the structure of body wall muscles or their attachment to the body cuticle, perhaps by regulating maturation of transcripts essential for muscle development.
22F41C3.11F41C3.11n/achrII 4,732,558contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domains IPR002345 (Lipocalin), IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
23srz-60C04C3.1n/achrIV 3,429,627C. elegans SRZ-60 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
24F23C8.6F23C8.6n/achrI 2,421,287contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
25srbc-34Y113G7B.9n/achrV 20,202,676C. elegans SRBC-34 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
26pqn-67T16G1.1n/achrV 12,926,198The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
27F52G3.1F52G3.1n/achrX 16,968,223contains similarity to Pfam domain PF07001 BAT2 N-terminus contains similarity to Interpro domains IPR009738 (BAT2, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region)
28F28H7.7F28H7.7n/achrV 10,752,577contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
29R07A4.3R07A4.3n/achrX 10,756,469contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
30Y47H9C.2Y47H9C.2n/achrI 11,842,812contains similarity to Pfam domain PF01529 DHHC zinc finger domain contains similarity to Interpro domain IPR001594 (Zinc finger, DHHC-type)
31glb-31Y57G7A.9n/achrII 1,300,864glb-31 encodes a globin with no obvious function in mass RNAi assays.
32slt-1F40E10.4n/achrX 14,678,771slt-1 encodes the sole C. elegans homolog of Drosophila Split, a secreted extracellular protein containing leucine-rich and EGF-like repeats that functions as a ligand for the Robo receptor; during C. elegans larval development, slt-1 acts via the SAX-3/Robo receptor, and in parallel with UNC-6/Netrin, to direct ventral axon guidance and guidance at the midline; during embryonic development, slt-1 also functions to regulate anterior-posterior migrations of the CAN neurons; slt-1::gfp reporters are initially expressed at high levels in the anterior part of the embryo, with more moderate levels seen in dorsal tail muscles and lower levels seen in cells in the center of the body; in L1 larvae, slt-1::gfp is expressed in both dorsal and ventral muscles, with higher levels seen in dorsal muscle cells; slt-1::gfp is also expressed in a number of additional cells including some neurons, pharyngeal cells, and the anal sphincter muscle.
33folt-1C06H2.4n/achrV 11,142,257folt-1 encodes a folate transporter required for folate uptake; FOLT-1 is orthologous to human SLC19A1 (OMIM:600424), SLC19A2 (OMIM:603941, mutated in thiamine-responsive megaloblastic anemia syndrome), and SLC19A3 (OMIM:606152, mutated in biotin-responsive basal ganglia disease); heterologously expressed FOLT-1 transports folate in vitro; FOLT-1 activity is acid-dependent, is sodium-independent, and is inhibited by folate derivatives, sulfasalazine, or anion transport inhibitors such as 4,4''-diisothio-cyanatostilbene-2,2''-disulphonic acid (DIDS); folt-1(ok1460) and folt-1(RNAi) animals show significantly lowered folate uptake; folt-1 is expressed in several tissues, including (most strongly) pharynx and posterior intestine, as well as head, body wall, and vulva muscles, and gonad sheath cells; FOLT-1's intestinal expression diminishes with age from larvae to adults; both FOLT-1 intestinal expression and whole-animal folate uptake are lowered in folate-supplemented food media; FOLT-1 has no obvious function in mass RNAi assays, perhaps because of genetic redundancy with its paralogs FOLT-2 and FOLT-3; however, folt-1(ok1460) mutants are sluggish and sterile, which might instead indicate that FOLT-1 is required for locomotion and fertility.
34F19C7.4F19C7.4n/achrIV 4,604,373contains similarity to Pfam domain PF05577 Serine carboxypeptidase S28 contains similarity to Interpro domain IPR008758 (Peptidase S28)
35clec-151F10F2.7n/achrIII 4,629,753C. elegans CLEC-151 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
36C54E4.5C54E4.5n/achrIV 2,148,654contains similarity to Pfam domain PF05153 Family of unknown function (DUF706) contains similarity to Interpro domain IPR007828 (Protein of unknown function DUF706)
37F38B6.1F38B6.1n/achrX 6,700,523
38hum-7F56A6.2n/achrI 596,704hum-7 encodes a class IX unconventional myosin heavy chain that contains a myosin motor domain in the head region and zinc-finger and rhoGAP (rho GTPase activating protein) domains in the tail region; HUM-7 is required during embryogenesis for cytokinesis and normal cytoplasmic rearrangements, and by homology, may function in organization of the actin cytoskeleton; the precise expression and localization patterns of HUM-7 are not yet known.
39rpm-1C01B7.6n/achrV 8,812,661rpm-1 encodes an E3 ubiquitin ligase that contains an N-terminal RCC1 (regulator of chromosome condensation)-like guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain and that is orthologous to Drosophila highwire and murine Phr1; RPM-1 functions autonomously within several different types of neurons to regulate presynaptic differentiation; in regulating axon termination, RPM-1 acts through the GLO-4 guanine nucleotide exchange factor that positively regulates vesicular trafficking through GLO-1/Rab; in regulating synaptogenesis, RPM-1 functions as part of an SCF-like ubiquitin ligase complex that negatively regulates signaling through the DLK-1 MAP kinase cascade; RPM-1 is expressed in most, if not all, neurons from the comma stage of embryogenesis through adulthood; RPM-1 expression is also seen in the pharynx, coelomocytes, and distal tip cells; in neurons, RPM-1 localizes to presynaptic terminals.
40F54E4.3F54E4.3n/achrX 14,634,171contains similarity to Melanoplus sanguinipes entomopoxvirus ORF MSV230 hypothetical protein.; TR:Q9YVL2
41rnf-1C06A5.9n/achrI 6,010,654C. elegans RNF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
42Y37H9A.3Y37H9A.3n/achrI 13,785,519contains similarity to Interpro domains IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR006608 (Protein of unknown function DM14), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
43inft-1F58B6.2n/achrIII 1,107,561C. elegans INFT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02181 Formin Homology 2 Domain contains similarity to Interpro domains IPR015425 (Actin-binding FH2), IPR000694 (Proline-rich region), IPR003104 (Actin-binding FH2 and DRF autoregulatory)
44C33B4.2C33B4.2n/achrII 11,371,111contains similarity to Aristolochia gigantea RPB140 (EC 2.7.7.6) (DNA-directed RNA polymerase beta chain)s(Fragment).; TR:O48912
45F13D2.4F13D2.4n/achrX 11,188,488contains similarity to Homo sapiens Isoform 3 of CD109 antigen precursor; HI:HIT000020743
46math-11C16C4.16n/achrII 1,874,693C. elegans MATH-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
47M176.4M176.4n/achrII 9,421,150contains similarity to Pfam domain PF07947 YhhN-like protein contains similarity to Interpro domains IPR012506 (YhhN-like), IPR003492 (Batten's disease protein Cln3)
48C44B12.3C44B12.3n/achrIV 1,105,091
49R07B1.5R07B1.5n/achrX 9,865,660contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
50F38B6.3F38B6.3n/achrX 6,693,910