UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1cul-6K08E7.70chrIV 12,588,438cul-6 encodes a member of the cullin family that may physically interact with SKR-3.
2twk-26C33D12.3n/achrX 3,052,381C. elegans TWK-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
3T22F3.7T22F3.7n/achrV 3,599,159contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
4cnb-1F55C10.1n/achrV 11,376,767cnb-1 encodes an ortholog of calcineurin B, the regulatory subunit of the protein phosphatase 2B with four EF-hand motifs for calcium binding, that binds TAX-6 (a calcineurin A ortholog) in a calcium-dependent manner; CNB-1 binds calcium, enhances the phosphatase activity of TAX-6 in vitro, promotes transcription of rcn-1, and is required for normal cuticle formation, sperm morphology, and brood size.
5K09C4.10K09C4.10n/achrX 3,278,116contains similarity to Staphylococcus aureus Serine-rich adhesin for platelets precursor (Staphylococcus aureusssurface protein A).; SW:Q7A362
6K10D11.3K10D11.3n/achrIV 12,984,093contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR003366 (CUB-like region)
7F13B6.2F13B6.2n/achrIV 7,459,793
8H28O16.2H28O16.2n/achrI 12,649,720contains similarity to Pfam domain PF00498 FHA domain contains similarity to Interpro domains IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR000253 (Forkhead-associated)
9F54D7.2F54D7.2n/achrI 4,807,641contains similarity to Pfam domain PF01066 CDP-alcohol phosphatidyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR014472 (Choline/ethanolaminephosphotransferase), IPR000462 (CDP-alcohol phosphatidyltransferase)
10F52C6.13F52C6.13n/achrII 1,930,469
11B0495.9B0495.9n/achrII 7,708,071
12B0285.6B0285.6n/achrIII 4,354,080B0285.6 encodes a predicted sodium-coupled carboxylate transporter that is one of four C. elegans proteins related to Drosophila Indy and the mammalian NaDC1 and NaDC3 transporters; B0285.6::lacZ reporter fusions are expressed in the excretory cell, from early larval stages through adulthood, with some later expression occasionally seen in two large unidentified structures on the dorsal side of the pharyngeal terminal bulb.
13srh-265T06E6.9n/achrV 15,416,909C. elegans SRH-265 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
14F38B6.4F38B6.4n/achrX 6,677,310contains similarity to Pfam domains PF02844 (Phosphoribosylglycinamide synthetase, N domain) , PF02769 (AIR synthase related protein, C-terminal domain) , PF02843 (Phosphoribosylglycinamide synthetase, C domain) , PF01071 (Phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp (A) domain) , PF00551 (Formyl transferase) , PF00586 (AIR synthase related protein, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR016185 (PreATP-grasp-like fold), IPR011761 (ATP-grasp fold), IPR004733 (Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase), IPR002376 (Formyl transferase, N-terminal), IPR016188 (PurM, N-terminal-like), IPR000728 (AIR synthase related protein), IPR004607 (Phosphoribosylglycinamide formyltransferase), IPR013815 (ATP-grasp fold, subdomain 1), IPR010918 (AIR synthase related protein, C-terminal), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR013817 (Pre-ATP-grasp fold), IPR011054 (Rudiment single hybrid motif), IPR000115 (Phosphoribosylglycinamide synthetase)
15D2023.5D2023.5n/achrV 11,826,462contains similarity to Interpro domain IPR001763 (Rhodanese-like)
16smg-5W02D3.8n/achrI 6,735,096smg-5 encodes a novel protein that contains two N-terminal tetratricopeptide (TPR) repeats and a C-terminal PINc domain found in nucleotide-binding proteins; SMG-5 is a component of the nonsense-mediated mRNA decay (NMD) pathway and likely functions in regulation of dephosphorylation of SMG-2, the C. elegans UPF1 ortholog, an ATPase and RNA helicase required for NMD in worms, yeast, and mammals; SMG-5 physically interacts with SMG-7, SMG-2, and the PAA-1 and LET-92 structural and catalytic subunits, respectively, of a protein phosphatase 2A (PP2A), suggesting that SMG-5 may function to direct SMG-2 to a PP2A phosphatase that regulates its activity in vivo; SMG-5 also interacts, in vivo, with components of the RNA interference (RNAi) pathway, suggesting a potential link between RNAi and NMD; SMG-5::GFP fusion proteins localize to both the nucleus and the cytoplasm.
17F55G1.9F55G1.9n/achrIV 7,476,741contains similarity to Pfam domain PF03807 NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent contains similarity to Interpro domains IPR004455 (NADP oxidoreductase, coenzyme F420-dependent), IPR000304 (Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
18F28C1.1F28C1.1n/achrV 12,452,041contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG6695-PA;; FLYBASE:CG6695
19elt-2C33D3.1n/achrX 10,482,266elt-2 encodes a GATA-type transcription factor most similar to the vertebrate GATA4-6 transcription factors required for cardiac and endoderm development (OMIM:601656, 600576); in C. elegans, ELT-2 is required redundantly with ELT-7 for initiating and maintaining terminal differentiation of the intestine; ELT-2 is expressed solely in the intestine, beginning embryonically at the 2E-cell stage and continuing in all intestinal cells throughout the life of the animal; in the regulatory hierarchy controlling endoderm development, ELT-2 lies downstream of the maternal regulators SKN-1 and POP-1 and the embryonic GATA factors MED-1/-2, and END-1/-3; in turn, ELT-2, along with ELT-7, likely regulates transcription of a number of intestine-specific terminal differentiation genes such as ges-1, ifb-2, pha-4, and the stress-induced mtl-2; ELT-2 also positively autoregulates, presumably to ensure maintenance of intestinal differentiation
20C33G3.4C33G3.4n/achrX 14,073,660C33G3.4 is orthologous to the human gene BETA-MANNOSIDASE (MANBA; OMIM:248510), which when mutated leads to disease.
21C32D5.6C32D5.6n/achrII 6,332,890contains similarity to Interpro domain IPR013026 (Tetratricopeptide region)
22T09E8.3T09E8.3n/achrV 13,180,913contains similarity to Pfam domain PF03311 Cornichon protein contains similarity to Interpro domain IPR003377 (Cornichon)
23D1054.1D1054.1n/achrV 10,769,166contains similarity to Pfam domain PF01734 Patatin-like phospholipase contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR002641 (Patatin)
24C40H5.3C40H5.3n/achrX 11,760,088contains similarity to Solanum aggregatum NADH dehydrogenase subunit (Fragment).; TR:Q8HSG2
25F19C7.2F19C7.2n/achrIV 4,601,343contains similarity to Pfam domain PF05577 Serine carboxypeptidase S28 contains similarity to Interpro domain IPR008758 (Peptidase S28)
26nhr-267H22D14.1n/achrIV 9,285,626C. elegans NHR-267 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
27C31E10.7C31E10.7n/achrX 14,002,346C31E10.7 is orthologous to the human gene UNKNOWN (PROTEIN FOR MGC:10230) (CYB5; OMIM:250790), which when mutated leads to disease.
28W04C9.2W04C9.2n/achrI 489,263
29nfyc-1F23F1.1n/achrII 44,432C. elegans NFYC-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00808 (Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone) , PF00125 (Core histone H2A/H2B/H3/H4) contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR007125 (Histone core), IPR003958 (Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone)
30C16B8.2C16B8.2n/achrX 3,963,843
31C32D5.10C32D5.10n/achrII 6,350,550contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
32tgt-1ZK829.6n/achrIV 11,958,629tgt-1 encodes a tRNA-guanine transglycosylase predicted to be mitochondrial.
33F31A3.3F31A3.3n/achrX 17,533,568
34ulp-2Y38A8.3n/achrII 4,957,746C. elegans ULP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
35K02G10.5K02G10.5n/achrX 4,689,524contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF03137 (Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family) contains similarity to Interpro domains IPR004156 (Organic anion transporter polypeptide OATP), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
36ZK673.1ZK673.1n/achrII 10,444,162contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
37math-35R52.3n/achrII 2,105,696C. elegans MATH-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
38C05B5.5C05B5.5n/achrIII 10,002,152This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
39pxn-2K09C8.5n/achrX 10,975,651C. elegans PXN-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00047 (Immunoglobulin domain) (2), PF00560 (Leucine Rich Repeat) (3), PF01462 (Leucine rich repeat N-terminal domain) , PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) (2), PF03098 (Animal haem peroxidase) contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR010255 (Haem peroxidase), IPR003596 (Immunoglobulin V-set, subgroup), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR002007 (Haem peroxidase, animal), IPR000372 (Leucine-rich repeat, cysteine-rich flanking region, N-terminal), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR013151 (Immunoglobulin)
40C46G7.2C46G7.2n/achrIV 6,016,483contains similarity to Anisakis simplex 29kDa protein from Anisakis simplex.; TR:Q9U5Z9
41pqn-29F10F2.9n/achrIII 4,645,137The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
42hint-1F21C3.3n/achrI 7,280,150C. elegans HINT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01230 HIT domain contains similarity to Interpro domains IPR001310 (Histidine triad (HIT) protein), IPR011151 (Histidine triad motif), IPR011146 (Histidine triad-like motif)
43math-19C40D2.1n/achrII 1,999,260C. elegans MATH-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
44C05E11.7C05E11.7n/achrX 4,583,603
45lrs-1R74.1n/achrIII 4,184,221lrs-1 encodes a predicted cytoplasmic leucyl-tRNA synthetase (LeuRS), a class I aminoacyl-tRNA synthetase that catalyzes the attachment of leucine to its cognate tRNA and is thus required for protein biosynthesis; LRS-1 activity is required for embryonic, larval, and germline development, as well as normal body morphology and rates of postembryonic growth.
46F28C6.8F28C6.8n/achrII 8,607,222contains similarity to Pfam domain PF00782 Dual specificity phosphatase, catalytic domain contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
47ZC504.3ZC504.3n/achrX 10,418,158contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR008351 (JNK MAP kinase), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
48Y37A1B.5Y37A1B.5n/achrIV 14,053,897contains similarity to Pfam domain PF05694 56kDa selenium binding protein (SBP56) contains similarity to Interpro domains IPR008826 (Selenium-binding protein), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
49nas-38F57C12.1n/achrX 560,901C. elegans NAS-38 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00090 (Thrombospondin type 1 domain) , PF01400 (Astacin (Peptidase family M12A)) contains similarity to Interpro domains IPR000884 (Thrombospondin, type I), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001506 (Peptidase M12A, astacin), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR000859 (CUB), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
50gbh-1D2089.5n/achrII 10,692,053gbh-1 encodes a predicted ortholog of human hBBOX1; expressed in the intestine and in head and body muscles.