UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F59E10.3F59E10.36.999999999999999e-100chrII 10,873,252F59E10.3 encodes a zeta subunit of the coatomer (COPI) complex; in mass RNAi assays, F59E10.3 is required for embryonic, larval, and adult viability, for fertility, and for normal osmoregulation.
2snb-1T10H9.4n/achrV 6,656,014The snb-1 gene encodes synaptobrevin, a synaptic vesicle protein orthologous to human vesicle-associated membrane protein 1 (VAMP1 OMIM:185880) and 2 (VAMP2 OMIM:185881), and is required for viability and synaptic transmission; SNB-1 is likely to play a role in vesicle docking and/or fusion and is expressed in neurons where it colocalizes with synaptic vesicle proteins RAB-3 and synaptotagmin.
3F11D11.6F11D11.6n/achrV 18,752,774contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
4R160.6R160.6n/achrX 4,372,098
5F21F3.2F21F3.2n/achrI 4,904,288contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
6ceh-10W03A3.1n/achrIII 5,800,012ceh-10 encodes a member of the Paired-like class of homeodomain proteins; the CEH-10 homeodomain is closely related to the homeodomains of two vertebrate retina proteins (Chx10 from mice and Vsx-1 from goldfish); ceh-10 is required for CAN cell fate specification and migration, complete loss of ceh-10 function results in failure of CAN cell migration and loss of expression of CEH-23 and CEH-10 itself in the CAN and AIY interneurons; CEH-10, along with TTX-3 and CEH-23, constitutes a regulatory cascade of transcription factors that controls all sub-type specific features of the AIY interneurons.
7F45F2.6F45F2.6n/achrV 8,527,305contains similarity to Pfam domain PF03189 Protein of unknown function, DUF270 contains similarity to Interpro domain IPR004878 (Protein of unknown function DUF270)
8R08C7.1R08C7.1n/achrIV 4,451,940
9R05G6.5R05G6.5n/achrIV 7,509,013contains similarity to Pfam domain PF05186 Dpy-30 motif contains similarity to Interpro domains IPR001564 (Nucleoside diphosphate kinase, core), IPR007858 (Dpy-30)
10K08C9.5K08C9.5n/achrI 11,483,971This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
11F29A7.8F29A7.8n/achrII 2,757,825contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
12K08C9.7K08C9.7n/achrI 11,495,873contains similarity to Homo sapiens ubiquitin and ribosomal protein S27a precursor; ENSEMBL:ENSP00000272317
13nhr-187F47C10.4n/achrV 3,861,996C. elegans NHR-187 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
14osm-12Y75B8A.12n/achrIII 12,196,633C. elegans OSM-12 protein; contains similarity to Interpro domain IPR016575 (Bardet-Biedl syndrome 7 protein)
15Y66A7A.7Y66A7A.7n/achrIII 11,629,581contains similarity to Lactobacillus plantarum Hypothetical protein.; TR:Q88VI8
16inx-6C36H8.2n/achrIV 12,748,113inx-6 encodes an innexin, an integral transmembrane channel protein that is a structural component of invertebrate gap junctions; INX-6 is required for formation of pharyngeal gap junctions and thus for the electrical coupling and synchronous muscle contractions necessary for normal feeding behavior and postembryonic development; INX-6 may function redundantly with EAT-5, another C. elegans innexin; INX-6 expression is first detected in embryonic pharyngeal precursors and during later larval and adult stages, in pharyngeal corpus muscles and isthmus marginal cells, where INX-6 localizes to plaque-like structures in the plasma membrane.
17F11A1.2F11A1.2n/achrX 10,658,016
18B0198.2B0198.2n/achrX 12,030,645contains similarity to Dictyostelium discoideum Non-receptor tyrosine kinase spore lysis A (EC 2.7.1.112) (Tyrosine-sprotein kinase 1).; SW:KYK1_DICDI
19che-12B0024.8n/achrV 10,303,399che-12 encodes a conserved protein that contains at least seven predicted HEAT repeats; CHE-12 activity is required continuously in sensory neurons for formation of distal ciliary segments and thus, for normal sensory cilium morphology and function and chemotaxis to a subset of attractants, including sodium chloride; a che-12::gfp promoter fusion is expressed in the two phasmid neurons and the subset of amphid neurons that contain relatively simple cilia; a CHE-12::GFP protein localizes to cilia in a manner suggesting that it requires intraflagellar transport for proper localization, but is unlikely to be a core IFT particle component; che-12 expression in ciliated neurons is dependent upon the presence of the DAF-19 RFX transcription factor.
20C39F7.5C39F7.5n/achrV 1,267,440contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold)
21B0034.5B0034.5n/achrII 5,973,873contains similarity to Interpro domain IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
22dkf-1W09C5.5n/achrI 13,644,346C. elegans DKF-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00069 (Protein kinase domain) , PF00130 (Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR015727 (Protein kinase C mu-related), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
23Y57A10B.6Y57A10B.6n/achrII 12,391,276contains similarity to Pfam domain PF07149 Pes-10 contains similarity to Interpro domain IPR009819 (Pes-10)
24glb-16F46C8.7n/achrX 7,538,934glb-16 encodes a globin required for normally high fat content.
25srbc-2C04E12.9n/achrV 3,375,717C. elegans SRBC-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
26R07G3.8R07G3.8n/achrII 7,619,307contains similarity to Pfam domain PF07159 Protein of unknown function (DUF1394) contains similarity to Interpro domain IPR009828 (Protein of unknown function DUF1394)
27sru-40R07B5.3n/achrV 9,833,347C. elegans SRU-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
28unc-75C17D12.2n/achrI 11,596,943unc-75 encodes an RNA-binding protein with two N-terminal RNA recognition motifs (RRMs), a glutamine/asparagine-rich linker domain, and a third C-terminal RRM; UNC-75 is orthologous to mammalian CELF/BrunoL proteins that control pre-mRNA splicing; unc-75 is expressed in all neurons and in neurosecretory gland cells, and is required for normal modulation of GABA- and acetylcholine-mediated neurotransmission; UNC-75 protein is found with other RRM proteins in dynamic nuclear speckles, consistent with a role in alternative mRNA splicing; unc-75 mutations can be rescued in vivo by a human unc-75 transgene, but not by exc-7 or W02D3.11, indicating that UNC-75 acts on evolutionarily conserved but highly specific pre-mRNA substrates; both UNC-75 and EXC-7 are required in parallel for normal cholinergic neurotransmission.
29B0361.10B0361.10n/achrIII 7,286,727contains similarity to Pfam domain PF00957 Synaptobrevin contains similarity to Interpro domains IPR010908 (Longin), IPR001388 (Synaptobrevin), IPR011012 (Longin-like)
30F58F6.5F58F6.5n/achrIV 1,343,974contains similarity to Pfam domain PF04789 Protein of unknown function (DUF621) contains similarity to Interpro domain IPR006874 (Protein of unknown function DUF621)
31lin-32T14F9.5n/achrX 2,229,639lin-32 encodes a basic helix-loop-helix transcription factor that is required for development of several types of neurons, including the touch receptor neurons and the male sensory ray neurons.
32snt-6C08G5.4n/achrII 747,906C. elegans SNT-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR001565 (Synaptotagmin), IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
33C06C3.7C06C3.7n/achrII 9,385,835contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Protein that binds tRNA and methionyl- and glutamyl-tRNA synthetases (Mes1p and Ygl245wp), delivering tRNA to them, stimulating catalysis, and ensuring their localization to the cytoplasm; also binds quadruplex nucleic acids; SGD:YGL105W
34ceh-13R13A5.5n/achrIII 7,556,858a homolog of Hox genes of labial/Hox1 type; affects viability, body shape and anterior patterning during embryogenesis, interacts genetically with hox genes; and is expressed in A, D, E and MS lineages in the early embryo, and in the anterior dorsal hypodermal cells, anterior body wall muscle cells, and in the cells of the prospective ventral nerve cord at the comma stage; and in the ventral nerve cord and and ventral and dorsal hypodermal cells in L1 larvae.
35rsr-1F28D9.1n/achrI 11,179,945C. elegans RSR-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01480 PWI domain contains similarity to Interpro domains IPR002483 (Splicing factor PWI), IPR000694 (Proline-rich region), IPR005819 (Histone H5), IPR002185 (Dopamine D4 receptor)
36srd-45F17A2.7n/achrX 12,329,674C. elegans SRD-45 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
37T23C6.5T23C6.5n/achrX 17,156,542contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR004827 (Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
38F26D2.14F26D2.14n/achrV 16,436,268contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
39scd-2T10H9.2n/achrV 6,636,446C. elegans SCD-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR002919 (Protease inhibitor I8, cysteine-rich trypsin inhibitor-like), IPR000998 (MAM), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
40K01A11.2K01A11.2n/achrIII 3,426,861contains similarity to Xenopus laevis LOC495955 protein.; TR:Q5PQ79
41F32D8.1F32D8.1n/achrV 10,882,070contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
42T19C3.6T19C3.6n/achrIII 629,578
43srx-23F31F4.2n/achrV 683,114C. elegans SRX-23 protein ;
44ace-2Y44E3A.2n/achrI 3,304,491An acetylcholineesterase involved in the termination of cholinergic nerve transmission; it is predominantly expressed in motoneurons.
45F18A11.3F18A11.3n/achrII 13,036,522contains similarity to Candida albicans Multidrug resistance protein CDR2.; SW:CDR2_CANAL
46F48B9.8F48B9.8n/achrX 2,175,203contains similarity to Homo sapiens Protein FAM8A1; ENSEMBL:ENSP00000259963
47srsx-17F58D7.1n/achrV 5,929,015C. elegans SRSX-17 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
48osm-1T27B1.1n/achrX 16,546,188osm-1 encodes a WD- and WAA-repeat containing protein that is the C. elegans ortholog of intraflagellar transport (IFT) complex B component IFT172; OSM-1 is a presumptive cargo molecule for kinesin-II, and OSM-1 is required, along with OSM-6, for the proper assembly of the middle segments of sensory cilia; osm-1 may act in a pathway with avr-14 to affect resistance to ivermectin-induced cessation of pumping, and mutants are defective in avoidance of solutions of high osmotic strength; an OSM-1::GFP fusion protein is expressed in amphid and phasmid chemosensory neurons where it undergoes both anterograde and retrograde intraflagellar transport.
49M01H9.2M01H9.2n/achrIV 4,461,106contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR002350 (Proteinase inhibitor I1, Kazal), IPR001368 (TNFR/CD27/30/40/95 cysteine-rich region), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
50srh-47T03F7.4n/achrV 11,299,983C. elegans SRH-47 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit)