UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1tyr-2K08E3.10chrIII 13,745,634C. elegans TYR-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00264 (Common central domain of tyrosinase) , PF01549 (ShK domain-like) (2)contains similarity to Interpro domains IPR008922 (Di-copper centre-containing), IPR002227 (Tyrosinase), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
4rec-8W02A2.6n/achrIV 13,351,138rec-8 encodes a meiosis-specific cohesin complex subunit orthologous to Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe Rec8p; REC-8 is essential for pairing of homologoues and sister chromatids during meiosis and thus for proper chromosome disjunction; in the germline, REC-8 associates with chromatin of transition zone nuclei, and co-localizes with SMC-1 along the longitudinal axes of synapsed chromosomes at pachytene and in a cruciform pattern at diakinesis; REC-8 localization to chromatin is dependent upon TIM-1, a HEAT/Armadillo repeat-containing protein related to Drosophila TIMELESS, and additionally, REC-8 and SCC-3 are mutually required for chromatin localization; REC-8 cleavage and degradation during meiosis I is dependent on the AIR-2 aurora-like kinase and during meiosis II on AIR-2 and the PLK-1 polo-like kinase.
5F08F8.2F08F8.2n/achrIII 7,360,724contains similarity to Pfam domain PF00368 Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase contains similarity to Interpro domains IPR004554 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I, catalytic), IPR009029 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding), IPR002202 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic)
6col-49K09H9.3n/achrI 3,137,817col-49 encodes a cuticle collagen.
7dao-4ZC373.6n/achrX 10,075,753dao-4 encodes a novel protein, conserved amongst nematodes; dao-4 transcripts are expressed at higher levels in wild-type adult animals than in daf-2 mutant adults at 25C, suggesting that dao-4 expression is positively regulated by DAF-2/insulin-like receptor signaling; reduced dao-4 expression in daf-2 mutants is dependent upon DAF-16.
8C30H6.5C30H6.5n/achrIV 17,373,653contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN)
9syp-1F26D2.2n/achrV 16,406,704C. elegans SYP-1 protein ; contains similarity to Paramecium tetraurelia Chromosome undetermined scaffold_7, whole genome shotgun sequence.; TR:A0DYW0
10col-91F09G8.6n/achrIII 8,262,929col-91 encodes a cuticle collagen; loss of col-91 via large-scale RNAi results in no obvious defects.
11col-39C09G5.4n/achrII 10,705,382col-39 encodes a collagen that is individually dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens; the amino- and carboxyl-terminal cysteine-rich regions of COL-39 are most closely related to those of COL-8, COL-19, and COL-35.
12col-150B0024.2n/achrV 10,294,098C. elegans COL-150 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
13prg-1D2030.6n/achrI 7,586,932C. elegans PRG-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
14F10E7.3F10E7.3n/achrII 7,124,926
15col-130F08G5.4n/achrIV 12,427,979C. elegans COL-130 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
16F29C4.6F29C4.6n/achrIV 120,551contains similarity to Pfam domain PF01171 PP-loop family contains similarity to Interpro domains IPR011063 (PP-loop), IPR012089 (PP-loop ATPase, YdaO-related), IPR000541 (Protein of unknown function UPF0021), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
17F02D8.4F02D8.4n/achrV 14,986,177contains similarity to Pfam domain PF00246 Zinc carboxypeptidase contains similarity to Interpro domains IPR000834 (Peptidase M14, carboxypeptidase A), IPR009020 (Proteinase inhibitor, propeptide)
18ZK84.1ZK84.1n/achrII 6,021,961contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
19col-103F56B3.1n/achrIV 763,047C. elegans COL-103 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000817 (Prion protein), IPR008160 (Collagen triple helix repeat), IPR013286 (Annexin, type VII)
20C16A11.3C16A11.3n/achrII 4,231,931contains similarity to Pfam domains PF04435 (Domain of unknown function (DUF545)) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00628 (PHD-finger) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR006570 (SPK), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
21T04F3.1T04F3.1n/achrV 11,747,105contains similarity to Pfam domain PF00155 Aminotransferase class I and II contains similarity to Interpro domains IPR001176 (1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR004839 (Aminotransferase, class I and II), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
22F55A12.1F55A12.1n/achrI 5,370,477contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR006030 (Molluscan rhodopsin C-terminal tail), IPR000694 (Proline-rich region), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
23C14C10.5C14C10.5n/achrV 12,603,773contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR016024 (Armadillo-type fold)
24R11A8.1R11A8.1n/achrIV 10,356,114contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000299601
25fbxa-114Y113G7B.7n/achrV 20,197,592This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
26F35B3.4F35B3.4n/achrX 17,020,129contains similarity to Pfam domain PF01682 DB module contains similarity to Interpro domain IPR002602 (Protein of unknown function DB)
27C15H9.7C15H9.7n/achrX 6,108,092contains similarity to Interpro domains IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR010111 (Kynureninase), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
28pxn-1ZK994.3n/achrV 8,498,505C. elegans PXN-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF07686 (Immunoglobulin V-set domain) , PF00047 (Immunoglobulin domain) (2), PF00560 (Leucine Rich Repeat) (4), PF01462 (Leucine rich repeat N-terminal domain) , PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) (2), PF03098 (Animal haem peroxidase) contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR010255 (Haem peroxidase), IPR003596 (Immunoglobulin V-set, subgroup), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR013106 (Immunoglobulin V-set), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR002007 (Haem peroxidase, animal), IPR000372 (Leucine-rich repeat, cysteine-rich flanking region, N-terminal), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR013151 (Immunoglobulin)
29C05D12.2C05D12.2n/achrII 11,420,763contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR006582 (Region of unknown fuction MD, Caenorhabditis elegans)
30F48G7.8F48G7.8n/achrV 627,379contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
31C35E7.1C35E7.1n/achrI 10,848,430
32spd-5F56A3.4n/achrI 5,173,414C. elegans SPD-5 protein; contains similarity to Interpro domains IPR002017 (Spectrin repeat), IPR000533 (Tropomyosin), IPR009053 (Prefoldin)
33dhs-7E04F6.7n/achrII 7,207,642dhs-7 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
34srv-29T13A10.6n/achrIV 6,265,730C. elegans SRV-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
35E02H9.5E02H9.5n/achrIII 2,447,417E02H9.5 encodes a homolog of the human beta-glucosidase-like proteins KL (klotho; OMIM:604824), KLB (beta-klotho; OMIM:611135), GBA3 (cytosolic beta-glucosidase; OMIM:606619), LCT (lactase-phlorizin hydrolase; OMIM:603202, variant in adult lactose tolerance), and LCTL (lactase-like protein); E02H9.5 has 76% identity (364/478 residues) to its paralog C50F7.10; perhaps due to genetic redundancy, E02H9.5 has no obvious function in mass RNAi assays.
36amx-3F25C8.2n/achrV 20,896,026C. elegans AMX-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01593 Flavin containing amine oxidoreductase contains similarity to Interpro domains IPR000759 (Adrenodoxin reductase), IPR001613 (Flavin-containing amine oxidase), IPR002937 (Amine oxidase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
37col-175C35B8.1n/achrX 9,234,064C. elegans COL-175 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
383R5.13R5.1n/achrIII 13,780,560contains similarity to Mus musculus Paired amphipathic helix protein Sin3a.; SW:SN3A_MOUSE
39clec-67F56D6.2n/achrIV 3,923,599C. elegans CLEC-67 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
40glh-1T21G5.3n/achrI 6,856,107glh-1 encodes a putative DEAD-box RNA helicase that contains four CCHC zinc fingers and is homologous to Drosophila VASA, a germ-line-specific, ATP-dependent RNA helicase; at permissive temperature, GLH-1 is required redundantly with GLH-4 for proper germ-line development and fertility, specifically for regulating the normal extent of germ-line proliferation, oogenesis, and the production of functional sperm; GLH-1 activity is also likely required for the wild-type morphology of P granules and for localization of several protein components, such as PGL-1, but not for accumulation of P granule mRNAs; GLH-1 interacts in vivo with CSN-5, a COP9 signalosome component, and in vitro with itself and with KGB-1, a JNK-like MAP kinase, ZYX-1, a LIM domain-containing zyxin homologue, and GLH-3; GLH-1 is a constitutive P granule component and thus, with the exception of mature sperm, is expressed in germ cells at all stages of development; consistent with its P granule localization, GLH-1 is cytoplasmic in oocytes and the early embryo, while perinuclear in all later developmental stages as well as in the distal and medial regions of the hermaphrodite gonad; GLH-1 is also expressed in males.
41F46F5.7F46F5.7n/achrII 819,594contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
42col-80C09G5.5n/achrII 10,707,668C. elegans COL-80 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat), IPR013286 (Annexin, type VII)
43C18G1.9C18G1.9n/achrV 4,768,777contains similarity to Pfam domain PF01738 Dienelactone hydrolase family contains similarity to Interpro domain IPR002925 (Dienelactone hydrolase)
44sdha-2C34B2.7n/achrI 10,684,469C. elegans SDHA-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF02910 (Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain) , PF00890 (FAD binding domain) , PF01266 (FAD dependent oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR006076 (FAD dependent oxidoreductase), IPR015939 (Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal), IPR003952 (Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site), IPR011281 (Succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit), IPR004112 (Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein, C-terminal), IPR003953 (Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein, N-terminal), IPR014006 (Succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
45scl-22T05A10.5n/achrX 10,790,085C. elegans SCL-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
46T10E10.4T10E10.4n/achrX 6,318,637T10E10.4 encodes a large (966-residue) protein, predicted to be secreted, with two N-terminal chitin-binding peritrophin-A domains followed by 14 cysteine-rich domains and one C-terminal EB module; the general organization of T10E10.4 protein resembles that of K04H4.2; T10E10.4 has no obvious function in mass RNAi assays but, like CEJ-1 and CPG-2, might participate in chitin synthesis.
47T21C9.6T21C9.6n/achrV 10,584,474contains similarity to Pfam domains PF00391 (PEP-utilising enzyme, mobile domain) , PF01326 (Pyruvate phosphate dikinase, PEP/pyruvate binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR008279 (PEP-utilising enzyme, mobile region), IPR013815 (ATP-grasp fold, subdomain 1), IPR002192 (Pyruvate phosphate dikinase, PEP/pyruvate-binding), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2)
48bath-1F59H6.9n/achrII 2,028,219C. elegans BATH-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
49dsc-4K02D7.4n/achrIV 317,817dsc-4 encodes the C. elegans ortholog of the large subunit of the microsomal triglyceride transfer protein; dsc-4 affects the length of the defecation cycle and genetically interacts with clk-1 with respect to defecation cycle length, and also with respect to the clk-1- dependent adjustment of defecation cycle length to temperature; a DSC-4::GFP fusion protein is expressed in the intestine beginning during embryonic elongation and continuing on through adulthood.
50F56A12.2F56A12.2n/achrV 14,377,560contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)