UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K06H7.1K06H7.10chrIII 8,099,908
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3lin-35C32F10.2n/achrI 5,811,676lin-35 encodes the C. elegans retinoblastoma protein (Rb) ortholog; lin-35 was first identified in screens for synthetic multivulva (synMuv) genes and as a class B synMuv gene, functions redundantly with class A genes to antagonize Ras signaling and negatively regulate vulval development; in addition, lin-35 activity is required redundantly with: 1) pha-1 and ubc-18 for early steps in pharyngeal morphogenesis, 2) fzr-1 for normal patterns of postembryonic proliferation, 3) xnp-1 for somatic gonad development, and 4) psa-1 for fertility and embryonic and larval development; on its own, lin-35 is also required for wild-type levels of fertility; LIN-35 is expressed broadly in embryos and L1 larvae, but in later larvae and adults is detected in vulval precursor cells and their descendants as well as a subset of head and tail cells.
4him-10R12B2.4n/achrIII 5,804,132him-10 encodes a coiled coil protein that is structurally related to the Nuf2 kinetochore proteins of Schizosaccharaomyces pombe, Saccharomyces cerevisiae, and humans; in C. elegans, him-10 activity is essential for the proper structure and function of mitotic and meiotic kinetochores and thus, for proper attachment and segregation of chromosomes during mitosis and meiosis; during mitosis, HIM-10 localizes to the kinetochore region of the kinetochore-centromere complex from prophase to anaphase; during oocytes meiosis, HIM-10 surrounds chromosomes in diakinesis and prometaphase of meiosis I and meiosis II, while during male meiosis, HIM-10 surrounds spermatocyte chromosomes during metaphase I, anaphase I, and metaphase II.
5tag-216K08F9.2n/achrV 15,135,533C. elegans TAG-216 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
6W02D9.3W02D9.3n/achrI 12,536,484contains similarity to Pfam domain PF00505 HMG (high mobility group) box contains similarity to Interpro domains IPR000910 (High mobility group box, HMG1/HMG2), IPR009071 (High mobility group box, HMG)
7rpa-1F18A1.5n/achrII 7,665,772rpa-1 encodes the C. elegans ortholog of the replication protein A (RPA) large subunit; by homology, RPA-1 is predicted to function as a DNA-binding and oligonucleotide oligosaccharide-binding (OB) protein that is required for DNA replication, repair, and recombination; large-scale RNAi screens indicate that rpa-1 is essential for embryonic development, and that in yeast two-hybrid assays interacts with the product of M04F3.1, the RPA medium subunit; in situ hybridization studies indicate that rpa-1 transcripts are expressed in germ cells.
8T01B7.6T01B7.6n/achrII 8,723,943contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
9rpb-3C36B1.3n/achrI 8,729,359C. elegans RPB-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF01000 (RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain) , PF01193 (RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain) contains similarity to Interpro domains IPR011263 (DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type), IPR011262 (DNA-directed RNA polymerase, insert), IPR011261 (DNA-directed RNA polymerase, dimerisation)
10xpg-1F57B10.6n/achrI 6,560,500F57B10.6 is orthologous to the human gene EXCISION REPAIR CROSS-COMPLEMENTING RODENT REPAIR DEFICIENCY, COMPLEMENTATION GROUP 5 (XERODERMA PIGMENTOSUM, COMPLEMENTATION GROUP G (COCKAYNE SYNDROME)) (ERCC5; OMIM:133530), which when mutated leads to disease.
11polh-1F53A3.2n/achrIII 1,947,677polh-1 encodes a putative DNA polymerase eta orthologous to human POLH (OMIM:603968, mutated in xeroderma pigmentosum); POLH-1 promotes lagging-strand synthesis through G/C rich sequences, is required for normal resistance to UV-induced mutagenesis in early embryos, and suppresses the damage-induced DNA replication checkpoint in embryos; polh-1(RNAi) enhances the mutator phenotype of dog-1(gk10) 2.3-fold.
12C05C8.6C05C8.6n/achrV 7,236,014contains similarity to Pfam domains PF07707 (BTB And C-terminal Kelch) , PF00651 (BTB/POZ domain) contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ), IPR011705 (BTB/Kelch-associated), IPR013089 (Kelch related)
13Y106G6D.7Y106G6D.7n/achrI 10,126,327contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR000694 (Proline-rich region), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
14sna-2T13F2.7n/achrIV 9,776,092sna-2 encodes an snRNP-binding protein (SNA-2/SL75p) homologous to Ascaris SL95p (SL 175kd); SNA-2 is found in at least two Sm snRNPs, SL1 and Y, but not in SL2; in snRNP SL1, SNA-2 associates with the SNA-1/SL21p protein, while associating with SUT-1/SL26p (a paralog of SNA-1) in snRNP Y; sna-2(RNAi) is lethal; SNA-2 can bind either SNA-1 or SUT-1 even in the absence of RNA.
15gly-20C03E10.4n/achrV 11,284,282gly-20 is orthologous to the human gene MANNOSYL (ALPHA-1,6-)-GLYCOPROTEIN BETA-1,2-N-ACETYLGLUCOSAMINYLTRANSFERASE (MGAT2; OMIM:602616), which when mutated leads to carbohydrate-deficient glycoprotein syndrome, type II.
16K04G2.6K04G2.6n/achrI 8,041,954contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
17aly-2F23B2.6n/achrIV 9,148,006aly-2 encodes an RRM motif-containing protein required for normal export of TRA-1/tra-2 mRNA complexes, and thus for normal hermaphroditism; ALY-2 is orthologous to human THOC4 (OMIM:604171), and paralogous to ALY-1 and ALY-3; in the absence of TRA-1, and in conjunction with NXF-1, ALY-2 and its paralog ALY-1 are required to bind the TRE 3' UTR element of tra-2 mRNA, and block tra-2 mRNA's export from the nucleus; aly-2(RNAi) animals have abnormal female (as opposed to hermaphrodite) sexual phenotypes; by orthology, ALY-2 is thought to promote recruitment of mRNA export factor to mRNAs; other than these sex-determination phenotypes, ALY-2 has no grossly obvious function in four-way RNAi assays of ALY-1/-3 and W04D2.6.
18Y4C6B.1Y4C6B.1n/achrIV 5,355,504contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
19F32E10.5F32E10.5n/achrIV 7,576,352contains similarity to Pfam domain PF00567 Tudor domain contains similarity to Interpro domains IPR008191 (Maternal tudor protein), IPR002011 (Receptor tyrosine kinase, class II, conserved site), IPR002999 (Tudor)
20met-2R05D3.11n/achrIII 8,377,993C. elegans MET-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF05033 (Pre-SET motif) , PF00856 (SET domain) , PF01429 (Methyl-CpG binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR001214 (SET), IPR003616 (Post-SET zinc-binding region), IPR003606 (Pre-SET zinc-binding sub-group), IPR001739 (Methyl-CpG DNA binding), IPR007728 (Pre-SET zinc-binding region)
21C27A12.9C27A12.9n/achrI 6,064,908contains similarity to Pfam domain PF01663 Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase contains similarity to Interpro domains IPR017849 (Alkaline phosphatase-like, alpha/beta/alpha), IPR002591 (Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
22C32E8.5C32E8.5n/achrI 3,782,660contains similarity to Pfam domain PF00498 FHA domain contains similarity to Interpro domains IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR000253 (Forkhead-associated)
23H21P03.2H21P03.2n/achrIV 11,481,604contains similarity to Pfam domain PF08743 Nse4 contains similarity to Interpro domain IPR014854 (Nse4)
24nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
25mrp-4F21G4.2n/achrX 9,886,947mrp-4 encodes a putative member of subfamily C of the ATP-binding cassette transporters; MRP-4 is required, redundantly with its paralog WHT-2, for sperm to normally migrate towards a PUFA-based signal exuded by oocytes; hermaphrodites subjected to double wht-2(RNAi) mrp-4(RNAi) are infertile, both through aberrant loss of their own sperm and through failure of males to effectively inseminate them; in mammalian eicosanoid signalling, subfamily C ABC transporters are required for PUFA and eicosanoid transport.
26cup-2F25D7.1n/achrI 10,399,657The primary phenotype of cup-2 animals is an accumulation of secreted GFP in the pseudocoelom, suggesting a decrease in, or the absence of, endocytosis in coelomocytes.
27git-1F14F3.2n/achrX 10,526,597C. elegans GIT-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01412 (Putative GTPase activating protein for Arf) , PF00023 (Ankyrin repeat) (2)contains similarity to Interpro domains IPR013724 (Spa2 homology (SHD) of GIT), IPR001164 (Arf GTPase activating protein), IPR002110 (Ankyrin)
28brc-1C36A4.8n/achrIII 3,858,030brc-1 encodes an ortholog of human BRCA1 (OMIM:113705, mutated in early onset breast and ovarian cancer) required for double-strand break repair via inter-sister recombination during meiosis; BRC-1 forms a heterodimer with BRD-1, which constitutes an E3 ubiquitin ligase; after irradiation, the DNA checkpoint proteins ATL-1 and MRE-11 are required for BRC-1/BRD-1 heterodimers to associate with RAD-51 and LET-70/Ubc5, and to ubiquitylate damaged chromatin; brc-1(RNAi) animals have excess chromosomal nondisjunction, abnormally high levels of CEP-1-dependent germ cell apoptosis (both with and without gamma-irradiation) and hypersensitivity to gamma-irradiation (e.g., abnormal sterility after irradiation); BRC-1 and BRD-1 bind one another, probably through their N-terminal RING domains, in yeast two-hybrid experiments and pull-down assays; BRC-1/BRD-1 heterodimers may interact with RAD-51 and other proteins via mutual binding to UBC-9; brc-1 is genetically dispensable for the induction of nuclear ATL-1 foci by gamma-irradiation or hydroxyurea.
29F52C12.1F52C12.1n/achrIV 1,961,538contains similarity to Pfam domain PF06087 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase contains similarity to Interpro domains IPR001736 (Phospholipase D/Transphosphatidylase), IPR010347 (Tyrosyl-DNA phosphodiesterase)
30cdc-25.1K06A5.7n/achrI 6,470,859cdc-25.1 encodes a CDC25 phosphatase homolog that affects embryonic viability, meiosis, mitosis, proliferation of the intestine (E cell lineage), and germ line proliferation; it is expressed in the developing germline, in the nuclei of oocytes, embryonic nuclei, nuclei of embryonic cortical membranes, and sperm pronuclei, and in the germline precursors Z2 and Z3.
31W04D2.4W04D2.4n/achrV 12,496,219contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
32D1043.1D1043.1n/achrII 11,585,601contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
33R05H5.7R05H5.7n/achrII 10,192,896contains similarity to Mus musculus ADAM 10 precursor (EC 3.4.24.81) (A disintegrin and metalloproteinasesdomain 10) (Mammalian desintegrin-metalloprotease) (Kuzbaniansprotein homolog).; SW:AD10_MOUSE
34K06H7.7K06H7.7n/achrIII 8,084,529
35K04G7.1K04G7.1n/achrIII 7,163,752
36ZK1067.3ZK1067.3n/achrII 9,224,144contains similarity to Mus musculus Serine/threonine-protein kinase Nek9 (EC 2.7.1.37) (NimA-relatedsprotein kinase 9).; SW:NEK9_MOUSE
37T24C4.7T24C4.7n/achrIII 893,471contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
38brf-1F45E12.2n/achrII 7,307,210brf-1 encodes an ortholog of mammalian B-RELATED FACTOR (also known as BRF, TDS4, PCF4, or hTFIIIB90); BRF is thought to act as a molecular bridge between TATA-binding protein (TBP) associated factors that functions in TFIIIB (RNA polymerase III associated transcription factors).
39C39E9.12C39E9.12n/achrIV 13,094,664contains similarity to Pfam domain PF02037 SAP domain contains similarity to Interpro domain IPR003034 (DNA-binding SAP)
40F31C3.4F31C3.4n/achrI 15,051,595contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
41F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
42dnj-3C01G10.12n/achrV 15,069,055This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
43F40G9.2F40G9.2n/achrIII 191,482contains similarity to Pfam domain PF05051 Cytochrome C oxidase copper chaperone (COX17) contains similarity to Interpro domain IPR007745 (Cytochrome C oxidase copper chaperone)
44T03G11.6T03G11.6n/achrX 5,178,330contains similarity to Pfam domains PF05219 (DREV methyltransferase) , PF08242 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR007884 (DREV methyltransferase)
45mdt-27T18H9.6n/achrV 9,210,879C. elegans MDT-27 protein; contains similarity to Interpro domain IPR003983 (Leukotriene B4 type 1 receptor)
46F09F7.3F09F7.3n/achrIII 5,560,978contains similarity to Pfam domains PF04566 (RNA polymerase Rpb2, domain 4) , PF04561 (RNA polymerase Rpb2, domain 2) , PF04567 (RNA polymerase Rpb2, domain 5) , PF04565 (RNA polymerase Rpb2, domain 3) , PF00562 (RNA polymerase Rpb2, domain 6) , PF04560 (RNA polymerase Rpb2, domain 7) , PF04563 (RNA polymerase beta subunit) contains similarity to Interpro domains IPR007120 (DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6), IPR007641 (RNA polymerase Rpb2, domain 7), IPR007644 (RNA polymerase, beta subunit, protrusion), IPR015712 (DNA-directed RNA polymerase, subunit 2), IPR007645 (RNA polymerase Rpb2, domain 3), IPR007642 (RNA polymerase Rpb2, domain 2), IPR014724 (RNA polymerase Rpb2, OB-fold), IPR007646 (RNA polymerase Rpb2, domain 4), IPR007647 (RNA polymerase Rpb2, domain 5), IPR007121 (RNA polymerase, beta subunit, conserved site)
47nasp-1C09H10.6n/achrII 11,107,270C. elegans NASP-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR013026 (Tetratricopeptide region)
48wrm-1B0336.1n/achrIII 5,724,932wrm-1 encodes, along with bar-1 and hmp-2, one of three C. elegans beta-catenin-like proteins; during development, wrm-1 functions in noncanonical Wnt signaling pathways that specify cell fates in the early embryo, the somatic gonad, and postembryonic hypodermal lineages.
49R02D3.7R02D3.7n/achrIV 254,500contains similarity to Interpro domains IPR009060 (UBA-like), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like)
50ZK1058.3ZK1058.3n/achrIII 3,919,762ZK1058.3 is orthologous to the human gene UNNAMED PROTEIN PRODUCT (GALT; OMIM:606999), which when mutated leads to disease.