UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F58A6.1F58A6.15e-158chrII 5,143,154contains similarity to Pfam domain PF00378 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family contains similarity to Interpro domains IPR014748 (Crontonase, C-terminal), IPR001753 (Crotonase, core)
2H02F09.3H02F09.3n/achrX 1,570,762contains similarity to Interpro domain IPR001757 (ATPase, P-type, K/Mg/Cd/Cu/Zn/Na/Ca/Na/H-transporter)
3C54C8.2C54C8.2n/achrI 12,445,611contains similarity to Homo sapiens N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase; ENSEMBL:ENSP00000309096
4gst-14F37B1.3n/achrII 13,615,382C. elegans GST-14 protein; contains similarity to Pfam domains PF00043 (Glutathione S-transferase, C-terminal domain) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
5T10E10.4T10E10.4n/achrX 6,318,637T10E10.4 encodes a large (966-residue) protein, predicted to be secreted, with two N-terminal chitin-binding peritrophin-A domains followed by 14 cysteine-rich domains and one C-terminal EB module; the general organization of T10E10.4 protein resembles that of K04H4.2; T10E10.4 has no obvious function in mass RNAi assays but, like CEJ-1 and CPG-2, might participate in chitin synthesis.
6F21F8.11F21F8.11n/achrV 8,283,727contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
7pgp-3ZK455.7n/achrX 11,354,551pgp-3 encodes a transmembrane protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; with PGP-1, PGP-3 is required for defense against the pathogenic Pseudomonas aeruginosa strain PA14, and may facilitate ATP-dependent efflux of the toxic phenazine compounds produced by the bacteria; PGP-3 is also required for resistance to colchicine and chloroquine; PGP-3 is expressed in the apical membranes of the excretory cell and the intestinal cells; loss of pgp-3 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities.
8Y54E5A.1Y54E5A.1n/achrI 14,690,180contains similarity to Pfam domains PF00487 (Fatty acid desaturase) , PF08557 (Sphingolipid Delta4-desaturase (DES)) contains similarity to Interpro domains IPR013866 (Sphingolipid delta4-desaturase, N-terminal), IPR010257 (Fatty acid desaturase, type 1, N-terminal), IPR011388 (Sphingolipid delta4-desaturase), IPR005804 (Fatty acid desaturase, type 1)
9ZK488.6ZK488.6n/achrV 591,473contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
10srh-277K05D4.6n/achrV 16,186,134C. elegans SRH-277 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001280 (Photosystem I psaA and psaB)
11ech-8F01G10.2n/achrIV 10,237,849C. elegans ECH-8 protein; contains similarity to Pfam domains PF00725 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02737 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR008927 (6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal-like), IPR006108 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal), IPR013328 (Dehydrogenase, multihelical), IPR006176 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding), IPR016040 (NAD(P)-binding)
12T20D4.6T20D4.6n/achrV 3,411,676contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
13F53C11.1F53C11.1n/achrV 13,776,738contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
14F55A3.6F55A3.6n/achrI 10,784,384contains similarity to Pfam domain PF00334 Nucleoside diphosphate kinase contains similarity to Interpro domain IPR001564 (Nucleoside diphosphate kinase, core)
15T20H9.6T20H9.6n/achrIII 2,247,987contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
16gpdh-1F47G4.3n/achrI 14,077,014gpdh-1 encodes one of two C. elegans glycerol 3-phosphate dehydrogenases; although loss of gpdh-1 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious defects, gpdh-1 mRNA expression is upregulated in response to hypertonicity, suggesting that GPDH-1 does play a role in osmotic stress adaptation in C. elegans.
17prx-13F32A5.6n/achrII 7,251,051prx-13 is orthologous to the human gene PEX13 (OMIM:601789), which when mutated leads to Zellweger syndrome or neonatal adrenoleukodystrophy.
18H03A11.1H03A11.1n/achrX 15,211,201H03A11.1 encodes an FAM20 ortholog; murine FAM20A is a secreted protein expressed in hematopoietic cells.
19C53B4.3C53B4.3n/achrIV 8,972,115C53B4.3 is orthologous to the human gene UNKNOWN (PROTEIN FOR MGC:23098) (SLC22A1L; OMIM:602631), which when mutated leads to disease.
20F38E1.9F38E1.9n/achrV 8,358,662contains similarity to Pfam domain PF04193 PQ loop repeat contains similarity to Interpro domains IPR006603 (Cystinosin/ERS1p repeat), IPR016817 (Mannose-P-dolichol utilization defect 1 protein)
21F21G4.1F21G4.1n/achrX 9,890,917contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF03137 (Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR004156 (Organic anion transporter polypeptide OATP), IPR000539 (Frizzled protein), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
22F33E2.4F33E2.4n/achrI 12,582,781contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Elongation factor 3 (EF-3).; SW:EF3_SCHPO
23T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
24F53C11.3F53C11.3n/achrV 13,783,418contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR000507 (Adrenergic receptor, beta 1), IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
25H06O01.2H06O01.2n/achrI 7,012,174H06O01.2 encodes a large (1,461-aa) putative chromodomain helicase DNA-binding protein that inhibits DHC-1 in vivo; H06O01.2 is orthologous to budding yeast CHD1, human CHD1 (OMIM:602118), and human CHD2 (OMIM:602119); H06O01.2(RNAi) suppresses the lethality of conditional dhc-1 mutations, as well as the spindle length and cytokinesis defects of dhc-1(or195), indicating that H06O01.2 negatively regulates dynein; H06O01.2 has no obvious function in mass RNAi assays.
26mrp-3E03G2.2n/achrX 15,934,560C. elegans MRP-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00664 (ABC transporter transmembrane region) (2), PF00005 (ABC transporter) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003439 (ABC transporter-like), IPR011527 (ABC transporter, transmembrane region, type 1), IPR001140 (ABC transporter, transmembrane region), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
27fbxa-58C29F9.11n/achrIII 110,182C. elegans FBXA-58 protein; contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
28csp-3Y47H9C.6n/achrI 11,888,911csp-3 encodes a protein that is homologous to the C-terminal domain of caspase-like cysteine proteases; unlike other caspases, CSP-3 does not contain a middle or N-terminal domain, and thus may either function in concert with the middle domains of other caspases or may play a regulatory (dominant negative) role in caspase activation; as loss of csp-3 activity via large-scale RNAi does not result in any obvious abnormalities, the precise role of CSP-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
29pgp-1K08E7.9n/achrIV 12,595,402pgp-1 encodes a transmembrane protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; along with PGP-3, PGP-1 is required for defense against the pathogenic Pseudomonas aeruginosa strain PA14, and may facilitate ATP-dependent efflux of the toxic phenazine compounds produced by the bacteria; PGP-1 is expressed in the apical membrane of intestinal cells and in the intestinal valve cells; loss of pgp-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities.
30sbp-1Y47D3B.7n/achrIII 11,435,265sbp-1 encodes a basic helix-loop-helix (bHLH) transcription factor homologous to the mammalian Sterol Regulatory Element Binding Proteins (SREBPs, OMIM:184756, overexpression of nuclear form of SREBP-1c is associated with insulin resistance and features of congenital generalized lipodystrophy); in C. elegans, SBP-1 activity is required for normal lipid metabolism and wild-type levels of lipogenic enzyme expression, as well as for embryonic and larval development; sbp-1 expression is detected exclusively in the intestine, the major site of fat storage, from early embryogenesis through adulthood.
31C15H9.7C15H9.7n/achrX 6,108,092contains similarity to Interpro domains IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR010111 (Kynureninase), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
32F15E11.2F15E11.2n/achrV 2,335,582contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
33W10G11.19W10G11.19n/achrII 3,552,038contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence)
34Y37A1B.5Y37A1B.5n/achrIV 14,053,897contains similarity to Pfam domain PF05694 56kDa selenium binding protein (SBP56) contains similarity to Interpro domains IPR008826 (Selenium-binding protein), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
35C40H5.3C40H5.3n/achrX 11,760,088contains similarity to Solanum aggregatum NADH dehydrogenase subunit (Fragment).; TR:Q8HSG2
36clec-66F35C5.9n/achrII 12,905,422C. elegans CLEC-66 protein; contains similarity to Pfam domains PF00092 (von Willebrand factor type A domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
37C50H11.8C50H11.8n/achrV 3,055,230
38M195.2M195.2n/achrII 8,362,076contains similarity to Pfam domain PF02363 Cysteine rich repeat
39pqn-40F52D1.3n/achrX 454,005The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
40fbxa-31ZC47.5n/achrIII 1,270,493This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
41col-69K01A2.7n/achrII 304,726C. elegans COL-69 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
42tre-4F15A2.2n/achrX 13,473,950C. elegans TRE-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01204 Trehalase contains similarity to Interpro domains IPR001661 (Glycoside hydrolase, family 37), IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence), IPR008928 (Six-hairpin glycosidase-like)
43maoc-1E04F6.3n/achrII 7,196,834maoc-1 encodes an ortholog of human HSD17B4 (OMIM:601860, mutated in D-bifunctional protein deficiency); MAOC-1 contains a MaoC-like domain found in diverse enzymes (HSD17B4, peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase, and the fatty acid synthase beta subunit) and by homology, is predicted to function in peroxisomal fatty acid beta-oxidation; loss of maoc-1 activity via RNAi results in lifespan extension, increased fat content, and an increased susceptibility to pathogens.
44ugt-25C10H11.3n/achrI 4,733,442C. elegans UGT-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
45K09H11.1K09H11.1n/achrV 5,749,898contains similarity to Pfam domains PF08028 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF01636 (Phosphotransferase enzyme family) , PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) , PF00441 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF00702 (haloacid dehalogenase-like hydrolase) contains similarity to Interpro domains IPR011945 (Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal), IPR005833 (Haloacid dehydrogenase/epoxide hydrolase), IPR013107 (Acyl-CoA dehydrogenase, type 2, C-terminal), IPR006090 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type 1), IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR006402 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site), IPR002575 (Aminoglycoside phosphotransferase)
46sgcb-1K01A2.1n/achrII 327,229K01A2.1 is orthologous to the human gene SARCOGLYCAN, BETA (43KD DYSTROPHIN-ASSOCIATED GLYCOPROTEIN) (SGCB; OMIM:600900), which when mutated leads to disease.
47T06D8.10T06D8.10n/achrII 11,244,135contains similarity to Pfam domain PF03098 Animal haem peroxidase contains similarity to Interpro domains IPR010255 (Haem peroxidase), IPR002007 (Haem peroxidase, animal), IPR001007 (von Willebrand factor, type C)
48R04E5.2R04E5.2n/achrX 8,814,421R04E5.2 encodes a predicted transmembrane protein orthologous to human ACDP1-ACDP4 and S. cerevisiae MAM3, and paralogous to C01H6.6, C33D12.2, C52D10.12, M02F4.3, and R13G10.4; by orthology with MAM3, R04E5.2 may participate in metal homoeostasis; R04E5.2, MAM3, and ACDP1-ACDP4 belong to a family of proteins (sharing an ACD domain) from bacteria, yeast, plants, and metazoa; murine Acdp1 is a plasma membrane protein; bacterial proteins containing the ACD domain include CorC from Salmonella typhimurium, which is involved in magnesium and cobalt efflux; R04E5.2 has no obvious function in RNAi assays.
49F59F5.2F59F5.2n/achrX 10,534,095contains similarity to Cryptosporidium parvum Exonuclease ii, possible.; TR:Q7YYI5
50odd-1B0280.4n/achrIII 7,108,745odd-1 encodes a C2H2-type zinc finger-containing transcription factor similar to Drosophila odd skipped which is required for embryonic patterning; ODD-1 is expressed in the gut during embryogenesis and appears to be essential for larval development.