UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F57B1.5F57B1.56e-66chrV 13,208,243contains similarity to unidentified bacterium Hypothetical protein.; TR:Q93DU5
2nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
4C54D10.10C54D10.10n/achrV 12,449,327contains similarity to Pfam domains PF00788 (Ras association (RalGDS/AF-6) domain) , PF02204 (Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain) contains similarity to Interpro domains IPR013995 (Vacuolar sorting protein 9, subgroup), IPR003123 (Vacuolar sorting protein 9), IPR000159 (Ras-association)
5bath-24B0047.3n/achrII 2,045,144C. elegans BATH-24 protein; contains similarity to Pfam domains PF00917 (MATH domain) , PF00651 (BTB/POZ domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ), IPR000210 (BTB/POZ-like)
6str-200F20E11.4n/achrV 17,457,362C. elegans STR-200 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
7F48E8.3F48E8.3n/achrIII 5,462,687contains similarity to Pfam domains PF00890 (FAD binding domain) , PF01266 (FAD dependent oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR010960 (Flavocytochrome c), IPR006076 (FAD dependent oxidoreductase), IPR003953 (Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein, N-terminal), IPR016040 (NAD(P)-binding)
8fbxa-98C08F11.5n/achrIV 13,634,329This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
9C44B12.6C44B12.6n/achrIV 1,131,250contains similarity to Interpro domain IPR010345 (Interleukin-17)
10C09H5.1C09H5.1n/achrV 8,082,547
11dop-4C52B11.3n/achrX 1,296,964C. elegans DOP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000929 (Dopamine receptor), IPR002233 (Adrenergic receptor), IPR001671 (Melanocortin/ACTH receptor), IPR000995 (Muscarinic acetylcholine receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
12dsl-4F16B12.2n/achrX 14,091,441dsl-4 encodes a putative secreted protein with a single DSL domain and three EGF domains in series, somewhat like Delta/LAG-2; unlike the nematode-specific family of Delta/LAG-2-like proteins (including DSL-1, -2, -3, -5, -6, and -7), DSL-4 is evolutionarily divergent, with perhaps a distant affinity to APX-1, ARG-1, and LAG-2.
13srbc-52F54B8.10n/achrV 15,828,326C. elegans SRBC-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
14twk-10K04A8.4n/achrV 6,553,200C. elegans TWK-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2)
15col-78W07A12.5n/achrII 9,153,340C. elegans COL-78 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
16str-138ZC513.11n/achrV 8,059,468C. elegans STR-138 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
17T18D3.7T18D3.7n/achrX 12,442,974contains similarity to Pfam domain PF01166 TSC-22/dip/bun family contains similarity to Interpro domain IPR000580 (TSC-22 / Dip / Bun)
18C02F5.3C02F5.3n/achrIII 8,246,494contains similarity to Pfam domains PF01926 (GTPase of unknown function) , PF02824 (TGS domain) contains similarity to Interpro domains IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR006073 (GTP1/OBG), IPR004095 (TGS), IPR006074 (GTP1/OBG, conserved site)
19fbxa-189F47H4.9n/achrV 17,346,436This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
20uev-3F26H9.7n/achrI 9,311,457uev-3 encodes a ubiquitin-conjugating enzyme (UBC or E2) variant that contains the UBC motif, but lacks the critical active-site cysteine residue necessary for catalytic activity; as loss of UEV-3 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of UEV-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; based on similarity to Saccharomyces cerevisiae and human proteins, however, UEV-3 may play a role in cell cycle control or response to stress or DNA damage.
21nas-22T11F9.6n/achrV 11,475,004nas-22 encodes an astacin-like metalloprotease; large-scale expression studies reveal that a nas-22::GFP promoter fusion is expressed in the uterus, uterine and vulval muscles, and uterine seam cell.
22F07H5.7F07H5.7n/achrII 8,793,642
23acr-5K03F8.2n/achrIII 6,512,172acr-5 encodes a predicted member of the alpha subunit family of nicotinic acetylcholine receptors that is expressed in the nervous system.
24C54F6.12C54F6.12n/achrV 7,537,395
25F55G7.3F55G7.3n/achrX 11,941,116contains similarity to Saccharomyces cerevisiae appears to control expression of spliceosome components PRP4 and PRP3; SGD:YDR464W
26C40C9.3C40C9.3n/achrX 13,647,897contains similarity to Conus textile Conotoxin scaffold VI/VII.; TR:Q9U653
27rab-30Y45F3A.2n/achrIII 10,564,035rab-30 encodes a rab related protein of the Ras GTPase superfamily.
28ZK353.2ZK353.2n/achrIII 8,398,849contains similarity to Interpro domain IPR002952 (Eggshell protein)
29C31G12.3C31G12.3n/achrV 18,185,300contains similarity to Rhodopirellula baltica Probable polysaccharide export protein.; TR:Q7UYB3
30C07A9.12C07A9.12n/achrIII 9,726,313contains similarity to Pfam domain PF01705 CX module contains similarity to Interpro domain IPR002619 (Protein of unknown function CX)
31tag-81T14G12.2n/achrX 3,730,613C. elegans TAG-81 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region)
32F25H9.7F25H9.7n/achrV 13,468,733contains similarity to Pfam domain PF05882 ACN9 family contains similarity to Interpro domain IPR008381 (ACN9)
33ZK20.1ZK20.1n/achrII 11,647,844contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
34F37C12.10F37C12.10n/achrIII 7,188,147
35xbx-1F02D8.3n/achrV 14,981,466C. elegans XBX-1 protein ; contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Cytoplasmic dynein 2 light intermediate chain 1; ENSEMBL:ENSP00000260605
36C50H11.1C50H11.1n/achrV 3,090,166contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
37F47F2.2F47F2.2n/achrX 3,886,480
38srx-39C03A7.6n/achrV 5,157,191C. elegans SRX-39 protein; contains similarity to Pfam domains PF00001 (7 transmembrane receptor (rhodopsin family)) , PF01748 (Caenorhabditis serpentine receptor-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR013305 (ABC transporter, ABCB2), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
39F49C12.3F49C12.3n/achrIV 9,301,257contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domain IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
40lin-11ZC247.3n/achrI 10,251,797lin-11 encodes a predicted LIM homeodomain transcription factor that affects vulval development, neuronal development and fate specification, utse cell differentiation, and fertility; it is expressed in some neurons, the vulva, pi cells and their progeny, and the spermatheca.
41F55G1.12F55G1.12n/achrIV 7,494,554contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
42F01F1.14F01F1.14n/achrIII 5,882,603
43F14H3.12F14H3.12n/achrV 16,074,705contains similarity to Pfam domain PF02149 Kinase associated domain 1 contains similarity to Interpro domain IPR001772 (Kinase-associated KA1)
44math-7C16C4.12n/achrII 1,885,961C. elegans MATH-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
45srw-31K03D7.2n/achrV 17,507,514C. elegans SRW-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300), IPR000832 (GPCR, family 2, secretin-like), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
46F35F10.4F35F10.4n/achrV 3,292,977contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
47str-136F21F8.9n/achrV 8,278,202C. elegans STR-136 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
48Y65A5A.1Y65A5A.1n/achrIV 16,399,303contains similarity to Interpro domain IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerization domain bHLH)
49F55E10.5F55E10.5n/achrX 8,335,538
50F22E12.3F22E12.3n/achrV 10,461,278contains similarity to Petroselinum crispum Reverse transcriptase (Fragment).; TR:Q9ZRL1