UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1lys-6F58B3.36e-124chrIV 11,627,398C. elegans LYS-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF01183 Glycosyl hydrolases family 25 contains similarity to Interpro domains IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR002053 (Glycoside hydrolase, family 25)
2sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
3F25H5.6F25H5.6n/achrI 9,159,313contains similarity to Pfam domain PF08561 Mitochondrial ribosomal protein L37 contains similarity to Interpro domain IPR013870 (Ribosomal protein L37, mitochondrial)
4spp-4T08A9.8n/achrX 7,318,473C. elegans SPP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF03489 Saposin-like type B, region 2 contains similarity to Interpro domains IPR008138 (Saposin-like type B, 2), IPR011001 (Saposin-like), IPR008373 (Saposin), IPR008139 (Saposin B)
5pas-2D1054.2n/achrV 10,770,774pas-2 encodes a proteasome subunit with highest similarity to vertebrate proteasome alpha 2 subunits.
6clec-54F08H9.8n/achrV 14,477,911C. elegans CLEC-54 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) (2), PF00059 (Lectin C-type domain) contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
7C26E6.6C26E6.6n/achrIII 4,936,354contains similarity to Pfam domain PF00297 Ribosomal protein L3 contains similarity to Interpro domains IPR009000 (Translation elongation and initiation factors/Ribosomal, beta-barrel), IPR000597 (Ribosomal protein L3)
8R06B9.3R06B9.3n/achrII 13,759,726contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000698 (Arrestin), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
9dpf-5R11E3.8n/achrIV 4,804,689dpf-5 encodes a putative acylamino-acid-releasing enzyme (AARE; EC 3.4.19.1), orthologous to human APEH, with no obvious function in mass RNAi assays.
10math-22C46F9.1n/achrII 1,905,746C. elegans MATH-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
11cyp-35B1K07C6.4n/achrV 3,940,140C. elegans CYP-35B1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
12rpl-37C54C6.1n/achrIII 3,528,763rpl-37 encodes a large ribosomal subunit L37 protein.
13T01G1.3T01G1.3n/achrIV 11,368,676contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR000694 (Proline-rich region), IPR002110 (Ankyrin), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
14F59E11.5F59E11.5n/achrV 8,995,696
15C44C8.3C44C8.3n/achrIV 896,078This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
16rps-25K02B2.5n/achrIV 5,947,351rps-25 encodes a small ribosomal subunit S25 protein.
17dhs-20F35B12.2n/achrV 11,603,237dhs-20 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
18ZK856.5ZK856.5n/achrV 10,187,411contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domain IPR004843 (Metallophosphoesterase)
19elo-2F11E6.5n/achrIV 17,466,787The elo-2 gene encodes a palmitic acid elongase, homologous to polyunsaturated fatty acid (PUFA) elongases such as ELO-1, that is required for normally rapid growth, normally large body size, fertility, and for the quantitative regulation of the ultradian defecation rhythm; the joint action of ELO-2 with ELO-1 is strongly required for 20-carbon PUFA production and for general viability; elo-2 is most strongly expressed in intestinal cells, as well as other tissues such as the ventral nerve cord, pharyngeal muscles, uterus, and tail.
20Y57G11C.4Y57G11C.4n/achrIV 14,766,103contains similarity to Pfam domain PF05008 Vesicle transport v-SNARE protein contains similarity to Interpro domains IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region), IPR007705 (Vesicle transport v-SNARE)
21K07G5.5K07G5.5n/achrI 7,171,105contains similarity to Pfam domain PF01545 Cation efflux family contains similarity to Interpro domain IPR002524 (Cation efflux protein)
22ddb-1M18.5n/achrIV 12,117,957M18.5 is orthologous to the human gene DAMAGE-SPECIFIC DNA BINDING PROTEIN 1 (127KD) (DDB1; OMIM:600045), which when mutated leads to disease.
23C44C8.4C44C8.4n/achrIV 891,926This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
24rps-23F28D1.7n/achrIV 12,390,663rps-23 encodes a small ribosomal subunit S23 protein; by homology, RPS-23 is predicted to function in protein biosynthesis; in C. elegans, RPS-23 activity is required for germline development, vulval morphogenesis, and the overall health of the animal.
25F43C9.1F43C9.1n/achrX 4,794,691This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
26prp-4C36B1.5n/achrI 8,734,610C. elegans PRP-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (7), PF08799 (pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like) contains similarity to Interpro domains IPR014906 (Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like), IPR003648 (Splicing factor motif), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
27R13H4.3R13H4.3n/achrV 11,834,560contains similarity to Pfam domain PF00328 Histidine acid phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000560 (Histidine acid phosphatase)
28C44C8.1C44C8.1n/achrIV 904,383This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
29elo-5F41H10.7n/achrIV 5,375,925The elo-5 gene encodes a paralog of elo-1 and elo-2, each of which encodes a polyunsaturated fatty acid (PUFA) elongase; ELO-5 is required for normally rapid growth and for normal fatty acid composition.
30btb-14Y57A10B.3n/achrII 12,383,995C. elegans BTB-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
31C50B6.7C50B6.7n/achrV 13,323,656contains similarity to Pfam domains PF02806 (Alpha amylase, C-terminal all-beta domain) , PF00128 (Alpha amylase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR006046 (Glycoside hydrolase family 13), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR006048 (Alpha-amylase, C-terminal all beta), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR006047 (Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic region), IPR006589 (Glycosyl hydrolase, family 13, subfamily, catalytic region), IPR013780 (Glycosyl hydrolase, family 13, all-beta)
32C24F3.4C24F3.4n/achrIV 10,217,118contains similarity to Pfam domains PF00795 (Carbon-nitrogen hydrolase) , PF02540 (NAD synthase) contains similarity to Interpro domains IPR003010 (Nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N-acyltransferase), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold), IPR003694 (NAD+ synthase), IPR014445 (Glutamine-dependent NAD(+) synthetase, GAT region)
33frs-2F22B5.9n/achrII 8,465,894C. elegans FRS-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF03483 (B3/4 domain) , PF03484 (tRNA synthetase B5 domain) contains similarity to Interpro domains IPR009061 (Putative DNA binding), IPR004531 (Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, beta subunit, archae/euk cytosolic), IPR005146 (B3/B4 tRNA-binding domain), IPR005147 (tRNA synthetase, B5)
34vrs-1ZC513.4n/achrV 8,033,348vrs-1 encodes a predicted valyl-tRNA synthetase that affects embryonic viability, growth, and morphology
35K05F1.10K05F1.10n/achrII 5,805,057K05F1.10 encodes a putative secreted TIL-domain protease inhibitor paralogous to SWM-1, ISL-1, and the products of 11 other C. elegans genes; K05F1.10 and its relatives are collectively similar to other TIL-domain protease inhibitors from nematodes, insects, and vertebrates; although it has no obvious function in mass RNAi assays, K05F1.10 transcription is reproducibly induced by infection, suggesting that it may participate in innate immunity.
36C36A4.5C36A4.5n/achrIII 3,846,247contains similarity to Interpro domains IPR003993 (Treacher Collins syndrome, treacle), IPR000694 (Proline-rich region), IPR005819 (Histone H5)
37cln-3.1F07B10.1n/achrV 11,264,600cln-3.1 encodes a predicted transmembrane protein that comprises one of three C. elegans homologs of human CLN3, (OMIM:607042, mutations are associated with Batten disease (also known as juvenile neuronal ceroid lipofuscinosis), a recessively inherited childhood neurodegenerative lysosomal storage disease); as loss of cln-3.1 activity via deletion mutation results in no obvious abnormalities, the precise role of cln-3.1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
38C35A5.3C35A5.3n/achrV 10,500,362contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
39coq-8C35D10.4n/achrIII 4,865,152coq-8 encodes a putative protein kinase orthologous to ABC1 (COQ8) from S. cerevisiae and UbiB from E. coli, and paralogous to C. elegans D2023.6 and its (uncharacterized) eukaryotic orthologs; COQ-8 is required for ubiquinone (coenzyme Q9) biosynthesis and for normally short lifespan; alternative hypotheses for COQ-8's biochemical function are that it is a 2-polyprenylphenol 6-hydroxylase, or that it may activate proteins necessary for monooxygenase activity via phosphorylation; coq-8 is expressed in several tissues during larval development, but in later adult life its expression is restricted to neurons; coq-8 mutants have slowed pharyngeal pumping, and eventually arrest as paralysed larvae before dying; coq-8(RNAi) animals have reduced levels of coenzyme Q9 and superoxide, and have abnormally long lifespans; coq-8 mutants are not rescued by dietary coenzyme Q.
40pcp-1ZK112.1n/achrIII 7,759,923C. elegans PCP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF05577 Serine carboxypeptidase S28 contains similarity to Interpro domain IPR008758 (Peptidase S28)
41T02G5.7T02G5.7n/achrII 7,076,340The T02G5.7 gene encodes a homolog of the human gene ACAT1, which when mutated leads to alpha-methylacetoaceticaciduria (OMIM:203750).
42pas-5F25H2.9n/achrI 10,566,814pas-5 encodes a proteasome alpha-type five subunit of the core 20S proteasome subcomplex; loss of pas-5 activity via RNAi results in a variety of defects including embryonic and larval lethality, sterility, and abnormal locomotion; loss of pas-5 activity also results in activation of SKN-1, a transcription factor required in adult worms for the acute response to oxidative stress and maternally for embryonic development.
43T09A5.9T09A5.9n/achrII 7,858,979contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR003603 (U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal)
44rpl-36F37C12.4n/achrIII 7,180,363rpl-36 encodes a large ribosomal subunit L36 protein; by homology, RPL-36 is predicted to function in protein biosynthesis; in C. elegans, RPL-36 activity is required for embryonic and germline development and normal postembryonic growth rates.
45B0495.2B0495.2n/achrII 7,700,550contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR008351 (JNK MAP kinase), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core)
46B0281.3B0281.3n/achrII 2,307,697contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR003058 (Cloacin), IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
47nud-1F53A2.4n/achrIII 13,341,947nud-1 encodes the C. elegans ortholog of the Aspergillus nidulans nudC, which mediates nuclear migration along Aspergillus hyphae.
48drs-2F10C2.6n/achrV 12,050,440drs-2 encodes a putative aspartyl-tRNA synthetase.
49pas-4C36B1.4n/achrI 8,727,906pas-4 encodes a proteasome alpha-type seven subunit of the core 20S proteasome subcomplex; loss of pas-4 activity via RNAi results in a wide variety of defects including embryonic and larval lethality, sterility, abnormal locomotion, slow growth, and abnormal transgene expression and subcellular localization; loss of pas-4 activity also results in activation of SKN-1, a transcription factor required in adult worms for the acute response to oxidative stress and maternally for embryonic development.
50gly-3ZK688.8n/achrIII 7,916,183gly-3 encodes an N-acetylgalactosaminyltransferase that is functional in vitro.