UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K07G5.5K07G5.50chrI 7,171,105contains similarity to Pfam domain PF01545 Cation efflux family contains similarity to Interpro domain IPR002524 (Cation efflux protein)
2sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
3ZK856.5ZK856.5n/achrV 10,187,411contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domain IPR004843 (Metallophosphoesterase)
4B0024.11B0024.11n/achrV 10,318,482contains similarity to Pfam domain PF01142 tRNA pseudouridine synthase D (TruD) contains similarity to Interpro domains IPR001656 (tRNA pseudouridine synthase D), IPR011760 (tRNA pseudouridine synthase D, core), IPR017091 (tRNA pseudouridine synthase D, eukaryotic)
5vrs-1ZC513.4n/achrV 8,033,348vrs-1 encodes a predicted valyl-tRNA synthetase that affects embryonic viability, growth, and morphology
6math-22C46F9.1n/achrII 1,905,746C. elegans MATH-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
7cln-3.1F07B10.1n/achrV 11,264,600cln-3.1 encodes a predicted transmembrane protein that comprises one of three C. elegans homologs of human CLN3, (OMIM:607042, mutations are associated with Batten disease (also known as juvenile neuronal ceroid lipofuscinosis), a recessively inherited childhood neurodegenerative lysosomal storage disease); as loss of cln-3.1 activity via deletion mutation results in no obvious abnormalities, the precise role of cln-3.1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
8pcp-2F23B2.12n/achrIV 9,162,862C. elegans PCP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF05577 Serine carboxypeptidase S28 contains similarity to Interpro domains IPR008758 (Peptidase S28), IPR000258 (Bacterial ice-nucleation proteins octamer repeat)
9C29F7.1C29F7.1n/achrX 13,413,508contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
10tsfm-1F55C5.5n/achrV 12,270,895F55C5.5 encodes a translational elongation factor Ts (EF-Ts) that binds two different EF-Tu proteins (EF-TU1/Y71H2AM.23 and EF-TU2/C43E11.4) in vitro, stimulating guanine-nucleotide exchange and mRNA translation; F55C5.5 is predicted to be mitochondrial and has a putative N-terminal transit peptide sequence; F55C5.5 is required in mass RNAi assays for normally rapid growth and for maintenance of the germline.
11drs-2F10C2.6n/achrV 12,050,440drs-2 encodes a putative aspartyl-tRNA synthetase.
12F22E10.5F22E10.5n/achrX 12,763,749contains similarity to Pfam domain PF03171 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily contains similarity to Interpro domains IPR006620 (Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit), IPR005123 (2OG-Fe(II) oxygenase)
13H41C03.3H41C03.3n/achrII 5,848,949contains similarity to Pfam domain PF02485 Core-2/I-Branching enzyme contains similarity to Interpro domain IPR003406 (Glycosyl transferase, family 14)
14D1081.8D1081.8n/achrI 8,493,557contains similarity to Pfam domain PF00249 Myb-like DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR012287 (Homeodomain-related), IPR014778 (Myb, DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like), IPR015495 (Myb transcription factor)
15tag-197F08C6.3n/achrX 7,566,676C. elegans TAG-197 protein; contains similarity to Pfam domain PF04129 Vps52 / Sac2 family contains similarity to Interpro domain IPR007258 (Vps52/Sac2)
16F54C9.9F54C9.9n/achrII 8,579,712contains similarity to Pfam domain PF05178 Krr1 family contains similarity to Interpro domain IPR007851 (Kri1)
17F43E2.9F43E2.9n/achrII 7,359,080
18nlt-1ZK892.2n/achrII 10,000,661nlt-1 encodes a member of the SCP-2 sterol transfer family.
19R12E2.12R12E2.12n/achrI 4,174,271contains similarity to Interpro domain IPR000529 (Ribosomal protein S6)
20F25E5.1F25E5.1n/achrV 7,468,526contains similarity to Interpro domain IPR009091 (Regulator of chromosome condensation/beta-lactamase-inhibitor protein II)
21his-3T10C6.12n/achrV 16,040,965his-3 encodes an H2A histone; by homology, HIS-3 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-3 is a replication-dependent histone locus that resides in the HIS1 cluster on chromosome V.
22cln-3.3ZC190.1n/achrV 8,684,539cln-3.3 encodes a predicted transmembrane protein that comprises one of three C. elegans homologs of human CLN3, (OMIM:607042, mutations are associated with Batten disease (also known as juvenile neuronal ceroid lipofuscinosis), a recessively inherited childhood neurodegenerative lysosomal storage disease); as loss of cln-3.3 via large-scale RNAi screens results in no obvious abnormalities, the precise role of cln-3.3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
23C26E6.6C26E6.6n/achrIII 4,936,354contains similarity to Pfam domain PF00297 Ribosomal protein L3 contains similarity to Interpro domains IPR009000 (Translation elongation and initiation factors/Ribosomal, beta-barrel), IPR000597 (Ribosomal protein L3)
24F42A10.5F42A10.5n/achrIII 6,172,231contains similarity to Interpro domain IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type)
25tomm-7ZK652.2n/achrIII 7,859,778C. elegans TOMM-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF08038 TOM7 family contains similarity to Interpro domain IPR012621 (Mitochondrial import translocase, subunit Tom7)
26Y43F8C.4Y43F8C.4n/achrV 19,627,836contains similarity to Homo sapiens 90 kDa protein; VG:OTTHUMP00000182483
27lip-1C05B10.1n/achrIV 6,843,879lip-1 encodes a mitogen-activated protein (MAP) kinase phosphatase homologous to the vertebrate dual specificity phosphatase MKP-3; during development, LIP-1 negatively regulates MAP kinase activity to control the extent of germline proliferation and oocyte meiotic cell cycle progression; lip-1 activity is also required redundantly with dep-1 to negatively regulate MAPK signaling during vulval induction; in addition, lip-1 is required for normal embryonic development; lip-1 expression begins during embryogenesis and continues through adulthood; expression is seen in most somatic cells and in germ cells of the pachytene region, transition zone and proximal-most region of the mitotic zone; in the pachytene region, LIP-1 is associated with the plasma membrane; in early L3 larvae, LIP-1 expression increases in secondary vulval precursor cells in a lin-12/Notch-dependent manner, suggesting that lip-1 may be a direct downstream target of lin-12-mediated signaling; interaction with the Notch pathway is further demonstrated by chromatin immunoprecipitation experiments showing that, in the germline, the lip-1 promoter region coprecipitates with LAG-3; germline lip-1 mRNA accumulation is negatively regulated by the FBF proteins (FBF-1 and FBF-2) that bind to the lip-1 3'UTR.
28F58G6.3F58G6.3n/achrIV 9,653,835contains similarity to Pfam domain PF04145 Ctr copper transporter family contains similarity to Interpro domains IPR007274 (Ctr copper transporter), IPR001463 (Sodium:alanine symporter)
29F56A11.5F56A11.5n/achrIV 569,608contains similarity to Pfam domains PF03473 (MOSC domain) , PF03476 (MOSC N-terminal beta barrel domain) contains similarity to Interpro domains IPR005303 (MOSC, N-terminal beta barrel), IPR005302 (Molybdenum cofactor sulphurase, C-terminal), IPR001484 (Pyrokinin, conserved site), IPR011037 (Pyruvate kinase, beta-barrel-like)
30fbxa-54T12B5.2n/achrIII 957,051This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
31F55H12.2F55H12.2n/achrI 8,868,112contains similarity to Interpro domain IPR000242 (Tyrosine specific protein phosphatase)
32Y56A3A.19Y56A3A.19n/achrIII 11,915,313contains similarity to Pfam domain PF00550 Phosphopantetheine attachment site contains similarity to Interpro domains IPR006163 (Phosphopantetheine-binding), IPR009081 (Acyl carrier protein-like), IPR003231 (Acyl carrier protein (ACP))
33fbxa-64T28A11.21n/achrV 3,277,607This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
34C35A5.3C35A5.3n/achrV 10,500,362contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
35ddb-1M18.5n/achrIV 12,117,957M18.5 is orthologous to the human gene DAMAGE-SPECIFIC DNA BINDING PROTEIN 1 (127KD) (DDB1; OMIM:600045), which when mutated leads to disease.
36nas-27T23F4.4n/achrII 1,177,703nas-27 encodes an astacin-like metalloprotease; large-scale expression studies reveal that a nas-27::GFP promoter fusion is expressed in the reproductive system, the vulva, and the hypodermis.
37F53F1.2F53F1.2n/achrV 13,407,532contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
38B0205.6B0205.6n/achrI 10,738,293contains similarity to Pfam domains PF01212 (Beta-eliminating lyase) , PF00266 (Aminotransferase class-V) contains similarity to Interpro domains IPR001597 (Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR000192 (Aminotransferase, class V/Cysteine desulphurase), IPR016454 (Cysteine desulphurase, NifS), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
39nud-1F53A2.4n/achrIII 13,341,947nud-1 encodes the C. elegans ortholog of the Aspergillus nidulans nudC, which mediates nuclear migration along Aspergillus hyphae.
40dnc-2C28H8.12n/achrIII 5,925,025dnc-2 encodes a member of the dynamitin family that affects spindle alignment in polarized cells in early embryos, nuclear movement, spindle morphology, chromosome segregation, and pronuclear migration.
41F08A8.3F08A8.3n/achrI 12,948,957contains similarity to Pfam domains PF01756 (Acyl-CoA oxidase) , PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) contains similarity to Interpro domains IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR012258 (Acyl-CoA oxidase), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR002655 (Acyl-CoA oxidase, C-terminal), IPR009075 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal)
42F55E10.6F55E10.6n/achrX 8,345,470contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
43ZK795.3ZK795.3n/achrIV 12,559,996contains similarity to Pfam domain PF04427 Brix domain contains similarity to Interpro domain IPR007109 (Brix)
44pcp-1ZK112.1n/achrIII 7,759,923C. elegans PCP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF05577 Serine carboxypeptidase S28 contains similarity to Interpro domain IPR008758 (Peptidase S28)
45prx-19F54F2.8n/achrIII 8,808,467prx-19 is orthologous to the human gene PEROXISOMAL FARNESYLATED PROTEIN (PXF; OMIM:600279), which when mutated leads to peroxisome biogenesis (Zellweger) syndrome of complementation group J.
46rpl-36F37C12.4n/achrIII 7,180,363rpl-36 encodes a large ribosomal subunit L36 protein; by homology, RPL-36 is predicted to function in protein biosynthesis; in C. elegans, RPL-36 activity is required for embryonic and germline development and normal postembryonic growth rates.
47F11A10.2F11A10.2n/achrIV 12,084,859contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR000690 (Zinc finger, C2H2-type matrin)
48F25G6.8F25G6.8n/achrV 8,564,846contains similarity to Pfam domain PF02290 Signal recognition particle 14kD protein contains similarity to Interpro domains IPR009018 (Signal recognition particle, SRP9/SRP14 subunit), IPR003210 (Signal recognition particle, SRP14 subunit)
49D2023.5D2023.5n/achrV 11,826,462contains similarity to Interpro domain IPR001763 (Rhodanese-like)
50aos-1C08B6.9n/achrV 10,128,881aos-1 encodes the C. elegans ortholog of Saccharomyces cerevisiae Aos1p and human SUMO-1 activating enzyme E1 N subunit; by homology, AOS-1 is predicted to form, with a catalytic subunit, UBA-2, a heterodimeric enzyme that activates the ubiquitin-like protein SMO-1/SUMO in preparation for its covalent attachment to target proteins to regulate their subcellular localization and/or stability; in C. elegans, AOS-1 is required for embryonic and larval development, as well as for proper Hox gene regulation; uba-2/aos-1(RNAi) animals that survive embryogenesis show ectopic expression of EGL-5 and ectopic anterior sensory ray formation.