UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1F58F9.4F58F9.42e-177chrIV 6,231,716contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3E04F6.4E04F6.4n/achrII 7,190,903contains similarity to Pfam domains PF08371 (Phospholipase D/viral envelope) , PF00614 (Phospholipase D Active site motif) (2)contains similarity to Interpro domains IPR013582 (Phospholipase D/viral envelope), IPR001736 (Phospholipase D/Transphosphatidylase)
4R13A5.10R13A5.10n/achrIII 7,582,468contains similarity to Pfam domain PF00383 Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region contains similarity to Interpro domains IPR002125 (CMP/dCMP deaminase, zinc-binding), IPR016193 (Cytidine deaminase-like)
5F21F8.6F21F8.6n/achrV 8,266,564
6C52E4.5C52E4.5n/achrV 11,984,169contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
7VT23B5.2VT23B5.2n/achrIV 12,671,338VT23B5.2 encodes a BEACH-WD40 domain-containing protein that is orthologous to human WDFY3 (WD repeat and FYVE domain containing 3); loss of VT23B5.2 activity via mutation or large-scale RNAi screens in a wild-type background results in no obvious abnormalities.
8lips-10F14E5.5n/achrII 8,440,581C. elegans LIPS-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
9T22H9.4T22H9.4n/achrV 335,754contains similarity to Pfam domain PF00751 DM DNA binding domain contains similarity to Interpro domain IPR001275 (DM DNA-binding)
10F25F6.1F25F6.1n/achrX 4,445,262
11ugt-53T03D3.1n/achrV 2,850,684C. elegans UGT-53 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domains IPR002416 (Bacterial general secretion pathway protein H), IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
12F53F1.3F53F1.3n/achrV 13,409,019contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
13mec-5E03G2.3n/achrX 15,946,401mec-5 encodes a collagen unique in the number of Gly-X-Y repeats and in the composition of amino acids surrounding these repeats; MEC-5 is required for normal mechanosensory response to gentle touch and for the proper functioning of the touch receptor neurons; mec-5 interacts genetically with mec-4 and mec-10 which encode degenerins (ion channels) expressed in the touch neurons, mec-9, which encodes a protein containing EGF-like and Kunitz/protease inhibitor domains secreted by the touch neurons, and mec-12, which encodes an alpha-tubulin expressed in the touch neurons; these genetic interactions suggest that MEC-5 may play a role in anchoring the degenerin complex to the extracellular matrix; MEC-5 is produced and secreted by hypodermal cells.
14F58E2.4F58E2.4n/achrIV 3,465,102contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) (2), PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
15srh-261K03D7.4n/achrV 17,498,163C. elegans SRH-261 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
16C06H5.6C06H5.6n/achrV 17,884,381contains similarity to Pfam domains PF00083 (Sugar (and other) transporter) , PF07690 (Major Facilitator Superfamily) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
17T24D11.1T24D11.1n/achrX 16,409,674contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
18E01G6.1E01G6.1n/achrX 12,263,633contains similarity to Pfam domains PF00027 (Cyclic nucleotide-binding domain) (2), PF01734 (Patatin-like phospholipase) contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR002641 (Patatin), IPR000595 (Cyclic nucleotide-binding), IPR001423 (Lysophospholipase patatin, conserved site), IPR014710 (RmlC-like jelly roll fold)
19K08D10.10K08D10.10n/achrIV 4,155,758
20col-186E03G2.4n/achrX 15,953,342C. elegans COL-186 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR003979 (Tropoelastin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
21F39H12.1F39H12.1n/achrX 836,268contains similarity to Homo sapiens nuclear pore complex-associated protein TPR; ENSEMBL:ENSP00000356448
22abts-1F52B5.1n/achrI 8,302,240abts-1 encodes an anion transporter; when expressed in Xenopus oocytes, ABTS-1 exhibits robust chloride transport, as well as chloride/bicarbonate exchange activity; abts-1 promoter gfp fusions are expressed primarily in neurons and hypodermis, with weak fluorescence also seen in the pharynx and body wall muscle cells.
23ceh-31C33D12.1n/achrX 3,069,626ceh-31 encodes a protein containing a homeobox domain.
24F55A4.2F55A4.2n/achrX 1,015,147
25DH11.4DH11.4n/achrII 7,993,221contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
26nhr-54F36D3.2n/achrV 16,504,904C. elegans NHR-54 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
27ZK652.8ZK652.8n/achrIII 7,842,935
28H25P06.1H25P06.1n/achrI 11,317,448contains similarity to Pfam domains PF00349 (Hexokinase) , PF03727 (Hexokinase) contains similarity to Interpro domain IPR001312 (Hexokinase)
29sgcb-1K01A2.1n/achrII 327,229K01A2.1 is orthologous to the human gene SARCOGLYCAN, BETA (43KD DYSTROPHIN-ASSOCIATED GLYCOPROTEIN) (SGCB; OMIM:600900), which when mutated leads to disease.
30T03D8.2T03D8.2n/achrV 20,833,812contains similarity to Pfam domain PF00164 Ribosomal protein S12 contains similarity to Interpro domains IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR006032 (Ribosomal protein S12/S23), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR005679 (Ribosomal protein S12, bacterial-type)
31W10G11.19W10G11.19n/achrII 3,552,038contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence)
32cwn-2W01B6.1n/achrIV 10,069,006cwn-2 encodes a member of the WNT family; expressed at highest levels in embryos and expression declines and is almost absent by the third larval stage.
33F32H5.4F32H5.4n/achrV 13,362,228contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
34B0238.13B0238.13n/achrV 5,245,859contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
35F16G10.7F16G10.7n/achrII 2,379,927contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
36C56G2.3C56G2.3n/achrIII 6,347,461contains similarity to Pfam domain PF01746 tRNA (Guanine-1)-methyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR016009 (tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase), IPR007356 (tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, eukaryotic)
37srd-72Y45G12C.9n/achrV 2,533,025C. elegans SRD-72 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR001614 (Myelin proteolipid protein PLP), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002016 (Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial)
38xrn-1Y39G8C.1n/achrII 14,076,171xrn-1 encodes a 5'-3' exoribonuclease that is orthologous to Saccharomyces cerevisiae Xrnp1, a key component of the yeast 5'-3' mRNA degradation pathway; in C. elegans, XRN-1 activity is required during embryogenesis for completion of ventral enclosure, the morphogenetic process whereby the ventral epithelial cells cover and seal the interior cells of the embryo; in addition, XRN-1 also plays a role in facilitating RNA interference (RNAi), likely acting in the same pathway as the DCR-1/Dicer ribonuclease; to date, XRN-1 expression has been reported in adult hypodermal and rectal cells.
39tag-198F09G8.2n/achrIII 8,269,509C. elegans TAG-198 protein; contains similarity to Pfam domain PF03265 Deoxyribonuclease II contains similarity to Interpro domain IPR004947 (Deoxyribonuclease II)
40ZC328.2ZC328.2n/achrI 6,389,348contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
41F39E9.1F39E9.1n/achrII 3,318,116contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
42R03H10.7R03H10.7n/achrII 4,177,232contains similarity to Pfam domain PF01336 OB-fold nucleic acid binding domain contains similarity to Interpro domains IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR004365 (Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type)
43xrn-2Y48B6A.3n/achrII 14,160,796C. elegans XRN-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03159 XRN 5'-3' exonuclease N-terminus contains similarity to Interpro domains IPR017151 (5'-3' exoribonuclease 2), IPR004859 (Putative 5-3 exonuclease), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
44C25G4.10C25G4.10n/achrIV 12,472,778contains similarity to Pfam domains PF00047 (Immunoglobulin domain) , PF01682 (DB module) (3), PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) , PF00041 (Fibronectin type III domain) (4)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR002602 (Protein of unknown function DB), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR013151 (Immunoglobulin)
45K03H6.1K03H6.1n/achrIV 1,525,035contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
46M28.8M28.8n/achrII 10,630,658contains similarity to Interpro domain IPR000583 (Glutamine amidotransferase, class-II)
47C53B4.3C53B4.3n/achrIV 8,972,115C53B4.3 is orthologous to the human gene UNKNOWN (PROTEIN FOR MGC:23098) (SLC22A1L; OMIM:602631), which when mutated leads to disease.
48T07D3.4T07D3.4n/achrII 889,513T07D3.4 is orthologous to the human gene FUKUTIN (FCMD; OMIM:253800), which when mutated leads to disease.
49F57G8.5F57G8.5n/achrV 16,340,228contains similarity to Pfam domain PF00999 Sodium/hydrogen exchanger family contains similarity to Interpro domain IPR006153 (Sodium/hydrogen exchanger)
50D1014.7D1014.7n/achrV 8,119,293contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)