UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1H11L12.1H11L12.17.000000000000001e-120chrX 17,710,993
2sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
3mut-14C14C11.6n/achrV 5,659,724mut-14 mutants exhibit germline transposon activation, a deficient response to RNAi, resistance to co-suppression, and transgene desilencing.
4ptr-2C32E8.8n/achrI 3,791,060ptr-2 encodes an ortholog of Drosophila and human PTCHD3, which defines one of seven paralogous families of sterol sensing domain (SSD) proteins; PTR-2 is required for cytokinesis in somatic cells, but not in the germline (the converse of PTC-1's function); PTR-2 is partially required for normal molting from L4 to adult stages; PTR-2 is also required for normal male tail development, growth to full size, locomotion, and viability.
5rnh-1.3C04F12.9n/achrI 9,710,453C. elegans RNH-1.3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00075 RNase H contains similarity to Interpro domains IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR002156 (Ribonuclease H)
6R11A8.1R11A8.1n/achrIV 10,356,114contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000299601
7C36A4.4C36A4.4n/achrIII 3,842,530C36A4.4 encodes a putative UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase, paralogous to K06B9.2 and orthologous to human UAP1 (OMIM:602862) and UAP1L1; C36A4.4 is thought to catalyse the fourth step of the hexosamine pathway to UDP-N-acetylglucosamine or UDP-N-acetylgalactosamine; C36A4.4 transcripts are enriched during oogenesis; C36A4.4(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, presumably because of defects in chitin and eggshell synthesis.
8asb-1F35G12.10n/achrIII 4,595,209asb-1 encodes the B subunit of the membrane-bound F0 proton channel portion of ATP synthase (mitochondrial respiratory chain [MRC] complex V) that is closely similar to its paralog ASB-2; asb-1 activity is required for embryonic viability and for normal proliferation of germline cells, specifically their progression to meiosis; in addition, asb-1 is required for response to hermaphrodite contact, the first step in a series of stereotypical male mating behaviors; expression of asb-1 mRNA is enriched in the germline and an ASB-1::GFP fusion localizes to mitochondria and to cilia of the male-specific CEM neurons.
9T21B10.4T21B10.4n/achrII 8,941,726
10T08D2.5T08D2.5n/achrX 178,809
11R06C7.1R06C7.1n/achrI 7,237,084contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR000694 (Proline-rich region), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
12M01A10.1M01A10.1n/achrI 5,565,037M01A10.1 encodes a protein, belonging to an ancient family of single-stranded nucleic acid-binding proteins, that is predicted to regulate gene expression through binding either mRNA or (locally) single-stranded DNA; it is most likely to specifically bind one or more discrete mRNAs and regulate their spatial localization or alternative splicing.
13F29C4.6F29C4.6n/achrIV 120,551contains similarity to Pfam domain PF01171 PP-loop family contains similarity to Interpro domains IPR011063 (PP-loop), IPR012089 (PP-loop ATPase, YdaO-related), IPR000541 (Protein of unknown function UPF0021), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
14fbxa-114Y113G7B.7n/achrV 20,197,592This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
15C27B7.5C27B7.5n/achrIV 8,902,390contains similarity to Pfam domain PF00098 Zinc knuckle contains similarity to Interpro domain IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
16cgh-1C07H6.5n/achrIII 7,496,952cgh-1 encodes a putative DEAD-box RNA helicase, orthologous to budding yeast Dhh1p, fission yeast Ste13p, Drosophila ME31B, and human DDX6 (OMIM:600326); CGH-1 inhibits physiological apoptosis in oocytes, keeping it down to a normal level of ~50% in hermaphrodite gonads; independently of apoptosis, CGH-1 is also required for sperm function, oocyte fertilization, and early embryonic cytokinesis; by orthology with budding yeast, CGH-1 is expected to enable decapping-dependent mRNA degradation; CGH-1 is expressed in meiotic germ cells, oocytes, sperm, early embryonic P granules, other unidentified cytoplasmic foci of the gonad core and early embryos, and the germline precursors Z2 and Z3; cgh-1(RNAi) hermaphrodites lose ~100% of their oocytes to physiological apoptosis; gonadal CGH-1 accumulation is suppressed by either glh-1/4 RNAi or gld-1(q485);gld-2(q497) mutations, yet physiological apoptosis (which would normally be elevated by loss of CGH-1) is also abnormally low in these genotypes; cgh-1(RNAi) males have sterile sperm with abnormally short pseudopods; CGH-1 associates with CAR-1, DCAP-2, and CEY-2/3/4 in P granules and cytoplasmic particles of the early embryo; CGH-1 is required for normal CAR-1 localization in early embyros, and binds CAR-1 in an RNA-dependent manner.
17ZK836.2ZK836.2n/achrV 12,199,854contains similarity to Pfam domains PF02779 (Transketolase, pyrimidine binding domain) , PF00676 (Dehydrogenase E1 component) contains similarity to Interpro domains IPR011603 (2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component), IPR005475 (Transketolase, central region), IPR001017 (Dehydrogenase, E1 component)
18ivd-1C02B10.1n/achrIV 5,087,748The C02B10.1 gene encodes an isovaleryl-CoA dehydrogenase; this function has been verified by both sequence homology and direct biochemical assay.
19bath-5F59H6.11n/achrII 2,031,389C. elegans BATH-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
20ugt-58F35H8.6n/achrII 9,585,502C. elegans UGT-58 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
21zim-3T07G12.11n/achrIV 10,559,796zmp-3 encodes a protein with two C-terminal noncanonical C2H2 zinc-fingers whose paralogs include HIM-8, ZIM-1/-2, and C02F5.12; ZIM-3 is specifically required for homolog pairing, synapsis, and segregation of chromosomes I and IV during meiosis; zim-3(tm2303) oocytes ending prophase have ~4 bivalents and ~4 univalents, the latter of which are consistently chromosomes I and IV; ZIM-3 associates with the right end of chromosome I and the left end of chromosome IV, which may indicate an association with their pairing centers; while the C-terminal region of ZIM-3 most closely resembles those of its orthologs in other Caenorhabditis species, its N-terminal region instead most closely resembles those of its paralogs in C. elegans, indicating coevolving, species-specific functions; ZIM-3 foci, like HIM-8 foci, associate with the nuclear envelope during meiotic prophase; zim-3 mutants also have some defective segregation of the X chromosome (yielding a Him phenotype), but this may be an indirect effect of autosomal asynapsis.
22F21F3.4F21F3.4n/achrI 4,896,773contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein ENSP00000372122; ENSEMBL:ENSP00000372122
23K02C4.3K02C4.3n/achrII 8,083,916contains similarity to Pfam domain PF00443 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase contains similarity to Interpro domain IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)
24dhs-5F56D1.5n/achrII 5,454,878dhs-5 encodes a possible steroid dehydrogenase; DHS-5 generally resembles short chain-type alcohol/other dehydrogenases, but has two predicted N-terminal transmembrane sequences, and its closest relatives in vertebrates are known or putative steroid dehydrogenases such as hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 12 from mouse (also known as KIK-I or DHBK_MOUSE).
25bath-1F59H6.9n/achrII 2,028,219C. elegans BATH-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
26C50B6.7C50B6.7n/achrV 13,323,656contains similarity to Pfam domains PF02806 (Alpha amylase, C-terminal all-beta domain) , PF00128 (Alpha amylase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR006046 (Glycoside hydrolase family 13), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR006048 (Alpha-amylase, C-terminal all beta), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR006047 (Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic region), IPR006589 (Glycosyl hydrolase, family 13, subfamily, catalytic region), IPR013780 (Glycosyl hydrolase, family 13, all-beta)
27klc-1M7.2n/achrIV 11,085,048klc-1 encodes one of two C. elegans kinesin light chains; by homology, KLC-1 is predicted to function, along with kinesin-like heavy chains, as part of a multimeric kinesin complex involved in intracellular transport; consistent with this, KLC-1 has been shown to interact with UNC-116/kinesin, KCA-1/kinesin cargo adaptor, and the ARX-2/Arp2/3 complex component in yeast two-hybrid assays; RNAi experiments indicate that klc-1 activity is required for normal embryonic development.
28C41G7.3C41G7.3n/achrI 9,516,858contains similarity to Pfam domains PF00013 (KH domain) , PF03073 (TspO/MBR family) contains similarity to Interpro domains IPR004307 (TspO/MBR-related protein), IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
29car-1Y18D10A.17n/achrI 12,905,338car-1 encodes a putative RNA-binding protein orthologous to budding yeast Scd6p, fission yeast Sum2p, Drosophila TRAL, and human LSM14A and LSM14B; CAR-1 inhibits physiological apoptosis in oocytes, keeping it down to a normal level of ~50% in hermaphrodite gonads; independently of apoptosis, CAR-1 is also required for normal oogenesis, early embryonic cytokinesis, and normally organized endoplasmic reticulum (ER); CAR-1 has an N-terminal Sm-related domain that is dispensable for subcellular localization, but directly binds RNA and is critical for CAR-1's function; CAR-1 expressed in the germline; CAR-1 associates with CGH-1, DCAP-1, and CEY-2/3/4, in P granules and other cytoplasmic particles of the early embryo; CAR-1 also localizes to the mitotic spindle of dividing 1-cell embryos, and to ER; CAR-1 requires CGH-1 for normal localization in meiotic germ cells, and binds CGH-1 in an RNA-dependent manner; car-1(tm1753) or car-1(RNAi) embryos display abnormal cytokinesis, with aberrant cleavage furrow ingression and anaphase spindle structure, and mislocalized AIR-2, SPD-1, and ZEN-4; car-1(RNAi) also results in elevated (though not 100%) physiological germ cell apoptosis, reduced fertility, and failed oocyte diakinesis; maternal CAR-1 is sufficient to rescue car-1(tm1753) homozygotes through development to adulthood; in car-1(RNAi) animals, excess physiological apoptosis actually promotes fertility, since car-1(RNAi) hermaphrodites have larger brood sizes than those with apoptosis suppressed by ced-3(n717).
30T28A8.4T28A8.4n/achrIII 13,504,444contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
31pgl-2B0523.3n/achrIII 8,672,707pgl-2 encodes a novel protein of 532 amino acids that, in C. elegans, is one of three PGL protein family members; PGL-2 associates with P granules during postembryonic development; PGL-2 interacts with PGL-1, an additional P granule component, in yeast two-hybrid assays, but neither protein is required for proper localization of the other.
32B0365.1B0365.1n/achrV 13,118,299contains similarity to Pfam domains PF00549 (CoA-ligase) , PF02629 (CoA binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR005809 (Succinyl-CoA synthetase, beta subunit), IPR016143 (Citrate synthase-like, small alpha subdomain), IPR014608 (ATP-citrate synthase), IPR016142 (Citrate synthase-like, large alpha subdomain), IPR005810 (Succinyl-CoA ligase, alpha subunit), IPR005811 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR017440 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site), IPR016141 (Citrate synthase-like, core), IPR003781 (CoA-binding), IPR016102 (Succinyl-CoA synthetase-like)
33C44E4.3C44E4.3n/achrI 4,639,174contains similarity to Pfam domain PF00155 Aminotransferase class I and II contains similarity to Interpro domains IPR004838 (Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR004839 (Aminotransferase, class I and II), IPR000796 (Aspartate/other aminotransferase), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
34klp-16C41G7.2n/achrI 9,513,594klp-16 encodes a C-terminal motor kinesin orthologous to the Drosophila melanogaster Ncd and Saccharomyces cerevisiae Kar3; however KLP-16 along with KLP-3, KLP-15 and KLP-17 form an unique subgroup based on amino acid sequence and secondary structure analysis; klp-16 is involved in development of the nervous system in embryos and in chromosome segregation; in situ RNA hybridization experiments indicate that klp-16 is localized in the anterior nervous system in the head region of late embryos.
35rec-8W02A2.6n/achrIV 13,351,138rec-8 encodes a meiosis-specific cohesin complex subunit orthologous to Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe Rec8p; REC-8 is essential for pairing of homologoues and sister chromatids during meiosis and thus for proper chromosome disjunction; in the germline, REC-8 associates with chromatin of transition zone nuclei, and co-localizes with SMC-1 along the longitudinal axes of synapsed chromosomes at pachytene and in a cruciform pattern at diakinesis; REC-8 localization to chromatin is dependent upon TIM-1, a HEAT/Armadillo repeat-containing protein related to Drosophila TIMELESS, and additionally, REC-8 and SCC-3 are mutually required for chromatin localization; REC-8 cleavage and degradation during meiosis I is dependent on the AIR-2 aurora-like kinase and during meiosis II on AIR-2 and the PLK-1 polo-like kinase.
36K11H3.4K11H3.4n/achrIII 9,835,521contains similarity to Pfam domain PF02213 (GYF domain)
37htp-1F41H10.10n/achrIV 5,390,947C. elegans HTP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02301 HORMA domain contains similarity to Interpro domain IPR003511 (DNA-binding HORMA)
38F35G12.5F35G12.5n/achrIII 4,585,670contains similarity to Wigglesworthia glossinidia brevipalpis RpoD protein.; TR:Q8D286
39ZC317.7ZC317.7n/achrV 5,469,825contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
40xtr-2F17A2.1n/achrX 12,316,529xtr-2 encodes a protein with similarity to TRA-2A and TRA-2B in a region known as the MX region, hypothesized to be a protein-protein interaction domain involved in negatively regulating tra-2 activity in the germ line.
41msh-2H26D21.2n/achrI 3,695,931The msh-2 gene encodes a DNA mismatch repair protein homolog that is orthologous to human MSH2 (OMIM:120435); mutation of the human MSH2 gene leads to hereditary non-polyposis colon cancer (OMIM:120436).
42C05C8.5C05C8.5n/achrV 7,233,733contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR006055 (Exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
43C16A11.3C16A11.3n/achrII 4,231,931contains similarity to Pfam domains PF04435 (Domain of unknown function (DUF545)) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00628 (PHD-finger) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR006570 (SPK), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
44lsl-1F52F12.4n/achrI 9,902,069C. elegans LSL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
45T02G5.7T02G5.7n/achrII 7,076,340The T02G5.7 gene encodes a homolog of the human gene ACAT1, which when mutated leads to alpha-methylacetoaceticaciduria (OMIM:203750).
46W07G4.4W07G4.4n/achrV 13,045,013contains similarity to Pfam domain PF00883 Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR000819 (Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal)
47syp-1F26D2.2n/achrV 16,406,704C. elegans SYP-1 protein ; contains similarity to Paramecium tetraurelia Chromosome undetermined scaffold_7, whole genome shotgun sequence.; TR:A0DYW0
48zim-2T07G12.10n/achrIV 10,556,907zim-2 encodes a protein with two C-terminal noncanonical C2H2 zinc-fingers whose paralogs include HIM-8, ZIM-1, ZIM-3, and C02F5.12; ZIM-2 is specifically required for homolog pairing, synapsis, and segregation of chromosome V during meiosis; zim-2(tm574) oocytes ending prophase have ~5 bivalents and ~2 univalents, the latter of which are consistently chromosome V; zim-2 oocytes fail to begin chromosome V pairing at the start of meiosis; ZIM-2 associates with the right end of chromosome V, which may indicate an association with its pairing center; while the C-terminal region of ZIM-2 most closely resembles those of its orthologs in other Caenorhabditis species, its N-terminal region instead most closely resembles those of its paralogs in C. elegans, indicating coevolving, species-specific functions; ZIM-2 foci, like HIM-8 foci, associate with the nuclear envelope during meiotic prophase; zim-2 mutants also have some defective segregation of the X chromosome (yielding a Him phenotype), but this may be an indirect effect of autosomal asynapsis.
49B0495.2B0495.2n/achrII 7,700,550contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR008351 (JNK MAP kinase), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core)
50scl-22T05A10.5n/achrX 10,790,085C. elegans SCL-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)