UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K07E8.6K07E8.62e-128chrII 638,824contains similarity to Pfam domain PF08565 Cdc37 Hsp90 binding domain contains similarity to Interpro domains IPR004918 (Cdc37), IPR013874 (Cdc37, Hsp90 binding)
2clec-229H02K04.1n/achrV 15,340,763C. elegans CLEC-229 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
3fax-1F56E3.4n/achrX 3,198,294fax-1 encodes a conserved nuclear receptor that contains two C4-type zinc fingers and is orthologous to the vertebrate photoreceptor-specific nuclear receptor PNR (OMIM:604485, mutated in enhanced S-cone syndrome and retinitis pigmentosa); fax-1 is required for normal locomotion and neuron fate specification, including specification of the AVA, AVE, and AVK interneurons and proper axon pathfinding of the AVK, HSNL, and PVQL axons; expression of reporter gene fusions in fax-1 mutants suggests that fax-1 functions by regulating expression of a number of downstream targets, including nmr-1 and nmr-2, opt-3, flp-1, and ncs-1; in some neurons, fax-1 regulates expression combinatorially with unc-42, which encodes a paired-like homeodomain protein that additionally, regulates fax-1 expression in AVK neurons; FAX-1 is expressed in the nuclei of 18 neurons, including the AVK, AVA, AVB, and AVE interneurons, beginning at mid-embryogenesis and continuing through larval and adult stages; FAX-1 is also seen in two non-neuronal cell types: the distal tip cells (DTCs), from L2 to L4 larval stages, and two pairs of vulval cells in L4 animals.
4F47A4.5F47A4.5n/achrX 9,835,643contains similarity to Pfam domains PF01734 (Patatin-like phospholipase) , PF00023 (Ankyrin repeat) (5)contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR001638 (Bacterial extracellular solute-binding protein, family 3), IPR002641 (Patatin), IPR002110 (Ankyrin), IPR001680 (WD40 repeat)
5T04B8.1T04B8.1n/achrII 635,951
6unc-29T08G11.5n/achrI 8,899,525unc-29 encodes an non-alpha subunit of the nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) superfamily; UNC-29 is required for normal locomotion and egg-laying, and functions as a subunit of a ligand-gated ion channel that likely mediates fast actions of acetylcholine at neuromuscular junctions and in the nervous system; when coexpressed with LEV-1, a non-alpha nAChR subunit, and UNC-38 or UNC-63, alpha AChR subunits, the resulting multimer can form levamisole-gated channels; UNC-29 is expressed in body wall muscle.
7nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
8lgc-54T15B7.16n/achrV 6,841,721C. elegans LGC-54 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
9F13A2.3F13A2.3n/achrV 4,394,967
10tsp-16F01E11.4n/achrX 6,995,740C. elegans TSP-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domains IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen), IPR008952 (Tetraspanin), IPR013838 (Beta tubulin, autoregulation binding site)
11F57G12.2F57G12.2n/achrX 12,158,178contains similarity to Mus musculus Nuclear protein ZAP3.; SW:ZAP3_MOUSE
12srd-60C13B7.3n/achrV 2,420,332C. elegans SRD-60 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
13Y51A2B.5Y51A2B.5n/achrV 18,390,243contains similarity to Interpro domain IPR014044 (SCP-like extracellular)
14T13A10.1T13A10.1n/achrIV 6,276,666contains similarity to Danio rerio Synaptic vesicle membrane protein VAT-1 homolog (EC 1.-.-.-).; SW:Q8JFV8
15ZK688.7ZK688.7n/achrIII 7,911,165
16clpp-1ZK970.2n/achrII 10,301,745clpp-1 encodes a mitochondrial protein, homologous to bacterial ClpP, required to initiate the stress response to unfolded mitochondrial proteins; as with its bacterial ortholog, CLPP-1 is predicted to be a proteolytic subunit of a Clp-like protease, with an N-terminal region required for mitochondrial localization, and a C-terminal region of ClpP similarity; in response to a mutation stressing mitochondria, clpp-1(RNAi) animals show reduced HSP-60 levels, inhibited nuclear translocation and hsp-60 activation by DVE-1, and aberrant mitochondrial morphology; CLPP-1 is biochemically inhibited by the ClpP inhibitor Z-LY-CMK and the peptide aldehyde MG132, and may also be blocked by them when injected in vivo; CLPP-1 is expressed in the intestine.
17srt-26C24B9.2n/achrV 2,716,136C. elegans SRT-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
18Y37A1B.6Y37A1B.6n/achrIV 14,038,988contains similarity to Bacillus amyloliquefaciens Beta-glucanase (BglA) (Fragment).; TR:Q44651
19flnb-1C23F12.2n/achrX 9,402,619C. elegans FLNB-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00630 (Filamin/ABP280 repeat) (2), PF00307 (Calponin homology (CH) domain) (3)contains similarity to Interpro domains IPR001298 (Filamin/ABP280 repeat), IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR000694 (Proline-rich region), IPR016146 (Calponin-homology), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site), IPR001715 (Calponin-like actin-binding)
20C01A2.2C01A2.2n/achrI 13,397,863contains similarity to Streptomyces coelicolor Putative sugar transporter integral membrane protein.; TR:Q9K489
21T13C2.2T13C2.2n/achrII 6,795,686
22C54E4.4C54E4.4n/achrIV 2,163,172
23F02E11.3F02E11.3n/achrII 3,273,416contains similarity to Interpro domain IPR010993 (Sterile alpha motif homology)
24srf-3M02B1.1n/achrIV 12,852,213C. elegans SRF-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF08449 (UAA transporter family) , PF04142 (Nucleotide-sugar transporter) contains similarity to Interpro domains IPR004689 (UDP-galactose transporter), IPR013657 (UAA transporter), IPR007271 (Nucleotide-sugar transporter)
25F25E5.2F25E5.2n/achrV 7,456,619contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
26C04F6.2C04F6.2n/achrX 3,397,298
27R07B1.6R07B1.6n/achrX 9,867,228contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
28T10E9.9T10E9.9n/achrI 6,547,634contains similarity to Pfam domains PF08028 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) , PF00441 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02771 (Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013107 (Acyl-CoA dehydrogenase, type 2, C-terminal), IPR006090 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type 1), IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR006089 (Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR006092 (Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal)
29F58F6.5F58F6.5n/achrIV 1,343,974contains similarity to Pfam domain PF04789 Protein of unknown function (DUF621) contains similarity to Interpro domain IPR006874 (Protein of unknown function DUF621)
30Y56A3A.5Y56A3A.5n/achrIII 11,889,625contains similarity to Pfam domain PF01425 Amidase contains similarity to Interpro domains IPR000120 (Amidase signature enzyme), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
31trpa-1C29E6.2n/achrIV 11,870,347trpa-1 encodes a transient receptor potential (TRP) ion channel orthologous to the vertebrate and Drosophila TRPA1 channels; in C. elegans, trpa-1 activity is required for specific mechanosensory behaviors such as nose-touch avoidance and touch-mediated foraging; when expressed in mammalian cells, TRPA-1 exhibits channel activity in response to mechanical stimulation; TRPA-1::GFP reporters are expressed in a number of different cell types including sensory neurons, muscle, and epithelial cells.
32col-147T06E4.4n/achrV 9,632,778C. elegans COL-147 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
33srb-5C27D6.6n/achrII 5,162,671C. elegans SRB-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF02175 C.elegans integral membrane protein Srb contains similarity to Interpro domain IPR002184 (Serpentine beta receptor)
34K08C9.7K08C9.7n/achrI 11,495,873contains similarity to Homo sapiens ubiquitin and ribosomal protein S27a precursor; ENSEMBL:ENSP00000272317
35C34E7.3C34E7.3n/achrX 12,931,101contains similarity to Plasmodium falciparum Ribonuclease, putative.; TR:Q8ICL5
36fhod-2F56E10.2n/achrV 67,785fhod-2 encodes an ortholog of Drosophila DAAM and human DAAM1 (OMIM:606626); FHOD-2 enables Wnt-directed planar cell polarity; FHOD-2 is required for the fully asymmetrical division of B.a versus B.p cells, though this requirement is quantitatively weak.
37sto-2F32A6.5n/achrX 5,309,627C. elegans STO-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01145 SPFH domain / Band 7 family contains similarity to Interpro domains IPR001107 (Band 7 protein), IPR001972 (Stomatin)
38ptr-19Y39A1B.2n/achrIII 10,786,410ptr-19 encodes an ortholog of Drosophila and human PTCHD3, which defines one of seven paralogous families of sterol sensing domain (SSD) proteins; PTR-19 is required for normal development in mass RNAi assays; PTR-19 is expressed in pharynx, hypodermis, nervous system (including head neurons), and other cells.
39F39C12.1F39C12.1n/achrX 4,843,950contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
40unc-130C47G2.2n/achrII 11,282,880A member of the forkhead domain family of transcription factors that affects the generation of the AWA and ASG chemosensory neurons and is partially required for male tail morphogenesis and embryogenesis; it is expressed in the AWA and ASG precursors; it is required for the graded spatial expression of the UNC-129 TGF-beta guidance factor.
41ndx-1T26E3.2n/achrI 12,680,484The ndx-1 gene encodes a NUDIX hydrolase.
42mrp-6F20B6.3n/achrX 4,182,153C. elegans MRP-6 protein; contains similarity to Pfam domains PF00664 (ABC transporter transmembrane region) (2), PF00005 (ABC transporter) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003439 (ABC transporter-like), IPR011527 (ABC transporter, transmembrane region, type 1), IPR001140 (ABC transporter, transmembrane region), IPR009147 (Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
43glf-1H04M03.4n/achrIV 5,887,804H04M03.4 encodes a UDP-galactopyranose mutase predicted to synthesize galactofuranose (Gal(f)) as a nucleotide sugar (UDP-Gal(f)); recombinant H04M03.4 has biochemical activity either in vivo (expressed in E. coli) or in vitro; orthologs of H04M03.4 are found in the urochordates Halocynthia and Ciona.
44T05C1.2T05C1.2n/achrII 4,482,363
45srt-8C50H11.2n/achrV 3,087,272C. elegans SRT-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
46K10C9.3K10C9.3n/achrV 1,064,729contains similarity to Pfam domain PF00445 Ribonuclease T2 family contains similarity to Interpro domain IPR001568 (Ribonuclease T2)
47src-2F49B2.5n/achrI 14,325,568C. elegans SRC-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF07653 (Variant SH3 domain) , PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00018 (SH3 domain) , PF00017 (SH2 domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR001452 (Src homology-3), IPR000108 (Neutrophil cytosol factor 2), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR013315 (Spectrin alpha chain), IPR011511 (Variant SH3), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000980 (SH2 motif), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
48F14B8.6F14B8.6n/achrX 6,930,764
49C31H2.4C31H2.4n/achrX 5,157,381C31H2.4 encodes a possible 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, orthologous to human HPDL/GLOXD1, and paralogous to HPD-1 and human HPD (OMIM:609695, mutated in tyrosinemia type III); C31H2.4 has no obvious function in mass RNAi experiments.
50T04C9.3T04C9.3n/achrIII 5,985,695