UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K02A6.1K02A6.11e-51chrX 8,219,837
2grd-11K02E2.2n/achrV 20,356,705grd-11 encodes a hedgehog-like protein, with (from N- to C-terminus) a signal sequence, four Ground domains, an short region of low-complexity sequence, and a Hint/Hog domain; the Hint/Hog domain is predicted to cut GRD-2 into two halves and then covalently link cholesterol to the C-terminus of the Ground domain; the four N-terminal Ground domains are predicted to form one or more cysteine-crosslinked proteins involved in intercellular signalling; Ground domains have subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; grd-11 has no obvious function in RNAi assays.
3srx-133F09F3.4n/achrV 13,849,303C. elegans SRX-133 protein ;
4trx-2B0024.9n/achrV 10,314,942C. elegans TRX-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR015467 (Thioredoxin family), IPR001200 (Phosducin), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related), IPR012336 (Thioredoxin-like fold)
5F46B6.2F46B6.2n/achrV 9,773,402contains similarity to Trypanosoma brucei Hypothetical protein.; TR:Q7YVJ9
6twk-32F53C11.6n/achrV 13,798,574C. elegans TWK-32 protein; contains similarity to Pfam domains PF00041 (Fibronectin type III domain) (2), PF07885 (Ion channel) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR009147 (Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator), IPR013099 (Ion transport 2)
7F48F5.3F48F5.3n/achrV 20,448,445contains similarity to Zea mays Putative zinc finger protein.; TR:Q8LJR1
8F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
9srv-19H04M03.6n/achrIV 5,873,058C. elegans SRV-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
10C44C10.5C44C10.5n/achrX 11,691,705contains similarity to Homo sapiens Structural maintenance of chromosomes protein 1A; ENSEMBL:ENSP00000323421
11pop-1W10C8.2n/achrI 2,826,881pop-1 encodes an HMG box-containing protein that is the sole C. elegans member of the TCF/LEF family of transcription factors; in C. elegans, POP-1 functions as a component of the canonical and noncanonical Wnt signaling pathways that are required for cell migrations and binary cell fate decisions associated with asymmetric cell division, respectively; in yeast two-hybrid assays, the POP-1 N-terminal beta-catenin binding domain interacts with BAR-1/beta-catenin as well as with the more divergent beta-catenin, SYS-1; when coexpressed with SYS-1, POP-1 is able to activate transcription from a promoter with TCF binding sites; during development, maternally provided POP-1 is first detected in the nuclei of maturing oocytes and then in nearly all cells of the early embryo; in sister blastomeres in the early embryo, POP-1 is detected at lower levels in posterior blastomeres, such as E and P3, than in corresponding anterior blastomeres, MS and C; in later developmental stages, POP-1 is detected in a subset of tissues including hypodermal seam cells, gonadal precursors, and the developing vulva; in the vulva, POP-1 also exhibits an asymmetric staining pattern, with sister cells showing high or low levels of POP-1 depending upon their orientation along the anterior/posterior axis of the vulva.
12Y6E2A.1Y6E2A.1n/achrV 15,710,013contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000832 (GPCR, family 2, secretin-like)
13B0350.3B0350.3n/achrIV 5,965,745
14clec-50W04E12.8n/achrV 19,749,271C. elegans CLEC-50 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR000480 (Glutelin), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002353 (Type II antifreeze protein)
15nhr-230Y17D7A.1n/achrV 18,849,704C. elegans NHR-230 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
16D1046.3D1046.3n/achrIV 8,931,564contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier)
17C29F9.2C29F9.2n/achrIII 131,349contains similarity to Homo sapiens Isoform 3 of MAP7 domain-containing protein 1; ENSEMBL:ENSP00000362241
18clec-245C31G12.2n/achrV 18,187,150C. elegans CLEC-245 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
19D1007.9D1007.9n/achrI 4,591,009
20nhr-155C14C6.4n/achrV 540,344C. elegans NHR-155 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
21clec-247Y51A2A.1n/achrV 18,285,606C. elegans CLEC-247 protein; contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domains IPR002656 (Acyltransferase 3), IPR006621 (Nose resistant to fluoxetine-4, N-terminal)
22glb-12C52A11.2n/achrII 10,730,655glb-12 encodes a globin; glb-12 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; in mass RNAi assays, glb-12 is required for embryonic viability, larval growth, and normal body shape, locomotion, and egg laying.
23fbxa-113Y113G7B.6n/achrV 20,199,350This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
24cnk-1R01H10.8n/achrIII 10,274,812cnk-1 encodes a protein that contains a SAM domain, a PDZ domain, and a PH domain.
25srz-32W05E7.2n/achrIV 3,437,096C. elegans SRZ-32 protein; contains similarity to Interpro domain IPR002184 (Serpentine beta receptor)
26srw-112K12D9.9n/achrV 3,005,101C. elegans SRW-112 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
27str-240K02H11.2n/achrV 1,521,205C. elegans STR-240 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
28D1005.2D1005.2n/achrX 1,460,943contains similarity to Pfam domain PF01704 UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR016267 (UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase, subgroup), IPR002618 (UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase)
29srx-120F49C5.2n/achrII 12,532,032C. elegans SRX-120 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
30F45F2.7F45F2.7n/achrV 8,523,135contains similarity to Pfam domain PF03189 Protein of unknown function, DUF270 contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR004878 (Protein of unknown function DUF270), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
31F48C5.1F48C5.1n/achrX 11,445,448contains similarity to Pfam domain PF00047 Immunoglobulin domain contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013151 (Immunoglobulin)
32H12D21.9H12D21.9n/achrV 14,908,258contains similarity to Oceanobacillus iheyensis Hypothetical UPF0090 protein OB1594.; SW:YF94_OCEIH
33srsx-22F38E1.8n/achrV 8,352,357C. elegans SRSX-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
34T22H2.4T22H2.4n/achrI 11,694,849contains similarity to Pfam domain PF03860 Domain of Unknown Function (DUF326) contains similarity to Interpro domain IPR005560 (Protein of unknown function DUF326)
35srt-73T06C10.2n/achrIV 7,880,158C. elegans SRT-73 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
36srh-67T21B4.6n/achrII 12,509,457C. elegans SRH-67 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
37srh-136F36D3.6n/achrV 16,496,767C. elegans SRH-136 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
38W04A8.1W04A8.1n/achrI 13,837,656W04A8.1 encodes a protein weakly similar to human microcephalin (MCPH1; OMIM:607117, mutated in primary microcephaly); while their primary sequence similarity is very subtle (only being detectable with psi-BLAST on NCBI-nr, using C. briggsae CBG13622 as a query sequence), both W04A8.1 and microcephalin has similar ordering of BRCT domains (one N-terminal, two C-terminal); W04A8.1 has no obvious function in mass RNAi screens.
39C33D3.4C33D3.4n/achrX 10,488,757contains similarity to Buchnera aphidicola Exodeoxyribonuclease V beta chain (EC 3.1.11.5).; SW:EX5B_BUCAP
40H14E04.4H14E04.4n/achrIII 2,391,147
41W03H9.3W03H9.3n/achrII 14,143,131contains similarity to Streptomyces avermitilis Putative oxidoreductase.; TR:Q82DU1
42C30E1.8C30E1.8n/achrX 16,917,982contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
43C07B5.6C07B5.6n/achrX 9,520,189contains similarity to Helicobacter pylori Hypothetical protein HP1327.; TR:O25885
44F41G4.1F41G4.1n/achrX 16,841,928contains similarity to Strongylocentrotus purpuratus 33 kDa inner dynein arm light chain, axonemal (p33).; SW:Q26630
45str-246W09D6.3n/achrIII 11,078,457C. elegans STR-246 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46C31E10.1C31E10.1n/achrX 13,985,013contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000238 (Ribosome-binding factor A)
47srt-14ZC142.2n/achrV 4,255,024C. elegans SRT-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
48C33H5.1C33H5.1n/achrIV 7,809,904contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
49C28A5.5C28A5.5n/achrIII 4,451,510contains similarity to Petunia hybrida PGPS/D8.; TR:Q9ZTN1
50srx-119F49C5.1n/achrII 12,528,893C. elegans SRX-119 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)