UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K09H11.5K09H11.59e-46chrV 5,728,063
2F28B1.5F28B1.5n/achrV 17,058,496
3nhr-181F38H12.3n/achrV 4,097,665nhr-181 encodes a putative nuclear hormone receptor (NHR), belonging to a large nematode-specific expanded family of NHRs, that inhibits CEP-1- and HUS-1-dependent germline apoptosis as do BMK-1, RAD-50, and RAD-51.
4clec-19F36H5.6n/achrII 1,744,331C. elegans CLEC-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR002345 (Lipocalin), IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
5rps-8F42C5.8n/achrIV 7,313,435rps-8 encodes a small ribosomal subunit S8 protein; by homology, RPS-8 is predicted to function in protein biosynthesis; in C. elegans, RPS-8 activity is required for germline development and the overall health of the animal.
6apx-1K08D9.3n/achrV 3,216,670apx-1 encodes one of ten C. elegans DSL (Delta, Serrate, LAG-2) proteins, integral transmembrane and secreted proteins that function as signaling ligands for the Notch family receptors GLP-1 and LIN-12; in the 4-cell embryo, maternally supplied APX-1 functions as a GLP-1 ligand for an inductive interaction that specifies the fate of the ABp blastomere; later in embryogenesis, APX-1 is required for formation of the LIN-12-dependent, invariant asymmetrical twist that occurs as part of normal gut morphogenesis; during larval development, APX-1 is required redundantly with DSL-1 and LAG-2 for the LIN-12-mediated lateral signal that spatially patterns the primary and secondary vulval cell lineages; in the early embryo, APX-1 is first detected at the anterior edge of the P1 blastomere, with later expression visible in P2 at sites of contact with ABp, and in the cytoplasm of the EMS and P3 blastomeres; expression in the vulval precursor cells (VPCs) is detected in the primary VPC, P6.p, and its descendants; embryonic APX-1 expression is dependent upon PIE-1 activity, while later vulval expression is mediated by the Ras signaling pathway and the SUR-2 transcriptional cofactor.
7smgl-1F20G4.1n/achrI 7,922,384C. elegans SMGL-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR011046 (WD40 repeat-like)
8F16H6.5F16H6.5n/achrV 18,202,582contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
9col-162Y2H9A.3n/achrV 13,442,665C. elegans COL-162 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR003979 (Tropoelastin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
10B0001.4B0001.4n/achrIV 12,136,377contains similarity to Pfam domain PF00485 Phosphoribulokinase / Uridine kinase family contains similarity to Interpro domains IPR000764 (Uridine kinase), IPR006083 (Phosphoribulokinase/uridine kinase), IPR006082 (Phosphoribulokinase), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
11srd-41F17A2.6n/achrX 12,327,467C. elegans SRD-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site)
12cnc-5R09B5.10n/achrV 1,445,607cnc-5 encodes one of six C. elegans caenacin peptides; CNC-5 is predicted to be a secreted protein that, based upon similarity to CNC-2, -4, and -6, may function as an antimicrobial peptide in the innate immune response.
13R05D7.5R05D7.5n/achrI 12,186,205contains similarity to Ascaris suum P40.; TR:Q7YXJ9
14B0511.5B0511.5n/achrI 10,630,197contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
15C33G3.6C33G3.6n/achrX 14,082,413contains similarity to Paramecium tetraurelia Chromosome undetermined scaffold_2, whole genome shotgun sequence.; TR:A0CJH0
16ram-5T24C2.1n/achrX 14,553,138ram-5 encodes a novel transmembrane protein; during male tail development, ram-5 activity is required in ray structural cells for proper sensory ray morphogenesis; a RAM-5::GFP fusion protein is expressed in all of the ray structural cells of the male tail, as well as additional sensory support cells in both hermaphrodites and males, including those of the inner labial sensilla as well as the ADE, PDE, and phasmid socket cells.
17str-238R09E12.4n/achrV 768,810C. elegans STR-238 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
18C05E11.2C05E11.2n/achrX 4,587,427
19F40E3.2F40E3.2n/achrI 2,643,222
20R03H4.1R03H4.1n/achrV 9,018,100contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
21F52C12.4F52C12.4n/achrIV 1,934,886contains similarity to Pfam domains PF01535 (PPR repeat) , PF02141 (DENN (AEX-3) domain) , PF03456 (uDENN domain) , PF03455 (dDENN domain) contains similarity to Interpro domains IPR005112 (dDENN), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR005113 (uDENN), IPR002885 (Pentatricopeptide repeat), IPR001194 (DENN)
22T07D3.5T07D3.5n/achrII 886,263contains similarity to Pfam domain PF06828 Fukutin-related contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR009644 (Fukutin-related)
23T14G11.1T14G11.1n/achrX 2,690,488
24F22B7.1F22B7.1n/achrIII 8,666,020
25B0286.1B0286.1n/achrII 4,382,555contains similarity to Homo sapiens Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8; ENSEMBL:ENSP00000302239
26F23H11.6F23H11.6n/achrIII 914,468
27R07B1.8R07B1.8n/achrX 9,871,676
28elp-1F38A6.2n/achrV 20,762,946elp-1 encodes a WD repeat-containing protein that is the sole C. elegans EMAP (echinoderm microtubule-associated protein) homolog; ELP-1 binds microtubules in vitro, but as loss of ELP-1 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of ELP-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; ELP-1 is expressed in many tissues, including body wall muscle, male-specific sex muscles, the vulva, spermatheca, sensory neurons, and intestinal cells.
29srh-266F31F4.6n/achrV 665,362C. elegans SRH-266 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
30B0564.9B0564.9n/achrIV 13,137,002contains similarity to Pfam domains PF00560 (Leucine Rich Repeat) , PF07723 (Leucine Rich Repeat) contains similarity to Interpro domain IPR006553 (Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype)
31D1081.4D1081.4n/achrI 8,475,188contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
32F20D1.8F20D1.8n/achrX 14,996,828contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
33R12B2.3R12B2.3n/achrIII 5,806,220
34clec-240F49H6.1n/achrV 17,011,082C. elegans CLEC-240 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
35R06B9.2R06B9.2n/achrII 13,767,269contains similarity to Pfam domain PF00339 Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
36F53A3.1F53A3.1n/achrIII 1,941,574
37crb-1F11C7.4n/achrX 17,408,117crb-1 encodes a homolog of Drosophila CRUMBS that affects dauer formation and feeding behavior; CRB-1 can bind cyclic AMP-response element (CRE) sites and be phosphorylated by PKA in vitro, and is expressed immediately apical to the zonula adherens in embryos and then ubiquitously later during development and in adults; CRB-1 is homologous to human CRB1 (OMIM:604210, mutated in retinitis pigmentosa 12 or Leber congenital amaurosis).
38M70.5M70.5n/achrIV 2,270,286contains similarity to Pfam domain PF01436 NHL repeat contains similarity to Interpro domains IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR001258 (NHL repeat)
39ptr-13K07C10.1n/achrII 11,159,735ptr-13 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-13 is weakly required for normal molting from L4 to adult stages; PTR-13 is also required for normal growth to full size and locomotion.
40F59A2.2F59A2.2n/achrIII 3,408,380contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2EN31
41F21E9.6F21E9.6n/achrX 1,356,015
42T08H10.3T08H10.3n/achrV 4,472,476
43immp-1C24H11.6n/achrIII 11,775,731C. elegans IMMP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00717 Peptidase S24-like contains similarity to Interpro domains IPR001733 (Peptidase S26B, eukaryotic signal peptidase), IPR015927 (Peptidase S24, S26A, S26B and S26C), IPR014037 (Peptidase S26A), IPR011056 (Peptidase S24, S26A and S26B, C-terminal), IPR000223 (Peptidase S26A, signal peptidase I)
44C05D9.3C05D9.3n/achrX 1,114,346contains similarity to Pfam domain PF07974 EGF-like domain contains similarity to Interpro domains IPR002369 (Integrin beta subunit, N-terminal), IPR001169 (Integrin beta subunit, C-terminal), IPR015812 (Integrin beta subunit), IPR003659 (Plexin/semaphorin/integrin), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013111 (EGF, extracellular)
45F53H2.3F53H2.3n/achrV 20,399,182contains similarity to Interpro domain IPR006034 (Asparaginase/glutaminase)
46srm-3F58G6.2n/achrIV 9,649,830C. elegans SRM-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
47math-17C16C4.9n/achrII 1,880,205C. elegans MATH-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
48K04D7.4K04D7.4n/achrIV 10,189,101contains similarity to Pfam domains PF00047 (Immunoglobulin domain) , PF00041 (Fibronectin type III domain) (3), PF00102 (Protein-tyrosine phosphatase) contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR003962 (Fibronectin, type III subdomain), IPR013151 (Immunoglobulin)
49T25G3.4T25G3.4n/achrI 7,566,145T25G3.4 encodes a putative mitochondrial glycerol-3-phosphate dehydrogenase, paralogous to Y50E8A.6 and orthologous to human GPD2 (OMIM:138430, mutated in type II diabetes mellitus); T25G3.4 transcripts are not obviously enriched during oogenesis, but T25G3.4 is predicted to be coexpressed in an operon with chs-1 and T25G3.3; such coexpression, if real, may simply reflect all three genes being required for oogenesis, rather than some more detailed functional connection; T25G3.4 has no obvious function in mass RNAi assays.
50F09C11.1F09C11.1n/achrIV 543,658