UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K03H1.10K03H1.102e-178chrIII 9,923,743contains similarity to Pfam domains PF02172 (KIX domain) , PF02135 (TAZ zinc finger) contains similarity to Interpro domains IPR003101 (Coactivator CBP, KIX), IPR000197 (Zinc finger, TAZ-type)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3F56B3.6F56B3.6n/achrIV 789,430contains similarity to Pfam domain PF03134 TB2/DP1, HVA22 family contains similarity to Interpro domain IPR004345 (TB2/DP1 and HVA22 related protein)
4tyr-1C02C2.1n/achrIII 7,875,371C02C2.1 encodes a tyrosinase homolog with a glutamine/asparagine-rich domain.
5Y11D7A.1Y11D7A.1n/achrIV 9,229,724contains similarity to Interpro domains IPR003702 (Acetyl-CoA hydrolase/transferase), IPR001220 (Legume lectin, beta domain)
6nhr-106T01G6.4n/achrV 490,539nhr-106 encodes a nuclear receptor that is most highly conserved amongst nematode species.
7W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
8F54C9.3F54C9.3n/achrII 8,566,635contains similarity to Homo sapiens BA424I5.1; TR:Q9H4Q7
9srp-6C03G6.19n/achrV 7,385,156srp-6 encodes a functional serpin (serine protease inhibitor)
10T12B3.3T12B3.3n/achrIV 7,375,883contains similarity to Pfam domain PF03009 Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family contains similarity to Interpro domain IPR004129 (Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)
11R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
12dhs-30T25G12.7n/achrX 17,233,193dhs-30 encodes a member of the short-chain dehydrogenases/reductases family (SDR) homologous to HSD, which when mutated leads to cortisol 11-beta ketoreductase deficiency (OMIM:218030).
13F15D3.6F15D3.6n/achrI 11,574,794contains similarity to Pfam domain PF04707 PRELI-like family contains similarity to Interpro domain IPR006797 (MSF1)
14srr-9T05B11.2n/achrV 7,738,784C. elegans SRR-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF03268 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF267 contains similarity to Interpro domain IPR004950 (Protein of unknown function DUF267, Caenorhabditis species)
15F56G4.1F56G4.1n/achrI 11,343,556contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
16lite-1C14F11.3n/achrX 6,228,375C. elegans LITE-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF08395 7tm Chemosensory receptor contains similarity to Interpro domains IPR009318 (Trehalose receptor), IPR013604 (7TM chemoreceptor)
17F55A11.7F55A11.7n/achrV 11,785,988contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
18C32B5.12C32B5.12n/achrII 952,421
19srp-5C03G6.18n/achrV 7,382,647srp-5 encodes an ovalbumin-like serpin (ov-serpin) member of the serine protease inhibitor superfamily; by homology, SRP-5 is predicted to function as a suicide substrate that inhibits the proteolytic activity of serine proteases; however, as loss of srp-5 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, the precise role of SRP-5 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
20hgo-1W06D4.1n/achrI 9,052,445hgo-1 encodes a putative homogentisate 1,2-dioxygenase, orthologous to human HGD (OMIM:607474, mutated in alkaptonuria), that is required for normal resistance to hypertonic stress; HGO-1 is expressed in larval and adult hypodermis and intestine, and in larval pharynx; HGO-1 is required for the tyrosinemic phenotype of K10C2.4(RNAi) animals.
21F47D12.3F47D12.3n/achrIII 6,298,853contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
22C02D5.1C02D5.1n/achrIII 8,561,987contains similarity to Pfam domains PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) , PF00441 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF08028 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02771 (Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013107 (Acyl-CoA dehydrogenase, type 2, C-terminal), IPR006090 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type 1), IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR006089 (Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR009075 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal), IPR006092 (Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal)
23srr-3F36D3.3n/achrV 16,507,773C. elegans SRR-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF03268 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF267 contains similarity to Interpro domain IPR004950 (Protein of unknown function DUF267, Caenorhabditis species)
24W09H1.5W09H1.5n/achrII 13,186,582contains similarity to Pfam domains PF00107 (Zinc-binding dehydrogenase) , PF08240 (Alcohol dehydrogenase GroES-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR013149 (Alcohol dehydrogenase, zinc-binding), IPR011032 (GroES-like), IPR013154 (Alcohol dehydrogenase GroES-like), IPR002085 (Alcohol dehydrogenase superfamily, zinc-containing), IPR016040 (NAD(P)-binding)
25opt-3F56F4.5n/achrI 6,135,613C. elegans OPT-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00854 POT family contains similarity to Interpro domains IPR000109 (TGF-beta receptor, type I/II extracellular region), IPR000817 (Prion protein), IPR004768 (Oligopeptide transporter, peptide:H+ symporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
26T18D3.8T18D3.8n/achrX 12,437,812
27C30F12.7C30F12.7n/achrI 6,975,813contains similarity to Pfam domain PF00180 Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR004434 (Isocitrate dehydrogenase NAD-dependent, mitochondrial), IPR001804 (Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase)
28Y66H1A.5Y66H1A.5n/achrIV 428,660
29F58H7.8F58H7.8n/achrIV 908,458
30msp-152ZK546.6n/achrII 4,933,207msp-152 encodes a protein that belongs to a family of proteins called the Major Sperm Proteins (MSPs) that is conserved in nematodes; this family consists of closely related, small, basic proteins that make up 15% of sperm protein; this multigene family consists of over fifty genes, including many pseudogenes; MSPs are involved in both extracellular signaling and cytoskeletal functions during reproduction-MSP antagonizes Eph/ephrin signaling, in part, by binding VAB-1 Eph receptor tyrosine kinase on oocytes and sheath cells to promote oocyte maturation and MAPK activation; MSPs assemble into fibrous networks that drive movement of the C. elegans sperm; msp genes are expressed only in late primary spermatocytes.
31str-232T10C6.1n/achrV 16,015,103C. elegans STR-232 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
32F47B8.5F47B8.5n/achrV 14,326,311contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domains IPR002485 (Protein of unknown function DUF13), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000976 (Wilm's tumour protein), IPR003071 (Orphan nuclear receptor, HMR type)
33pah-1K08F8.4n/achrII 8,763,866pah-1 encodes a biochemically active phenylalanine-4-hydroxylase orthologous to human PAH (OMIM:261600, mutated in phenylketonuria); recombinant PAH-1 has hydroxylase activity on phenylalanine and tryptophan substrates in vitro; pah-1 is expressed in seam cells, tail hypodermal cells, and ventral hypodermis, with stronger posterior than anterior expression; PAH-1 might help provide tyrosine for cross-linking in the cuticle, and is partially required for the tyrosinemic phenotype of K10C2.4(RNAi) animals.
34T20D4.12T20D4.12n/achrV 3,397,421contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
35K07H8.9K07H8.9n/achrIV 8,285,786contains similarity to Pfam domain PF00013 KH domain contains similarity to Interpro domains IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
36C01H6.6C01H6.6n/achrI 7,223,298C01H6.6 encodes a predicted transmembrane protein orthologous to human ACDP1-ACDP4 and S. cerevisiae MAM3, and paralogous to C33D12.2, C52D10.12, M02F4.3, R04E5.2, and R13G10.4; by orthology with MAM3, C01H6.6 may participate in metal homoeostasis; C01H6.6, MAM3, and ACDP1-ACDP4 belong to a family of proteins (sharing an ACD domain) from bacteria, yeast, plants, and metazoa; murine Acdp1 is a plasma membrane protein; bacterial proteins containing the ACD domain include CorC from Salmonella typhimurium, which is involved in magnesium and cobalt efflux; C01H6.6 has no obvious function in RNAi assays.
37Y76A2B.5Y76A2B.5n/achrIII 13,547,827contains similarity to Danio rerio Zgc:91819 protein.; TR:Q6GMH4
38C48E7.6C48E7.6n/achrI 6,244,688contains similarity to Drosophila pseudoobscura GA10211-PA (Fragment).; TR:Q29MP8
39dct-11W06B11.3n/achrX 5,838,856C. elegans DCT-11 protein ;
40F59D6.3F59D6.3n/achrV 3,026,073contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001461 (Peptidase A1)
41twk-1F21C3.1n/achrI 7,270,700C. elegans TWK-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2)
42ZK673.3ZK673.3n/achrII 10,451,229ZK673.3 encodes a protein with a THAP or THAP-like domain required for embryonic development; other proteins with THAP or THAP-like domains include LIN-15A, LIN-15B, LIN-36, and HIM-17 (which all interact with LIN-35/Rb), as well as CDC-14B, CTB-1, GON-14, and ~100 other proteins such as Drosophila P element transposase and human nuclear proapoptotic factor THAP1.
43C02G6.2C02G6.2n/achrV 5,873,482contains similarity to Pfam domains PF00675 (Insulinase (Peptidase family M16)) , PF05193 (Peptidase M16 inactive domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR001431 (Peptidase M16, zinc-binding site), IPR011765 (Peptidase M16, N-terminal), IPR011237 (Peptidase M16, core), IPR007863 (Peptidase M16, C-terminal), IPR011249 (Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like, metal-binding)
44K11G9.5K11G9.5n/achrV 6,687,134contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
45W09D12.1W09D12.1n/achrV 14,919,682contains similarity to Pfam domain PF00413 Matrixin contains similarity to Interpro domains IPR000585 (Hemopexin), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR001818 (Peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin), IPR002477 (Peptidoglycan binding-like), IPR016293 (Peptidase M10A, matrix metallopeotidase)
46Y49E10.16Y49E10.16n/achrIII 12,432,047contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domains IPR002921 (Lipase, class 3), IPR008262 (Lipase, active site)
47ard-1F01G4.2n/achrIV 11,132,448ard-1 encodes a homolog of mammalian 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (HADH II)/amyloid-beta binding alcohol dehydrogenase (ABAD) that is predicted to be mitochondrial.
48C05C12.4C05C12.4n/achrIV 11,247,231contains similarity to Interpro domains IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
49nnt-1C15H9.1n/achrX 6,124,888nnt-1 encodes a proton-pumping nicotinamide nucleotide transhydrogenase predicted to be mitochondrial.
50F10C1.3F10C1.3n/achrII 5,757,653