UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1cdr-4K01D12.114e-143chrV 12,407,975C. elegans CDR-4 protein; contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3F46E10.11F46E10.11n/achrV 6,532,557contains similarity to Interpro domain IPR008197 (Whey acidic protein, 4-disulphide core)
4cah-3K05G3.3n/achrX 16,488,368cah-3 encodes a putative carbonic anhydrase, closely similar to its paralog CAH-5; cah-3 is expressed in intestine and head (including neurons) of L3 larvae through adults, and its transcription is moderately stimulated by DBL-1 and SMA-2; CAH-3 is bound by CKU-80 in two-hybrid assays, but has no obvious function in mass RNAi assays.
5F44D12.9F44D12.9n/achrIV 10,020,215contains similarity to Pfam domain PF01733 Nucleoside transporter contains similarity to Interpro domains IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR002259 (Delayed-early response protein/equilibrative nucleoside transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
6rps-13C16A3.9n/achrIII 6,374,498rps-13 encodes a small ribosomal subunit S13 protein; by homology, RPS-13 is predicted to function in protein biosynthesis; in C. elegans, RPS-13 activity is required for embryonic and germline development.
7W07E6.2W07E6.2n/achrII 482,556W07E6.2 encodes an ortholog of S. cerevisiae RSA4 that may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, W07E6.2 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline.
8F47B10.2F47B10.2n/achrX 10,894,920F47B10.2 is orthologous to the human gene HISTIDASE (HAL; OMIM:235800), which when mutated leads to disease.
9cpn-4F49D11.8n/achrI 10,925,036cpn-4 encodes a calponin homolog, most closely related to its paralog CPN-3 in C. elegans; CPN-4 is somewhat more similar to calponins per se (such as CLP1 and CLP2 in humans) than to the to the calponin paralogs transgelin (SM22 alpha) or neuronal protein NP25.
10eft-2F25H5.4n/achrI 9,165,168eft-2 encodes a homolog of translation elongation factor 2 (EF-2), a GTP-binding protein essential for the elongation phase of protein synthesis; eft-2 is required for embryogenesis and vulval morphogenesis, and is expressed during all stages of development, including the dauer larval stage.
11R102.2R102.2n/achrIV 10,687,836contains similarity to Oryza sativa Hypothetical protein.; TR:Q8H050
12lgc-50T20B12.9n/achrIII 7,393,409C. elegans LGC-50 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR002289 (Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit), IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
13F53B3.6F53B3.6n/achrX 2,864,981contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa; ENSEMBL:ENSP00000221448
14K04A8.10K04A8.10n/achrV 6,569,901contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
15Y53C12B.1Y53C12B.1n/achrII 9,744,521contains similarity to Pfam domains PF08625 (Utp13 specific WD40 associated domain) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (8)contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR013934 (Small-subunit processome, Utp13), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
16ugt-16ZC443.6n/achrV 12,826,207C. elegans UGT-16 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
17C25F9.4C25F9.4n/achrV 19,412,581contains similarity to Arabidopsis thaliana Putative SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulatorsof chromatin subfamily A member 3-like 3 (EC 3.6.1.-) (SMARCA3-likesprotein 3).; SW:Q9FIY7
18cyp-36A1C34B7.3n/achrI 8,343,858C. elegans CYP-36A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I)
19rps-30C26F1.4n/achrV 7,776,842rps-30 encodes two proteins, a small ribosomal subunit S30 protein and ubiquitin, which is cleaved from the ribosomal protein posttranslationally; by homology, S30 is predicted to function in protein biosynthesis and ubiquitin in protein degradation; in C. elegans, loss of rps-30 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities.
20asg-2C53B7.4n/achrX 6,841,624asg-2 encodes a homolog of subunit G of the membrane-bound F0 proton channel portion of ATP synthase (mitochondrial respiratory chain [MRC] complex V); asg-2 activity is required for growth at a normally high rate and for normal osmoregulation; in addition, asg-2 activity is required for response to hermaphrodite contact, the first step in a series of stereotypical male mating behaviors; an ASG-2::GFP fusion localizes to mitochondria and to cilia of the male-specific CEM neurons.
21rps-18Y57G11C.16n/achrIV 14,825,992rps-18 encodes a small ribosomal subunit S18 protein.
22F59F5.2F59F5.2n/achrX 10,534,095contains similarity to Cryptosporidium parvum Exonuclease ii, possible.; TR:Q7YYI5
23rpl-9R13A5.8n/achrIII 7,572,403rpl-9 encodes a large ribosomal subunit L9 protein that affects fertility and embryonic viability.
24R10H10.3R10H10.3n/achrIV 10,390,865contains similarity to Pfam domains PF00092 (von Willebrand factor type A domain) , PF00431 (CUB domain) contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016857 (Uncharacterised conserved protein UCP027682, CUB, vWA), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
25C47E12.7C47E12.7n/achrIV 9,981,472contains similarity to Pfam domain PF05997 Nucleolar protein,Nop52 contains similarity to Interpro domain IPR010301 (Nucleolar, Nop52)
26skr-3F44G3.6n/achrV 16,122,209The skr-3 gene encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae that has no known function in vivo, since skr-3(RNAi) animals are at least superficially normal.
27rpl-20E04A4.8n/achrIV 4,749,465rpl-20 encodes a large ribosomal subunit L18a protein.
28B0286.3B0286.3n/achrII 4,371,091contains similarity to Pfam domains PF01259 (SAICAR synthetase) , PF00731 (AIR carboxylase) contains similarity to Interpro domains IPR001636 (SAICAR synthetase), IPR000031 (1-(5-Phosphoribosyl)-5-amino-4-imidazole-carboxylate (AIR) carboxylase), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2)
29D1054.8D1054.8n/achrV 10,784,796contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
30F14D7.6F14D7.6n/achrV 14,303,902contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
31srv-29T13A10.6n/achrIV 6,265,730C. elegans SRV-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
32hlh-15C43H6.8n/achrX 2,413,123C. elegans HLH-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
33rpl-6R151.3n/achrIII 7,209,034rpl-6 encodes a large ribosomal subunit L6 protein.
34K09A9.1K09A9.1n/achrX 15,609,812contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
35F01D5.1F01D5.1n/achrII 13,997,179contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
36C01F1.5C01F1.5n/achrII 4,280,801contains similarity to Interpro domain IPR001506 (Peptidase M12A, astacin)
37vha-2R10E11.2n/achrIII 9,782,355vha-2 and vha-3 encode an ortholog of subunit c of the membrane-bound (V0) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); the protein encoded by vha-2 and vha-3 (VHA-2/3) is identical; VHA-2/3 is a predicted V-ATPase transmembrane rotor component, whose polypeptide sequence is identical to that of VHA-3; VHA-1 and VHA-2/3 comprise a closely related family of subunit c co-orthologs, predicted to carry protons from the cytosol to a-subunits (VHA-5, VHA-6, VHA-7, or UNC-32) for transmembrane export; VHA-2/3 is dispensable for viability, since vha-2/3(RNAi) animals have mostly healthy progeny; however, VHA-2 is required for ovulation and embryogenesis, since vha-2(RNAi) animals are sterile with polyploid, unmatured oocytes; VHA-2, along with VHA-15 and probably all V-ATPase subunits, is required for systemic RNAi, probably during endocytotic RNAi uptake; VHA-2 is required for necrosis, since vha-2(RNAi) suppresses necrotic neurodegeneration; vha-2 shares an operon with vha-1 and R10E11.6; both vha-2 and vha-1 are expressed in the excretory cell, the rectum, and a pair of cells posterior to the anus.
38F53H8.3F53H8.3n/achrX 940,562contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
39Y54G11A.7Y54G11A.7n/achrII 14,298,367contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site), IPR000023 (Phosphofructokinase)
40Y17G7B.11Y17G7B.11n/achrII 12,061,387contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
41K03C7.3K03C7.3n/achrX 3,828,246
42tag-314F15H10.4n/achrV 10,427,635C. elegans TAG-314 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
43frs-2F22B5.9n/achrII 8,465,894C. elegans FRS-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF03483 (B3/4 domain) , PF03484 (tRNA synthetase B5 domain) contains similarity to Interpro domains IPR009061 (Putative DNA binding), IPR004531 (Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, beta subunit, archae/euk cytosolic), IPR005146 (B3/B4 tRNA-binding domain), IPR005147 (tRNA synthetase, B5)
44F43G9.1F43G9.1n/achrI 8,607,769contains similarity to Pfam domain PF00180 Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR004434 (Isocitrate dehydrogenase NAD-dependent, mitochondrial), IPR001804 (Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase)
45abcf-1F18E2.2n/achrV 12,762,189C. elegans ABCF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00005 ABC transporter contains similarity to Interpro domains IPR003439 (ABC transporter-like), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
46B0491.7B0491.7n/achrII 11,350,625B0491.7 encodes a putative diphthine synthase orthologous to S. cerevisiae DPH5; DPH5 is an S-adenosylmethionine:EF-2 methyltransferase required for the enzymatic conversion of 3-amino-3-carboxypropyl-histidine to diphthine; DPH5 adds at least the last two of the three methyl groups present in diphthine, and is homologous to bacterial AdoMet:uroporphyrinogen III methyltransferases.
47lys-10F17E9.11n/achrIV 8,333,154C. elegans LYS-10 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site)
48fshr-1C50H2.1n/achrV 9,892,316fshr-1 encodes a putative neuropeptide receptor required for normal acetylcholine secretion by synapses; FSHR-1 is orthologous to human follicle-stimulating hormone receptor (OMIM:136435; mutated in ovarian dysgenesis), thyrotropin receptor (OMIM:603372; mutated in hyperthyroidism), and luteinizing hormone receptor (OMIM:152790, mutated in precocious puberty); fshr-1 mutants have abnormally many GFP::SNB-1 puncta at synapses, suggesting exocytotic defects; the requirement for FSHR-1 and ten other predicted neuropeptide signalling proteins in cholinergic neurotransmission indicates that such signalling is important for regulating acetylcholine release at neuromuscular junctions; possible ligands of FSHR-1 are FLP-1 and NLP-12.
49clec-17E03H4.10n/achrI 12,430,738C. elegans CLEC-17 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
50F55E10.6F55E10.6n/achrX 8,345,470contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)