UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1H10E21.1H10E21.14e-33chrIII 16,729
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3gcy-1AH6.1n/achrII 9,514,635gcy-1 is predicted to encode a guanylate cyclase; however, transcriptional fusions of the putative upstream regulatory region with a GFP reporter did not confirm its expression.
4R09D1.7R09D1.7n/achrII 9,455,937contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR001574 (Ribosome-inactivating protein)
5T20D4.6T20D4.6n/achrV 3,411,676contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
6T28F3.9T28F3.9n/achrIV 17,310,065contains similarity to Pfam domain PF02485 Core-2/I-Branching enzyme contains similarity to Interpro domain IPR003406 (Glycosyl transferase, family 14)
7T25F10.1T25F10.1n/achrV 6,768,591
8VT23B5.2VT23B5.2n/achrIV 12,671,338VT23B5.2 encodes a BEACH-WD40 domain-containing protein that is orthologous to human WDFY3 (WD repeat and FYVE domain containing 3); loss of VT23B5.2 activity via mutation or large-scale RNAi screens in a wild-type background results in no obvious abnormalities.
9F58E2.4F58E2.4n/achrIV 3,465,102contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) (2), PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
10C42C1.7C42C1.7n/achrIV 12,297,231contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
11F32A11.1F32A11.1n/achrII 13,158,777contains similarity to Interpro domains IPR016071 (Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold), IPR006021 (Staphylococcal nuclease (SNase-like))
12bcmo-2F53C3.12n/achrII 3,909,661C. elegans BCMO-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03055 Retinal pigment epithelial membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR004294 (Carotenoid oxygenase), IPR015123 (Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation)
13glr-4C06A8.9n/achrII 7,789,680glr-4 encodes a putative non-NMDA ionotropic glutamate receptor subunit, most closely related to GLR-3 and less so to GLR-7, possibly of the kainate subfamily; glr-4 is expressed in various sensory neurons and interneurons from embyrogenesis onward; glr-4 expression requires UNC-42, as well as CFI-1 in URA cells.
14C34H4.1C34H4.1n/achrIV 1,556,565contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
15F29B9.11F29B9.11n/achrIV 4,659,939
16ugt-42F31F4.7n/achrV 648,465C. elegans UGT-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
17F48F5.2F48F5.2n/achrV 20,441,470contains similarity to Homo sapiens Intestinal mucin; TR:O43420
18C09B8.3C09B8.3n/achrX 6,009,216
19sru-30C50C10.3n/achrV 9,814,394C. elegans SRU-30 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
20Y38H6C.4Y38H6C.4n/achrV 20,500,386contains similarity to Mus musculus Similar to hypothetical protein FLJ21522 (Epidermal growth factorsreceptor pathway substrate 8 related protein 3).; TR:Q91WL0
21F17A9.5F17A9.5n/achrV 6,112,116contains similarity to Pfam domain PF00724 NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001155 (NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal)
22B0238.1B0238.1n/achrV 5,241,934contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
23lips-10F14E5.5n/achrII 8,440,581C. elegans LIPS-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
24M163.2M163.2n/achrX 14,497,680contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
25T07F10.6T07F10.6n/achrV 12,865,830contains similarity to Pfam domain PF06879 Protein of unknown function (DUF1261) contains similarity to Interpro domain IPR009673 (Protein of unknown function DUF1261)
26C18G1.6C18G1.6n/achrV 4,752,187contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
27C12D12.5C12D12.5n/achrX 3,505,953contains similarity to Pfam domain PF00505 HMG (high mobility group) box contains similarity to Interpro domains IPR000910 (High mobility group box, HMG1/HMG2), IPR009071 (High mobility group box, HMG)
28nhr-215T07C5.4n/achrX 12,699,419C. elegans NHR-215 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
29T16A9.4T16A9.4n/achrV 14,218,017T16A9.4 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; while T16A9.4 has no clear orthologs in other organisms, it falls into a group of proteins that includes the classical neprilysins found in mammals (e.g., PEX [OMIM:307800] and the enkephalin cleaving enzymes).
30dhp-2C47E12.8n/achrIV 9,979,451The dhp-2 gene encodes an ortholog of the human gene DIHYDROPYRIMIDINASE (DPYS), which when mutated leads to dihydropyrimidinuria (OMIM:222748).
31AC8.3AC8.3n/achrX 228,920
32cmk-1K07A9.2n/achrIV 1,829,288cmk-1 encodes a Ca+2/calmodulin-dependent protein kinase I (CaMK1); CMK-1 activity is required, cell autonomously and downstream of the cyclic nucleotide-gated channel TAX-4, for several aspects of AFD thermosensory neuron differentiation, including expression of the gcy-8 guanylyl cyclase and nhr-38 nuclear hormone receptor genes and morphology of the AFD sensory endings; cmk-1 activity is thus also required for normal thermosensory behavior; a cmk-1::gfp reporter is expressed in head sensory and interneurons as well as in the ventral nerve cord; expression is seen specifically in the neurons of the thermosensory circuit, AFD, AIY, and AIZ; CMK-1 localizes exclusively to the cytoplasm.
33C28G1.2C28G1.2n/achrX 8,837,092contains similarity to Interpro domain IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
34C49C3.10C49C3.10n/achrIV 17,337,847contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
35K05C4.10K05C4.10n/achrI 14,725,700contains similarity to Enterococcus faecalis Hypothetical protein.; TR:Q836A3
36DH11.4DH11.4n/achrII 7,993,221contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
37B0432.4B0432.4n/achrII 287,664contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002030 (Mitochondrial brown fat uncoupling protein), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
38C04G6.2C04G6.2n/achrII 5,093,709contains similarity to Pfam domain PF03380 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF282 contains similarity to Interpro domain IPR005044 (Protein of unknown function DUF282, Caenorhabditis species)
39F34H10.4F34H10.4n/achrX 9,649,656contains similarity to Interpro domain IPR002253 (Flavin-containing monooxygenase (FMO) 1)
40cyp-13A1T10B9.8n/achrII 9,780,487C. elegans CYP-13A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
41lig-4C07H6.1n/achrIII 7,523,062lig-4 encodes an ortholog of DNA ligase IV in budding yeast (DNL4) and human (LIG4; OMIM:601837, mutated in LIG4 syndrome); LIG-4 is required for resistance to ionizing radiation (IR) in somatic tissues (such as motor neurons, vulva, or uterus) and in endoreduplicating intestinal cells, but not in the germline (e.g., in dog-1-induced lesions); LIG-4 is required for non-homologous end-joining of double-stranded breaks (DSB) in somatic genomic DNA; although LIG-4 is not strongly required in the germline, it is active on DSB of DNA injected into syncytial gonads, and its absence enhances the hypersensitivity of rad-51(RNAi) germlines to ionizing radiation; in meiotic cells deprived of homologous DNA repair by a rad-51(Ig08701) mutation, both LIG-4 and BRC-2 can promote chromosomal aggregation (presumably by repairing meiotic double-stranded breaks in DNA), but they do so independently; mutant lig-4 late-stage embryos or dauer larvae are hypersensitive to radiation-induced DNA damage in somatic cells; after irradiation, lig-4 mutants tend to display various postembryonic phenotypes (such as slow growth, uncoordinated locomotion, impaired egg-laying, or vulval defects) that are thought to reflect missegregation of fragmented chromosomes; LIG-4 is N-terminally acetylated on a serine residue.
42F45E1.5F45E1.5n/achrX 7,978,560contains similarity to Interpro domain IPR000834 (Peptidase M14, carboxypeptidase A)
43F55G11.7F55G11.7n/achrIV 12,961,290contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
44T26E4.4T26E4.4n/achrV 15,791,503contains similarity to Oryctolagus cuniculus Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase 2 (EC 2.4.1.69) (Secretorsblood group alpha-2-fucosyltransferase) (GDP-L-fucose:beta-D-sgalactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase 2) (Alpha(1,2)FT 2)s(Fucosyltransferase 2).; SW:FUT2_RABIT
45srh-261K03D7.4n/achrV 17,498,163C. elegans SRH-261 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46srw-58H24D24.2n/achrV 15,947,853C. elegans SRW-58 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
47F58G11.2F58G11.2n/achrV 13,667,324contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR002952 (Eggshell protein), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
48T10E10.4T10E10.4n/achrX 6,318,637T10E10.4 encodes a large (966-residue) protein, predicted to be secreted, with two N-terminal chitin-binding peritrophin-A domains followed by 14 cysteine-rich domains and one C-terminal EB module; the general organization of T10E10.4 protein resembles that of K04H4.2; T10E10.4 has no obvious function in mass RNAi assays but, like CEJ-1 and CPG-2, might participate in chitin synthesis.
49sre-12T07H8.7n/achrV 6,978,417C. elegans SRE-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR001680 (WD40 repeat)
50C03A7.2C03A7.2n/achrV 5,182,798