UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K10E9.1K10E9.10chrI 196,071
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3sec-3F52E4.7n/achrX 3,097,634C. elegans SEC-3 protein ; contains similarity to Danio rerio Exocyst complex component 1.; TR:Q7T2A6
4C06H2.3C06H2.3n/achrV 11,128,767contains similarity to Pfam domains PF02373 (JmjC domain) , PF00583 (Acetyltransferase (GNAT) family) contains similarity to Interpro domains IPR013129 (Transcription factor jumonji), IPR003347 (Transcription factor jumonji/aspartyl beta-hydroxylase), IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
5rpb-11W01G7.3n/achrII 14,060,256C. elegans RPB-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF01193 RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR008193 (DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16 kDa subunit, conserved site), IPR011261 (DNA-directed RNA polymerase, dimerisation), IPR009025 (DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like)
6spr-5Y40B1B.6n/achrI 13,443,987spr-5 encodes the C. elegans ortholog of the human histone demethylase LSD1 (lysine-specific demethylase 1) that functions to mediate chromatin remodeling and transcriptional regulation; loss of spr-5 activity can suppress the egg-laying defective (Egl) phenotype of mutations in sel-12/presenilin and derepresses expression of hop-1, which encodes the second C. elegans presenilin, by 20- to 30-fold; in binding assays and yeast two-hybrid experiments, SPR-5 interacts with SPR-1, the C. elegans ortholog of CoREST.
7scpl-2F45E12.1n/achrII 7,312,591scpl-2 encodes a putative serine/threonine phosphatase, orthologous to budding yeast Nem1p and human DULLARD; SCPL-2 is expressed in pharynx and intestine; SCPL-2 is distantly similar to FCP-1 and SCPL-1, -3, and -4; by orthology, SCPL-2 is expected to localize to the nuclear envelope, to regulate nuclear membrane biogenesis, and to dephosphorylate the phosphatidic acid phosphatase ortholog H37A05.1.
8F54B8.1F54B8.1n/achrV 15,811,031contains similarity to Pfam domain PF03380 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF282 contains similarity to Interpro domain IPR005044 (Protein of unknown function DUF282, Caenorhabditis species)
9W02D3.4W02D3.4n/achrI 6,720,208contains similarity to Pfam domain PF07857 CEO family (DUF1632) contains similarity to Interpro domain IPR012435 (Protein of unknown function DUF1632)
10C25A11.2C25A11.2n/achrX 9,115,559contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
11cpf-1F28C6.3n/achrII 8,601,385C. elegans CPF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
12T12G3.5T12G3.5n/achrIV 12,031,705contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpL51-PA;; FLYBASE:CG13098
13C25G6.5C25G6.5n/achrX 1,253,316contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002232 (5-Hydroxytryptamine 6 receptor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
14ceh-49F17A9.6n/achrV 6,119,282ceh-49 encodes a divergent ONECUT class CUT homeobox protein with a single N-terminal cut domain; CEH-49 has an atypical tyrosine residue at position 48 of its homeodomain rather than a phenylalanine or tryptophan residue; the cut domain may be a compact DNA-binding domain composed of alpha helices; phylogenetically, CEH-49 is (somewhat distantly) affiliated with CEH-48, Drosophila ONECUT, and mammalian HNF6 proteins; CEH-49 has no obvious function in mass RNAi assays.
15F20H11.1F20H11.1n/achrIII 6,590,715contains similarity to Pfam domain PF00130 Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
16F29B9.5F29B9.5n/achrIV 4,652,758contains similarity to Pfam domains PF00085 (Thioredoxin) , PF00578 (AhpC/TSA family) contains similarity to Interpro domains IPR011594 (Thioredoxin-like), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR000866 (Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related)
17C23H3.5C23H3.5n/achrII 48,839
18F55A3.2F55A3.2n/achrI 10,795,710contains similarity to Interpro domains IPR000209 (Peptidase S8 and S53, subtilisin, kexin, sedolisin), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like)
19srh-239T26H5.3n/achrV 15,446,542C. elegans SRH-239 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
20F48E3.2F48E3.2n/achrX 7,491,715contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
21R06F6.2R06F6.2n/achrII 10,790,634contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR016528 (Vacuolar protein sorting-associated protein 11), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000547 (Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat), IPR016024 (Armadillo-type fold), IPR011044 (Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like)
22C14B1.8C14B1.8n/achrIII 3,719,182C14B1.8 encodes a coiled-coil protein.
23prp-17F49D11.1n/achrI 10,938,676C. elegans PRP-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
24dnj-15K08D10.2n/achrIV 4,177,547This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
25F45G2.9F45G2.9n/achrIII 13,436,244contains similarity to Pfam domain PF01728 FtsJ-like methyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR016448 (23S ribosomal RNA methyltransferase), IPR015507 (Ribosomal RNA methyltransferase J), IPR002877 (Ribosomal RNA methyltransferase RrmJ/FtsJ)
26C26E6.3C26E6.3n/achrIII 4,945,871contains similarity to Pfam domain PF04078 Cell differentiation family, Rcd1-like contains similarity to Interpro domain IPR007216 (Cell differentiation proteins, Rcd1-like)
27W09C3.4W09C3.4n/achrI 4,705,213contains similarity to Pfam domain PF05158 RNA polymerase Rpc34 subunit contains similarity to Interpro domains IPR016049 (RNA polymerase Rpc34-like), IPR007832 (RNA polymerase Rpc34)
28R12C12.5R12C12.5n/achrII 6,044,615contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
29nhr-168C50B6.8n/achrV 13,332,476C. elegans NHR-168 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
30C01B10.4C01B10.4n/achrIV 6,630,045contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
31R10E4.11R10E4.11n/achrIII 4,299,234contains similarity to Pfam domain PF00096 (Zinc finger, C2H2 type)
32ZK1236.5ZK1236.5n/achrIII 8,431,825ZK1236.5 encodes a protein with no obvious non-nematode homologs; either ZK1236.9, or ZK1236.5, or both proteins weakly inhibit DHC-1 in vivo; likewise, either ZK1236.5, or ZK1236.9, or both proteins are required in mass RNAi assays for normal osmoregulation and normally rapid growth.
33W06B4.3W06B4.3n/achrII 4,464,653contains similarity to Pfam domain PF05131 Pep3/Vps18/deep orange family contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR007810 (Pep3/Vps18/deep orange), IPR016024 (Armadillo-type fold)
34C07A4.1C07A4.1n/achrX 10,169,900contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
35npp-5F07A11.3n/achrII 11,598,202C. elegans NPP-5 protein; contains similarity to Interpro domain IPR007252 (Nuclear pore protein 84/107)
36itsn-1Y116A8C.36n/achrIV 17,122,917tag-11/Y116A8C.36 encodes a homolog of human NCF1, which when mutated leads to chronic granulomatous disease (OMIM:306400).
37C50D2.5C50D2.5n/achrII 98,671contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR002343 (Paraneoplastic encephalomyelitis antigen)
38C55C3.5C55C3.5n/achrIV 5,699,611contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
39exos-1Y48A6B.5n/achrIII 11,009,701C. elegans EXOS-1 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Csl4-PA;; FLYBASE:CG6249
40tag-313Y66H1A.3n/achrIV 444,376C. elegans TAG-313 protein ; contains similarity to Bos taurus 39S ribosomal protein L55, mitochondrial precursor (L55mt) (MRP-L55).; SW:P0C2B8
41mtr-4W08D2.7n/achrIV 9,828,133C. elegans MTR-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF08148 (DSHCT (NUC185) domain) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR016438 (RNA helicase, ATP-dependent, SK12/DOB1), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR012961 (DSH, C-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
42W05G11.2W05G11.2n/achrIII 58,191contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal)
43K11E4.2K11E4.2n/achrX 13,718,299contains similarity to Pfam domain PF00017 SH2 domain contains similarity to Interpro domains IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region), IPR000980 (SH2 motif)
44ucp-4K07B1.3n/achrV 9,335,690C. elegans UCP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002030 (Mitochondrial brown fat uncoupling protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
45npp-4Y54E5A.4n/achrI 14,703,902C. elegans NPP-4 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR007758 (Nucleoporin, Nsp1-like, C-terminal)
46efl-1Y102A5C.18n/achrV 16,962,099efl-1 encodes a homolog of mammalian E2F that is required for embryonic asymmetry and that functions as a transcriptional repressor; during vulval development, efl-1, a class B synMuv gene, acts with class B synMuv genes dpl-1 and lin-35/Rb to antagonize receptor tyrosine kinase and Ras-mediated signaling; EFL-1 also negatively regulates the G1 to S phase cell cycle transition.
47fbxb-78E04A4.1n/achrIV 4,738,137This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
48nol-9K09B11.2n/achrIV 13,425,891C. elegans NOL-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF08160 NUC156 domain contains similarity to Interpro domains IPR012581 (NUC156), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
49dyrb-1T24H10.6n/achrII 9,106,748dyrb-1 encodes a small (95-residue) putative cytoplasmic dynein light chain 2A that inhibits DHC-1 in vivo, and is also required for mitotic spindle positioning, embryonic viability and fertility; DYRB-1 is orthologous to Drosophila ROADBLOCK (and six Drosophila paralogs), Chlamydomonas LC7, human DYNLRB1 (OMIM:607167), and human DYNLRB2 (OMIM:607168); dyrb-1(RNAi) and dyrb-1(tm2645) both suppress the lethality of conditional dhc-1 mutations, and dyrb-1(RNAi) suppresses dhc-1(or195) spindle length and cytokinesis defects as well, indicating that DYRB-1 negatively regulates dynein; in oocytes and early embryos, DYRB-1 is associated with nuclear envelopes and centrosomes, and with meiotic and mitotic spindle poles; like DHC-1 itself, DYRB-1 is strongly mislocalized to centrosomes in dhc-1(or195) animals shifted to nonpermissive temperature.
50T05H4.11T05H4.11n/achrV 6,425,085