UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1fbxa-192F57G4.80chrV 17,645,592This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3rfc-1C54G10.2n/achrV 14,644,310C. elegans RFC-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF08519 (Replication factor RFC1 C terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013725 (DNA replication factor RFC1, C-terminal), IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR008921 (DNA polymerase III clamp loader subunit, C-terminal), IPR012178 (DNA replication factor C, large subunit), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR001984 (Peptidase S16, Lon protease)
4mig-32F11A10.3n/achrIV 12,090,700C. elegans MIG-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
5C47D12.2C47D12.2n/achrII 11,677,666C47D12.2 encodes an ortholog of human FLJ20071/FLJ90130 (dymeclin, OMIM:607461, mutated in Dyggve-Melchior-Clausen dysplasia and Smith-McCort dysplasia), which has no obvious function in mass RNAi assays
6K09H9.7K09H9.7n/achrI 3,151,195contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
7K02B7.2K02B7.2n/achrII 14,692,031contains similarity to Pfam domains PF07735 (F-box associated) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR012885 (F-box associated type 2)
8htp-3F57C9.5n/achrI 4,828,421C. elegans HTP-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF02301 HORMA domain contains similarity to Interpro domain IPR003511 (DNA-binding HORMA)
9K02E7.3K02E7.3n/achrII 1,077,813contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domain IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258)
10nhr-135VC5.5n/achrV 7,092,716C. elegans NHR-135 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
11C50C3.1C50C3.1n/achrIII 8,192,662contains similarity to Pfam domain PF00642 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) contains similarity to Interpro domain IPR000571 (Zinc finger, CCCH-type)
12his-44F08G2.1n/achrII 13,826,823his-44 encodes an H2B histone.
13nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
14ZC404.11ZC404.11n/achrV 6,803,107contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
15osm-11F11C7.5n/achrX 17,420,817C. elegans OSM-11 protein ;
16btb-19F57C2.2n/achrII 14,521,504C. elegans BTB-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
17gei-14K01C8.5n/achrII 8,274,744gei-14 encodes a novel protein that interacts with GEX-3 in yeast two-hybrid assays.
18clec-255F11D11.1n/achrV 18,770,210C. elegans CLEC-255 protein; contains similarity to Interpro domains IPR013278 (Apoptosis regulator, Bcl-2), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000480 (Glutelin), IPR003882 (Pistil-specific extensin-like protein)
19M18.6M18.6n/achrIV 12,122,042contains similarity to Interpro domain IPR003111 (Peptidase S16, lon N-terminal)
20R05D3.8R05D3.8n/achrIII 8,357,800contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
21F26E4.5F26E4.5n/achrI 9,769,984F26E4.5 encodes an SH2 domain-containing tyrosine kinase related to the vertebrate FER non-receptor protein tyrosine kinase; loss of F26E4.5 activity in an RNAi-hypersensitive strain results in axon guidance defects indicating that F26E4.5 likely plays a role in regulation of axon navigation.
22F48E8.4F48E8.4n/achrIII 5,456,244contains similarity to Interpro domain IPR009011 (Mannose-6-phosphate receptor, binding)
23F14H3.4F14H3.4n/achrV 16,054,667contains similarity to Interpro domain IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
24F37C12.2F37C12.2n/achrIII 7,182,949contains similarity to Pfam domain PF07264 Etoposide-induced protein 2.4 (EI24) contains similarity to Interpro domain IPR009890 (Etoposide-induced 2.4)
25B0564.7B0564.7n/achrIV 13,102,647contains similarity to Aedes aegypti Cell cycle progression.; TR:Q16U20
26F56D2.2F56D2.2n/achrIII 5,588,134contains similarity to Pfam domains PF05773 (RWD domain) , PF01485 (IBR domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR006575 (RWD), IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
27F55G1.5F55G1.5n/achrIV 7,475,614contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
28Y52B11A.8Y52B11A.8n/achrI 11,033,190contains similarity to Interpro domains IPR016090 (Phospholipase A2), IPR013090 (Phospholipase A2, active site)
29cas-2C18E3.6n/achrI 4,191,639C. elegans CAS-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF01213 (Adenylate cyclase associated (CAP) N terminal) , PF08603 (DE   Adenylate cyclase associated (CAP) C terminal) contains similarity to Interpro domains IPR001837 (Adenylate cyclase-associated CAP), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013992 (Adenylate cyclase-associated CAP, N-terminal), IPR003073 (Orphan nuclear receptor, NURR type), IPR016098 (Cyclase-associated protein CAP/septum formation inhibitor MinC, C-terminal), IPR006599 (CARP motif), IPR013912 (Adenylate cyclase-associated CAP, C-terminal)
30T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
31F22F7.4F22F7.4n/achrV 2,104,867contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
32F43H9.3F43H9.3n/achrV 8,024,072contains similarity to Homo sapiens PAP associated domain containing 4; ENSEMBL:ENSP00000296783
33M03C11.2M03C11.2n/achrIII 10,402,129contains similarity to Pfam domain PF06733 DEAD_2 contains similarity to Interpro domains IPR014013 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding, DinG/Rad3-type), IPR010614 (DEAD2), IPR006554 (Helicase-like, DEXD box c2 type), IPR006555 (Helicase, ATP-dependent, c2 type), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR013020 (DNA helicase (DNA repair), Rad3 type)
34pme-2E02H1.4n/achrII 9,594,003pme-2 encodes a poly(ADP-ribose) polymerase (PARP) orthologous to human PARP2 (OMIM:607725); PME-2 has a predicted C-terminal catalytic domain; PME-2 has PARP activity in vitro, which is blocked by mammalian PARP inhibitors; since these inhibitors also cause embryonic lethality in worms exposed to ionizing radiation, PME-1 is likely to be required in vivo for repairing broken DNA.
35dnj-22T23B12.7n/achrV 8,461,579This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain that is predicted to be mitochondrial.
36mes-2R06A4.7n/achrII 14,386,115mes-2 encodes a SET domain-containing protein that is orthologous to the Drosophila Polycomb group protein Enhancer of zeste [E(Z)]; as a member of a Polycomb-like chromatin repressive complex with MES-3 and MES-6, MES-2 is required maternally for normal germline development and during larval development, for anteroposterior patterning; during germline development, the MES-2/MES-3/MES-6 complex is believed to be essential for maintaining repression of the X chromosome, and in transgenic animals, the complex is necessary for germline repression of repetitive transgenes; in axial patterning, the MES-2/MES-3/MES-6 complex is required in somatic tissues for maintaining homeotic gene repression, acting upstream of the Hox genes lin-39, mab-5, and egl-5, as well as the egl-5 target gene lin-32; in addition, MES-2 activity is required for normal levels and localization of MES-3 in >24-cell-stage embryos; MES-2 expression is detected in the primordial germ cells and germline nuclei throughout development, in all nuclei in early embryos, and in somatic nuclei, including those of the male tail, in L2 and L3 larvae; in the nucleus, MES-2 appears to localize to chromatin.
37fcd-2Y41E3.9n/achrIV 15,031,338fcd-2 encodes an ortholog of the human gene FANCD2 (mutated in Fanconi anemia, OMIM:227646) that is strongly required for resistance to DNA interstrand crosslinking (ICL) agents, but not to ionizing radiation (IR); fcd-2 mutants are viable and dispensable for resistance to IR, meiotic recombination, and S-phase checkpoint activation, but are hypersensitive to ICL agents; like its human ortholog, FCD-2 is monoubiquitylated and recruited to chromosomal foci after ICL but not IR; transgenic expresssion of the FANCD2 gene in mutant FA-D2 cells rescues their abnormal sensitivity to mitomycin C, an agent that cross-links strands of DNA.
38ani-3Y43F8C.14n/achrV 19,696,771ani-3 encodes one of three C. elegans anillins.
39T27E9.6T27E9.6n/achrIII 13,475,636contains similarity to Bradyrhizobium japonicum Bsl1006 protein.; TR:Q89VN9
40F41E6.7F41E6.7n/achrV 8,598,409
41ZC196.4ZC196.4n/achrV 8,734,518contains similarity to Pfam domain PF05218 Protein of unknown function (DUF713) contains similarity to Interpro domains IPR007883 (Protein of unknown function DUF713), IPR000565 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B)
42C40H5.2C40H5.2n/achrX 11,754,976contains similarity to Bifidobacterium longum Possible magnesium and cobalt transport protein.; TR:Q8G4E0
43C29H12.5C29H12.5n/achrII 6,111,947contains similarity to Pfam domain PF00385 'chromo' (CHRromatin Organisation MOdifier) domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR000953 (Chromo domain), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR016197 (Chromo domain-like)
44R09E12.6R09E12.6n/achrV 767,566contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domain IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258)
45pqn-45F56F3.1n/achrIII 4,473,243The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
46R11G11.14R11G11.14n/achrV 522,961contains similarity to Pfam domains PF04083 (ab-hydrolase associated lipase region) , PF00561 (alpha/beta hydrolase fold) contains similarity to Interpro domains IPR006693 (AB-hydrolase associated lipase region), IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR008262 (Lipase, active site)
47mxl-2F40G9.11n/achrIII 187,571C. elegans MXL-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
48C41D11.1C41D11.1n/achrI 4,458,028
49str-108F10A3.13n/achrV 16,166,795C. elegans STR-108 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
50sre-9C17E7.3n/achrV 3,896,569C. elegans SRE-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)