UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1aip-1F58E10.43e-123chrV 14,012,966aip-1 encodes an AN-1-like zinc finger-containing protein homologous to arsenite-inducible RNA-associated protein (AIRAP), conserved among C. elegans, Drosophila, and mammals; like AIRAP itself, AIP-1 protects cells from arsenite toxicity; AIP-1 is a predicted RNA binding protein that may function in ubiquitin-mediated proteolysis following aresenite treatment; AIP-1 does not appear to be essential for viability, but is expressed at high levels in hypodermal and intestinal cells following such treatment.
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
4pqn-71T23F1.6n/achrV 15,466,350The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
5W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
6ZC513.7ZC513.7n/achrV 8,039,921C. elegans probable non-coding RNA
7math-41T08E11.4n/achrII 1,827,415C. elegans MATH-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
8T12A2.2T12A2.2n/achrIII 6,249,889contains similarity to Pfam domain PF02516 Oligosaccharyl transferase STT3 subunit contains similarity to Interpro domains IPR001036 (Acriflavin resistance protein), IPR003674 (Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit)
9unc-116R05D3.7n/achrIII 8,353,130unc-116 encodes a kinesin-1 heavy chain orthologue; UNC-116 is predicted to function as an an anterograde microtubule-based motor and its activity is required for normal early translocation of the meiotic spindle to the oocyte cortex, cortical positioning of the meiosis II spindle, polar body formation, locomotion, and larval development; in regulating meiotic spindle translocation, UNC-116 may function as part of a complex containing the kinesin light chain KLC-2 and a novel cargo adaptor protein, KCA-1.
10tag-175D2013.10n/achrII 9,324,253tag-175 encodes an ortholog of human TMEM41B, whose protein family is ancient (conserved in both animals and plants) but functionally uncharacterized; TAG-175 is broadly expressed (in hypodermis, muscle, neurons, intestine, spermetheca, and vulva); TAG-175 has no known function in vivo, since neither tag-175(RNAi) nor tag-175(gk278) has obvious phenotypes.
11tag-320B0403.4n/achrX 7,067,404C. elegans TAG-320 protein; contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR005788 (Disulphide isomerase), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related), IPR012336 (Thioredoxin-like fold)
12hsp-12.2C14B9.1n/achrIII 8,138,785hsp-12.2 encodes a small heat-shock protein that forms heterotetramers with HSP-12.3 and has no chaperone-like activity; structurally, HSP-12.2 is mostly a beta-sheet; at least one HSP-12 (which may or may not be HSP-12.2) is ubiquitously expressed in L1 larvae, and later expressed in adult spermatids (and perhaps spermatocytes), and some adult vulval cells.
13dnj-19T05C3.5n/achrV 5,504,025This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
14hsp-70C12C8.1n/achrI 9,321,427hsp-70 encodes a heat-shock protein that is a member of the hsp70 family of molecular chaperones.
15C44C1.1C44C1.1n/achrX 981,899
16cls-2R107.6n/achrIII 9,056,749cls-2 encodes one of three predicted orthologs of mammalian CLASPs and of Drosophila ORBIT/MAST, microtubule-binding proteins required for fibroblast polarization and mitosis; cls-2 is required in mass RNAi assays for embryonic development and normal mitotic spindles; it has been claimed that, in an RNAi screen of potential microtubule tip-binding proteins, only cls-2(RNAi) yielded embryonic lethality and meiotic defects.
17Y48E1B.5Y48E1B.5n/achrII 13,571,494contains similarity to Onchocerca volvulus Novel immunogenic protein NIP-2.; TR:Q9NJD6
18F26E4.12F26E4.12n/achrI 9,780,834contains similarity to Pfam domain PF00255 Glutathione peroxidase contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR000889 (Glutathione peroxidase)
19spdl-1C06A8.5n/achrII 7,782,394C06A8.5 encodes a coiled-coil protein; RNAi screens indicate that C06A8.5 activity is required for proper chromosome segregation, embryonic development, body morphology, and normal growth rates.
20uaf-2Y116A8C.35n/achrIV 17,117,717uaf-2 encodes an essential U2AF35 homolog clustered in an operon with cyp-13 (RRM/cyclophilin); UAF-2's sequence is somewhat atypical for U2AF proteins (it lacks an identifiable N-terminal RNA-binding RS domain, while having an glycine-rich C-terminal region).
21F34D10.4F34D10.4n/achrIII 3,737,977contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
22lgc-39F09G2.5n/achrV 7,177,156C. elegans LGC-39 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
23H11E01.3H11E01.3n/achrX 1,612,018contains similarity to Staphylococcus saprophyticus subsp saprophyticus Uro-adherence factor A precursor.; SW:Q4A0V8
24K09A9.1K09A9.1n/achrX 15,609,812contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
25F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
26fipr-15F13E9.3n/achrIV 10,880,611C. elegans FIPR-15 protein; contains similarity to Interpro domain IPR005137 (Photosystem I assembly BtpA)
27srw-95H06H21.2n/achrIV 4,813,069C. elegans SRW-95 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
28F19B10.11F19B10.11n/achrII 3,652,760contains similarity to Interpro domains IPR002345 (Lipocalin), IPR009071 (High mobility group box, HMG)
29rnp-2K08D10.4n/achrIV 4,173,038rnp-2 encodes the small nuclear ribonucleoprotein (snRNP)-associated protein RNP-2/U1A, which associates with U1 snRNPs; rnp-2 is coexpressed with rnp-3, dnj-15, and K08D10.12 in an operon; RNP-2 and RNP-3 are paralogs with ~50% identity that are more closely related to one another than to non-nematode orthologs; despite their association with distinct snRNPs, RNP-2 and RNP-3 are functionally interchangeable in vivo; either rnp-2(RNAi) or rnp-3(ok1424) animals are viable, with only rpn-2(RNAi) rpn-3(ok1424) animals showing lethality; moreover, RNAi against only RNP-3 causes RNP-2 to associate with RNP-3's normal U2 snRNP partners.
30gpb-1F13D12.7n/achrII 11,745,729gpb-1 encodes a heterotrimeric G protein beta subunit that is required during embryonic development for the proper orientation of the mitotic spindle during early cell divisions and thus affects the orientation of early cell division axes, and is also required for larval viability, negatively regulates locomotion and egg-laying, and may affect germline development and osmotic balance; expressed in early embryos with highest expression at cell membranes and colocalizes with asters just before and during early cell divisions (this localization is dependent upon G alpha subunits); adults display high levels of expression in neurons with lower expression in the somatic gonad, vulva, and hypodermal seam cells and expression is also detected in the intestine, pharynx, body wall muscles and in the germline.
31F35C5.3F35C5.3n/achrII 12,889,520contains similarity to Interpro domains IPR004829 (Cell surface antigen), IPR011004 (Trimeric LpxA-like)
32R03C1.1R03C1.1n/achrII 14,908,902contains similarity to Homo sapiens Mucin-5AC precursor (Fragment); ENSEMBL:ENSP00000351148
33C41H7.5C41H7.5n/achrII 3,003,154contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
34C25A1.4C25A1.4n/achrI 10,171,209contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
35K06A1.3K06A1.3n/achrII 6,442,625contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
36C01A2.5C01A2.5n/achrI 13,385,906contains similarity to Pfam domain PF04641 Protein of unknown function, DUF602 contains similarity to Interpro domain IPR006735 (Protein of unknown function DUF602)
37ugt-28C10H11.4n/achrI 4,728,834C. elegans UGT-28 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
38F19B2.5F19B2.5n/achrV 20,158,395contains similarity to Mus musculus Helicase-like transcription factor (EC 3.6.1.-) (SWI/SNF-relatedsmatrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily Asmember 3) (Sucrose nonfermenting protein 2-like 3) (TNF-responseselement-binding protein) (P113).; SW:Q6PCN7
39W04G3.5W04G3.5n/achrX 11,074,823contains similarity to Pfam domain PF00156 Phosphoribosyl transferase domain contains similarity to Interpro domains IPR005946 (Phosphoribosyl pyrophosphokinase), IPR000836 (Phosphoribosyltransferase)
40F59E11.2F59E11.2n/achrV 9,002,297contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
41ZK381.2ZK381.2n/achrIV 6,966,550contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
42nhr-3H01A20.1n/achrX 14,559,886nhr-3 encodes a member of the superfamily of nuclear receptors which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain; nhr-3 has been identified and characterised as a gene affected by ethanol exposure in a microarray analysis of all C. elegans ORFs.
43C05C9.1C05C9.1n/achrX 11,162,259contains similarity to Pfam domain PF02886 LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
44K04G2.4K04G2.4n/achrI 8,036,493contains similarity to Tetrahymena thermophila Histone H1.; SW:H1_TETTH
45W05H7.1W05H7.1n/achrX 1,451,500contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein LOC283767; ENSEMBL:ENSP00000347269
46ceh-26K12H4.1n/achrIII 8,069,282ceh-26 encodes a protein that contains a prospero-related homeodomain; expressed in nuclei of the adult head, tail neurons, and one cell in the postdeirids.
47C11E4.6C11E4.6n/achrX 9,613,728contains similarity to Pfam domains PF07647 (SAM domain (Sterile alpha motif)) , PF00640 (Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID)) , PF00023 (Ankyrin repeat) (5), PF00536 (SAM domain (Sterile alpha motif)) contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR002110 (Ankyrin), IPR013761 (Sterile alpha motif-type), IPR001660 (Sterile alpha motif SAM), IPR011510 (Sterile alpha motif homology 2), IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region)
48ZC449.2ZC449.2n/achrX 5,022,704contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN)
49ben-1C54C6.2n/achrIII 3,539,934A beta-tubulin that confers benzimidazole sensitivity.
50M03A8.3M03A8.3n/achrX 6,802,151n/a