UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K04G2.6K04G2.60chrI 8,041,954contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
2F33H2.2F33H2.2n/achrI 15,025,433contains similarity to Homo sapiens Protein FAM91A1; ENSEMBL:ENSP00000335082
3skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
4stl-1F30A10.5n/achrI 9,487,412C. elegans STL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01145 SPFH domain / Band 7 family contains similarity to Interpro domains IPR001107 (Band 7 protein), IPR001972 (Stomatin)
5R07E5.13R07E5.13n/achrIII 4,414,076This gene encodes a homolog of mammalian BRAIN PROTEIN 44-LIKE (BRP44L).
6D1043.1D1043.1n/achrII 11,585,601contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
7npp-14C03D6.4n/achrI 9,662,535npp-14 is orthologous to the human gene NUCLEOPORIN, 214-KD (NUP214; OMIM:114350), which encodes part of the nucleopore complex mediating nucleocytoplasmic transport; NUP214, as a fusion gene with DEK (OMIM:125264), is found in a subset of acute myeloid leukemia.
8sna-2T13F2.7n/achrIV 9,776,092sna-2 encodes an snRNP-binding protein (SNA-2/SL75p) homologous to Ascaris SL95p (SL 175kd); SNA-2 is found in at least two Sm snRNPs, SL1 and Y, but not in SL2; in snRNP SL1, SNA-2 associates with the SNA-1/SL21p protein, while associating with SUT-1/SL26p (a paralog of SNA-1) in snRNP Y; sna-2(RNAi) is lethal; SNA-2 can bind either SNA-1 or SUT-1 even in the absence of RNA.
9vps-33.2C56C10.1n/achrII 6,602,269C. elegans VPS-33.2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00995 Sec1 family contains similarity to Interpro domain IPR001619 (Sec1-like protein)
10T01B7.6T01B7.6n/achrII 8,723,943contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
11ehbp-1F25B3.1n/achrV 9,553,309C. elegans EHBP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00307 Calponin homology (CH) domain contains similarity to Interpro domains IPR016146 (Calponin-homology), IPR001715 (Calponin-like actin-binding)
12ZK1067.3ZK1067.3n/achrII 9,224,144contains similarity to Mus musculus Serine/threonine-protein kinase Nek9 (EC 2.7.1.37) (NimA-relatedsprotein kinase 9).; SW:NEK9_MOUSE
13rpa-1F18A1.5n/achrII 7,665,772rpa-1 encodes the C. elegans ortholog of the replication protein A (RPA) large subunit; by homology, RPA-1 is predicted to function as a DNA-binding and oligonucleotide oligosaccharide-binding (OB) protein that is required for DNA replication, repair, and recombination; large-scale RNAi screens indicate that rpa-1 is essential for embryonic development, and that in yeast two-hybrid assays interacts with the product of M04F3.1, the RPA medium subunit; in situ hybridization studies indicate that rpa-1 transcripts are expressed in germ cells.
14C08B11.8C08B11.8n/achrII 8,040,793contains similarity to Pfam domain PF03155 ALG6, ALG8 glycosyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR004856 (ALG6, ALG8 glycosyltransferase)
15apc-2K06H7.6n/achrIII 8,082,080apc-2 encodes an ortholog of subunit 2 of anaphase-promoting complex (APC, a cyclin-specific E3 RING ubiquitin ligase); APC-2 and S. cerevisiae's Apc2p have 32% identity in their cullin domains (considered crucial for function), but otherwise share no obvious similarity; inactivating apc-2 with RNAi causes embryos to arrest at the meiotic one-cell stage, implying that APC-2 is required for the metaphase-to-anaphase transition of meiosis I; this RNAi phenotype of apc-2 is shared by apc-1, apc-4, apc-11, cdc-16, cdc-23, and cdc-27; by analogy with other APC subunits with hypomorphic alleles, APC-2 is likely to be required for asymmetrical segregation of cell fate determinants in two-cell embryos.
16git-1F14F3.2n/achrX 10,526,597C. elegans GIT-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01412 (Putative GTPase activating protein for Arf) , PF00023 (Ankyrin repeat) (2)contains similarity to Interpro domains IPR013724 (Spa2 homology (SHD) of GIT), IPR001164 (Arf GTPase activating protein), IPR002110 (Ankyrin)
17C27A2.1C27A2.1n/achrII 5,064,604contains similarity to Pfam domain PF02463 RecF/RecN/SMC N terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR003395 (RecF/RecN/SMC protein, N-terminal)
18tag-216K08F9.2n/achrV 15,135,533C. elegans TAG-216 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
19cdd-2F49E8.4n/achrIV 7,547,502A functional cytidine deaminase that affects morphology of embryos; it is expressed at all life cycle stages.
20rde-1K08H10.7n/achrV 9,989,751rde-1 encodes a novel, conserved protein that is a member of the PIWI/STING/Argonaute/Zwille/eIF2c family of proteins; rde-1 activity is required for RNA-mediated interference (RNAi), likely at a point after small interfering RNAs (siRNAs) have been produced from dsRNA triggers; RDE-1 interacts with RDE-4 in vivo and its activity is also required for accumulation of dsRNA bound to RDE-4.
21K06H7.1K06H7.1n/achrIII 8,099,908
22B0273.3B0273.3n/achrIV 5,485,115contains similarity to Tetraodon nigroviridis Chromosome 18 SCAF15038, whole genome shotgun sequence. (Fragment).; TR:Q4RJG8
23T19B10.8T19B10.8n/achrV 11,243,290contains similarity to Pfam domain PF07819 PGAP1-like protein contains similarity to Interpro domain IPR012908 (PGAP1-like)
24K06B9.4K06B9.4n/achrIV 4,192,228
25vps-54T21C9.2n/achrV 10,571,379The vps-54 gene encodes an ortholog of VPS54 in S. cerevisiae, a protein involved in vacuolar trafficking.
26cyn-7Y75B12B.2n/achrV 15,186,997cyn-7 encodes a cyclophilin A isoform; while not tested for peptidyl-prolyl isomerase activity in vitro, it is very similar to CYN-3 and closely resembles the prototypical CypA, and is therefore likely to be a member of the cytosolic CsA-binding cyclophilin subfamily; CYN-7 was required for embryonic viability in one set of mass RNAi assays.
27K02B2.1K02B2.1n/achrIV 5,942,943contains similarity to Pfam domains PF01591 (6-phosphofructo-2-kinase) , PF00300 (Phosphoglycerate mutase family) contains similarity to Interpro domains IPR016260 (Bifunctional 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2, 6-bisphosphate 2-phosphatase), IPR001345 (Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase), IPR003094 (Fructose-2,6-bisphosphatase), IPR013079 (6-phosphofructo-2-kinase), IPR013078 (Phosphoglycerate mutase)
28tag-229W09G3.3n/achrI 13,804,628C. elegans TAG-229 protein; contains similarity to Pfam domain PF08755 Hemimethylated DNA-binding protein YccV like contains similarity to Interpro domain IPR011722 (Hemimethylated DNA-binding region)
29C48B4.10C48B4.10n/achrIII 9,563,945contains similarity to Homo sapiens Transmembrane 9 superfamily protein member 2 precursor; ENSEMBL:ENSP00000245361
30C14B1.6C14B1.6n/achrIII 3,716,084contains similarity to Interpro domain IPR008162 (Inorganic pyrophosphatase)
31C27A12.9C27A12.9n/achrI 6,064,908contains similarity to Pfam domain PF01663 Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase contains similarity to Interpro domains IPR017849 (Alkaline phosphatase-like, alpha/beta/alpha), IPR002591 (Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
32K01D12.6K01D12.6n/achrV 12,399,785contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Protein FAM73B; ENSEMBL:ENSP00000351138
33W02D9.3W02D9.3n/achrI 12,536,484contains similarity to Pfam domain PF00505 HMG (high mobility group) box contains similarity to Interpro domains IPR000910 (High mobility group box, HMG1/HMG2), IPR009071 (High mobility group box, HMG)
34CD4.8CD4.8n/achrV 5,600,286contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
35ent-1ZK809.4n/achrIV 11,654,417ent-1 encodes a predicted equilibrative nucleoside transporter 1 that affects growth.
36C24D10.6C24D10.6n/achrIV 5,159,856contains similarity to Homo sapiens Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1; ENSEMBL:ENSP00000361923
37R08D7.1R08D7.1n/achrIII 8,966,795contains similarity to Drosophila pseudoobscura GA12417-PA (Fragment).; TR:Q293H8
38M116.5M116.5n/achrIV 8,417,632contains similarity to Pfam domains PF00307 (Calponin homology (CH) domain) (4), PF02187 (Growth-Arrest-Specific Protein 2 Domain) contains similarity to Interpro domains IPR003108 (Growth-arrest-specific protein 2), IPR002017 (Spectrin repeat), IPR016146 (Calponin-homology), IPR001715 (Calponin-like actin-binding), IPR001589 (Actinin-type, actin-binding, conserved site)
39rabn-5F01F1.4n/achrIII 5,865,475C. elegans RABN-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF09311 (Rab5 binding) , PF01363 (FYVE zinc finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000306 (Zinc finger, FYVE-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type), IPR015390 (Rabaptin, GTPase-Rab5 binding), IPR017455 (Zinc finger, FYVE-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
40C26B2.7C26B2.7n/achrIV 8,016,527
41T12E12.2T12E12.2n/achrIV 5,546,641contains similarity to Pfam domain PF00385 'chromo' (CHRromatin Organisation MOdifier) domain contains similarity to Interpro domains IPR000953 (Chromo domain), IPR016197 (Chromo domain-like)
42tac-1Y54E2A.3n/achrII 14,753,292tac-1 encodes the sole C. elegans member of the transforming acidic coiled-coil (TACC) protein family whose members contain highly conserved C-terminal coiled-coil domains; during early embryogenesis, TAC-1 activity is essential for such microtubule-based processes as pronuclear migration and mitotic spindle elongation; TAC-1 interacts in vivo with, and mutually stabilizes, ZYG-9, a microtubule-associated protein (MAP) also required for pronuclear migration; TAC-1 also interacts with ZYG-8, a kinase domain-containing MAP required for proper spindle positioning during anaphase of the first embryonic cell division; TAC-1 is a core component of centrosomes, and also localizes to the meiotic spindle poles, the mitotic spindle, and the cytoplasm.
43T23H2.3T23H2.3n/achrI 6,444,050contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR000330 (SNF2-related), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
44T03G11.6T03G11.6n/achrX 5,178,330contains similarity to Pfam domains PF05219 (DREV methyltransferase) , PF08242 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR007884 (DREV methyltransferase)
45W02G9.4W02G9.4n/achrV 2,668,540contains similarity to Pfam domain PF00431 CUB domain contains similarity to Interpro domain IPR000859 (CUB)
46mrs-1F58B3.5n/achrIV 11,633,685mrs-1 encodes a predicted cytoplasmic methionyl-tRNA synthetase (MetRS), a class I aminoacyl-tRNA synthetase that catalyzes the attachment of methionine to its cognate tRNA and is thus required for protein biosynthesis; MRS-1 is essential for embryogenesis and required also for a normal rate of postembryonic growth.
47F52C12.1F52C12.1n/achrIV 1,961,538contains similarity to Pfam domain PF06087 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase contains similarity to Interpro domains IPR001736 (Phospholipase D/Transphosphatidylase), IPR010347 (Tyrosyl-DNA phosphodiesterase)
48K02D10.4K02D10.4n/achrIII 8,778,867
49K08F4.1K08F4.1n/achrIV 10,124,631contains similarity to Pfam domain PF00004 ATPase family associated with various cellular activities (AAA) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR001199 (Cytochrome b5), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
50gly-20C03E10.4n/achrV 11,284,282gly-20 is orthologous to the human gene MANNOSYL (ALPHA-1,6-)-GLYCOPROTEIN BETA-1,2-N-ACETYLGLUCOSAMINYLTRANSFERASE (MGAT2; OMIM:602616), which when mutated leads to carbohydrate-deficient glycoprotein syndrome, type II.