UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1srx-67K07C6.105.9999999999999995e-174chrV 3,917,627C. elegans SRX-67 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
2F09B12.5F09B12.5n/achrX 15,086,421contains similarity to Pfam domain PF00057 Low-density lipoprotein receptor domain class A contains similarity to Interpro domain IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich)
3K02H11.4K02H11.4n/achrV 1,529,803contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
4srw-24C41G6.7n/achrV 15,224,639C. elegans SRW-24 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
5F45E6.1F45E6.1n/achrX 12,476,473contains similarity to Interpro domain IPR005829 (Sugar transporter, conserved site)
6twk-25M04B2.5n/achrIV 11,507,989C. elegans TWK-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
7F45D3.2F45D3.2n/achrV 12,541,972contains similarity to Dictyocaulus viviparus Putative uncharacterized protein.; TR:Q6E6T3
8col-123W08D2.6n/achrIV 9,822,477col-123 is homologous to the human gene A TYPE IV COLLAGEN (COL6A1; OMIM:303631), which when mutated is sometimes associated with diffuse leiomyomatosis.
9T07C12.10T07C12.10n/achrV 9,960,139contains similarity to Rattus norvegicus Trans-Golgi network integral membrane protein TGN38 precursor.; SW:TGN3_RAT
10unc-7R07D5.1n/achrX 15,134,407unc-7 encodes an innexin required for gap junction formation in invertebrates; UNC-7 is also required for normal locomotion, egg-laying, inhibition of feeding by tapping, avermectin sensitivity, and ivermectin sensitivity, as well as for the antagonism of UNC-79 and UNC-80 activity by volatile anesthetics; unc-7 is genetically required, and transcribed in, neurons rather than muscle cells, from larval stages L1 through L4; homologs of UNC-7 include Drosophila OGRE and SHAKING-B, as well as 24 C. elegans paralogs (including EAT-5, UNC-9, and INX-1 through INX-20); UNC-7 genetically interacts with UNC-124, and unc-7 mutants are phenotypically similar to unc-9 and unc-124 mutants; UNC-7 genetically interacts with AVR-14 and GLC-1 in the response to ivermectin.
11srt-18R03H4.4n/achrV 9,015,000C. elegans SRT-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
12C12D5.10C12D5.10n/achrV 7,692,770contains similarity to Pfam domain PF03236 Domain of unknown function DUF263 contains similarity to Interpro domain IPR004920 (Protein of unknown function DUF263)
13C39D10.1C39D10.1n/achrX 7,906,986
14C46H3.3C46H3.3n/achrX 1,228,487contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
15str-111F10A3.15n/achrV 16,168,531C. elegans STR-111 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
16R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
17C34F6.10C34F6.10n/achrX 11,233,244contains similarity to Pfam domain PF00041 Fibronectin type III domain contains similarity to Interpro domains IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR000694 (Proline-rich region)
18F40A3.2F40A3.2n/achrV 7,880,134contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
19C54E10.2C54E10.2n/achrV 18,829,031contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR001125 (Recoverin), IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
20F16B4.3F16B4.3n/achrV 1,597,417contains similarity to Pfam domain PF06918 Protein of unknown function (DUF1280) contains similarity to Interpro domain IPR009689 (Protein of unknown function DUF1280)
21srsx-32F20A1.3n/achrV 7,018,087C. elegans SRSX-32 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
22tax-4ZC84.2n/achrIII 9,183,509tax-4 is orthologous to the human gene ROD PHOTORECEPTOR CGMP-GATED CHANNEL (CNGA1; OMIM:123825), which when mutated leads to disease.
23F28G4.3F28G4.3n/achrV 16,286,908contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
24W02B3.3W02B3.3n/achrIII 668,260
25C48E7.6C48E7.6n/achrI 6,244,688contains similarity to Drosophila pseudoobscura GA10211-PA (Fragment).; TR:Q29MP8
26srx-9R13D7.6n/achrV 7,394,485C. elegans SRX-9 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
27nhr-266F56H1.2n/achrI 5,738,931C. elegans NHR-266 protein; contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
28zag-1F28F9.1n/achrIV 3,858,673zag-1 encodes a homeodomain protein of the ZFH class which consists of a homeodomain flanked by two clusters of C2H2-type zinc fingers and is related to transcriptional repressors encoded by Drosophila zfh-1 and the vertebrate ZEB genes; ZAG-1 is required for locomotion, for neuronal differentiation, and for proper axonal branching and fasciculation; from late embryogenesis through adult stages of development, ZAG-1 is expressed dynamically in head and tail neurons and in the intestinal and anal depressor muscles.
29skr-6Y37H2C.2n/achrV 18,269,765The skr-6 gene encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae that has no known function in vivo, since skr-6(RNAi) animals are at least superficially normal.
30rab-11.2W04G5.2n/achrI 11,633,357C. elegans RAB-11.2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR002041 (Ran GTPase), IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR006688 (ADP-ribosylation factor), IPR013753 (Ras), IPR006689 (ARF/SAR superfamily)
31ZK1128.7ZK1128.7n/achrIII 10,137,921contains similarity to Pfam domain PF00011 Hsp20/alpha crystallin family contains similarity to Interpro domains IPR002068 (Heat shock protein Hsp20), IPR008978 (HSP20-like chaperone), IPR001436 (Alpha crystallin/Heat shock protein)
32skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
33F17H10.4F17H10.4n/achrX 13,126,169contains similarity to Macaca fascicularis Cytochrome oxidase subunit VIII.; TR:Q8SPI5
34F47H4.2F47H4.2n/achrV 17,356,736This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
35srt-16C50H11.11n/achrV 3,064,037C. elegans SRT-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
36C07C7.1C07C7.1n/achrIV 9,184,575contains similarity to Mycoplasma pulmonis Hypothetical protein MYPU_0790.; TR:Q98RD0
37K09F5.1K09F5.1n/achrX 7,740,721
38F38A1.11F38A1.11n/achrIV 1,248,205contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
39F01G10.7F01G10.7n/achrIV 10,240,539contains similarity to Pfam domains PF04083 (ab-hydrolase associated lipase region) , PF00561 (alpha/beta hydrolase fold) contains similarity to Interpro domains IPR006693 (AB-hydrolase associated lipase region), IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR008262 (Lipase, active site)
40glb-8C26C6.7n/achrI 7,510,602glb-8 encodes a globin with no obvious function in mass RNAi assays; glb-8 expression is induced by anoxia in a HIF-1 dependent manner, although it is also paradoxically upregulated in a hif-1 mutant background; glb-8 expression is downregulated in a daf-2(e1370) mutant background under normoxic conditions; glb-8 expression is lower in L3 larvae than in young adults or dauers.
41puf-9W06B11.2n/achrX 5,843,741The puf-9 gene encodes a predicted RNA binding protein orthologous to Drosophila PUMILIO and human PUMILIO 2 (OMIM:607205); PUF-9 is required for normal locomotion and fluid balance, and is expressed primarily in somatic tissues; PUF-9 contains a glutamine/asparagine-rich domain.
42T07G12.4T07G12.4n/achrIV 10,537,682contains similarity to Pfam domain PF00860 Permease family contains similarity to Interpro domain IPR006043 (Xanthine/uracil/vitamin C permease)
43T19B4.1T19B4.1n/achrI 5,703,857contains similarity to Pfam domains PF03712 (Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, C-terminal domain) , PF01436 (NHL repeat) (4), PF01082 (Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR008977 (PHM/PNGase F-fold), IPR000323 (Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal), IPR000720 (Peptidyl-glycine alpha-amidating monooxygenase), IPR014783 (Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, C-terminal), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR013017 (NHL repeat, subgroup), IPR014784 (Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase-like, C-terminal), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR001258 (NHL repeat)
44F14H12.2F14H12.2n/achrX 4,351,596
45str-123T22H6.4n/achrX 12,790,964C. elegans STR-123 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46K07E8.5K07E8.5n/achrII 652,962K07E8.5 encodes a homolog of the functionally active Fmrf Receptor (FR; CG2114) of D. melanogaster; it is thus possible that K07E8.5 is a receptor for one of the FMRF-like neurotransmitters in C. elegans (e.g., FLP-1 through FLP-12).
47W05B2.7W05B2.7n/achrIII 10,989,906contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
48C18B12.1C18B12.1n/achrX 15,012,725contains similarity to Bacillus anthracis Flagellar biosynthetic protein FlhB, putative.; TR:Q81SE5
49nhr-96F44C8.11n/achrV 2,234,310nhr-96 encodes a member of the superfamily of nuclear receptors, which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain.
50ocam-1T02B5.2n/achrV 14,167,452T02B5.2 encodes a protein with an OCAM domain, a nematode-specific motif conserved between T02B5.2 and two other nematode ONECUT homeobox proteins (CEH-21 and CEH-41); this gene is probably derived from a ONECUT gene that lost both tit cut domain and its homeodomain; T02B5.2 has no obvious function in mass RNAi assays.