UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K04F10.7K04F10.76.999999999999999e-136chrI 6,367,224contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Protein FAM76B; ENSEMBL:ENSP00000351631
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3F11A5.6F11A5.6n/achrV 16,203,986contains similarity to Bradyrhizobium japonicum Bll7368 protein.; TR:Q89DS1
4nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
5F08D12.7F08D12.7n/achrII 2,768,193F08D12.7 encodes a novel protein conserved amongst Caenorhaditis species; although loss of F08D12.7 activity via RNAi results in no obvious defects, F08D12.7 transcripts are enriched in L1-stage muscle and upregulated in L2 larvae in response to overexpression of hlh-2 and hlh-8; in addition, in analyses of the early embryonic transcriptome, F08D12.7 transcripts are classified as strictly maternal; an F08D12.7::gfp reporter fusion is expressed in the vm1 and vm2 vulval muscles, the intestinal and anal depressor muscles, the hypodermis, distal tip cell, ventral nerve cord, head and tail neurons, and body wall muscle.
6tra-4F53B3.1n/achrX 2,855,643C. elegans TRA-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR008162 (Inorganic pyrophosphatase), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
7R11E3.2R11E3.2n/achrIV 4,773,617contains similarity to Pfam domain PF00860 Permease family contains similarity to Interpro domain IPR006043 (Xanthine/uracil/vitamin C permease)
8C25F6.6C25F6.6n/achrX 5,450,509
9iftb-1K04G2.1n/achrI 8,027,270iftb-1 encodes the C. elegans ortholog of translation initiation factor 2 beta (eIF2beta); by homology, IFTB-1 is predicted to function in translation initiation and start codon recognition; loss of iftb-1 via RNAi indicates that iftb-1 activity is required for a number of processes including growth, development, and body morphogenesis; loss of iftb-1 activity in adult animals extends lifespan.
10tor-2Y37A1B.13n/achrIV 13,983,393tor-2 encodes a AAA ATPase that, along with TOR-1 and OOC-5, comprise the three C. elegans orthologs of human torsinA, mutations in which are associated with torsion dystonia (OMIM:605204); overexpression of TOR-2 in nematodes with polyglutamine repeat-induced protein aggregates indicates that TOR-2 can suppress protein aggregation, suggesting TOR-2 may play a role in regulation of protein folding; in wild-type animals, TOR-2 localizes to the endoplasmic reticulum; in animals containing polyglutamine protein aggregates, TOR-2 localizes to these sites of protein aggregation.
11rap-1C27B7.8n/achrIV 8,917,869rap-1 encodes a member of the Ras superfamily of small GTPases; the activated protein interacts with W05B10.4 and T14G10.2 in yeast two-hybrid assays and rap-1 is expressed in some neurons in the head and tail, the rectal epithelial cells, body muscle, hypodermis, and in the somatic cells of the gonad.
12phat-1C46H11.8n/achrI 5,045,010C. elegans PHAT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
13R01H2.1R01H2.1n/achrIII 7,062,968
14F55A4.1F55A4.1n/achrX 1,036,270contains similarity to Pfam domain PF00957 Synaptobrevin contains similarity to Interpro domains IPR010908 (Longin), IPR011012 (Longin-like), IPR001388 (Synaptobrevin)
15C53C11.1C53C11.1n/achrX 17,340,978contains similarity to Interpro domain IPR010993 (Sterile alpha motif homology)
16F53B3.2F53B3.2n/achrX 2,860,247contains similarity to Pfam domain PF01596 O-methyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002935 (O-methyltransferase, family 3)
17fbxb-79R07H5.7n/achrIV 11,189,235C. elegans FBXB-79 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
18ugt-41F10D2.11n/achrV 7,162,312C. elegans UGT-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
19Y39A1A.20Y39A1A.20n/achrIII 10,699,807
20F44F1.4F44F1.4n/achrI 13,264,689contains similarity to Sulfolobus solfataricus DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:Q97WH0
21C48E7.1C48E7.1n/achrI 6,262,387
22C52E12.4C52E12.4n/achrII 7,017,594contains similarity to Pfam domains PF01477 (PLAT/LH2 domain) , PF02141 (DENN (AEX-3) domain) , PF03456 (uDENN domain) , PF03455 (dDENN domain) , PF02759 (RUN domain) contains similarity to Interpro domains IPR005112 (dDENN), IPR001024 (Lipoxygenase, LH2), IPR008976 (Lipase/lipooxygenase, PLAT/LH2), IPR004012 (RUN), IPR005113 (uDENN), IPR001194 (DENN)
23F53A2.3F53A2.3n/achrIII 13,338,285contains similarity to Streptococcus agalactiae Hypothetical protein.; TR:Q8E5X9
24cah-5R173.1n/achrX 7,021,932cah-5 encodes a member of the carbonic anhydrase family.
25C26B9.6C26B9.6n/achrX 5,334,221contains similarity to Pfam domains PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) , PF02825 (WWE domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR004170 (WWE), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
26C02B8.6C02B8.6n/achrX 8,134,694contains similarity to Pfam domains PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) , PF02825 (WWE domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR004170 (WWE), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
27srbc-76M01B2.4n/achrV 15,252,812C. elegans SRBC-76 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
28ZK1225.1ZK1225.1n/achrI 13,206,699contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
29F29D10.2F29D10.2n/achrI 8,842,038contains similarity to Interpro domains IPR000853 (Nematoda metallothionein, family 6), IPR000006 (Metallothionein, vertebrate), IPR002952 (Eggshell protein), IPR004035 (Endonuclease III, iron-sulphur binding, conserved site-1), IPR001396 (Echinodermata metallothionein, family 4), IPR001008 (Mollusc metallothionein, family 2)
30chd-3T14G8.1n/achrX 12,849,438chd-3 encodes a PHD-finger SNF2 family member containing a chromo domain and a C-terminal helicase domain that affects Notch-dependent vulval development; expressed in virtually all embryonic cells and in many larval nuclei.
31ztf-8ZC395.8n/achrIII 5,271,035C. elegans ZTF-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR004355 (Type IV secretion system CagA exotoxin), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
32tag-143ZK856.9n/achrV 10,211,282C. elegans TAG-143 protein; contains similarity to Pfam domain PF04438 HIT zinc finger contains similarity to Interpro domain IPR007529 (Zinc finger, HIT-type)
33Y116A8C.40Y116A8C.40n/achrIV 17,147,619contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34ZK265.8ZK265.8n/achrI 8,271,989contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
35ceh-2C27A12.5n/achrI 6,048,670ceh-2 encodes a homeodomain protein homologous to Drosophila empty spiracles (EMS) and the vertebrate EMX1 and EMX2 proteins (OMIM:600034, 600035); although the exact biological role of CEH-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, expression in pharyngeal neurons and muscle, as well as vulval cells (vulB1, vulB2, and vulC) at late stages of development suggests that CEH-2 may play a role in terminal differentiation events in diverse cell types.
36sdz-21F54E7.5n/achrIII 5,655,941C. elegans SDZ-21 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000480 (Glutelin)
37sor-3C04E7.2n/achrX 355,777sor-3 encodes a novel protein that contains an MBT (malignant brain tumor) domain related to the MBT domains found in the Sex comb on midleg (SCM) and Sfmbt Polycomb group proteins; during development, SOR-3 activity is required to specify the correct number of dopaminergic and serotonergic neurons in males, as well as for proper ray neuron axon guidance, distal tip cell migration, and normal body size; SOR-3 activity is necessary for maintaining repression of Hox gene expression, notably that of egl-5 in many head neurons; in regulating neurotransmitter phenotype, sor-3 functions together with sop-2, which also encodes a Polycomb group protein, and members of the TGF-beta signaling pathway; sor-3 and sop-2 also function together to regulate progression through larval development; a SOR-3::GFP reporter fusion is expressed ubiquitously throughout the life cycle and localizes to both the cytoplasm and the nucleus.
38C27B7.7C27B7.7n/achrIV 8,911,257contains similarity to Pfam domains PF00047 (Immunoglobulin domain) , PF00041 (Fibronectin type III domain) (6)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR003962 (Fibronectin, type III subdomain), IPR013151 (Immunoglobulin)
39F45G2.9F45G2.9n/achrIII 13,436,244contains similarity to Pfam domain PF01728 FtsJ-like methyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR016448 (23S ribosomal RNA methyltransferase), IPR015507 (Ribosomal RNA methyltransferase J), IPR002877 (Ribosomal RNA methyltransferase RrmJ/FtsJ)
40M01B2.10M01B2.10n/achrV 15,261,657contains similarity to Homo sapiens Phytanoyl-CoA 2-hydroxylase-interacting protein-like; ENSEMBL:ENSP00000362987
41efn-4F56A11.3n/achrIV 563,657efn-4 encodes a member of the ephrin family of ligands that affects neuroblast migrations during closure of the ventral gastrulation cleft and subsequent epidermal morphogenesis, possibly functioning independently of EFN-1, EFN-2, EFN-3, and the VAB-1 receptor during morphogenesis; can interact with VAB-1 in vitro, and is expressed in neural and epidermal precursors at the 100-cell stage, in head neurons, pharyngeal cells, lateral and tail neurons, and in the ectoderm during epidermal enclosure.
42srh-8K09D9.8n/achrV 4,006,527C. elegans SRH-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR005394 (P2Y12 purinoceptor)
43C11D2.2C11D2.2n/achrIV 6,187,162contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001969 (Peptidase aspartic, active site), IPR001461 (Peptidase A1)
44C25A1.5C25A1.5n/achrI 10,178,041contains similarity to Pfam domains PF04116 (Fatty acid hydroxylase superfamily) , PF00173 (Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR006694 (Fatty acid hydroxylase), IPR001199 (Cytochrome b5)
45ZC373.5ZC373.5n/achrX 10,073,415contains similarity to Pfam domain PF00596 Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001303 (Class II aldolase/adducin, N-terminal)
46lis-1T03F6.5n/achrIII 13,373,822lis-1 encodes an ortholog of human LIS1, which when mutated leads to lissencephaly (OMIM:247200); it also encodes an ortholog of the Aspergillus nidulans nudF, which mediates nuclear migration along Aspergillus hyphae.
47F26F4.6F26F4.6n/achrIII 4,892,477contains similarity to Homo sapiens Similar to Suppressor protein SRP40; VG:OTTHUMP00000170311
48T08D2.2T08D2.2n/achrX 167,955contains similarity to Pfam domains PF00953 (Glycosyl transferase family 4) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domain IPR000715 (Glycosyl transferase, family 4)
49trxr-2ZK637.10n/achrIII 8,915,015C. elegans TRXR-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF02852 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain) , PF07992 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) , PF00070 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR000447 (FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR012999 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site), IPR004099 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation), IPR006338 (Thioredoxin and glutathione reductase selenoprotein), IPR016156 (FAD/NAD-linked reductase, dimerisation), IPR001327 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, NAD-binding region), IPR000815 (Mercuric reductase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
50ZK154.5ZK154.5n/achrX 7,785,505contains similarity to Homo sapiens Isoform 4 of Target of Nesh-SH3 precursor; ENSEMBL:ENSP00000373190