UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1mei-2F57B10.124.9999999999999994e-136chrI 6,565,308mei-2 encodes a novel protein that contains a region similar to the p80-targeting subunit of katanin that is required for embryonic viability, alignment of chromosomes at the metaphase plate, and establishment of the oocyte meiotic spindle together with MEI-1; can interact with MEI-1 in HeLa cells and this complex can function to disassemble microtubules, expressed in the germ line, throughout the cytoplasm of most mature oocytes within the proximal gonad, and localization is mutually dependent upon MEI-1
2C14B1.2C14B1.2n/achrIII 3,702,706contains similarity to Bacillus anthracis Hypothetical protein.; TR:Q81T15
3C17E4.3C17E4.3n/achrI 9,417,878contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
4C37C3.9C37C3.9n/achrV 7,853,081contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
5sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
6T01H3.4T01H3.4n/achrII 7,881,603T01H3.4 encodes an unfamiliar protein; T01H3.4 and T01H3.5 share an operon divergently transcribed from another operon containing vha-4.
7W05F2.3W05F2.3n/achrI 3,368,102
8mex-6AH6.5n/achrII 9,525,192mex-6 encodes a CCCH zinc-finger protein highly similar to MEX-5 that functions with MEX-5 to affect embryonic viability, establish soma germline asymmetry in embryos and establish PIE-1, MEX-1, and POS-1 asymmetry in embryos, and also affects formation of intestinal cells; MEX-6 and MEX-5 may act downstream of the PAR proteins.
9W02D9.7W02D9.7n/achrI 12,559,462contains similarity to Vibrio vulnificus Septum formation inhibitor-activating ATPase.; TR:Q8DFS3
10gln-6C28D4.3n/achrIV 9,740,184C. elegans GLN-6 protein; contains similarity to Pfam domains PF03951 (Glutamine synthetase, beta-Grasp domain) , PF00120 (Glutamine synthetase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR008147 (Glutamine synthetase, beta-Grasp), IPR014746 (Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic region), IPR008146 (Glutamine synthetase, catalytic region)
11T05F1.2T05F1.2n/achrI 9,623,710T05F1.2 encodes a novel protein; in situ hybridization studies indicate that T05F1.2 mRNA is expressed in the medial germline.
12F22B3.4F22B3.4n/achrIV 11,411,714F22B3.4 encodes a putative glucosamine-fructose 6-phosphate aminotransferase, paralogous to F07A11.2, thought to catalyse the first step of the hexosamine pathway to UDP-N-acetylglucosamine or UDP-N-acetylgalactosamine; F22B3.4 transcripts are enriched during oogenesis; F22B3.4(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, presumably because of defects in chitin and eggshell synthesis.
13F57C2.4F57C2.4n/achrII 14,525,575contains similarity to Homo sapiens Crumbs protein homolog 1 precursor; ENSEMBL:ENSP00000256772
14D1054.11D1054.11n/achrV 10,794,334contains similarity to Interpro domain IPR000104 (Antifreeze protein, type I)
15dod-23F49E12.2n/achrII 8,398,700C. elegans DOD-23 protein ;
16fbxa-215Y45F10C.3n/achrIV 13,666,087This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
17T01C3.3T01C3.3n/achrV 14,992,169contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
18F57C2.3F57C2.3n/achrII 14,524,512contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000265391
19C03D6.6C03D6.6n/achrI 9,657,459contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Involved in cell cycle control and ion homeostasis; SGD:YKR072C
20F17E9.4F17E9.4n/achrIV 8,348,753
21nos-2ZK1127.1n/achrII 7,066,218nos-2 encodes one of three genes in C. elegans that contains a putative zinc-binding domain similar to the one found in Drosophila nanos; nos-2 affects incorporation of primordial germ cells into the somatic gonad, is required redundantly with nos-1 to prevent primordial germ cells from dividing in starved animals and to maintain germ cell viability during larval development in hermaphrodites and in males, and also functions together with nos-1 and nos-3 in the hermaphrodite switch from spermatogenesis to oogenesis; nos-2 is expressed in the primordial germ cells around the time of gastrulation from a maternal RNA associated with P granules, and it is expressed coordinately with nos-1in a dynamic fashion until the embryonic 200-cell stage.
22C16A11.6C16A11.6n/achrII 4,237,141
23mex-5W02A2.7n/achrIV 13,354,881mex-5 encodes a novel protein that contains two CCCH zinc finger motifs; maternally provided MEX-5, which functions partly redundantly with the highly similar CCCH finger protein MEX-6, is essential for transducing polarity cues and establishing soma/germline asymmetry in the early embryo; in regulating soma/germline asymmetry, MEX-5 interacts with, and activates, the SOCS-box protein ZIF-1, which functions as part of an E3 ubiquitin ligase complex that degrades germ plasm proteins in somatic blastomeres; accordingly, ectopic expression of MEX-5 throughout the early embryo results in reduced expression of germline proteins in germline blastomeres; MEX-5 is a cytoplasmic protein expressed at uniform levels in oocytes and newly fertilized eggs; from the 1-cell to 4-cell stages of embryogenesis, MEX-5 expression is dynamic, with highest levels seen in the anterior AB blastomere and, for a time, its daughters, the anterior portion of the P1 blastomere, P1 centrosomes (both, then posterior only), and the EMS and C blastomeres; the asymmetric distribution of MEX-5 in early embryos depends upon wild-type activity of the PAR and OMA-1 proteins.
24H02I12.1H02I12.1n/achrIV 11,375,266H02I12.1 encodes a large (1319-residue) protein with 12 chitin-binding peritrophin-A domains; H02I12.1(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, perhaps because of defects in chitin and eggshell synthesis; like CEJ-1 and CPG-2, H02I12.1 may participate in eggshell synthesis and early embryonic development; H02I12.1's multiple peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
25T27A10.6T27A10.6n/achrX 3,592,684contains similarity to Interpro domain IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
26C16C8.4C16C8.4n/achrII 3,443,969contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
27C14B1.9C14B1.9n/achrIII 3,725,339contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000307805
28F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
29W02B12.4W02B12.4n/achrII 11,457,473contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
30K07A1.1K07A1.1n/achrI 9,583,089contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IBJ6
31Y62H9A.6Y62H9A.6n/achrX 11,883,508contains similarity to Brucella melitensis Hypothetical cytosolic protein BMEI0237.; TR:Q8YJ49
32gln-5F26D10.10n/achrIV 17,272,909C. elegans GLN-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF03951 (Glutamine synthetase, beta-Grasp domain) , PF00120 (Glutamine synthetase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR008147 (Glutamine synthetase, beta-Grasp), IPR014746 (Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic region), IPR008146 (Glutamine synthetase, catalytic region)
33K07A1.13K07A1.13n/achrI 9,584,354contains similarity to White spot syndrome virus Wsv319.; TR:Q8VAS3
34B0304.2B0304.2n/achrII 4,524,073
35T21C9.13T21C9.13n/achrV 10,597,963contains similarity to Fusobacterium nucleatum Branched chain amino acid transport system II carrier protein.; TR:Q8REN9
36cpg-2B0280.5n/achrIII 7,102,966cpg-2 encodes a protein with six chitin-binding peritrophin-A domains and three mucin-like regions; CPG-2 is individually dispensable for normal embryonic development; however, CPG-2 and CPG-1 are jointly required for osmotic integrity of early embryos, error-free chromosomal segregation during meiosis, polar body extrusion, association of the sperm pronucleus/centrosome complex (SPCC) with the early embryonic cortex, localization of PAR-2 in early embryos, posterior localization of P granules or PIE-1, and pseudocleavage; CPG-2, like CPG-1, is covalently linked to chondroitin, which itself is required for vulval morphogenesis, polar-body extrusion, and separation of the eggshell from the embryonic plasma membrane; cpg-2 mRNA, like that of cpg-1, is expressed specifically in the adult hermaphrodite germ line and is bound by GLD-1; CPG-2 has 34 potential chondroitin attachment sites, four of them verified by mass spectrometry, and transgenic CPG-2 synthesized in mammalian cells carries chondroitin sulfate chains; CPG-2's multiple peritrophin-A domains may enable mechanical cross-linking of chitin.
37F35C11.5F35C11.5n/achrII 8,254,199contains similarity to Interpro domains IPR016090 (Phospholipase A2), IPR013090 (Phospholipase A2, active site)
38C36B1.11C36B1.11n/achrI 8,756,734contains similarity to Interpro domain IPR001576 (Phosphoglycerate kinase)
39Y62H9A.4Y62H9A.4n/achrX 11,880,601contains similarity to Branchiostoma floridae Homeobox protein DLL homolog.; SW:HMDL_BRAFL
40vha-18F52E1.10n/achrV 8,412,615vha-18 encodes an an ortholog of subunit H of the cytoplasmic (V1) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); VHA-18 and VHA-15 are co-orthologs; VHA-18 is a predicted cytosolic stator (stalk) component.
41btb-7F45C12.12n/achrII 1,713,745C. elegans BTB-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
42C04E6.11C04E6.11n/achrV 5,915,960contains similarity to Homo sapiens Leucine-rich PPR motif-containing protein, mitochondrial precursor; ENSEMBL:ENSP00000260665
43F20H11.5F20H11.5n/achrIII 6,588,571F20H11.5 encodes a putative secreted D-aspartate oxidase (DASPO), paralogous to C47A10.5 and F18E3.7; recombinant F20H11.5 protein is insoluble when expressed in E. coli, and thus has not yet been tested in vitro for activity; F20H11.5 is expressed in a head mesodermal cell, hypodermis, other head cells, and vulva.
44F49E12.1F49E12.1n/achrII 8,402,502contains similarity to Pfam domains PF01549 (ShK domain-like) , PF03098 (Animal haem peroxidase) contains similarity to Interpro domains IPR010255 (Haem peroxidase), IPR002007 (Haem peroxidase, animal), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
45C17G1.2C17G1.2n/achrX 9,922,096contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IJE7
46H06A10.1H06A10.1n/achrX 13,508,747contains similarity to Interpro domain IPR006609 (Region of unknown function DM13, Skeletor)
47srj-25C05E4.10n/achrV 735,347C. elegans SRJ-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
48fbxa-206Y102A5C.1n/achrV 16,917,839This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
49sdz-27R07H5.4n/achrIV 11,187,603C. elegans SDZ-27 protein
50srbc-29C02A12.2n/achrV 3,470,161C. elegans SRBC-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)