UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K08E7.1K08E7.10chrIV 12,565,008contains similarity to Pfam domain PF07534 TLD contains similarity to Interpro domain IPR006571 (TLDc)
2F02C12.3F02C12.3n/achrX 13,397,291
3cdk-8F39H11.3n/achrI 8,704,132cdk-8 encodes a member of the cyclin-dependent serine/threonine protein kinase family orthologous to human CDK8 (OMIM:603184) which functions in transcriptional regulation with the positive regulatory factor cyclin C, is associated with the RNA polymerase II holoenzyme, and may regulate gene-specific activators; CDK-8 also contains a glutamine/asparagine-rich domain; loss of cdk-8 function via RNA-mediated interference (RNAi) results in sterility in the injected hermaphrodite, suggesting that in C. elegans, CDK-8 may play a role in germ-line development.
4spt-4F54C4.2n/achrIII 69,455C. elegans SPT-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF06093 Transcription elongation protein Spt4 contains similarity to Interpro domains IPR016046 (Transcription initiation Spt4-like), IPR009287 (Transcription initiation Spt4)
5C35D10.1C35D10.1n/achrIII 4,880,584contains similarity to Interpro domain IPR013784 (Carbohydrate-binding-like fold)
6C24D10.4C24D10.4n/achrIV 5,160,919
7T23E1.2T23E1.2n/achrIV 3,144,252
8B0511.2B0511.2n/achrI 10,651,985contains similarity to Interpro domain IPR015804 (Cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia, C-terminal)
9C27F2.7C27F2.7n/achrIII 4,982,522This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
10Y23H5A.2Y23H5A.2n/achrI 2,622,537Y23H5A.2 encodes a Caenorhabditis-specific protein, without obvious similarities or motifs; Y23H5A.2 inhibits CEP-1- and HUS-1-dependent germline apoptosis, as do BMK-1, RAD-50, and RAD-51.
11nud-2R11A5.2n/achrI 7,858,613nud-2 encodes an ortholog of human NDE1 (OMIM:609449) and NDEL1 (OMIM:607538), effectors of LIS1 (OMIM:601545); NUD-2, along with other orthologs of LIS1-associated proteins (NUD-1, DHC-1, CDK-5, and CDKA-1), is required to prevent convulsions induced by exposure to the GABA antagonist pentylenetetrazole (PTZ); nud-2(RNAi), like RNAi of nud-1 et al., not only induces PTZ susceptibility but also causes GABA-containing synaptic vesicles in the ventral nerve cord to be distributed raggedly, and nud-2(RNAi) animals are abnormally susceptible to paralysis by the GABA agonist muscimol; nud-2(RNAi) phenotypes are dominantly enhanced by a heterozygous lis-1 allele, and nud-2(RNAi) delays the recovery from PTZ-induced paralysis of lis-1 heterozygotes.
12flt-1ZK783.4n/achrIII 7,653,227flt-1 encodes a putative homolog of flectin, an extracellular matrix protein thought to provide a microenvironment of great elasticity; however, FLT-1 protein contains no similarity to other ECM components, instead mostly appearing to be made up of chromatin or DNA-binding domains; FLT-1 also contains a glutamine/asparagine-rich domain, which may mediate epigenetic regulation.
13T26A5.8T26A5.8n/achrIII 6,462,478contains similarity to Pfam domain PF00808 Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR003958 (Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone)
14T07F12.1T07F12.1n/achrX 4,895,096T07F12.1 encodes a member of the histidine phosphatase superfamily orthologous to Bombyx mori ecdysteroid phosphate phosphatase (EPP), human STS1 (OMIM:609201) and human UBASH3A (OMIM:605736); in cell culture, recombinant T07F12.1 is a cytosolic enzyme with steroid phosphatase activity on ecdysone 22-phosphate (E22P), 3-epiecdysone 22-phosphate, 3-epiecdysone 2-phosphate substrates, and prednisolone 21-phosphate substrates, with E22P being preferred; T07F12.1 has no activity against 3-epiecdysone 3(alpha)-phosphate or 1-dehydrotestosterone sodium sulphate; unlike its Bombyx or mammalian orthologs, T07F12.1 lacks non-catalytic SH3 and UBA domains; T07F12.1 is paralogous to C. elegans C52E4.7, F09C12.8, F53B6.7, and F55A11.11.
15tag-189T04A8.12n/achrIII 4,706,131C. elegans TAG-189 protein ; contains similarity to Cricetulus griseus Post-GPI-attachment to proteins 2.; TR:Q2ABP2
16gck-4C04A11.3n/achrX 13,679,590C. elegans GCK-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
17F56G4.6F56G4.6n/achrI 11,369,184contains similarity to Interpro domain IPR001623 (Heat shock protein DnaJ, N-terminal)
18F56G4.4F56G4.4n/achrI 11,377,362contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR000533 (Tropomyosin), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
19lips-12T13B5.6n/achrII 1,113,234C. elegans LIPS-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
20B0001.7B0001.7n/achrIV 12,152,686contains similarity to Herpestes ichneumon Acetylcholine receptor protein, alpha chain (Fragment).; SW:ACHA_HERIC
21srx-53T27C5.2n/achrV 17,400,916C. elegans SRX-53 protein; contains similarity to Interpro domain IPR010989 (t-SNARE)
22R151.8R151.8n/achrIII 7,228,224contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)
23C27B7.2C27B7.2n/achrIV 8,893,280contains similarity to Arabidopsis thaliana F3O9.12 protein (At1g16320/F3O9_12).; TR:Q9SA31
24F52C9.7F52C9.7n/achrIII 5,309,798contains similarity to Interpro domain IPR002226 (Catalase)
25hum-1F29D10.4n/achrI 8,848,443hum-1 encodes a class I unconventional myosin heavy chain that, within this class, is most closely related to the amoeboid myosin I subclass; loss of hum-1 activity via RNAi results in a low frequency of aldicarb resistance, suggesting that hum-1 may play a role in regulating synapse structure and/or function; when expressed in the DA cholinergic motor neurons, a HUM-1 reporter fusion protein localizes solely to punctate structures.
26C17H11.2C17H11.2n/achrX 8,171,341
27T03G11.6T03G11.6n/achrX 5,178,330contains similarity to Pfam domains PF05219 (DREV methyltransferase) , PF08242 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR007884 (DREV methyltransferase)
28srt-63T28A11.15n/achrV 3,255,375C. elegans SRT-63 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
29lgc-17T01H10.6n/achrX 12,123,239C. elegans LGC-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
30ekl-6T16G12.5n/achrIII 10,066,125C. elegans EKL-6 protein; contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
31efl-1Y102A5C.18n/achrV 16,962,099efl-1 encodes a homolog of mammalian E2F that is required for embryonic asymmetry and that functions as a transcriptional repressor; during vulval development, efl-1, a class B synMuv gene, acts with class B synMuv genes dpl-1 and lin-35/Rb to antagonize receptor tyrosine kinase and Ras-mediated signaling; EFL-1 also negatively regulates the G1 to S phase cell cycle transition.
32fbxa-200T07D3.1n/achrII 905,248C. elegans FBXA-200 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
33T12A2.1T12A2.1n/achrIII 6,261,458contains similarity to Pfam domains PF01979 (Amidohydrolase family) , PF07969 (Amidohydrolase family) contains similarity to Interpro domains IPR011550 (Amidohydrolase-like), IPR013108 (Amidohydrolase 3), IPR006680 (Amidohydrolase 1), IPR005920 (Imidazolonepropionase)
34his-32F17E9.10n/achrIV 8,334,513his-32 encodes an H3 histone; by homology, HIS-32 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-32 is a replication-dependent histone locus that resides in the HIS5 cluster on chromosome IV.
35hcf-1C46A5.9n/achrIV 7,772,495C. elegans HCF-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01344 (Kelch motif) (3), PF00041 (Fibronectin type III domain) , PF07646 (Kelch motif) (4)contains similarity to Interpro domains IPR011043 (Galactose oxidase/kelch, beta-propeller), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR006652 (Kelch repeat type 1), IPR011498 (Kelch repeat type 2), IPR015915 (Kelch-type beta propeller)
36R05D11.7R05D11.7n/achrI 8,601,675contains similarity to Pfam domain PF08648 Protein of unknown function (DUF1777) contains similarity to Interpro domain IPR013957 (Protein of unknown function DUF1777)
37Y17G7B.3Y17G7B.3n/achrII 11,990,838Y17G7B.3 is orthologous to the human gene HYDROXYACYLGLUTATHIONE HYDROLASE (HAGH; OMIM:138760), which when mutated leads to disease.
38C07A4.1C07A4.1n/achrX 10,169,900contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
39F56A6.4F56A6.4n/achrI 622,086
40pqn-51K11D12.2n/achrV 5,050,974The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
41prp-17F49D11.1n/achrI 10,938,676C. elegans PRP-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
42F36D1.1F36D1.1n/achrI 11,278,248contains similarity to Interpro domain IPR006578 (MADF)
43W03C9.5W03C9.5n/achrII 11,967,205contains similarity to Arabidopsis thaliana F25C20.11 protein.; TR:Q9SAA3
44mrt-2Y41C4A.14n/achrIII 11,748,489mrt-2 encodes a highly conserved DNA-damage checkpoint protein homologous to the RAD1 protein found in S. pombe, Drosophila, and mammals; MRT-2 interacts with HUS-1 and HPR-9, also conserved DNA-damage checkpoint proteins, and is required in the germline for maintaining chromosomal integrity; mrt-2 mutations result in a failure to induce apoptosis in response to DNA damage, progressive telomere loss, chromosome fusion, and aneuploidy, all leading eventually to germline immortality.
45K11E4.2K11E4.2n/achrX 13,718,299contains similarity to Pfam domain PF00017 SH2 domain contains similarity to Interpro domains IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region), IPR000980 (SH2 motif)
46cpf-1F28C6.3n/achrII 8,601,385C. elegans CPF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
47atg-16.1F02E8.5n/achrX 4,461,104atg-16.1 encodes a divergent ortholog of the autophagic budding yeast protein Atg16p, and of human ATG16L1 (OMIM:610767, associated with Crohn disease) and ATG16L2; ATG-16.1 is paralogous to ATG-16.2; ATG-16.1 is expressed in larval and adult intestine, renal gland cells, stomato-intestinal muscle, anal depressor muscle, and head mesodermal cell; ATG-16.1 has no obvious function in mass RNAi assays.
48cee-1F26F4.1n/achrIII 4,913,131C. elegans CEE-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF04190 Protein of unknown function (DUF410) contains similarity to Interpro domain IPR007317 (Protein of unknown function DUF410)
49C50F4.12C50F4.12n/achrV 9,538,883contains similarity to Interpro domain IPR003690 (Mitochodrial transcription termination factor-related)
50W08F4.10W08F4.10n/achrII 590,892contains similarity to Interpro domain IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site)