UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K03H4.2K03H4.21e-128chrV 13,153,453contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:O96209
2bath-15C08C3.2n/achrIII 7,775,331C. elegans BATH-15 protein; contains similarity to Pfam domains PF00917 (MATH domain) , PF00651 (BTB/POZ domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
3rnp-8R119.7n/achrI 366,516C. elegans RNP-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
4bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
5C38D4.4C38D4.4n/achrIII 4,794,206contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Delayed Anaerobic Gene; SGD:YJR151C
6C48B4.9C48B4.9n/achrIII 9,562,829contains similarity to Arabidopsis thaliana Hypothetical protein (At1g32400/F5D14_22) (Tobamovirus multiplications2A).; TR:Q9C5W7
7skr-17C06A8.4n/achrII 7,784,177skr-17 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a core component of the SCF (Skp1p, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that facilitates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-17 has no known function in vivo, since skr-17(RNAi) animals are at least superficially normal, and SKR-17 does not appear to interact in vitro with any of the C. elegans cullin homologs.
8F43G9.4F43G9.4n/achrI 8,611,732contains similarity to Brugia malayi Putative uncharacterized protein BMBAC01P19.03a.; TR:Q8IHI9
9B0304.2B0304.2n/achrII 4,524,073
10C48B4.6C48B4.6n/achrIII 9,557,903contains similarity to Plateumaris constricticollis toyamensis Cytochrome oxidase subunit I (Fragment).; TR:Q85QH2
11btb-7F45C12.12n/achrII 1,713,745C. elegans BTB-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
12C30F12.4C30F12.4n/achrI 6,972,971contains similarity to Triticum aestivum Gamma-gliadin precursor.; SW:P08453
13F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
14C16C10.3C16C10.3n/achrIII 4,174,219contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
15C31H1.8C31H1.8n/achrIV 5,812,882contains similarity to Homo sapiens Protocadherin 15; ENSEMBL:ENSP00000378832
16F54D5.9F54D5.9n/achrII 11,543,652F54D5.9 encodes an F-box protein orthologous to to human FBXO47 (OMIM:609498, deleted in renal cell carcinoma) and paralogous to PROM-1, that suppresses excess embryonic cell division; F54D5.9(RNAi) animals show hyperproliferating embryonic tissues, while having no obvious meiotic defects.
17F58A4.2F58A4.2n/achrIII 9,600,293contains similarity to Musca domestica Hexamerin (Fragment).; TR:Q9U6B2
18F45F2.11F45F2.11n/achrV 8,520,032contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
19F33E11.2F33E11.2n/achrV 298,304contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
20cpar-1F54C8.2n/achrIII 9,434,486cpar-1 encodes one of two C. elegans proteins homologous to the inner kinetochore histone H3 variant CENP-A (the other is encoded by hcp-3); loss of cpar-1 and hcp-3 activity via RNAi results in mitotic chromosome segregation defects, but no significant defects in meiotic chromosome segregation; when expressed in the germline using the pie-1 promoter, a CPAR-1::GFP fusion protein localizes to meiotic chromosomes during late prophase/prometaphase of meiosis I, but is not seen on chromosomes during meiosis II.
21C16C8.11C16C8.11n/achrII 3,454,183contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
22gln-6C28D4.3n/achrIV 9,740,184C. elegans GLN-6 protein; contains similarity to Pfam domains PF03951 (Glutamine synthetase, beta-Grasp domain) , PF00120 (Glutamine synthetase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR008147 (Glutamine synthetase, beta-Grasp), IPR014746 (Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic region), IPR008146 (Glutamine synthetase, catalytic region)
23bir-2C50B8.2n/achrV 13,569,366The bir-2 gene encodes a protein with two BIR domains that may be involved in apoptosis.
24C16C8.12C16C8.12n/achrII 3,453,161
25C17E4.4C17E4.4n/achrI 9,419,701contains similarity to Thermoplasma acidophilum Hypothetical membrane protein.; TR:Q9HLF7
26hus-1H26D21.1n/achrI 3,698,705hus-1 encodes the C. elegans ortholog of the Schizosaccharomyces pombe Hus1 DNA damage checkpoint protein; in C. elegans, hus-1 activity is required for DNA damage-induced cell cycle arrest and apoptosis, telomere maintenance, and hence, genome stability and development; specifically, hus-1 is required for the CEP-1/p53-dependent increase in germline egl-1 expression following irradiation; a HUS-1::GFP fusion protein is detected in the nuclei of mitotic and meiotic germ cells, mature oocytes, embryos, and somatic larval cells, particularly those that are proliferating; while HUS-1 localization is generally diffuse throughout these nuclei, following irradiation, HUS-1 localizes to discrete foci that overlap with chromatin; HUS-1 nuclear localization is dependent upon the Rad9 homologue HPR-9 and upon the checkpoint protein MRT-2, with which it interacts in yeast two-hybrid and in vitro assays.
27T04A8.8T04A8.8n/achrIII 4,694,596contains similarity to Homo sapiens;Mus musculus;Rattus norvegicus;Bos taurus;Sus scrofa Ubiquitin-like protein SMT3B (Sentrin 2) (HSMT3).; SW:SM32_HUMAN
28R148.4R148.4n/achrIII 3,172,188
29C16A11.6C16A11.6n/achrII 4,237,141
30apn-1T05H10.2n/achrII 8,048,264apn-1 encodes a member of the AP (apurinic or apyrimidinic) endonuclease family.
31B0252.1B0252.1n/achrII 6,921,631contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
32B0545.4B0545.4n/achrIV 109,498contains similarity to Pfam domain PF05699 hAT family dimerisation domain contains similarity to Interpro domain IPR008906 (HAT dimerisation)
33dhs-5F56D1.5n/achrII 5,454,878dhs-5 encodes a possible steroid dehydrogenase; DHS-5 generally resembles short chain-type alcohol/other dehydrogenases, but has two predicted N-terminal transmembrane sequences, and its closest relatives in vertebrates are known or putative steroid dehydrogenases such as hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 12 from mouse (also known as KIK-I or DHBK_MOUSE).
34srv-33T13A10.13n/achrIV 6,283,633C. elegans SRV-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
35ZC410.3ZC410.3n/achrIV 9,077,529contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
36ZK930.2ZK930.2n/achrII 11,892,790contains similarity to Interpro domain IPR010989 (t-SNARE)
37syp-3F39H2.4n/achrI 8,663,589syp-3 encodes a coiled-coil protein; SYP-3 activity is required during meiosis for chromosome synapsis and chiasma formation, specifically for proper assembly of the central region of the synaptonemal complex; thus, SYP-3 is essential activity is essential for normal embryonic development; immunolocalization studies indicate that SYP-3 is likely a structural component of the central element of the synaptonemal complex.
38vha-18F52E1.10n/achrV 8,412,615vha-18 encodes an an ortholog of subunit H of the cytoplasmic (V1) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); VHA-18 and VHA-15 are co-orthologs; VHA-18 is a predicted cytosolic stator (stalk) component.
39fbxa-197T06C12.4n/achrV 15,868,291C. elegans FBXA-197 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
40zhp-3K02B12.8n/achrI 8,530,344zhp-3 encodes a RING finger protein orthologous to budding yeast Cst9p (meiotically expressed) and human RNF212 (associated with varying recombination rate); ZHP-3 activity is required during meiosis for crossover recombination and chiasma formation; ZHP-3 activity is thus essential for proper chromosome segregation and normal levels of fertility; a ZHP-3::GFP fusion protein localizes along synapsed chromosomes in a manner that is dependent upon the presence of mature synaptonemal complexes; ZHP-3 is paralogous to D1081.9, F55A12.10, and Y39B6A.16.
41lsl-1F52F12.4n/achrI 9,902,069C. elegans LSL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
42btb-20F57C2.1n/achrII 14,522,887C. elegans BTB-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
43F56C9.3F56C9.3n/achrIII 7,312,130contains similarity to Pfam domain PF01545 Cation efflux family contains similarity to Interpro domain IPR002524 (Cation efflux protein)
44F49E8.2F49E8.2n/achrIV 7,549,959contains similarity to Interpro domains IPR011767 (Glutaredoxin active site), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
45ZK418.8ZK418.8n/achrIII 7,084,302contains similarity to Pfam domain PF00013 KH domain contains similarity to Interpro domains IPR009019 (K Homology, prokaryotic type), IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
46F29C4.6F29C4.6n/achrIV 120,551contains similarity to Pfam domain PF01171 PP-loop family contains similarity to Interpro domains IPR011063 (PP-loop), IPR012089 (PP-loop ATPase, YdaO-related), IPR000541 (Protein of unknown function UPF0021), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
47F21F3.4F21F3.4n/achrI 4,896,773contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein ENSP00000372122; ENSEMBL:ENSP00000372122
48rnh-1.2ZK938.7n/achrII 9,840,817C. elegans RNH-1.2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF00075 (RNase H) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR002156 (Ribonuclease H)
49R09B3.2R09B3.2n/achrI 11,909,721contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
50C36B1.11C36B1.11n/achrI 8,756,734contains similarity to Interpro domain IPR001576 (Phosphoglycerate kinase)