UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K08B12.1K08B12.10chrV 6,260,074contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domains IPR002921 (Lipase, class 3), IPR008262 (Lipase, active site)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3lpr-3W04G3.8n/achrX 11,058,541W04G3.8 encodes a novel protein, conserved amongst nematodes; large-scale RNAi experiments indicate that W04G3.8 activity is required for normal growth rates, early larval development, and coordinated locomotion.
4skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
5sym-1C44H4.3n/achrX 14,582,934sym-1 encodes a protein containing 15 contiguous leucine-rich repeats (LRRs) that functionally overlaps with sym-5 and interacts with mec-8 with respect to embryonic viability and attachment of body muscle to the extracellular cuticle; expression begins at the time of embryonic elongation and SYM-1 is secreted from the apical hypodermal surface of the embryo
6nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
7dpy-7F46C8.6n/achrX 7,537,167dpy-7 encodes a cuticular collagen; DPY-7 functions as a structural constituent of the extracellular cuticle whose activity is required for normal cuticular morphology and hence, proper body form.
8F58H1.2F58H1.2n/achrV 11,929,524contains similarity to Lycopersicon esculentum Abscisic acid and environmental stress inducible protein TAS14s(Dehydrin TAS14).; SW:DH14_LYCES
9W08A12.3W08A12.3n/achrV 3,683,717
10dpy-2T14B4.6n/achrII 6,715,073The dpy-2 gene encodes an unusual cuticular collagen that is required for maintaining the normal body length of the animal in later larval stages; dpy-2 interacts with other cuticular collagens such as dpy-10 and sqt-1, and suppresses mutations in glp-1, mup-1, and emb-5.
11M03B6.3M03B6.3n/achrX 13,862,714contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
12F53B1.4F53B1.4n/achrX 2,112,426contains similarity to Pfam domains PF07993 (Male sterility protein) , PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF04321 (RmlD substrate binding domain) , PF01073 (3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family) , PF02719 (Polysaccharide biosynthesis protein) contains similarity to Interpro domains IPR003869 (Polysaccharide biosynthesis protein CapD), IPR002225 (3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase), IPR005913 (dTDP-4-dehydrorhamnose reductase), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR013120 (Male sterility, NAD-binding)
13grl-15Y75B8A.20n/achrIII 12,234,051grl-15 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-15 is expressed in the reproductive system, vulva, and larval hypodermis; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
14wrt-10ZK1290.8n/achrII 7,533,839wrt-10 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a Wart domain, and a C-terminal region of low-complexity sequence; WRT-10 is expressed in both male and hermaphrodite intestine; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-10 is required for normal growth to full size and locomotion; both of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
15F20G2.3F20G2.3n/achrV 13,767,197contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
16clec-180F32E10.3n/achrIV 7,571,306C. elegans CLEC-180 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
17phg-1F27E5.4n/achrII 10,138,351C. elegans PHG-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02351 GDNF/GAS1 domain contains similarity to Interpro domain IPR016017 (GDNF/GAS1)
18ZC434.3ZC434.3n/achrI 10,334,634contains similarity to Interpro domain IPR000931 (Adenovirus fibre protein)
19D1014.5D1014.5n/achrV 8,125,176contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
20pqn-46F57B9.9n/achrIII 6,943,249The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
21sym-5C44H4.2n/achrX 14,579,420sym-5 encodes a predicted transmembrane protein that contains 13 contiguous leucine-rich repeats (LRRs) and that is similar to SYM-1, a secreted protein involved in muscle attachment; sym-5 activity appears to be required for embryogenesis and functionally overlaps with that of sym-1 and mec-8 in affecting muscle attachment; in addition, loss of sym-5 activity via RNA-mediated interference (RNAi) in a hypersensitized strain indicates that SYM-5 may also be required for locomotion, body morphology, and normal rates of postembryonic growth.
22F01D5.6F01D5.6n/achrII 14,007,416contains similarity to Pfam domain PF04536 Domain of unknown function (DUF477) contains similarity to Interpro domain IPR007621 (Protein of unknown function DUF477)
23sqt-3F23H12.4n/achrV 12,353,631sqt-3 encodes a cuticle collagen; during development, sqt-3 activity is essential for viability and normal body morphology; genetic and expression studies indicate that SQT-3 is a cuticle component at all stages of development and that SQT-3 likely forms higher order cuticular structures with the DPY-17 cuticular collagen, both of which are candidate substrates for the DPY-31 procollagen C-proteinase.
24lpr-4W04G3.3n/achrX 11,065,896C. elegans LPR-4 protein; contains similarity to Interpro domains IPR012674 (Calycin), IPR011038 (Calycin-like)
25cyn-6F42G9.2n/achrIII 773,770cyn-6 encodes a cyclophilin most similar to human secreted cyclophilin type B isoforms that is functional when expressed in E. coli; it is expressed in the intestine.
26B0395.2B0395.2n/achrX 16,032,720contains similarity to Pfam domain PF03062 MBOAT family contains similarity to Interpro domain IPR004299 (Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT)
27grl-10C26F1.5n/achrV 7,775,086grl-10 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
28F09C12.6F09C12.6n/achrII 5,117,137contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
29H03E18.1H03E18.1n/achrX 8,510,941contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN)
30gei-13F58A4.11n/achrIII 9,634,553gei-13 encodes a protein, with a BED finger domain (predicted to be DNA-binding) and a glutamine/asparagine-rich domain; GEI-13 physically interacts with GEX-3, and is required for normal body shape, cuticle synthesis, and locomotion.
31F09F9.2F09F9.2n/achrX 4,110,914
32mlt-11W01F3.3n/achrV 20,668,250C. elegans MLT-11 protein; contains similarity to Pfam domains PF00014 (Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain) (10), PF00086 (Thyroglobulin type-1 repeat) contains similarity to Interpro domains IPR000716 (Thyroglobulin type-1), IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR000694 (Proline-rich region), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
33F22F4.1F22F4.1n/achrX 6,005,723
34W03B1.6W03B1.6n/achrIV 4,340,378contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
35R07G3.6R07G3.6n/achrII 7,604,709contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
36wrt-2F52E4.6n/achrX 3,093,375wrt-2 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a Wart domain, and a C-terminal region of low-complexity sequence; WRT-2 is expressed in seam cells and hypodermal syncytia; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-2 is weakly required for normal molting; WRT-2 is also required for normal growth to full size and locomotion; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking; in two-hybrid assays, WRT-2 binds EYA-1, which may parallel the derepression of Drosophila eyes absent by HEDGEHOG.
37R07E3.6R07E3.6n/achrX 10,319,714contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
38gana-1R07B7.11n/achrV 12,088,053gana-1 encodes a protein with homology to both human alpha-galactosidase (alpha-GAL) and alpha-N-acetylgalactosaminidase (alpha-NAGA) enzymes; these dual enzymatic activities were detected in mixed culture homogenates; immunofluorescence studies show cytoplasmic expression of GANA-1 in body wall muscle and intestinal cells and in coelomocytes; the human gene alpha-galactosidase B (GALB; OMIM:104170), when mutated leads to Schindler disease, Kanzaki disease, or NAGA deficiency.
39F15B9.8F15B9.8n/achrV 12,990,344contains similarity to Pfam domain PF00090 Thrombospondin type 1 domain contains similarity to Interpro domains IPR008085 (Thrombospondin, subtype 1), IPR000884 (Thrombospondin, type I)
40F13B9.2F13B9.2n/achrX 8,286,170
41W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
42C14F11.6C14F11.6n/achrX 6,238,566contains similarity to Pfam domain PF00908 dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase contains similarity to Interpro domains IPR000888 (dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase related), IPR011051 (Cupin, RmlC-type), IPR014710 (RmlC-like jelly roll fold)
43wrt-1ZK1290.12n/achrII 7,532,133C. elegans WRT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01079 Hint module contains similarity to Interpro domains IPR003586 (Hedgehog/intein hint domain, C-terminal), IPR001657 (Peptidase C46, hedgehog protein), IPR002034 (Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site), IPR006141 (Intein splicing site), IPR003587 (Hedgehog/intein hint, N-terminal), IPR001767 (Peptidase C46, hedgehog protein, hint region)
44Y37A1B.7Y37A1B.7n/achrIV 14,043,158
45C32D5.12C32D5.12n/achrII 6,357,672contains similarity to Pfam domains PF07993 (Male sterility protein) , PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF01073 (3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family) contains similarity to Interpro domains IPR002225 (3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR013120 (Male sterility, NAD-binding)
46ptr-15T07H8.6n/achrV 6,968,181ptr-15 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-15 has no known function in vivo.
47C06A6.5C06A6.5n/achrIV 7,833,492contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related)
48R02F11.1R02F11.1n/achrV 4,801,848contains similarity to Interpro domain IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
49dpy-3EGAP7.1n/achrX 2,145,125dpy-3 encodes a cuticular collagen; along with dpy-2, dpy-7, dpy-8, and dpy-10, dpy-3 is required postembryonically for annular furrow formation and/or maintenance; specifically, DPY-3 activity is required for proper assembly of the DPY-7 collagen into the mature extracellular matrix; during each cuticle synthetic period, dpy-3 mRNA is expressed approximately four hours prior to the secretion of new cuticle.
50ZK154.1ZK154.1n/achrX 7,780,026contains similarity to Interpro domain IPR010916 (TonB box, conserved site)