UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F58F6.6F58F6.61e-169chrIV 1,342,037contains similarity to Pfam domain PF04789 Protein of unknown function (DUF621) contains similarity to Interpro domain IPR006874 (Protein of unknown function DUF621)
2F55A4.4F55A4.4n/achrX 1,025,409contains similarity to Pfam domain PF00035 Double-stranded RNA binding motif contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like)
3T26C11.2T26C11.2n/achrX 1,836,847contains similarity to Interpro domains IPR000893 (Luteovirus ORF6 protein), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000480 (Glutelin)
4ced-11ZK512.3n/achrIII 9,122,267The ced-11 gene encodes a predicted transmembrane ion channel related to the long transient receptor potential channel (LTRPC) subfamily of TRP channels found in Drosophila and mammals; CED-11 functions as a downstream effector in the programmed cell death pathway and may play a role in affecting the morphological changes seen in the nucleus, cytoplasm, and plasma membrane of apoptotic cells.
5C26D10.4C26D10.4n/achrII 8,331,544contains similarity to Pfam domains PF08544 (GHMP kinases C terminal) , PF00288 (GHMP kinases N terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR006206 (Mevalonate and galactokinase), IPR001174 (Galactokinase/homoserine kinase), IPR006204 (GHMP kinase), IPR014721 (Ribosomal protein S5 domain 2-type fold), IPR013750 (GHMP kinase, C-terminal)
6C36B7.1C36B7.1n/achrX 7,113,827contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
7pqn-39F48F7.4n/achrX 13,967,574The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
8T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
9F36D4.2F36D4.2n/achrV 9,401,020contains similarity to Pfam domain PF04099 Sybindin-like family contains similarity to Interpro domains IPR011012 (Longin-like), IPR007233 (Sybindin-like protein)
10F59F5.1F59F5.1n/achrX 10,530,779contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
11srh-25C54D10.6n/achrV 12,433,068C. elegans SRH-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
12C16D9.4C16D9.4n/achrV 8,241,945contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domains IPR008068 (Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like), IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
13R102.6R102.6n/achrIV 10,699,884contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR000976 (Wilm's tumour protein)
14C04G6.2C04G6.2n/achrII 5,093,709contains similarity to Pfam domain PF03380 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF282 contains similarity to Interpro domain IPR005044 (Protein of unknown function DUF282, Caenorhabditis species)
15bcc-1M7.3n/achrIV 11,089,293bcc-1 encodes a homolog of Drosophila and vertebrate Bicaudal C (BICC) that contains KH RNA-binding domains, a serine-rich region, and a SAM (sterile alpha motif) domain; by homology, BCC-1 is predicted to function as a cytoplasmic RNA-binding protein that is required for translational regulation and/or mRNA stability during embryonic or germline development; however, as loss of bcc-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of BCC-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
16F55F10.1F55F10.1n/achrIV 4,373,684contains similarity to Pfam domains PF07726 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF00092 (von Willebrand factor type A domain) , PF07728 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) (5)contains similarity to Interpro domains IPR011704 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-5), IPR011703 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-3), IPR012099 (Midasin), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR002078 (RNA polymerase sigma factor 54, interaction), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
17D1081.3D1081.3n/achrI 8,466,325contains similarity to Pfam domain PF03761 Domain of unknown function (DUF316) contains similarity to Interpro domains IPR005514 (Protein of unknown function DUF316), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)
18D2085.4D2085.4n/achrII 8,667,037contains similarity to Pfam domains PF00612 (IQ calmodulin-binding motif) , PF00632 (HECT-domain (ubiquitin-transferase)) contains similarity to Interpro domains IPR000569 (HECT), IPR000048 (IQ calmodulin-binding region)
19F28H7.8F28H7.8n/achrV 10,759,739contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001071 (Cellular retinaldehyde binding/alpha-tocopherol transport), IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
20srh-186F36G9.2n/achrV 15,956,387C. elegans SRH-186 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
21F42G8.7F42G8.7n/achrIV 8,127,262contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR001763 (Rhodanese-like), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR013766 (Thioredoxin domain)
22F39D8.3F39D8.3n/achrX 15,423,577contains similarity to Homo sapiens Sperm-specific thioredoxin; ENSEMBL:ENSP00000304908
23T11F9.7T11F9.7n/achrV 11,476,386contains similarity to Interpro domain IPR008880 (Trigger factor, C-terminal, bacterial)
24B0554.4B0554.4n/achrV 432,094contains similarity to Pfam domain PF02795 Domain of unknown function (DUF225) contains similarity to Interpro domain IPR004024 (Protein of unknown function DUF225)
25W03G1.3W03G1.3n/achrIV 512,107
26C35A5.5C35A5.5n/achrV 10,506,811contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
27C08F11.7C08F11.7n/achrIV 13,637,874contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domains IPR006570 (SPK), IPR002398 (Peptidase C14, caspase precursor p45)
28T19C3.4T19C3.4n/achrIII 619,226contains similarity to Pfam domain PF03134 TB2/DP1, HVA22 family contains similarity to Interpro domain IPR004345 (TB2/DP1 and HVA22 related protein)
29F49F1.7F49F1.7n/achrIV 4,124,635contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
30nhr-164C41G6.5n/achrV 15,234,803C. elegans NHR-164 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
31srh-277K05D4.6n/achrV 16,186,134C. elegans SRH-277 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001280 (Photosystem I psaA and psaB)
32T20G5.10T20G5.10n/achrIII 10,211,438contains similarity to Pfam domain PF06320 GCN5-like protein 1 (GCN5L1) contains similarity to Interpro domain IPR009395 (GCN5-like 1)
33pqn-15C24A8.3n/achrX 4,307,497The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
34sup-12T22B2.4n/achrX 3,906,111sup-12 encodes an RNA-binding protein that contains a conserved RNA recognition motif (RRM); during development, SUP-12 functions to regulate muscle-specific splicing of alternative unc-60 and egl-15 pre-mRNAs; in vitro, SUP-12 can bind unc-60 and egl-15 pre-mRNAs; a sup-12::gfp promoter fusion is expressed in body wall muscle and in the pharynx; in body wall muscle, a SUP-12::GFP localizes to nuclei in a speckled pattern.
35srbc-75M01B2.3n/achrV 15,254,293C. elegans SRBC-75 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
36sre-12T07H8.7n/achrV 6,978,417C. elegans SRE-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR001680 (WD40 repeat)
37F13D12.8F13D12.8n/achrII 11,731,826contains similarity to White spot syndrome virus WSSV473 (Major virion protein VP19).; TR:Q8QTB2
38flr-1F02D10.5n/achrX 13,454,529flr-1 encodes an ion channel that belongs to the DEG/ENaC sodium channel superfamily; flr-1 activity is essential for normal defecation rhythm, growth rates, expulsion, and dauer larvae formation; a rescuing FLR-1::GFP reporter is expressed in the intestine from embryonic to adult stages where it localizes to the membranes facing the inner lumen as well as to part of the lateral membrane between intestinal cells.
39clx-1C50F7.2n/achrIV 7,735,511clx-1 encodes a protein that contains 23 copies of a 15 amino acid repeat, possibly derived from a collagen triplet; there is no transcript evidence for this locus.
40Y11D7A.8Y11D7A.8n/achrIV 9,252,608contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
41C25F6.1C25F6.1n/achrX 5,487,263
42C47D12.8C47D12.8n/achrII 11,700,677C47D12.8 encodes an ortholog of the DNA repair protein XPF/ERCC4, which when mutated in humans leads to xeroderma pigmentosum (complementation group F; OMIM:133520); C47D12.8(RNAi) animals are hypersensitive to ultraviolet radiation, with increased germ cell apoptosis and embryonic lethality; C47D12.8 protein interacts with F10G8.7 (an ERCC1 ortholog) in yeast two-hybrid assays; C47D12.8 is expressed broadly in both embryonic and postembryonic animals, and is required for embryonic development; C47D12.8 is upregulated in dauers, and shares an operon with kel-1 and VF13D12L.3.
43C49A9.2C49A9.2n/achrIV 6,226,732contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
44T10D4.1T10D4.1n/achrII 3,151,352contains similarity to Pfam domains PF01579 (Domain of unknown function DUF19) , PF02343 (Domain of unknown function DUF130) contains similarity to Interpro domains IPR003326 (Protein of unknown function DUF130), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
45fbxa-111Y102A5C.14n/achrV 16,949,135This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
46F16H6.4F16H6.4n/achrV 18,199,789contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
47str-247B0213.9n/achrV 3,954,734C. elegans STR-247 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
48T15B7.13T15B7.13n/achrV 6,827,999contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
49F49B2.3F49B2.3n/achrI 14,311,927contains similarity to Interpro domains IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type), IPR000694 (Proline-rich region)
50R12E2.6R12E2.6n/achrI 4,151,478contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)