UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1K09A9.1K09A9.10chrX 15,609,812contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
4F59F5.2F59F5.2n/achrX 10,534,095contains similarity to Cryptosporidium parvum Exonuclease ii, possible.; TR:Q7YYI5
5gpa-12F18G5.3n/achrX 9,247,895gpa-12 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; it is expressed in the pharynx and in the hypodermis.
6M03A8.3M03A8.3n/achrX 6,802,151n/a
7cah-3K05G3.3n/achrX 16,488,368cah-3 encodes a putative carbonic anhydrase, closely similar to its paralog CAH-5; cah-3 is expressed in intestine and head (including neurons) of L3 larvae through adults, and its transcription is moderately stimulated by DBL-1 and SMA-2; CAH-3 is bound by CKU-80 in two-hybrid assays, but has no obvious function in mass RNAi assays.
8ari-1C27A12.8n/achrI 6,059,904C. elegans ARI-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01485 IBR domain contains similarity to Interpro domains IPR009060 (UBA-like), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
9gst-21ZK697.6n/achrV 1,731,381C. elegans GST-21 protein; contains similarity to Pfam domains PF00043 (Glutathione S-transferase, C-terminal domain) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
10unc-116R05D3.7n/achrIII 8,353,130unc-116 encodes a kinesin-1 heavy chain orthologue; UNC-116 is predicted to function as an an anterograde microtubule-based motor and its activity is required for normal early translocation of the meiotic spindle to the oocyte cortex, cortical positioning of the meiosis II spindle, polar body formation, locomotion, and larval development; in regulating meiotic spindle translocation, UNC-116 may function as part of a complex containing the kinesin light chain KLC-2 and a novel cargo adaptor protein, KCA-1.
11srv-29T13A10.6n/achrIV 6,265,730C. elegans SRV-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
12C39E9.10C39E9.10n/achrIV 13,088,275contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR006052 (Tumor Necrosis Factor), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
13F29C12.4F29C12.4n/achrII 13,119,692contains similarity to Pfam domains PF03764 (Elongation factor G, domain IV) , PF03144 (Elongation factor Tu domain 2) , PF00009 (Elongation factor Tu GTP binding domain) , PF00679 (Elongation factor G C-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR000795 (Protein synthesis factor, GTP-binding), IPR005517 (Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR004161 (Translation elongation factor EFTu/EF1A, domain 2), IPR009000 (Translation elongation and initiation factors/Ribosomal, beta-barrel), IPR000640 (Translation elongation factor EFG/EF2, C-terminal), IPR004540 (Translation elongation factor EFG/EF2), IPR014721 (Ribosomal protein S5 domain 2-type fold), IPR009022 (Elongation factor G, III and V)
14spon-1F10E7.4n/achrII 7,118,495C. elegans SPON-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF06468 (Spondin_N) , PF00090 (Thrombospondin type 1 domain) (5), PF00014 (Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain) , PF02014 (Reeler domain) contains similarity to Interpro domains IPR000884 (Thrombospondin, type I), IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR003067 (Plasmodium circumsporozoite protein), IPR009465 (Spondin, N-terminal), IPR002861 (Reeler region)
15gei-18Y37A1B.15n/achrIV 13,981,773C. elegans GEI-18 protein ;
16cpn-4F49D11.8n/achrI 10,925,036cpn-4 encodes a calponin homolog, most closely related to its paralog CPN-3 in C. elegans; CPN-4 is somewhat more similar to calponins per se (such as CLP1 and CLP2 in humans) than to the to the calponin paralogs transgelin (SM22 alpha) or neuronal protein NP25.
17Y45G12C.3Y45G12C.3n/achrV 2,556,848contains similarity to Pfam domain PF02798 Glutathione S-transferase, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
18Y54G11A.4Y54G11A.4n/achrII 14,294,300contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site), IPR000023 (Phosphofructokinase)
19ldh-1F13D12.2n/achrII 11,725,839ldh-1 is orthologous to the human gene LACTATE DEHYDROGENASE B (LDHB; OMIM:150100), which when mutated leads to lactate dehydrogenase-B deficiency.
20pqn-71T23F1.6n/achrV 15,466,350The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
21pgp-14F22E10.3n/achrX 12,747,072pgp-14 encodes a member of the ABC transporter family with high similarity to the vertebrate MDR (multidrug resistance) family; PGP-14 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of pgp-14 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious defects, the precise role of pgp-14 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; pgp-14 promoter-gfp fusion proteins are expressed in larvae and adults in the anterior pharynx.
22T21B6.3T21B6.3n/achrX 10,946,988The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
23dre-1K04A8.6n/achrV 6,535,821dre-1 encodes an ortholog of human FBXO11/PRMT9 (OMIM:607871, associated with vitiligo and otitis media) that is required, in conjunction with DAF-12 and its partners, for global developmental timing of the transistion from larval to adult cell fates; DRE-1 has an N-terminal F-box domain, three central tandem C-terminal CASH domains, and a C-terminal zinc finger; hypomorphic dre-1 mutations are synthetically heterochronic with loss-of-function daf-12 alleles, inducing defective distal tip cell migration and precocious fusion of seam cells; five different hypomorphic dre-1 alleles alter conserved glycine residues in the CASH domain region, whereas the null dre-1(hd60) allele is lethal at the three-fold embryo stage; DRE-1 is expressed in many tissues, including epidermal and distal tip cells, and localizes to both nucleus and cytoplasm; strong loss-of-function of dre-1 (the dh99 mutant fed RNAi) induces defects at all four molts; dre-1 also has synthetic phenotypes with daf-9(k182), daf-36(k114), and lin-29(n546); dre-1-like enhancement of daf-12 is also seen in skr-1(RNAi), cul-1(RNAi), or rbx-1/2(RNAi) animals; DRE-1 and SKR-1 bind one another, as do their human orthologs; DRE-1 affects lin-29 expression, and is suppressed by lin-42(RNAi); DRE-1 is paralogous to C. elegans BE0003N10.3.
24C01F1.5C01F1.5n/achrII 4,280,801contains similarity to Interpro domain IPR001506 (Peptidase M12A, astacin)
25K03C7.3K03C7.3n/achrX 3,828,246
26D1005.3D1005.3n/achrX 1,453,357contains similarity to Pfam domain PF07716 Basic region leucine zipper contains similarity to Interpro domains IPR011700 (Basic leucine zipper), IPR004827 (Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor)
27F35H10.10F35H10.10n/achrIV 8,310,117contains similarity to Pfam domain PF00003 7 transmembrane receptor (metabotropic glutamate family) contains similarity to Interpro domain IPR000337 (GPCR, family 3)
28R10E8.3R10E8.3n/achrV 18,235,608contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
29F07A5.3F07A5.3n/achrI 7,355,830contains similarity to Pfam domain PF01130 CD36 family contains similarity to Interpro domain IPR002159 (CD36 antigen)
30F37H8.3F37H8.3n/achrII 11,182,323contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR011945 (Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal), IPR006402 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
31M03B6.2M03B6.2n/achrX 13,855,038contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
32ckb-2B0285.9n/achrIII 4,368,967ckb-2 encodes an isoform of choline kinase whose activity has been verified in vitro; CKB-1 through CKB-4 comprise a related group ('B') of choline kinases; purified CKB-2 has a strong preference for choline over ethanolamine, a specific activity of 2.4 micromol/min/mg protein and a pH optimum near 10.
33mec-12C44B11.3n/achrIII 3,135,388mec-12 encodes a novel C. elegans alpha-tubulin that is unique amongst C. elegans alpha tubulins in that it may be subject to post-translational acetylation; MEC-12 is required for normal mechanosensory response to gentle touch, and specifically for formation of the 15-protofilament microtubule bundle present in the touch receptor neurons; mec-12 interacts genetically with mec-5, which encodes a unique C. elegans collagen secreted by the hypodermis; MEC-12 is highly expressed in the touch neurons as well as in several other neurons that do not contains the microfilament bundle, such as the ventral cord motorneurons.
34gst-33C02A12.1n/achrV 3,468,009C. elegans GST-33 protein; contains similarity to Pfam domains PF00043 (Glutathione S-transferase, C-terminal domain) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
35C05C9.1C05C9.1n/achrX 11,162,259contains similarity to Pfam domain PF02886 LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
36vha-19Y55H10A.1n/achrIV 3,371,328vha-19 encodes an ortholog of subunit Ac45 of the membrane-bound (V0) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); VHA-19 is a predicted V-ATPase transmembrane rotor component; Ac45 is a nonhomologous replacement for subunit c', which is found in fungi but not in animals; conversely, orthologs of Ac45 are only found in animals; VHA-19 is predicted to help carry protons from the cytosol to a-subunits (VHA-5, VHA-6, VHA-7, or UNC-32) for transmembrane export.
37C11E4.6C11E4.6n/achrX 9,613,728contains similarity to Pfam domains PF07647 (SAM domain (Sterile alpha motif)) , PF00640 (Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID)) , PF00023 (Ankyrin repeat) (5), PF00536 (SAM domain (Sterile alpha motif)) contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR002110 (Ankyrin), IPR013761 (Sterile alpha motif-type), IPR001660 (Sterile alpha motif SAM), IPR011510 (Sterile alpha motif homology 2), IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region)
38gei-15M03A8.4n/achrX 6,821,678C. elegans GEI-15 protein ;
39tag-320B0403.4n/achrX 7,067,404C. elegans TAG-320 protein; contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR005788 (Disulphide isomerase), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related), IPR012336 (Thioredoxin-like fold)
40rps-30C26F1.4n/achrV 7,776,842rps-30 encodes two proteins, a small ribosomal subunit S30 protein and ubiquitin, which is cleaved from the ribosomal protein posttranslationally; by homology, S30 is predicted to function in protein biosynthesis and ubiquitin in protein degradation; in C. elegans, loss of rps-30 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities.
41W09C5.8W09C5.8n/achrI 13,658,783contains similarity to Pfam domain PF02936 Cytochrome c oxidase subunit IV contains similarity to Interpro domains IPR013288 (Cytochrome c oxidase subunit 4), IPR004203 (Cytochrome c oxidase subunit IV)
42E03H4.8E03H4.8n/achrI 12,425,649contains similarity to Pfam domain PF04053 Coatomer WD associated region contains similarity to Interpro domains IPR006692 (Coatomer, WD associated region), IPR011046 (WD40 repeat-like)
43prp-8C50C3.6n/achrIII 8,168,465prp-8 is orthologous to the human gene SIMILAR TO U5 SNRNP-SPECIFIC PROTEIN (220 KD), ORTHOLOG OF S.
44F08D12.1F08D12.1n/achrII 2,790,710contains similarity to Pfam domains PF08492 (SRP72 RNA-binding domain) , PF00515 (Tetratricopeptide repeat) (2), PF07720 (Tetratricopeptide repeat) contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR013699 (Signal recognition particle, SRP72 subunit, RNA-binding), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
45F16G10.7F16G10.7n/achrII 2,379,927contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
46Y54G9A.4Y54G9A.4n/achrII 13,714,353contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
47T05B4.12T05B4.12n/achrV 4,124,080contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
48nhr-45F16H11.5n/achrX 4,658,348C. elegans NHR-45 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
49ugt-16ZC443.6n/achrV 12,826,207C. elegans UGT-16 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
50K06A1.3K06A1.3n/achrII 6,442,625contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)