UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1fmo-2K08C7.50chrIV 10,683,426fmo-2 encodes a flavin-containing monoxygenase homologous to human FMO1, FMO2, and FMO3 (OMIM:602079, mutated in trimethylaminuria).
2srbc-9C18B10.3n/achrV 7,489,768C. elegans SRBC-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
3clec-198C49C3.13n/achrIV 17,349,079C. elegans CLEC-198 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
4pqn-16C24B5.5n/achrV 9,174,643The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
5C08F11.2C08F11.2n/achrIV 13,622,516contains similarity to Methanobacterium thermoautotrophicum Hypothetical protein MTH421.; SW:Y421_METTH
6dyf-11C02H7.1n/achrX 765,241dyf-11 encodes a conserved protein orthologous to the human microtubule-binding protein MIP-T3 and that contains a lysine-rich region and a C-terminal coiled-coil domain present in a number of intraflagellar transport (IFT) complex B proteins; DYF-11 activity is required continuously in sensory neurons for formation of medial and distal ciliary segments and thus, for normal sensory cilium morphology and function and chemotaxis; a dyf-11::gfp promoter fusion is expressed in all ciliated sensory neurons as well as in the AQR, PQR, ADE, and PDR neurons; a DYF-11::GFP protein fusion is detected throughout the cilium and appears to localize to IFT-B particles in a manner consistent with an early role in IFT-B particle assembly; dyf-11 expression in ciliated neurons is dependent upon the presence of the DAF-19 RFX transcription factor.
7F52E1.3F52E1.3n/achrV 8,395,551
8F46F5.5F46F5.5n/achrII 812,930contains similarity to Interpro domain IPR001984 (Peptidase S16, Lon protease)
9Y37A1B.9Y37A1B.9n/achrIV 14,018,009contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
10F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
11F08H9.4F08H9.4n/achrV 14,463,959F08H9.4 encodes a heat shock protein (HSP) of the HSP16 class; unlike most HSP16s in C. elegans, it is specifically expressed in a particular tissue (the excretory canal and ventral nerve-cord neurons), and its expression is only mildly induced by heat shock; however, F08H9.4 expression is increased by heat shock, is induced in a new tissue type (intestine) by heat shock, and probably aids heat shock resistance, since F08H9.4(RNAi) animals die as embryos in heat shock at a higher rate than normal; in general, HSP16 proteins are thought to act as passive ligands for unfolded proteins that keep them safe from aggregation until the proteins can be refolded by a large (ATP-consuming) HSP.
12unc-3Y16B4A.1n/achrX 14,778,472The unc-3 gene encodes a protein with homology to immunoglobulin (Ig) domain-containing transcription factors such as OLF-1 or SU(H).
13cpx-2K03A11.2n/achrX 13,067,761C. elegans CPX-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF05835 Synaphin protein contains similarity to Interpro domain IPR008849 (Synaphin)
14C17H1.6C17H1.6n/achrI 13,131,624contains similarity to Danio rerio Arginine and glutamate-rich protein 1-B.; SW:Q6P5L7
15T17A3.10T17A3.10n/achrIII 155,573contains similarity to Interpro domain IPR007110 (Immunoglobulin-like)
16T10C6.2T10C6.2n/achrV 16,013,354contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
17F09F9.1F09F9.1n/achrX 4,116,127contains similarity to Dirofilaria immitis Cuticular antigen.; TR:Q965D8
18nhr-149C03G6.12n/achrV 7,349,121C. elegans NHR-149 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
19C06C6.1C06C6.1n/achrV 16,011,384contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR010916 (TonB box, conserved site)
20srg-32T21C9.7n/achrV 10,587,952C. elegans SRG-32 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
21F49C12.10F49C12.10n/achrIV 9,318,735contains similarity to Pfam domain PF08241 Methyltransferase domain contains similarity to Interpro domain IPR013216 (Methyltransferase type 11)
22gpa-9F56H9.4n/achrV 12,648,055gpa-9 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; it is expressed in ASJ, PHB, PVQ, pharyngeal muscle, and the spermatheca.
23tbx-9T07C4.6n/achrIII 10,340,812C. elegans TBX-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00907 T-box contains similarity to Interpro domains IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding), IPR001699 (Transcription factor, T-box)
24F44F4.1F44F4.1n/achrII 10,881,580contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
25srg-41T19C4.3n/achrV 11,161,148C. elegans SRG-41 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000500 (Connexins), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
26T05F1.7T05F1.7n/achrI 9,640,961contains similarity to Paramecium tetraurelia Chromosome undetermined scaffold_33, whole genome shotgun sequence.; TR:A0D056
27C27C7.7C27C7.7n/achrI 11,422,886contains similarity to Pfam domain PF07149 Pes-10 contains similarity to Interpro domain IPR009819 (Pes-10)
28C50F2.7C50F2.7n/achrI 3,900,880
29F19B10.5F19B10.5n/achrII 3,656,709
30F41H8.2F41H8.2n/achrV 827,588contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
31egl-10F28C1.2n/achrV 12,459,067egl-10 encodes an RGS protein, expressed in neurons, that affects egg laying and negatively regulates GOA-1 (Galpha[o]) signalling; it requires the Gbeta(5) ortholog GPB-2 for this activity, and genetically interacts with the egl-30 and goa-1 signaling pathways.
32D2007.2D2007.2n/achrIII 8,153,415D2007.2 is orthologous to the human gene TRANSKETOLASE (WERNICKE-KORSAKOFF SYNDROME) (TNF; OMIM:606781), which when mutated leads to disease.
33W05B10.4W05B10.4n/achrV 12,668,893contains similarity to Pfam domain PF00788 Ras association (RalGDS/AF-6) domain contains similarity to Interpro domain IPR000159 (Ras-association)
34srh-291Y94A7B.3n/achrV 17,807,015C. elegans SRH-291 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
35T15B7.7T15B7.7n/achrV 6,824,981contains similarity to Pfam domain PF03385 Protein of unknown function, DUF288 contains similarity to Interpro domain IPR005049 (Protein of unknown function DUF288)
36C07D8.3C07D8.3n/achrX 7,361,807
37C13A2.2C13A2.2n/achrV 7,286,774contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
38nhr-281F16B12.8n/achrX 14,112,277C. elegans NHR-281 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
39srh-209ZK262.11n/achrV 18,404,256C. elegans SRH-209 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
40C17A2.2C17A2.2n/achrII 3,847,228contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
41F16G10.14F16G10.14n/achrII 2,398,093contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
42Y44A6B.3Y44A6B.3n/achrV 20,633,182contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
43E02H4.4E02H4.4n/achrX 14,259,690contains similarity to Arabidopsis thaliana Uncharacterized protein At1g15830.1.; TR:Q3EDB7
44F16G10.8F16G10.8n/achrII 2,382,692contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
45Y40B1A.1Y40B1A.1n/achrI 13,346,056contains similarity to Lampropeltis getula nigrita Cytochrome b.; TR:Q953V8
46C47F8.1C47F8.1n/achrI 12,335,819This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
47T23D5.8T23D5.8n/achrV 15,747,913contains similarity to Interpro domain IPR000168 (Nematode 7TM chemoreceptor (probably olfactory))
48T25D1.1T25D1.1n/achrX 16,520,133
49F38E9.4F38E9.4n/achrX 16,452,168
50srsx-39M01B2.9n/achrV 15,255,926C. elegans SRSX-39 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)