UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1hlh-19F57C12.33e-62chrX 556,516C. elegans HLH-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
2rpb-12F23B2.13n/achrIV 9,146,652C. elegans RPB-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF03604 DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit contains similarity to Interpro domain IPR006591 (RNA polymerase Rbp10)
3lir-3F37H8.1n/achrII 11,183,865lir-3 encodes a LIN-26-like zinc-finger protein that shares a unique C2H2 motif together with LIR-1, LIR-2 and LIN-26; as loss of lir-3 activity via mutation or RNAi results in no obvious abnormalities, the precise role of lir-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
4sel-2F10F2.1n/achrIII 4,604,205sel-2 encodes a PH, BEACH and WD40 domain-containing protein that is homologous to mammalian neurobeachin/BCL8B and LRBA (LPS-responsive, beige-like anchor protein); during development, SEL-2 functions to regulate endosomal traffic in polarized epithelial cells such as the vulval precursor cells (VPCs) and intestinal cells; specifically, in a subset of the VPCs, SEL-2 activity is required for proper levels and apical localization of LIN-12/Notch and for LET-23/EGFR downregulation; sel-2::yfp reporters are expressed in a number of cell types, including the VPCs and intestinal cells; a rescuing SEL-2::GFP reporter is expressed most strongly in the rectal epithelial cells and hypodermal seam cells where it localizes to the cytoplasm and the perinuclear region.
5D1046.3D1046.3n/achrIV 8,931,564contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier)
6F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
7sri-4C05E4.4n/achrV 749,407C. elegans SRI-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
8K07D4.2K07D4.2n/achrII 4,045,127
9T17A3.9T17A3.9n/achrIII 152,890
10nhr-33ZK455.6n/achrX 11,319,573C. elegans NHR-33 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
11pop-1W10C8.2n/achrI 2,826,881pop-1 encodes an HMG box-containing protein that is the sole C. elegans member of the TCF/LEF family of transcription factors; in C. elegans, POP-1 functions as a component of the canonical and noncanonical Wnt signaling pathways that are required for cell migrations and binary cell fate decisions associated with asymmetric cell division, respectively; in yeast two-hybrid assays, the POP-1 N-terminal beta-catenin binding domain interacts with BAR-1/beta-catenin as well as with the more divergent beta-catenin, SYS-1; when coexpressed with SYS-1, POP-1 is able to activate transcription from a promoter with TCF binding sites; during development, maternally provided POP-1 is first detected in the nuclei of maturing oocytes and then in nearly all cells of the early embryo; in sister blastomeres in the early embryo, POP-1 is detected at lower levels in posterior blastomeres, such as E and P3, than in corresponding anterior blastomeres, MS and C; in later developmental stages, POP-1 is detected in a subset of tissues including hypodermal seam cells, gonadal precursors, and the developing vulva; in the vulva, POP-1 also exhibits an asymmetric staining pattern, with sister cells showing high or low levels of POP-1 depending upon their orientation along the anterior/posterior axis of the vulva.
12srh-67T21B4.6n/achrII 12,509,457C. elegans SRH-67 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
13nhr-230Y17D7A.1n/achrV 18,849,704C. elegans NHR-230 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
14srh-270F37B4.5n/achrV 2,860,866C. elegans SRH-270 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
15str-84F59E11.13n/achrV 8,980,200C. elegans STR-84 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
16F53H4.3F53H4.3n/achrX 15,886,572contains similarity to Mus musculus Ataxin-1 (Spinocerebellar ataxia type 1 protein homolog).; SW:ATX1_MOUSE
17K10D2.4K10D2.4n/achrIII 5,173,569
18H08J19.1H08J19.1n/achrX 15,643,559contains similarity to Homo sapiens formin-like 3 isoform 1; ENSEMBL:ENSP00000335655
19ccb-2W10C8.1n/achrI 2,848,257C. elegans CCB-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00774 (Dihydropyridine sensitive L-type calcium channel (Beta subunit)) (2), PF00018 (SH3 domain) contains similarity to Interpro domains IPR000584 (Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit), IPR001452 (Src homology-3)
20srbc-61F08E10.2n/achrV 17,477,416C. elegans SRBC-61 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
21F36A4.11F36A4.11n/achrIV 4,245,281
22F29C12.6F29C12.6n/achrII 13,129,953contains similarity to Helicobacter pylori Cytotoxicity associated immunodominant antigen (120 kDa protein)s(CAG pathogenicity island protein 26).; SW:CAGA_HELPY
23F40E3.6F40E3.6n/achrI 2,651,225
24C14B1.5C14B1.5n/achrIII 3,708,022C14B1.5 encodes an ortholog of S. cerevisiae YIL103 and human DPH2L1/OVCA1 (OMIM:603527, deleted or downregulated in ovarian tumors); C14B1.5 is paralogous to S. cerevisiae DPH2/YKL191W, a protein component of diphtamide synthesis; C14B1.5 has no obvious function in mass RNAi assays.
25K07E8.7K07E8.7n/achrII 645,697contains similarity to Pfam domain PF00849 RNA pseudouridylate synthase contains similarity to Interpro domains IPR006145 (Pseudouridine synthase), IPR006224 (Pseudouridine synthase, conserved site), IPR002942 (RNA-binding S4), IPR006225 (Pseudouridine synthase, RluD)
26F54C1.1F54C1.1n/achrI 5,011,081contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
27F31D5.1F31D5.1n/achrII 4,220,835contains similarity to Pfam domain PF05978 Eukaryotic protein of unknown function (DUF895) contains similarity to Interpro domains IPR010291 (Protein of unknown function DUF895, eukaryotic), IPR003976 (Potassium channel, two pore-domain, TREK), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
28fbxb-79R07H5.7n/achrIV 11,189,235C. elegans FBXB-79 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
29tsp-15F53B6.1n/achrI 8,929,911C. elegans TSP-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domains IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen), IPR008952 (Tetraspanin)
30T13C5.6T13C5.6n/achrX 6,207,063contains similarity to Pfam domain PF01569 PAP2 superfamily contains similarity to Interpro domains IPR000326 (Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase), IPR016118 (Phosphatidic acid phosphatase/chloroperoxidase, N-terminal)
31C46A5.8C46A5.8n/achrIV 7,769,193
32T11F1.6T11F1.6n/achrII 2,945,352contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
33F58B3.7F58B3.7n/achrIV 11,639,167contains similarity to Pfam domains PF01585 (G-patch domain) , PF00076 (RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR016967 (Splicing factor, SPF45), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000467 (D111/G-patch), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR009145 (U2 auxiliary factor small subunit)
34srh-269T03E6.5n/achrV 16,591,043C. elegans SRH-269 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
35twk-3M110.2n/achrII 8,211,638C. elegans TWK-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2)
36glb-12C52A11.2n/achrII 10,730,655glb-12 encodes a globin; glb-12 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; in mass RNAi assays, glb-12 is required for embryonic viability, larval growth, and normal body shape, locomotion, and egg laying.
37W03H9.3W03H9.3n/achrII 14,143,131contains similarity to Streptomyces avermitilis Putative oxidoreductase.; TR:Q82DU1
38F39H12.2F39H12.2n/achrX 832,122contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
39srx-133F09F3.4n/achrV 13,849,303C. elegans SRX-133 protein ;
40F52D2.7F52D2.7n/achrX 1,964,366
41mau-2C09H6.3n/achrI 8,127,936mau-2 encodes an ortholog of budding yeast Scc4p, Drosophila CG4203, and human KIAA0892; MAU-2 is required (with PQN-85 and SCC-3) for normal mitotic chromosome segregation, and for cellular (e.g., neuronal) or axonal migration; MAU-2 is required for migration both embryonically and postembryonically, along both dorsoventral and longitudinal body axes; MAU-2 guides the axonal projection of AVM (and probably other neurons) by some cell-autonomous mechanism independent of SLT-1; MAU-2 is also required for normal larval development, locomotion, excretory canals and osmoregulation, phasmid morphology, and egg-laying; the primary sequences of MAU-2 and its Scc4-like orthologs are composed of tetratricopeptide repeats, and are highly divergent between yeast and metazoa; MAU-2 is expressed ubiquitously in embryos during late gastrulation, subsequently becoming restricted to neurons; mau-2 transcripts are abundant in oocytes, and maternal transcripts alone can support normal MAU-2 protein synthesis through the L3 larval stage (but not in L4 larvae or adults); MAU-2's N-terminal 371 residues of MAU-2 are its most conserved domain, and are sufficient to transgenically rescue mau-2 mutants; despite its behavioral phenotype, MAU-2 is thought to act early in development, since the uncoordinated phenotype of mau-2 mutants is maternal; while the uncoordinated phenotype of mau-2 mutants can be rescued either maternally or zygotically, the egg-laying phenotype of mau-2 mutants is purely zygotic; partially penetrant mau-2 dye-filling phenotypes occur on one side of the body, suggesting that MAU-2 acts on a whole side of an embryo at a time; while mau-2(RNAi) has no obvious early embryonic phenotype, joint mau-2/scc-3(RNAi) grossly deranges chromosomal segregation in early embryos, and mau-2(RNAi) enhances the lagging of anaphase chromosomes induced by pqn-85(RNAi).
42C07B5.6C07B5.6n/achrX 9,520,189contains similarity to Helicobacter pylori Hypothetical protein HP1327.; TR:O25885
43K02D7.2K02D7.2n/achrIV 312,624K02D7.2 encodes an ortholog of human SNAI2/SLUG (OMIM:602150, mutated in Waardenburg syndrome type IID) and Drosophila ESCARGOT; based on its orthology to SNAI2, K02D7.2 is predicted to be a transcriptional inhibitor.
44cah-1F54D8.4n/achrIII 5,084,208cah-1 encodes a member of the carbonic anhydrase family.
45T10G3.4T10G3.4n/achrV 13,483,233contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
46trx-2B0024.9n/achrV 10,314,942C. elegans TRX-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR015467 (Thioredoxin family), IPR001200 (Phosducin), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related), IPR012336 (Thioredoxin-like fold)
47C30H6.9C30H6.9n/achrIV 17,379,717contains similarity to Bacillus anthracis Hypothetical protein.; TR:Q81PV8
48F41G4.1F41G4.1n/achrX 16,841,928contains similarity to Strongylocentrotus purpuratus 33 kDa inner dynein arm light chain, axonemal (p33).; SW:Q26630
49K04E7.1K04E7.1n/achrX 6,462,585
50gpa-4T07A9.7n/achrIV 403,531gpa-4 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; it is expressed in ASI.