UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1his-38K03A1.61e-41chrX 7,309,668his-38 encodes an H4 histone; by homology, HIS-38 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-38 is a replication-dependent histone locus that does not reside in a cluster, but exists as a single histone locus on the X chromosome.
2sdz-30T04D3.2n/achrI 13,307,433C. elegans SDZ-30 protein; contains similarity to Interpro domain IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
3ubc-18R01H2.6n/achrIII 7,068,071ubc-18 encodes an E2 ubiquitin-conjugating enzyme related to human UBCH7 (OMIM:603731); UBC-18 activity is required for normal growth and reproduction, and UBC-18 functions redundantly with LIN-35/Rb and other class B synthetic multivulval (SynMuv) gene products to regulate pharyngeal morphogenesis during embryonic development; ubc-18 transcripts are detected in the germline, embryos, late larval stages, and adults, suggesting that UBC-18 may function maternally to regulate several aspects of C. elegans development; the substrates of UBC-18 are not yet known.
4skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
5fzr-1ZK1307.6n/achrII 9,642,652fzr-1 encodes a WD repeat-containing protein homologous to Cdh1/Hct1/FZR (OMIM:603619), a regulatory subunit of the anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) required for anaphase initiation and exit from mitosis; FZR-1 is required for fertility, and also functions redundantly with lin-35/Rb to for normal embryogensis and control of postembryonic cell proliferation; FZR-1 probably regulates the levels of G1 cyclins, degradation of which is critical for G1 arrest.
6srh-128Y47G7B.1n/achrII 2,704,344C. elegans SRH-128 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
7F31C3.3F31C3.3n/achrI 15,045,790contains similarity to Interpro domain IPR001000 (Glycoside hydrolase, family 10)
8R11.1R11.1n/achrX 16,192,348contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
9hil-6F59A7.4n/achrV 2,031,066C. elegans HIL-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00538 linker histone H1 and H5 family contains similarity to Interpro domains IPR003993 (Treacher Collins syndrome, treacle), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR005819 (Histone H5), IPR003882 (Pistil-specific extensin-like protein), IPR005818 (Histone H1/H5), IPR003216 (Linker histone, N-terminal)
10bub-3Y54G9A.6n/achrII 13,727,744C. elegans BUB-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
11F09E5.11F09E5.11n/achrII 5,357,780F09E5.11 encodes a divergent ortholog of S. cerevisiae VPH2/VMA12; like VPH2, F09E5.11 may be required for vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase) assembly in the endoplasmic reticulum.
12fbxb-74R08C7.9n/achrIV 4,438,735This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
13nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
14Y48A6C.3Y48A6C.3n/achrIII 11,118,099contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013026 (Tetratricopeptide region), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
15cpf-2F56A8.6n/achrIII 13,267,824C. elegans CPF-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
16F59A3.4F59A3.4n/achrI 5,508,149contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
17AH9.3AH9.3n/achrX 2,259,841contains similarity to Interpro domain IPR010916 (TonB box, conserved site)
18his-2T10C6.13n/achrV 16,041,899his-2 encodes an H3 histone; his-2 is contained within the histone gene cluster HIS1.
19F45C12.2F45C12.2n/achrII 1,732,740contains similarity to Interpro domains IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
20str-230T16A9.2n/achrV 14,209,976C. elegans STR-230 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
21F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
22cogc-5C43E11.1n/achrI 4,272,014cogc-5 encodes an ortholog of mammalian COG-5, a subunit of lobe B of the conserved oligomeric Golgi complex (COGC); COGC-5 is also orthologous to Drosophila FOUR WAY STOP (required for fly spermatogenesis); COGC-5 is weakly required for normal gonadal distal tip cell migration, a process that also requires seven other orthologs of COGC subunits; like other lobe B subunits in both C. elegans and S. cerevisiae, COGC-5 is only partially required for normal function, while lobe A subunits are strongly required in either worms or yeast.
23psa-4F01G4.1n/achrIV 11,128,568The psa-4 (phasmid socket absent) gene encodes an ortholog of SWI2/SNF2, a component of the SWI/SNF complex that is conserved from yeast to mammals and that is involved in chromatin remodeling; psa-4 is probably required during mitosis of the T cells for asymmetric cell division.
24asna-1ZK637.5n/achrIII 8,895,772asna-1 encodes a putative membrane transporter that is required, non-cell-autonomously, for L1 larvae to proceed through development when fed, and is also required for normal insulin (DAF-28) secretion; the human ASNA1 ortholog stimulates insulin secretion in pancreatic beta cells, and can transgenically rescue asna-1 mutant C. elegans, suggesting that ASNA-1's function is conserved among metazoa; asna-1 mutants only progress to adulthood when rescued by maternal ASNA-1; without maternal rescue, asna-1 mutants eat food and endocytose nutrients normally, but nevertheless arrest growth as L1 larvae and localize DAF-16 to the nucleus as if food were absent; asna-1 is expressed in some sensory neurons, in insulin-producing intestinal cells, and in hypodermis; ASNA-1 positively regulates dauer exit in the same way that overexpression of the insulins DAF-28 or INS-4 does, and requires DAF-28 to do this efficiently; ASNA-1 has ATPase activity in vitro, and this activity is required for transgenic rescue of asna-1 mutations.
25F27C8.2F27C8.2n/achrIV 9,597,886contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
26T24B8.2T24B8.2n/achrII 9,055,661contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
27ZK686.4ZK686.4n/achrIII 7,769,518contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
28efl-1Y102A5C.18n/achrV 16,962,099efl-1 encodes a homolog of mammalian E2F that is required for embryonic asymmetry and that functions as a transcriptional repressor; during vulval development, efl-1, a class B synMuv gene, acts with class B synMuv genes dpl-1 and lin-35/Rb to antagonize receptor tyrosine kinase and Ras-mediated signaling; EFL-1 also negatively regulates the G1 to S phase cell cycle transition.
29F59A2.5F59A2.5n/achrIII 3,405,129F59A2.5 encodes a moderately small (123-residue) protein; F59A2.5 is orthologous to Brugia 14979.m04575, and more distantly similar to budding yeast Pcc1p, to human CTAG1B (OMIM:300156, cancer antigen), CTAG2 (OMIM:300396, melanoma antigen), and LAGE3 (OMIM:300060), and to many other uncharacterized proteins, ~80-200 residues long, in animals, fungi, and plants; F59A2.5 is required for fertility and embryonic development in mass RNAi assays and is bound by CKU-80 in two-hybrid assays; F59A2.5 is transcriptionally activated by HLH-2 and HLH-8, but has no known expression pattern; while F59A2.5 is putatively secreted and its human homologs are antigens, its yeast homolog Pcc1p is thought to be a transcription factor.
30F32B4.1F32B4.1n/achrI 11,511,408contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
31sec-15C28G1.3n/achrX 8,833,671C. elegans SEC-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF04091 Exocyst complex subunit Sec15-like contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR007225 (Exocyst complex subunit Sec15-like)
32K08F11.2K08F11.2n/achrIV 4,718,190contains similarity to Pfam domain PF06918 Protein of unknown function (DUF1280) contains similarity to Interpro domain IPR009689 (Protein of unknown function DUF1280)
33Y54E5A.7Y54E5A.7n/achrI 14,713,042contains similarity to Pfam domain PF00622 SPRY domain contains similarity to Interpro domains IPR001870 (B302, (SPRY)-like), IPR006594 (LisH dimerisation motif), IPR006595 (CTLH, C-terminal to LisH motif), IPR003877 (SPla/RYanodine receptor SPRY)
34his-6F45F2.13n/achrV 8,534,749his-6 encodes an H3 histone.
35tag-296F49D11.9n/achrI 10,934,755C. elegans TAG-296 protein; contains similarity to Pfam domain PF08718 Glycolipid transfer protein (GLTP) contains similarity to Interpro domain IPR014830 (Glycolipid transfer protein, GLTP)
36aly-2F23B2.6n/achrIV 9,148,006aly-2 encodes an RRM motif-containing protein required for normal export of TRA-1/tra-2 mRNA complexes, and thus for normal hermaphroditism; ALY-2 is orthologous to human THOC4 (OMIM:604171), and paralogous to ALY-1 and ALY-3; in the absence of TRA-1, and in conjunction with NXF-1, ALY-2 and its paralog ALY-1 are required to bind the TRE 3' UTR element of tra-2 mRNA, and block tra-2 mRNA's export from the nucleus; aly-2(RNAi) animals have abnormal female (as opposed to hermaphrodite) sexual phenotypes; by orthology, ALY-2 is thought to promote recruitment of mRNA export factor to mRNAs; other than these sex-determination phenotypes, ALY-2 has no grossly obvious function in four-way RNAi assays of ALY-1/-3 and W04D2.6.
37pph-6C34C12.3n/achrIII 3,464,667C. elegans PPH-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domains IPR004843 (Metallophosphoesterase), IPR006186 (Serine/threonine-specific protein phosphatase and bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase)
38C47G2.4C47G2.4n/achrII 11,292,129contains similarity to Pfam domain PF04791 LMBR1-like membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR006876 (LMBR1-like conserved region)
39egl-26C23H3.1n/achrII 70,469egl-26 encodes a protein that contains an H-box and an NC domain that is a member of the LRAT (lecithin retinol acyltransferase) subfamily of the NlpC/P60 superfamily of enzymes; egl-26 activity is required for fertility, egg laying, and vulval development, specifically the connection of the uterus to the vulva mediated by proper morphogenesis of vulF, the most dorsal vulval cell; EGL-26 is an apical membrane protein that is expressed in many cells, including vulF, and appears to be expressed near the vulva and uterus only during the L4 larval stage; EGL-26 membrane localization is necessary for its function.
40srd-2R05H5.1n/achrII 10,186,817C. elegans SRD-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
41F21D12.3F21D12.3n/achrII 7,321,346contains similarity to Pfam domain PF01490 Transmembrane amino acid transporter protein contains similarity to Interpro domains IPR002091 (Aromatic amino acid permease), IPR013057 (Amino acid transporter, transmembrane), IPR000920 (Myelin P0 protein)
42C04F5.8C04F5.8n/achrV 5,112,623contains similarity to Bos taurus Similar to C04F5.8.; TR:Q0IIF4
43his-59F55G1.2n/achrIV 7,488,436his-59 encodes an H3 histone; by homology, HIS-59 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-59 is a replication-dependent histone locus that resides in a histone gene-rich region on chromosome IV.
44fbxb-31M151.5n/achrII 3,638,541C. elegans FBXB-31 protein; contains similarity to Pfam domains PF07735 (F-box associated) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR012885 (F-box associated type 2)
45Y48E1B.4Y48E1B.4n/achrII 13,562,596contains similarity to Buchnera aphidicola Flagellar hook-length control protein.; SW:FLIK_BUCAP
46C37C3.1C37C3.1n/achrV 7,858,917contains similarity to Pfam domain PF08719 Domain of unknown function (DUF1768) contains similarity to Interpro domains IPR012816 (Conserved hypothetical protein CHP02464), IPR005448 (Voltage-dependent calcium channel, P/Q-type, alpha-1 subunit)
47T05A12.3T05A12.3n/achrIV 6,885,597contains similarity to Cryptosporidium parvum Iowa II Large low complexity coiled coil protien with large repeat region.; TR:Q5CQL9
48T24G10.2T24G10.2n/achrIII 5,441,718contains similarity to Pfam domain PF02201 SWIB/MDM2 domain contains similarity to Interpro domain IPR003121 (SWIB/MDM2)
49Y4C6B.1Y4C6B.1n/achrIV 5,355,504contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
50T22C1.6T22C1.6n/achrI 7,944,147contains similarity to Homo sapiens Alpha-taxilin; ENSEMBL:ENSP00000362711