UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1H13N06.2H13N06.20chrX 15,489,935contains similarity to Pfam domain PF00092 von Willebrand factor type A domain contains similarity to Interpro domain IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
2clec-170F38A1.1n/achrIV 1,270,618C. elegans CLEC-170 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
3F13A2.6F13A2.6n/achrV 4,403,625contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
4F11E6.8F11E6.8n/achrIV 17,447,304contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
5R07B1.7R07B1.7n/achrX 9,869,453contains similarity to Candida albicans Chitinase 2 precursor (EC 3.2.1.14).; SW:CHI2_CANAL
6gly-19F22D6.12n/achrI 7,113,932gly-19 encodes a protein similar to 2/I N-acetylglucosaminyltransferase; it is probably coexpressed with gly-18 in the anal sphincter muscle.
7R07B1.3R07B1.3n/achrX 9,859,984contains similarity to Pfam domain PF01130 CD36 family contains similarity to Interpro domain IPR002159 (CD36 antigen)
8F41E6.12F41E6.12n/achrV 8,627,981
9snf-12T25B6.7n/achrX 9,031,634C. elegans SNF-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF00209 Sodium:neurotransmitter symporter family contains similarity to Interpro domains IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
10klp-8C15C7.2n/achrX 3,162,174klp-8 encodes an atypical kinesin-like motor protein with the motor domain in the N-terminus; the motor domain of KLP-8 exhibits poor homology to the globular motor domain of the kinesin heavy chain.
11K04C1.4K04C1.4n/achrX 14,246,093contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
12F55A4.1F55A4.1n/achrX 1,036,270contains similarity to Pfam domain PF00957 Synaptobrevin contains similarity to Interpro domains IPR010908 (Longin), IPR011012 (Longin-like), IPR001388 (Synaptobrevin)
13F47B3.3F47B3.3n/achrI 3,964,844contains similarity to Pfam domain PF01284 Membrane-associating domain contains similarity to Interpro domain IPR008253 (Marvel)
14dpy-1M01E10.2n/achrIII 2,041,006dpy-1 encodes a collagen that affects body length and alae formation; site of action localized to the hyp7 syncytium, based on mosaic analysis.
15skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
16ZC504.3ZC504.3n/achrX 10,418,158contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR008351 (JNK MAP kinase), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
17pgp-2C34G6.4n/achrI 5,891,285pgp-2 encodes a member of the ABC transporter family with highest similarity to the vertebrate MDR (multidrug resistance) family and that is orthologous to human MDR1 (ABCB1; OMIM:171050, mutated in Crohn disease); during development, pgp-2 activity is required, in parallel with that of the AP-3 adaptor complex, for the proper formation of gut granules, lysosome-related fat storage organelles found in the C. elegans intestine; pgp-2 is expressed in the intestine, from the E2 stage of embryonic development through adulthood; PGP-2 localizes to the gut granule membrane.
18Y18D10A.9Y18D10A.9n/achrI 12,855,664contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
19mec-5E03G2.3n/achrX 15,946,401mec-5 encodes a collagen unique in the number of Gly-X-Y repeats and in the composition of amino acids surrounding these repeats; MEC-5 is required for normal mechanosensory response to gentle touch and for the proper functioning of the touch receptor neurons; mec-5 interacts genetically with mec-4 and mec-10 which encode degenerins (ion channels) expressed in the touch neurons, mec-9, which encodes a protein containing EGF-like and Kunitz/protease inhibitor domains secreted by the touch neurons, and mec-12, which encodes an alpha-tubulin expressed in the touch neurons; these genetic interactions suggest that MEC-5 may play a role in anchoring the degenerin complex to the extracellular matrix; MEC-5 is produced and secreted by hypodermal cells.
20F54B11.11F54B11.11n/achrX 13,580,176contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
21F30H5.3F30H5.3n/achrIII 508,704contains similarity to Pfam domains PF01683 (EB module) (3), PF00014 (Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain) (5)contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR008197 (Whey acidic protein, 4-disulphide core), IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
22K09C4.5K09C4.5n/achrX 3,284,155contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
23elt-2C33D3.1n/achrX 10,482,266elt-2 encodes a GATA-type transcription factor most similar to the vertebrate GATA4-6 transcription factors required for cardiac and endoderm development (OMIM:601656, 600576); in C. elegans, ELT-2 is required redundantly with ELT-7 for initiating and maintaining terminal differentiation of the intestine; ELT-2 is expressed solely in the intestine, beginning embryonically at the 2E-cell stage and continuing in all intestinal cells throughout the life of the animal; in the regulatory hierarchy controlling endoderm development, ELT-2 lies downstream of the maternal regulators SKN-1 and POP-1 and the embryonic GATA factors MED-1/-2, and END-1/-3; in turn, ELT-2, along with ELT-7, likely regulates transcription of a number of intestine-specific terminal differentiation genes such as ges-1, ifb-2, pha-4, and the stress-induced mtl-2; ELT-2 also positively autoregulates, presumably to ensure maintenance of intestinal differentiation
24F16F9.4F16F9.4n/achrX 8,461,517contains similarity to Pfam domain PF07859 alpha/beta hydrolase fold contains similarity to Interpro domains IPR002168 (Lipase, GDXG, active site), IPR017157 (Arylacetamide deacetylase), IPR013094 (Alpha/beta hydrolase fold-3)
25F10D7.3F10D7.3n/achrX 17,373,645contains similarity to Pfam domain PF00462 Glutaredoxin contains similarity to Interpro domains IPR002109 (Glutaredoxin), IPR014025 (Glutaredoxin subgroup), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR011899 (Glutaredoxin, eukaryotic and viruses)
26T20H4.5T20H4.5n/achrIII 7,233,493T20H4.5 gene encodes a 23 kDa subunit of mitochondrial complex I that is required for oxidative phosphorylation and for resistance to volatile anesthetics; T20H4.5 is orthologous to human NDUFS8 (OMIM:602141, mutated in Leigh syndrome).
27F55A12.8F55A12.8n/achrI 5,351,713contains similarity to Pfam domains PF05127 (Putative ATPase (DUF699)) , PF08351 (Domain of unknown function (DUF1726)) contains similarity to Interpro domains IPR013562 (Region of unknown function DUF1726), IPR007807 (Protein of unknown function DUF699, ATPase putative), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase), IPR013324 (RNA polymerase sigma factor, regions 3 and 4)
28C52B9.4C52B9.4n/achrX 4,262,578contains similarity to Pfam domain PF06814 Lung seven transmembrane receptor contains similarity to Interpro domains IPR009637 (Transmembrane receptor, eukaryota), IPR008983 (Tumour necrosis factor-like)
29rer-1F46C5.8n/achrII 8,811,744C. elegans RER-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF03248 Rer1 family contains similarity to Interpro domain IPR004932 (Retrieval of early ER protein Rer1)
30inx-15R12E2.9n/achrI 4,160,065C. elegans INX-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF00876 Innexin contains similarity to Interpro domain IPR000990 (Innexin)
31C30G12.1C30G12.1n/achrII 7,300,470contains similarity to Pfam domain PF06394 Pepsin inhibitor-3-like repeated domain contains similarity to Interpro domain IPR010480 (Proteinase inhibitor I33, aspin)
32K04G11.3K04G11.3n/achrX 14,346,393contains similarity to Pfam domain PF07547 RSD-2 N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR011508 (RSD-2, N-terminal)
33F55C5.8F55C5.8n/achrV 12,290,267contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Srp68-PA;; FLYBASE:CG5064
34figl-1F32D1.1n/achrV 4,343,730F32D1.1 encodes an homolog of human SPASTIN (OMIM:604277, mutated in spastic paraplegia), FIDGETIN (OMIM:605295, mutated in fidget mice), and FIDGETIN-LIKE-1, and of Drosophila SPASTIN; recombinant F32D1.1 protein has N-ethylmaleimide-sensitive ATPase activity in vitro, which is strongly dependent on the C368 residue immediately C-terminal to its Walker A motif; F32D1.1 is required for persistence of the germline in RNAi assays.
35srd-53F13G3.2n/achrI 7,294,860C. elegans SRD-53 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
36fbxa-216Y47H9C.10n/achrI 11,902,379C. elegans FBXA-216 protein; contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
37F57G8.5F57G8.5n/achrV 16,340,228contains similarity to Pfam domain PF00999 Sodium/hydrogen exchanger family contains similarity to Interpro domain IPR006153 (Sodium/hydrogen exchanger)
38ZK470.6ZK470.6n/achrX 4,176,765
39T22F3.10T22F3.10n/achrV 3,608,429contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
40F09G8.3F09G8.3n/achrIII 8,266,869contains similarity to Pfam domain PF00380 Ribosomal protein S9/S16 contains similarity to Interpro domains IPR000754 (Ribosomal protein S9), IPR014721 (Ribosomal protein S5 domain 2-type fold)
41T05G5.1T05G5.1n/achrIII 9,741,123contains similarity to Pfam domain PF00008 EGF-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006209 (EGF-like)
42Y43F8B.14Y43F8B.14n/achrV 19,453,610contains similarity to Saccharomyces cerevisiae has strong homology to Drosophila ISWI; SGD:YOR304W
43twk-28C52B9.6n/achrX 4,276,975C. elegans TWK-28 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
44cyp-13A12F14F7.3n/achrIII 13,026,202C. elegans CYP-13A12 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
45C45E5.1C45E5.1n/achrIV 5,745,740contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR006357 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
46T09E8.3T09E8.3n/achrV 13,180,913contains similarity to Pfam domain PF03311 Cornichon protein contains similarity to Interpro domain IPR003377 (Cornichon)
47C32D5.10C32D5.10n/achrII 6,350,550contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
48F13E6.2F13E6.2n/achrX 10,671,215contains similarity to Pfam domain PF05186 Dpy-30 motif contains similarity to Interpro domains IPR000850 (Adenylate kinase), IPR007858 (Dpy-30), IPR011769 (Adenylate/cytidine kinase, N-terminal)
49pqn-29F10F2.9n/achrIII 4,645,137The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
50pkc-1F57F5.5n/achrV 12,019,252pkc-1 encodes a serine/threonine protein kinase that is orthologous to mammalian protein kinase C epsilon (PRKCE), a member of the nPKC subgroup of the protein kinase C superfamily; together with UNC-13, PKC-1 may act downstream of goa-1 to modulate phorbol ester-induced stimulation of acetylcholine release at NMJs; PKC-1 positively regulates locomotion, and affects thermotaxis and chemotaxis together with kin-11; PKC-1 is required for regulating several behaviors including sensation of volatile and soluble compounds, osmolarity, and temperature (thermosensation); PKC-1 is also required for phorbolester-induced stimulation of acetylcholine release at neuromuscular junctions; PKC-1 localizes to the processes and cell bodies of approximately 75 sensory neurons and interneurons, and pkc-1 mRNA is detectable at varying levels during larval and adult stages.