UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K03H1.8K03H1.83.0000000000000004e-129chrIII 9,945,970contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type)
2T08G3.7T08G3.7n/achrV 16,464,369contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00023 (Ankyrin repeat) , PF00533 (BRCA1 C Terminus (BRCT) domain) contains similarity to Interpro domains IPR002110 (Ankyrin), IPR003125 (Protein of unknown function WSN), IPR001357 (BRCT)
3puf-9W06B11.2n/achrX 5,843,741The puf-9 gene encodes a predicted RNA binding protein orthologous to Drosophila PUMILIO and human PUMILIO 2 (OMIM:607205); PUF-9 is required for normal locomotion and fluid balance, and is expressed primarily in somatic tissues; PUF-9 contains a glutamine/asparagine-rich domain.
4sra-3AH6.7n/achrII 9,539,969C. elegans SRA-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
5srh-212T22F3.6n/achrV 3,596,155C. elegans SRH-212 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR001463 (Sodium:alanine symporter), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
6acc-3F55D10.5n/achrX 4,725,216C. elegans ACC-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR001390 (Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit), IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
7ttr-40E02C12.4n/achrV 9,354,969C. elegans TTR-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domain IPR001534 (Transthyretin-like)
8R106.2R106.2n/achrX 17,484,993contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
9cpb-1C40H1.1n/achrIII 9,323,513cpb-1 encodes a cytoplasmic polyadenylation element binding (CPEB) protein homolog involved in two steps of spermatogenesis; two CPEB proteins have distinct functions in spermatogenesis, with FOG-1 specifying sperm cell fate, and CPB-1 conversely executing that decision, being required for progression through meiosis; cpb-1(RNAi) spermatocytes fail to undergo meiotic cell divisions; CPB-1 protein is present in the germ line just prior to overt spermatogenesis, but once sperm differentiation begins, CPB-1 disappears; CPB-1 physically interacts with EBF, which, like CPEB, regulates genes by binding the 3' UTRs of mRNAs; while CPB-1 is required for spermatogenesis, it is dispensable for oogenesis; this is in contrast to CPEBs in vertebrates (Xenopus), arthropods (Drosophila), and molluscs (Spisula), which all participate in oogenesis.
10M02B7.5M02B7.5n/achrIV 3,813,489contains similarity to Pfam domains PF00612 (IQ calmodulin-binding motif) , PF01369 (Sec7 domain) contains similarity to Interpro domains IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR000904 (SEC7-like)
11srh-24R10D12.11n/achrV 13,959,859C. elegans SRH-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
12K07E8.5K07E8.5n/achrII 652,962K07E8.5 encodes a homolog of the functionally active Fmrf Receptor (FR; CG2114) of D. melanogaster; it is thus possible that K07E8.5 is a receptor for one of the FMRF-like neurotransmitters in C. elegans (e.g., FLP-1 through FLP-12).
13srsx-38T26E4.14n/achrV 15,806,689C. elegans SRSX-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
14mif-1Y56A3A.3n/achrIII 11,848,712C. elegans MIF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01187 Macrophage migration inhibitory factor (MIF) contains similarity to Interpro domains IPR014347 (Tautomerase), IPR001398 (Macrophage migration inhibitory factor)
15C18B12.1C18B12.1n/achrX 15,012,725contains similarity to Bacillus anthracis Flagellar biosynthetic protein FlhB, putative.; TR:Q81SE5
16tpi-1Y17G7B.7n/achrII 12,038,108tpi-1 encodes a putative triosephosphate isomerase orthologous to human TPI1 (OMIM:190450, mutated in TPI deficiency) and Drosophila WASTED AWAY; despite the severity of TPI mutant phenotypes in humans and Drosophila, TPI-1 has no obvious function in mass RNAi assays.
17C41G6.6C41G6.6n/achrV 15,222,374contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
18K09F5.1K09F5.1n/achrX 7,740,721
19srw-24C41G6.7n/achrV 15,224,639C. elegans SRW-24 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
20Y37D8A.4Y37D8A.4n/achrIII 12,837,949contains similarity to Pfam domain PF00017 SH2 domain contains similarity to Interpro domain IPR000980 (SH2 motif)
21R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
22tax-4ZC84.2n/achrIII 9,183,509tax-4 is orthologous to the human gene ROD PHOTORECEPTOR CGMP-GATED CHANNEL (CNGA1; OMIM:123825), which when mutated leads to disease.
23R06F6.6R06F6.6n/achrII 10,807,531contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR013847 (POU), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
24F56H1.5F56H1.5n/achrI 5,757,572F56H1.5 encodes a putative ATP/ADP-activated metallocarboxypeptidase that may function in vivo as an alpha-tubulin C-terminal tyrosine carboxypeptidase; F56H1.5 is orthologous to murine AGTPBP-1/Nna1/pcd (upregulated in damaged mouse spinal cord and mutated in Purkinje cell degeneration) and human AGTPBP1 (OMIM:606830); murine AGTPBP-1 is genetically required for tubulin carboxypeptidase activity in vivo, and F56H1.5's nearest paralog EEED8.6 has biochemical traits consistent with tubulin carboxypeptidase activity; F56H1.5 and its mammalian AGTPBP1 orthologs, along with other proteins, comprise a M14D3 peptidase subfamily.
25fbxa-163C08E3.6n/achrII 1,610,019This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
26F28B1.4F28B1.4n/achrV 17,056,226contains similarity to Archaeoglobus fulgidus Ferredoxin (FDX-2).; TR:O30071
27kin-30M01B2.1n/achrV 15,246,214kin-30 encodes a predicted tyrosine kinase; kin-30 is expressed during larval stages, but has not been detected in adults; the expression of kin-30 was experimentally verified by RT-PCR.
28W05B2.7W05B2.7n/achrIII 10,989,906contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
29Y37H2B.1Y37H2B.1n/achrV 18,227,570contains similarity to Xylella fastidiosa Beta-hexosaminidase precursor.; TR:Q9PF31
30nhr-96F44C8.11n/achrV 2,234,310nhr-96 encodes a member of the superfamily of nuclear receptors, which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain.
31T19D2.3T19D2.3n/achrX 3,939,726
32F49H6.12F49H6.12n/achrV 17,021,153contains similarity to Phasianus colchicus Gag polyprotein (Fragment).; TR:Q9I9T0
33cyp-34A6B0213.11n/achrV 3,959,699C. elegans CYP-34A6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
34F02C9.2F02C9.2n/achrV 3,135,542contains similarity to Pfam domain PF03385 Protein of unknown function, DUF288 contains similarity to Interpro domains IPR005049 (Protein of unknown function DUF288), IPR002972 (Prostaglandin D synthase)
35srbc-30C02A12.3n/achrV 3,479,236C. elegans SRBC-30 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
36F28F9.2F28F9.2n/achrIV 3,840,668
37T08G3.6T08G3.6n/achrV 16,446,543contains similarity to Interpro domain IPR008975 ()
38F22E5.2F22E5.2n/achrII 2,665,821
39asm-1B0252.2n/achrII 6,911,299asm-1 encodes a protein similar to human acid sphingomyelinase (ASM) or sphingomyelin phosphodiesterase; the ASM-1 protein has a putative secretory signal peptide at the N-terminus, saposin-like and proline-rich domains and putative N-linked glycosylation sites; asm-1 shows phosphodiesterase activity when expressed in COS-7 cells; while mammalian ASM is detected as both intracellular and secreted forms, asm-1 was detected exclusively in the secreted form; northern blot analysis indicates that asm-1 is expressed at higher levels in the embryo compared with other stages.
40F38A1.11F38A1.11n/achrIV 1,248,205contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
41str-96T10H4.2n/achrV 15,293,203C. elegans STR-96 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
42srxa-4F18E3.1n/achrV 7,421,068C. elegans SRXA-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF03383 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein, class xa contains similarity to Interpro domain IPR005047 (Protein of unknown function DUF286, G protein-coupled receptor-like putative Caenorhabditis species)
43str-111F10A3.15n/achrV 16,168,531C. elegans STR-111 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
44str-60T06C12.1n/achrV 15,898,679C. elegans STR-60 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
45C23H4.4C23H4.4n/achrX 12,231,444contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domains IPR008262 (Lipase, active site), IPR000062 (Thymidylate kinase), IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
46agr-1F41G3.12n/achrII 6,767,868agr-1 encodes a large (1396-residue) putative agrin, orthologous to human AGRIN (OMIM:103320), EGFLAM, and Q9NQ15; AGR-1 is expressed in buccal epithelium and deposited in pharyngeal basal epithelium; AGR-1 is also expressed in IL1 neurons, distal tip cells, and intestine; an AGR-1 fragment can cluster vertebrate dystroglycan in cell culture; agr-1(eg1770) mutations show no obvious phenotype, including levimasole resistance, and do not enhance other mutations perturbing acetylcholine signalling, the dystrophin-glycoprotein-complex, muscle cell differentiation, or the extracellular matrix.
47srz-42H12I19.1n/achrIV 14,130,194C. elegans SRZ-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
48F18A12.6F18A12.6n/achrII 3,401,335F18A12.6 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; F18A12.6 has no clear orthologs in other organisms.
49F28G4.3F28G4.3n/achrV 16,286,908contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
50ets-5C42D8.4n/achrX 5,080,670C. elegans ETS-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00178 Ets-domain contains similarity to Interpro domains IPR000418 (Ets), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding)